冥王の死によって、リナたちの「世界」を覆っていた結界が消滅してから数ヶ月後。セイルーンをはじめとする各国は、フィル王子の音頭で結界の外の世界に使節団を送ることを決定する。いっぽうリナとガウリイは、差出人不明の一通の手紙に誘われ、港町へとやって来ていた。港には結界の外へ向かう使節船団と各国の王族が集まっており、そこにはアメリアの姿もあった。ゼルガディスも姿を現し、ふたたび騒動の予感が・・・・・・。

意気揚揚とリナたちは外界へ向かって旅立つが、黄金竜との闘いで船に積まれていた食料を喪失、何日も漂流する羽目に陥ってしまっていた。空腹に身を焦がされのたうち回るリナたち（ゼルを除く）は餓死寸前にやっとの思いで街に漂着、九死に一生を得る。しかしそこはグラボス率いる獣人軍団の脅威に晒されており、食事どころの騒ぎではなかった。腹を空かせたリナたちの（お門違いな）怒りがグラボスたちに炸裂する！！

不承不承、世界の危機を救って欲しいという手紙の主、竜族の巫女フィリアの依頼を受けたリナたちは、まずは火竜王の神殿を目指す。しかし世界の危機の実感がないので、一行の雰囲気は呑気そのもの。行く先々の名物を食いつくし、方々で騒ぎを起こしていく。そんなとき、ふと立ち寄った街で、かつて一緒に旅をしたこともある魔族ゼロスの姿を目撃する。なぜこんな場所にゼロスが？ゼロスを追ううちにリナたちが辿り着いたのは、砂族の神殿と呼ばれる遺跡だった・・・。

リナたちを待っていたかつて倒した魔竜王ガーヴの腹心であるヴァルガーヴだった。ガーヴ同様、彼もまた、魔族から反逆者として追われる身だった。ゼロスがこの地に現れたのも、ガーヴの仇であるリナを囮にすることで、ヴァルガーヴを誘き出そうとしたためだった。元は魔族ではなく古代竜の生き残りであるヴァルガーヴの力は強く、容易にダメージを与えることは不可能だった。ところが、ガウリイの「光の剣」と、ヴァルガーヴの「ラグド・メゼギス打ち合わせた瞬間、二つの武器の間で奇妙な共鳴現象が発生した！

ようやくただらなぬ事態が進行していることを自覚したリナたちは、いよいよ世界を救う旅を開始する。しかし新たに加わったゼロスとフィリアは、リナたちが呆れるほど仲が悪かった。あるときゼロスとの口げんかに負けたフィリアは、ひとりで街中に飛び出していってしまう。ところがその街は、ドラゴンに壊滅させられた過去を持つ、ドラゴンを忌み嫌う街だった。グラボスたちの策略で、素性のばれたフィリアはドラゴン裁判に掛けられることになってしまう・・・！

火竜王の神殿を目指すリナたちは、竜族が太古の時代に作り上げた遺跡に辿り着いた。すると突然、リナたちの魔力に反応して遺跡の機能が復活、こともあろうに暴走を開始してしまう。実は遺跡は竜族の公共交通機関だったのだ！レールに乗って加速を続ける遺跡は、その進路上に存在する町々を粉砕しながら突き進んでいく。このままでは、やがて終点である火竜王の神殿に突っ込んでしまうことは避けられない！リナたちはなんとか遺跡を止めようとするのだが・・・。

火竜王の神殿を壊してしまったリナたちは、その修復工事に駆り出されることになってしまった。いっぽうフィリアは、リナたちの素養に疑問を抱く最長老を筆頭とする竜族の指導者たちに、彼女たちこそ迫り来る世界の危機を救うことができるのだと説く。懸命に神殿を立て直すリナたちの姿に最長老たちは人間を信じてみようと決断、神託によって告げられた世界の危機を救うように改めて依頼するのだった。ところがその時、突如としてヴァルガーヴと手を組んでいる謎の巨人アルメイスが出現した！

火竜王の神殿に現れたアルメイスは、異界の魔王ダーク・スターが生み出した5つの武器をそろえることが目的であり、積極的な敵対意志は持っていないと告げる。この世界を争いに巻き込まないことを条件に、最長老はアルメイスの要求を呑もうとする。が、リナはすんなり納得できない。さらにアルメイスの行動を裏切りと判断したヴァルガーヴも現れ、事態はさらに混の度を増していく。彼は一切の躊躇いも無くアルメイスを攻撃、その上で竜族に対する復讐を宣言する。ヴァルガーヴは、かつて竜族が滅ぼしたエンシェントドラゴン一族の生き残りだったのだ。

リナたちはガウリイの持つ「光の剣」を始めとする、ダーク・スターの5つの武器を探す旅に出る。訊き込みで得た情報ではアルト国とバリトーネ国それぞれに魔道器が保管されているらしい。リナたちは二手に分かれそれぞれの国を訪れ、魔道器を入手しようとする。ちなみに両国は、海を挟んで砲撃を交わすことが日常茶飯事になっているほど、いがみ合う犬猿の仲だった。当然のことながら、リナたちは魔道器を手に入れようとして両国の争いに巻き込まれてしまうことに・・・。

融和を望むアルトの王女セーラとバリトーネの王子マルコと利害が一致したリナは、それぞれの王宮から魔道器を強奪した。しかしそこへグラボスたちが出現、光の剣を奪い彼女たちの前に立ちふさがる。後ろからはアルトとバリトーネの軍隊が接近、まさに事態は「前門の虎後門の狼」状態！そこでリナはグラボスたちを魔道器強奪犯人に仕立て上げることで、アルト＆バリトーネ軍の追及を逃れようと画策する・・・のだが、犯人を前にしても両軍は争いを止めようとせず、事態は混迷の一途を辿っていく・・・・・・。

ダーク・スターの武器を探して旅を続けるリナたちは、シュールな形が特徴のコロネ山にやってくる。そこにいたガイドによればこの神殿は縁結びの神を祀っており、カップルでなければ拝殿は許されないのだという。ちょっとした言い合いからリナはゼルガディスと、アメリアはガウリイとカップルに。ぎくしゃくしながら山を登り神殿にたどり着く4人を待っていたのは、前回の騒ぎで死んだ（本当は死んでいない）グラボスの仇討ちを誓ったジラスが周到に仕掛けた罠だった！

光の剣の奪取に成功したジラスを追いかけるリナたちが辿り着いたのは、なんとヴァルガーヴの本拠地だった。 彼女たちはそこで傷ついた体を癒すアルメイスと再会し、彼らの真の目的がダークスターを討つことにあると聞かされる。いっぽう、別行動をとっていたゼロスは、密かにヴァルガーヴを訪問、魔族の一員に迎えたいと申し出ていた。魔族の上層部は、少なくない下級魔族ばかりか冥王さえも失い弱体化が著しい勢力を立て直すため、強力なヴァルガーヴの力が必要と判断したのだ・・・・・・。

ヴァルガーヴを魔族に引き込もうとするゼロスは、その条件としてガーヴの仇であるリナの命を引き替えにしても良いと言い出す。しかしヴァルガーヴは信じるものは己のみとしてこれを拒否、さらに竜の力と魔族の力を融合させ、ゼロスに瀕死の重傷を負わせる。その場面に駆けつけたリナたちは、ヴァルガーヴの力を封じようとするものの、強大な力の前に叩きのめされた挙げ句に「光の剣」を奪われてしまう。ふたつの武器を手にしたヴァルガーヴは、世界を破滅させるためダーク・スターを召還するゲートを開こうとする！

いわれなき咎によって一族を滅ぼされ、ただひとりの理解者だったガーヴも失ったヴァルガーヴは神とこの世の全てを憎み、世界の一切を滅ぼそうとダーク・スターを召還しようとする。ヴァルガーヴの怒りと憎しみを理解するフィリアは説得を試みるが、憎悪に凝り固まった彼を振り向かせることなど不可能だった。そして暗い復讐の炎は、ついにダーク・スターを召還してしまう。破壊衝動のみの存在である狂える異界の魔王ダーク・スターがついにその姿を現した！！

ヴァルガーヴとの死闘によって意識を失ったリナが目を覚ますと、そこは名も知らぬ島の砂浜だった。ガウリイたちの姿はなく、どうやらひとりはぐれてしまったらしい。リナはとりあえず島の探索をはじめるのだが、軍服を着込んだペンギンたちに追い立てられ、不思議な世界へ迷い込んでしまう。しゃべるディナーや不可思議に踊る人形たち。なんとかゼルガディスと再会するものの、この異常な世界からは抜け出すことが出来ない。悪意あふれる世界に頭に着たリナは、怒りのドラグスレイブを発射するのだが・・・。

ゼルガディスとフィリアと合流したリナは、残るガウリイとアメリアの二人を探すために海を渡ろうとする。しかし乗り込んだのはスクラップ同然のオンボロ船、いまにも沈みかねない。そんなとき伝説の幽霊船が出現、仕方なく三人はオンボロ船から移乗する。そんな彼女たちを待っていたのは、壺に封じ込められた幽霊船長だった。リナたちは、彼から船に巣喰い大切な壺コレクションを壊す悪霊の退治を依頼されることに。

ひとりはぐれてしまったアメリアは半魚人たちの住む島に漂着、ライラという、人間のケレルと種族を超えた愛を育んでいる半漁人の女性に助けられる。ライラとケレルは互いに深く愛し合っていたが、ライラの父はふたりの仲を認めようとしない。事情を知ったアメリアは、愛し合うふたりのために、ガーディアンが守る秘薬を手に入れようとする。その秘薬を飲めば、半漁人は人間になることができるのだ！再会したガウリイを囮にして、アメリアはガーディアンをおびき出そうとする。

リナたちを探して旅を続けるアメリアとガウリイは、その道中で正義の味方ピースマンを名乗る5人組の老人たちと出会う。やる気は旺盛だが寄る年波には勝てず、老人たちは次々とリタイヤするハメに。彼らの正義の心に感動したアメリアは、気乗りしないガウリイを巻き込んでピースマンの跡を継ぐことに。アメリアたちを加えてメンバーが揃った新生ピースマンは、近頃近隣の村を脅かす悪魔の声の正体を探るために行動を開始するのだが・・・・・・。

ようやくいつものメンバーが揃ったリナたちは、世界の危機を救うための旅を再開する。とりあえずの目的は、ダーク・スターの生み出した最後の武器を見つけることだ。同じ頃、あの災厄から生き延びていたジラスは、獣人の母子のもとで傷を癒しながら新たな人生を生きようとしていた。しかし彼らの村に無数の怪物が襲来、さらにはそれを追ってリナたちも姿を現す。彼女たちを見たジラスは「ヴァルガーヴ様とグラボス親分の仇討ち」こそ生き甲斐だと、仲良くなった子どもの声を背に受け闘いの荒野へ旅立つのだった。

最後の武器を求め、リナたちは水源が枯れ果て滅びを待つのみの鉱山街に立ち寄るのだが、ここに目を付けたのは彼女たちだけではなかった。アルメイスの仲間シーリウスも姿を現したのだ。そんな状況の中、街を救う聖者の伝説を信じる少女アンナは、シーリウスを聖者だと思いこむが、彼は救いどころか武器を探そうとして街に壊滅的な破壊をもたらす。仕舞いには鉱山をも跡形もなく吹き飛ばしてしまう・・・！

最後の武器を探してリナたちは、氷雪吹きすさぶ辺境の地に辿り着き、結界に覆われた竜族の神殿を発見する。結界は解除したフィリアたちが見たものは、さらなる結界と数限りないエンシェントドラゴンの亡骸だった。これこそヴァルガーヴの告げた竜族の罪・・・大虐殺の動かざる証拠であり、彼の憎悪の原点なのだ。最後の結界が解かれるとき、歴史に秘められた「平和の名の下に行われた大量殺戮」の真実が明らかにされる・・・・・・。

リナたちがエンシェントドラゴンの神殿に辿り着くのを待っていたかのように、空を埋め尽くさんばかりの黄金竜の軍団が出現、事態は混迷の度を極める。異界の神族と手を組んだゼロスはフィリアを人質にし撤退を求めるが、最長老はいかなる犠牲を払っても現在の秩序と平和を乱すことはできないと言い放ち、彼らは凄絶な闘いに突入する。ゼロスの策略で封印が解除され最後の武器ガルヴェイラがその姿を現すが、そこへリナが乱入、ゼロスの顔を足蹴にして武器を手にした！

ガルヴェイラを手に入れたゼロスは、召還ゲートを完全に消滅させようとしていた。一時はアルメイスたちに協力する振りをしていたが、これこそが魔族の上層部から受けた指令だったのだ。いっぽう、大急ぎで召還ゲートを目指すリナたちは、ジラスの思わぬ強力な妨害にあって足止めされていた。強固な装甲を誇る戦車、そして巨大爆弾。こんどこそジラス勝利かと思いきや、フィリアの自己犠牲の精神に打たれた彼は召還ゲートまでの道を開けるのだった。しかしゼロスたちの闘いによってゲートの制御に狂いが生じ・・・！

ゲートは完全に開かれつつあり、もはやダーク・スターの召還を阻むことはできない。リナ、ゼロス、異界の神族たちは、事ここに至ってダーク・スターを討ちふたつの世界を救うため手を結ぶ。そしてついにダーク・スターがゲートから出現、リナたちは果敢に闘いを挑む。頼みの綱はダーク・スターが生み出した5つの武器。だがダーク・スターはリナたちの猛攻をもモノともせず、突然、飛び去ってしまう。目的地は・・・火竜王の神殿！？いったいなぜ？

死んだはずのヴァルガーヴが生きていた。彼はダーク・スターに消滅させられたのではなく、内部に吸収、いや同化されていたのだ。いまやヴァルガーヴはダーク・スターそのものと化していた。憎悪に震えるヴァルガーヴ＝ダーク・スターは、火竜王の神殿を一撃で壊滅させてしまう。さらに世界の浄化を宣言し、一切を破滅させんとする。ヴァルガーヴにとっては、この世界そのものが憎悪の対象なのだ。だがフィリアは、ヴァルガーヴの瞳が悲しみの光に満ちていることに気づく。

世界の滅亡は目の前に迫っていた。タリスマンによる魔力制御を封じられたいま、最後の切り札だった重破斬（ギガ・スレイブ）は使用不能に。もはや打つ手はないと思われたそのとき、フィリアは神託の言葉が、神と魔の力を束ねる呪文であることに気がつく。だがこの呪文を使えば、ヴァルガーヴさえも確実に滅ぼしてしまうだろう。それはかつて竜族が行った虐殺と同じことなのではないか？彼の哀しみと憎しみを知るフィリアは戸惑い、なかなか決心がつかない。しかし刻一刻と破滅の時が迫ってくる――！