地球の平和を守ってきたセーラー戦士だったが、現実世界ではすでに中学3年生。高校受験も目前に迫っていた。うさぎたちはレイの家に集まって、戦いで遅れた勉強をがんばっていた。しかし、霊感の強いレイは悪夢に悩まされていた。怖ろしい沈黙が世界を包み込もうとしている。そしてその予感は現実のものとなってしまった。レイは火川神社で謎の怪人ダイモーンに襲われ、ピュアな心を奪われてしまったのだ。

新たな敵ダイモーンのために輝きを失ってしまった銀水晶。落ち込むうさぎを、衛は捨てられたネコたちがひっそりと暮らす洋館へ誘った。そこでうさぎは、ネコたちにエサをあげる少女と出会い、ちょっとだけ元気をもらう。しかし、その少女がダイモーンに襲われてしまった。少女から奪われるピュアな心。ふたたび出現した謎の2人の戦士によって少女の心の結晶は取り戻せたが、ダイモーンは復活。タキシード仮面に襲いかかった。

うさぎと美奈子は、レイの家での勉強会をサボってゲーセンで遊んでいた。そこで2人は天王はるかと海王みちるという美しいカップルに出会う。どうしてもはるかの秘密を知りたい美奈子とうさぎは、2人の後を追って、とある町工場へやってきた。だが、その工場にもダイモーンが現われ、エンジニアから心の結晶を奪ってしまった。そして、ついに2人の謎の戦士が正体を現した。なんと、その戦士はセーラー戦士だったのだ。

うさぎは愛する衛のために、花嫁修業を宣言するがレイたちに相手にしてもらえない。ひとりで落ち込むうさぎは、公園でバイオリンを演奏しているみちるを見かける。才能豊かなバイオリニストで有名な画家でもあるみちると比べて、なんの取り柄もない自分に落ち込むうさぎ。そんなうさぎにみちるは優しく語りかけ、バイオリン・リサイタルのチケットを渡す。しかし、そのリサイタルには、すでにダイモーンの卵が送り込まれていた。

うさぎは、元基の妹の宇奈月に衛とキスしたことがあるか聞かれてドキドキ。そんな宇奈月は、ファーストキスを夢見るピュアな乙女心をうさぎに語る。しかし、ダイモーンは、そのピュアな心を狙って宇奈月を襲った。そこへウラヌスとネプチューンが現われて、宇奈月のピュアな心の結晶を巡って争いはじめる。その頃、ピュアな心を失った宇奈月は、助けに来たうさぎたちにキスを迫る。うさぎは、心の結晶を求めて町へ飛び出していった。

最近、うまくいっていない海野となるの仲を取り持つため、十番街に開園する「恋人公園」の愛情コンテストに2人を出場させようとする。そしてコンテスト当日、会場にははるかとみちるの姿もあった。まるで恋人のようにコンテストの難問をクリアしていくはるかたちに引き替え、うさぎたちの声援もむなしく、いつものようにドジばかりの海野。しかし、その会場には、すでにカオリナイトがダイモーンの卵を植え付けていたのだった。

まことは、はるかのカッコよさに憧れていた。そんなピュアな心に目を付けたカオリナイトは、まことがはるかから受け取ったスカーフにダイモーンのタネを植え付けてしまう。一方、まことがダイモーンに狙われていることを知ったはるかたちも、まことを監視して、ピュアな心の結晶が出現するのを待つことにした。港で憧れのはるかと幸せなひとときを過ごすまこと。そこへダイモーンが現われて、まことから心の結晶を奪った。

亜美は、自分が勉強しか取り柄のない少女ではないのかと悩んでいた。それゆえに自分に自信を持てない亜美は、プールでみちるに勝負を挑まれても、全力を出し切れずにいた。さらに、うさぎの不用意な一言が、さらに亜美を傷つけてしまう。ひとり落ち込む亜美。そんな亜美に、みちるが再試合を挑んできた。ふたたびプールでみちると勝負する亜美は、今度は全力で泳いだ。悩みを吹っ切った亜美だったが、そこにダイモーンが現われて・・・。

モトクロスレースで負けた腹いせに、他のレーサーから襲撃を受け、うさぎとはるかは山中に取り残されてしまう。その頃、レーサーの山田がダイモーンに襲われてしまった。駆けつけたネプチューンが心の結晶を取り戻すが、じつはカオリナイトがネプチューンたちをおびき出すためのワナだったのだ。ネプチューンを助けに来たウラヌスだが、セーラームーンと手錠につながれてしまい、やむなくその場から逃げ出すはめになり。

レイは、世界に沈黙が訪れるという悪夢の正体を突き止めようとして祈祷を続けていた。雄一郎は、そんなレイの役に立ちたいと思うが、自分の無力さに気づかされるばかり。ある日、はるかと一緒にいるレイを目にした雄一郎は、勘違いしてはるかに勝負を挑んでしまう。はるかに負け、レイからもなじられてしまった雄一郎は、火川神社を去ることを決意する。うさぎの説得でレイは雄一郎を追いかけたが、そこにダイモーンが現われた。

美奈子はセーラーVとして、ほかのセーラー戦士よりも長く戦ってきた。ふつうの女の子らしい生活を送ることができない人生に疑問を感じ、美奈子なりに悩んでいたのだ。そんな時、バレー部の浅井から、昔バレー部に所属していた美奈子に憧れていたと告白されてしまった。動揺する美奈子は、自分の気持ちを確かめるため、放課後の体育館にやってきたが、そこで浅井とマネージャーの女の子とのキスを目撃してしまう。

6月30日はうさぎの誕生日。しかし、レイたちはなぜかよそよそしい。落ち込むうさぎは、気を取り直して衛に誕生日プレゼントのガラスの靴をおねだりするが、衛は今日がうさぎの誕生日だということに気づかない。さらに落ち込んでしまったうさぎだが、レイの家に着くとみんながビックリパーティでうさぎの誕生日を祝ってくれた。そして衛も、うさぎが欲しがっていたガラスの靴を持って、うさぎのもとへ急いでいたのだが・・・。

うさぎは、カオリナイトに変身ブローチとタキシード仮面を奪われてしまった。そして、セーラー戦士が止めるのも聞かず、ワナと知りつつも飛び出していく。はるかの車で東京タワーへ急ぐうさぎ。しかし東京タワーに着いたうさぎは、ついにピュアな心の結晶を奪われてしまった。ウラヌスとネプチューンに助けられるうさぎ。だが、カオリナイトの本当の目的は、この場所でウラヌスたちとセーラー戦士を一網打尽にすることだった。

デスバスターズの教授は、カオリナイトの後任にウィッチーズ5のユージアルを選んだ。ユージアルはすでに、天才的太鼓奏者の遠野摩弥をタリスマンの持主候補に選んでいたのだ。一方、その摩弥にレイは祭りでの太鼓演奏を依頼していた。そして祭りの日、摩弥のもとへユージアルがやってきて、ピュアな心の結晶を奪おうとした。ダイモーンとの戦いに苦戦するセーラームーンとマーズ。その2人を助けたのは意外な人物だった。

20世紀で修行するため、ちびうさが帰ってきた。ちびうさは、さっそく修行＝友達作りを開始。町中で和装の美少年を目撃し、追いかけるが見失ってしまう。そこへやってきたはるかとみちるにお茶に誘われる。お茶といっても、そこは茶道の家だったのだが。しかし、現われた少年こそ、ちびうさが町中で見かけた美少年。じつは茶道の家元でもある玉三郞だった。ところが、そんな玉三郞のピュアな心に、デスバスターズも目を付けていた。

強力になった敵に対して、自分の無力さを感じていたまことは、ひとり山寺にこもって修行をはじめていた。うさぎは、まことが修行している山寺が、衛がバイトしているリゾートホテルの近くだと知るや、レイたちを誘って出発した。しかし、まことの修行のジャマになってしまうため、結局うさぎたちはホテルに遊びに出かけてしまった。その頃、山寺の修行僧の角錐のピュアな心を、デスバスターズのユージアルが狙っていた。

受験生のうさぎたちは、白樺高校を見学に来ていた。そこで陸上競技の有名選手エルザと出会う。そのエルザがユージアルに狙われた。セーラー戦士はエルザを守ろうとするが、ダイモーンにジャマされ、ピュアな心の結晶を奪われてしまう。はるかは、一部始終を見ていたが助けようとはしない。エルザが、はるかとみちるの中学時代の友達だったにもかかわらず・・・。どんな犠牲を払ってでもタリスマンを探すという、あの日の決意のために。

美術教室に通うちびうさの目的は、同じ彫刻教室の正紀クン。しかし、その正紀はみちるに恋していたのだった。ちびうさは、みちるにライバル心を燃やす。事情を知ったうさぎは、2人の間を取り持つキューピッドになることを決意する。一方、デスバスターズは新たな標的を選んでいた。しかも、その標的こそ10歳の天才芸術家と呼ばれる正紀だった。ユージアルは新たなダイモーンを引き連れて、正紀のいる美術教室へ向かった。

うさぎたちは、涼しいクーラー目当てに衛の家で勉強会。そこへエドワーズという英国紳士がやってきて、衛とうさぎたちをパーティに招待してくれた。そのパーティは、町外れの西洋館に住むエドワーズが、若者を集めて文化交流するために開いていたのだ。しかし、そのパーティで交わされる会話は、英語が基本だという。うさぎは衛と出かけるパーティを喜ぶ一方で、立ちはだかる英語の壁に、大きなプレッシャーを感じていたのだった。

美奈子は人生最大の悩みに直面していた。なぜ自分だけがダイモーンに狙われて、ピュアな心の結晶を奪われないのか！　自分はピュアではないのか!?　美奈子は大いに悩んでいた・・・。ピュアな心とは一体何か。美奈子は、はるかとみちるに疑問をぶつけた。そして美奈子が見つけた解答は、他人の役に立つ献血をすることだった。かくして、美奈子は献血のハシゴをはじめた。しかもその努力は、はやくも報われることとなったのだった。

おたがいの正体がバレてしまった、うさぎたちとはるかたち。そんなある雨の日、はるかたちはタリスマンの出現を予感する。一方、ユージアルはタリスマンを秘めた人物の特定に成功する。しかし、そんなユージアルに対する嫌がらせもはじまった。失敗続きのユージアルに、後輩のウィッチーズ5たちが反抗しはじめたのだ。そして、いよいよタリスマン出現のその日。はるかたちの元に、ユージアルからの挑戦状が送られてきた。

ウラヌスとネプチューンからタリスマンが出現した。2人を失った哀しみもつかの間、ユージアルがタリスマンを奪ってしまった。セーラームーンたちはわずかな希望を胸にユージアルを追う。そして、どうにかユージアルを追い詰めたセーラームーンだが、ムーン・スパイラル・ハート・アタックが効かないユージアルに苦戦する。絶体絶命のセーラームーン。そこへセーラープルートが出現して、タリスマンの秘密を語りはじめた。

ついに出現した聖杯。しかし、聖杯の力で二段変身を遂げたスーパーセーラームーンも真の救世主ではなかった。そこで、せつなとはるかたちは真の救世主を探しはじめた。一方、デスバスターズでは沈黙の救世主が目覚めようとしていた。そして、その覚醒のエネルギーとするためにさらに多くのピュアな心を手に入れるための作戦を開始した。教授はユージアルの後任に、ウィッチーズ5のミメットを任命し、新たなダイモーンを与えた。

衛は、せつなたち外部太陽系の三戦士から、今地球で起こっている危機や、新たな強敵デスバスターズについて聞かされた。一方、ちびうさは、ついに友達を見つけた。それは、ほたるという名の不思議な力を持つ病弱な少女だった。うさぎは、ほたるの家を訪問するちびうさの保護者として、同行することにした。そしてうさぎはほたるの家で、死んだはずのカオリナイトにそっくりな、カオリという名の女性に出会う。

ミメットは、次の標的にトップアイドル荒木仁太を選んだ。しかし、荒木デビュー以来の大ファンでもあるミメットは、映画で共演できる公開オーディションに応募していたのだ。そして、そのオーディションには、同じように年季の入った荒木ファンでもある美奈子も、みんなとの勉強会をサボって参加していたのだ。美奈子とミメットは2人とも第一次選考に合格した。そして、いよいよ最終選考の日がやってきた。

せつなたちは、デスバスターズが沈黙の救世主の覚醒を画策していることを警戒して、真の救世主探索を急いでいた。一方、ちびうさとうさぎは、道端で倒れてしまったほたるを、亜美の母の病院へ運んだ。ちびうさは、自分がほたるに無理をさせたと後悔する。ちびうさは、はるかの車でほたるを家に送ることになったのだが、その途中でダイモーンの気配を感じた。その頃、近くの公園ではミメットが標的からピュアな心を奪っていた。

ほたるに邪悪なものを感じたはるかは、ちびうさに彼女に近づくなと忠告した。しかしちびうさは、ほたるを誘ってうさぎや衛と、植物園にピクニックに出かけた。そんなうさぎたちをはるかたちは遠くから見守っていた。一方、デスバスターズでは新たな標的にバラの品種改良で有名な植物学者を選んだ。ミメットは植物園へ向かうが、子沢山で美形でもない標的に、ミメットのやる気が出ない。そのミメットの目に衛の姿が入った。

デスバスターズの次の標的は、高校生ジャンパーの早瀬。彼は子供の頃の病弱な身体を克服して、日本新記録を打ち立てたのだ。ほたるは、そんな早瀬の姿に憧れて、想いを込めたファンレターを書いた。しかし、その手紙を出せないというほたるのために、うさぎたちは早瀬の練習場へ向かった。しかし、厳重な警備のために早瀬に近づくことのできないうさぎたち。そこへ早瀬がやってきて、ほたるの手紙を受け取ろうとした、そのとき・・・。

ミメットはヘンなダイモーン、う・イカサマーンを生み出してしまった。その結果、ほたるの家が次元のゆがみに取り込まれてしまった。ちょうどその時、ちびうさがほたるの家に遊びに来ていた。ちびうさを助けるため、セーラー戦士はセーラー・テレポートで侵入する。しかし、そこはさまざまな次元が入れ替わる不思議な空間だった。そして、セーラームーンたちは、崖から落ちそうになっているちびうさを発見した。

レイが見る不吉な夢が、徐々にイメージを強くしていた。同じように、はるかたちも明確になりつつある不吉な夢に大きな不安を感じていた。しかも、夢の中の少女が持つ鎌が、滅びの戦士の持つ「沈黙の鎌」ではないかという恐れを抱いていた。一方、ミメットは次の標的に、十番街にオープンしたプラネタリウムのDJ・トーマスを選んだ。しかし、そこには、ちびうさがほたるを誘って、うさぎたちと一緒に遊びに来ていた。

ほたるが滅びの戦士セーラーサターンだと確信したウラヌスたちは、ほたるを殺そうとした。ちびうさは、ほたるを探して土萌家に急いだが、すでにほたるの姿はすでに消えていた。手がかりを探す衛は、土萌教授が無限学園のオーナーだと突き止め、無限学園に秘密があるのではと考えた。一方、デスバスターズでは失敗続きのミメットに代わってウィッチーズ5のテルルに出動命令が下ったが、あせったミメットは独断で行動を開始した。

テルルがミメットを消滅させてしまった。仲間にも容赦のない敵に、ウラヌスたちはさらなる覚悟を胸にデスバスターズとの戦いに向かった。一方、デスバスターズでは沈黙の救世主の真の覚醒のため、大量のピュアな心の結晶を獲得するための新たな作戦を開始し、ウィッチーズ5のテルルを送り出した。その頃、ちびうさはほたるの身を案じていた。そして、そのちびうさの元に行方不明だったほたるが現われた。

テルルが持っていたのは無限学園の生徒手帳だった。やはり学園が怪しいとにらんだうさぎたちは、全国一斉模擬試験の会場となった無限学園に潜入する。そしてうさぎたちの目の前で、デスバスターズは集まった生徒たちから心の結晶を収奪し始めた。一方、はるかたちは怪しいとにらんでいた地下研究室に潜入。そこで沈黙の救世主となったほたるを発見する。しかし、そこにウィッチーズ5のビリユイが出現。ナノマシンをまき散らした。

無限学園に全校生徒が招集された。うさぎたちも生徒にまぎれて無限学園に潜入する。しかし、ウィッチーズ5最後の戦士シプリンが現われ、講堂に集めた生徒たちから心の結晶を取り上げてしまった。シプリンと双子のプチロルのコンビネーション攻撃に苦しむセーラー戦士。その頃、ウラヌスたちも無限学園の秘密研究所に潜入していた。一方、ほたるを案じるちびうさは土萌家に向かったが、そこで待っていたのはカオリナイトだった。

ちびうさの心の結晶を取り込み、ほたるはミストレス9として目覚めてしまった。ついに始まってしまった世界の沈黙を阻止するため、ちびうさとほたるを救うため、セーラームーンたちは無限学園に向かった。一方、ウラヌスたちも、ミストレス9を滅ぼすために無限学園に向かう。だが大量のダイモーンに守られた無限学園への進入路を見いだせないセーラー戦士。ところがミストレス9によって、セーラームーンがさらわれてしまった。

ミストレス9の中のほたるの意識が消えようとしていた。しかしセーラームーンは、あくまでもウラヌスたちの攻撃からミストレス9を守ろうとする。ウラヌスたちの命と引き替えに聖杯を要求するミストレス9。そこへ土萌教授がやってきたことで、消えかけていたほたるの意識が復活する。ふたつの意識の中で苦しみ出したミストレス9。セーラームーンはほたるを救うため、ついにミストレス9に聖杯を渡してしまった。

ファラオ90との死闘は終わった。心の結晶を取り戻したちびうさも、ようやく目を覚ました。しかし、ほたるの消息は、今も不明のままだった。その頃、入院中の土萌教授のもとにみちるたちが、ひとりの赤ん坊を連れてきた。そしてちびうさは偶然、散歩をする土萌親子と出会った。一方うさぎたちは、無限学園の廃墟でほたるの手掛かりを探していた。そこへはるかたちが現われ、セーラームーンに戦いを挑んできた。

平和な日々が戻ってきた。ちびうさのところにも、未来のネオ・クイーン・セレニティからそろそろ帰るようにという手紙が届いた。うさぎたちは、ちびうさのためにお別れパーティをすることにした。しかし、ちびうさは、そんなみんなの態度に、かえって寂しさを募らせていた。そしてお別れパーティ当日。ちびうさは、みんなから心のこもったプレゼントをもらった。その頃、無限学園の廃墟では生き残ったダイモーンが現われて…。