コピーレゾ＝ザナッファーとの激闘から数ヶ月後。アメリアはセイルーンに対する謀反の疑いを質すため、王国の使者としてゾアナ王国にやってきたが、かつての仲間であるゼルガディスによって囚われの身となってしまう。セイルーン征服の野心に燃えるゾアナ王とその娘マルチナは、王女であるアメリアを人質に戦争を仕掛けようと画策していたのだ。だが、王国に居合わせたリナとガウリイのコンビがアメリアを救出、ゼルガディスをあっさり寝返らせた挙げ句、当然のようにゾアナ王に口止め料を要求する。しかし自分で作った魔神ゾアメルグスターの加護を信じるマルチナはこれを拒否、敢然とリナに戦いを挑む・・・・・・のだが、あえなく必殺の竜破斬（ドラグス・レイブ）によって城もろとも吹っ飛ばされてしまい王国は瓦解、ゾアナの野望もここに潰えるのだった。

ゼルガディスとアメリアのふたりを加え、リナたちは伝説の魔道書・異界黙示録（クレアバイブル）探しの旅に出る。そんな一行の前に、ゼロスと名乗る謎の神官が現れ、盗賊に奪われた異界黙示録の写本を取り返してほしいと依頼してくる。仕事は引き受けたものの、リナはこの依頼の裏になにか釈然としないものを感じていた。ともあれ、ゼロスの案内で盗賊団のアジトへ忍びこむのだが、案の定正体がばれてしまい、いつものように敵味方入り乱れての大乱闘に。騒ぎの最中、ゼルガディスが写本を手に入れるものの、何を思ったのかゼロスは写本を焼却してしまう。いったいなぜ！？ゼロスは謎だけを残し、風のように消え去るのだった。

ささいな事で喧嘩をしたリナたちは、魔道士協会の会長職を争うタリムとデイミアの用心棒として、それぞれ雇われることになった。リナやアメリアたちは、それぞれ果てることのないイヤガラセを始めるのだが、やがて直接の決闘で決着をつけようということに。4人は決闘の場ではじめて相手がリナとガウリイ、アメリアとゼルガディスだと気がつき、どうしたものかと困惑してしまう。そんなとき、どこからともなく現れた魔物が町中を占拠。リナたちはとりあえず力を合わせて魔物退治を開始する。力を合わせたリナたちの前にさしもの魔物も敵ではなく、あっという間に撃退されるのだが、事件の首謀者として、依頼主であるタリムとデイミアが捕らえられてしまうのだった。

タリムとデイミアの疑いを晴らさなくては、未払いの報酬を手に入れることができない。大好きなお金のため、ふたりの疑惑を晴らすため、リナたちは事件の鍵を握っていると思われる前魔道士協会会長の屋敷に乗り込んでいく。そこには不死の研究を続ける前会長のハルシフォムと、魔族セイグラムが待ち受けていた。ハルシフォムの狙いは、かつて自分を追放したタリムたちへの復讐と、不死の研究を成功させるために、リナたちの豊富な生体エネルギーを得ることだった。べては仕組まれた計画だったのだ。リナたちはハルシフォムを撃退しようとするが、セイグラムと結んだ魔族の契約により、彼は不死身の体を得ていた。撃ち破るには、契約に使われた石を破壊するしかない・・・！

契約の石を探すリナに、セイグラムは魔族の仲間になれば、命を助けてやると取引を持ちかける。だが、そんなことをリナが受けるはずはなかった。 屋敷を逃げ回るうちに、リナたちはハルシフォムの恋人ルビアを納めた棺を見つける。ハルシフォムはルビアを蘇らせるために、不死の研究をしていたのだ。ゼルガディスとアメリアを捕らえたハルシフォムは、ルビア復活の儀式を始めようとする。その儀式を食い止めるべく戦う最中、リナは契約の石がセイグラムの石仮面であることに気付き、全ての企みもろとも撃ち砕くのだった。

アトラス・シティでの一件も片付き、再び旅に出たリナたち一行。だが祖国を壊滅させられたゾアナ王国の王女マルチナが、彼女たちを仇として狙っていた。怪しげな呪いをかけるために、マルチナはリナのトレードマークのバンダナを手に入れる。なにも知らないリナは、いつものように暴れまわるのだが、呪いのせいで他人に与えたダメージが自分にも戻ってきてしまうようになっていた。ところが人を呪わば穴二つ、マルチナは自分にも間違って呪いをかけてしまう。互いに返ってくる痛みをこらえつつ、リナとマルチナは延々と肉弾戦を繰り広げる。しかし当然のことながら、ふたりの苛烈なバトルは壮絶な相討ちで終わりを告げるのだった。

セイルーンをめざして旅を続けるリナたち一行は、ドラゴン料理の看板を見つけ目を輝かせ早速注文。だが、出された料理はとんでもなく、それこそ犯罪的なまでに不味かった。聞けば新鮮な材料が手に入らないので、どうしても料理が不味くなってしまうのだという。リナたちは新鮮なドラゴンを手に入れ美味しいドラゴン料理を食べるため、ドラゴン料理人アシュフォードと共に船をこぎ出す。だが、得意の攻撃呪文を使ってはせっかくの新鮮な材料がダメになってしまう。そこで生き餌にガウリイ、重りにゼルガディスを使うことに決定。紆余曲折の後、なんとかドラゴンを釣り上げることに成功する。 しかし喜んだのもつかの間、ドラゴン料理には下ごしらえに数ヶ月もかかると知り、リナはガックリと肩を落とすのだった。

セイルーンにたどり着いたリナたちを待っていたのは、アメリアの父であるセイルーンの第一王位継承者フィルの訃報であった。フィルの死が暗殺によるものだと知ったアメリアは真相究明に乗り出す。だが、フィル暗殺の現場に乗り込んだリナたちは、そこで待ち受けていた魔族の攻撃で、窮地に追い込まれてしまう。その危機を救ったのは、死んだと思われていたフィル本人だった。フィルは謎の怪人に変装して身を隠しながらアメリアを陰から見守り、事件の真相を探っていたのだ。

セイルーンは魔族に狙われていた。しかもこの一件には、フィルの弟であるクリストファが関係しているらしい。身内が陰謀に関わっていることに、正義親子のフィルとアメリアは心を大いに痛める。そんな時、リナたちにクリストファの息子アルフレッドが父が黒幕であると告げ、説得するから時間がほしいと言ってくる。だがアルフレッドの動きを知った魔族はリナたちを急襲する。かつてない強力な魔族の攻撃を、リナたちはセイルーンの聖なる結界を増幅することでなんとか撃退に成功する。だがその代償に、リナは魔力を封じられてしまうのだった。

失った魔力を取り戻すために、リナは山奥に住む魔法医を訪ねることにした。ところがどういうわけか、その道中、ゼロスとマルチナも同行することになってしまう。リナの魔力が失われていることを知ったマルチナは、あの手この手でイヤガラセを仕掛けてくる。なんとか魔法医のもとに辿り着くものの、期待に反して魔力を復活させることは出来なかった。そこへ落胆するリナの命を狙って魔族が出現、危機に陥ってしまう。しかしそこにゼロスが登場、魔力を増幅するタリスマンを使って一撃で撃退してしまう。そのタリスマンに目を付けたリナは、魔力を補うために、半ば無理矢理ゼロスから手に入れるのだった。

リナが魔力を取り戻すことに必死になっているころ、セイルーンの王宮は魔族カンヅェルの襲撃を受けていた。ガウリイたちも必死に抵抗を試みるのだが、カンヅェルの魔力で異空間に引き込まれ、大苦戦を強いられてしまう。魔族を倒しやっとの思いでリナがセイルーンへ帰り着くものの、異空間にいるガウリイいたちには手出しが出来ない。そこでタリスマンで魔力を一瞬だけ増幅し、今まで使えなかった呪文神滅斬（ラグナ・ブレード）で異空間を切り裂いてガウリイたちを救い出すことに成功する。しかし一瞬の隙をつかれ、フィルをカンヅェルの手に奪われてしまう。

リナたちはフィルをさらわれ意気消沈する。そんな時、事件の首謀者だと思われていたクリストファが王位継承権を放棄すると宣言した。では、事件の首謀者は誰なのか？真相を突き止めるために、リナたちはアルフレッドの屋敷へと向かう。待ちかまえていたアルフレッドは、自分が王位につくために事件を引き起こしたことを告白する。だが、それも所詮は魔族がセイルーンを支配する為の計画の一部に過ぎなかった。裏切られたアルフレッドは魔族に命を奪われ、リナたちは悲しむ暇もなく、最後の戦いに突入していくのだった。

一瞬の機転でマゼンダを倒したリナたちは、最後の敵カンヅェルに挑む。が、魔力を封じられて空中浮遊術（レビテーション）を使えないリナは、空中庭園から放り出されてしまう。だが、マゼンダを倒したことで魔力を復活させていたリナは、不意をついてカンヅェルを討ち倒すのだった。しかし、カンヅェルは最後に罠を仕掛けていた。 カンヅェルを倒したことで空中庭園を支えていた魔力がとぎれ、このままではセイルーンの街に落下してしまう。ゼロスのアドバイスを受けたリナは、タリスマンで増幅した竜破斬（ドラグ・スレイブ）で、空中庭園を吹き飛ばし、なんとか危機を回避するのだった。

魔族の動きの裏に魔竜王ガーヴがいることを知ったリナたちは、対抗する手段を求め異界黙示録（クレアバイブル）を探す旅に出る。異界黙示録の在処を示すという地図を手に入れたリナたちは、魔族の守る遺跡へと向かうことに。激闘の末に、呪文書と思わしきモノを手に入れるリナたちだったが、それは踊りと歌、そして衣装までもセットになったモノだった。実は『乙女の祈り』と呼ばれる、神に捧げる踊りの手引書で、呪文のたぐいではなかったのだ。騙されたことを知ったリナは、怒りを魔族へと向け、竜破斬（ドラグ・スレイブ）で辺り一帯もろとも遺跡を吹き飛ばすのだった。

今日も今日とて異界黙示録（クレアバイブル）探しの旅を続けるリナたち一行。今回はアルテメ塔と呼ばれる、人間を人形に変えてしまう搭の中に異界黙示録（クレアバイブル）があるという情報を得てやってきた。リナたちは人間だとばれないように、思い思いの着ぐるみを着て塔の中へ乗り込んでいく。だが、そこで待ち受けていたのは、ジョーと名乗る魔族だった。ジョーの操る人形たちを倒さねば異界黙示録（クレアバイブル）は手に入らない。恐るべき人形たちの攻撃をくぐり抜け、リナは最上階の戦いへと突入する。いくら攻撃を仕掛けても、こたえた様子のないジョーだったが、リナはその本体が、傍らにある人形であることを見抜き撃退する。それでも結局、今回も異界黙示録（クレアバイブル）の写本は見つからず、今回も骨折り損のくたびれもうけであった。

とある町へとやってきたリナたちは、ブラスラケッツという、魔力テニスの大会の優勝者に与えられるトロフィーが、異界黙示録（クレアバイブル）であるという情報を入手する。大会で勝利を得るため、リナはルードというコーチに特訓を受けてなんなく大会を勝ち上がっていく。そんなリナの前に、決勝で立ちはだかったのは、魔球を駆使するマルチナであった。だが、リナはライティングでマルチナの目をくらませるというセコイ手でマルチナをノックアウト、ついに優勝を果たすのだった。ところが、異界黙示録（クレアバイブル）の写本と思われていた優勝カップはお約束通りニセモノであった。

今回の行き先は女だけが住む国。当然、ガウリイたちは女装だ。いやいや女装して忍び込んだゼルガディスは、偶然に出会ったミワンという少女の境遇に同情し、彼女に想いを寄せていく。そんな淡い想いをよそに、ミワンはリナたちを追ってきた魔族に人質に取られてしまう。水そのものの体を持つ魔族に、ゼルガディスは自らの体を燃え上がらせ、体当たりで魔族を倒すが、当然のことながら女装が解け正体がばれてしまう。そんなゼルガディスの行為に、ミワンは勇気づけられ、自分の正体を明かす。なんとミワンは女だけの国に住むために、生まれたときから女装を強いられていた男だったのだ。

異界黙示録（クレアバイブル）の完全な写本があるという神殿で、リナたちはアクアという一人の老婆に出会う。無限に連なる石板に記された異界黙示録（クレアバイブル）は、あまりに膨大な情報を持つため、求める情報が記された場所まで三日もかかるという。かくして旅立った一行だったが、リナはその夜一つの夢を見る。それは禁断の呪文、重破斬（ギガ・スレイブ）が暴走した世界の光景だった。自分の最強呪文が、この世を滅ぼすものだと知ったリナは、重破斬（ギガ・スレイブ）を封印することを決意する。だが、そのリナたちの前に、復活したセイグラムを引き連れた、魔竜王ガーヴが姿を現した。

かつてリナを自分の仲間に引き込もうとしていたガーヴは、一転して今度はリナの命を狙ってくる。それは敵対する冥王フィブリゾに、リナの力を取り込ませないためだった。異界黙示録（クレアバイブル）から情報を引き出していないリナたちにカーヴに対抗するすべはなく、絶体絶命の窮地に追いやられてしまう。そんなリナたちを救ったのは老婆アクアだった。彼女の正体は水竜王の残留思念であり、最後の力で一行を脱出させる。なんとかガーヴから逃げ切ったリナたちに、ゼロスが自分が魔族であることを打ち明ける。そしてゼロスは、リナたちが生き残るための唯一の手段である、本物の異界黙示録（クレアバイブル）の元へと招待する。だが、それはフィブリゾの計画の一部でもあった。

魔族に対抗する手段を求めて旅をするリナたちは、山に住む少年の案内で、ドラゴン・ピークを治める黄金竜族の長老ミルガズィアと出会う。ゼロスの求めを聞き入れたミルガズィアは、リナのみという条件で異界黙示録（クレアバイブル）のもとへと案内をすることを了承する。そんな時、一行の前にガーヴ配下の魔族が出現し襲いかかってきた。ガウリイたちが魔族を必死に食い止めている間に、リナはミルガズィアの導きで異界黙示録（クレアバイブル）のもとへ辿り着く。だが、どさくさに紛れマルチナもついてきてしまった。

ドラゴンズ・ピークの奥にある洞窟のこれまた奥深く、超空間への扉をくぐったリナは、本当の異界黙示録（クレアバイブル）を目にする。実は異界黙示録（クレアバイブル）とは本ではなく、降魔戦争によって滅ぼされた水竜王の遺した膨大な記憶だったのだ。異界黙示録（クレアバイブル）と精神を通わせたリナは、ガーヴが魔族に反旗を翻した理由と、ギガスレイブの力の源である金色の魔王（ロード・オブ・ナイトメア）の真実を知る。超空間から舞い戻ったリナは異界黙示録（クレアバイブル）によって得た力を振るい、襲いかかる魔族を撃退せしめた。と、そこに再びガーヴが出現、ゼロスに瀕死の重傷を負わせるのだった。

リナたちは圧倒的な力を誇るガーヴに追いつめられていく。ガーヴは滅斬（ラグナ・ブレード）の攻撃さえも跳ね返してしまうのだ。だが、その時、リナたちを案内した少年がこともなげにガーヴを一撃で葬り去った。少年の正体は冥王フィブリゾ、彼こそゼロスの命じてリナを異界黙示録（クレアバイブル）探しの旅へ誘った黒幕だった。フィブリゾは魔族に反旗を翻したガーヴの抹殺するためリナを餌にしたのだ。しかし彼の目的はまだ半分しか達せられていなかった。最終目的完遂のため、フィブリゾはガウリイをさらい、リナにサイラーグへ来るように要求する。

ガウリイをさらわれ意気消沈するリナたちは、かつて共に戦ったシルフィールと再会する。シルフィールによれば、コピーレゾとの戦いで消滅したはずの街、サイラーグが復活しているらしい。リナたちは一路サイラーグに向かうが、とつぜん現れた、ガウリイの愛剣『光の剣』を持つ仮面の剣士の襲撃を受ける。『光の剣』の力と恐るべき技量で襲いかかる剣士にリナたちは苦戦を強いられるが、そのピンチをかつて敵として戦った剣士ザングルスが救う。ザングルスは戦いの中で、太刀筋から剣士の正体に気づく。仮面の下に隠された剣士の正体とは、さらわれたはずのガウリイだったのだ。

ガウリイを操って一行を襲わせたフィブリゾは、再度リナをサイラーグへと誘う。サイラーグへとたどり着いたリナたちが目にしたものは、なんと完全に復活した街と、死んだはずの住民の姿だった。巨大な爆発に飲み込まれ命を失ったシルフィールの父の姿もあった。だが彼らの正体は、フィブリゾによってかりそめの命を与えられた、生ける死人だった。フィブリゾの非情な仕打ちにリナたちは強い怒りを覚えるが、その中でリナはひとりでフィブリゾと戦う決意をする。この先にある苛烈な戦いに仲間を巻き込みたくはなかったのだ。夜を待ち、単身フィブリゾの神殿に乗り込むリナ。だがその気配を察したシルフィールとザングルスも、フィブリゾの神殿に乗り込んでいく。

姿を現したフィブリゾの目的は、リナの使う呪文、重破斬（ギガ・スレイブ）を暴走させることにあった。その力の源泉は金色の魔王（ロード・オブ・ナイトメア）にあり、であれば、この世に破滅をもたらすことなど容易だろうと踏んだのだ。フィブリゾの意図を知るリナは重破斬（ギガ・スレイブ）を使わず倒そうとするが、彼の力はあまりにも強大で、ついには万策尽きてしまう。あくまで重破斬（ギガ・スレイブ）を使おうとしないリナに業を煮やしたフィブリゾは、ゼルガディスたちをクリスタルに閉じこめ一人一人命を奪おうとする。フィブリゾがガウリイに手を掛けようとした時、リナは重破斬（ギガ・スレイブ）を使うことを決意する。今の自分にとっては、世界よりも愛する者の方が大事だと悟ったのだ。

フィブリゾの思惑通り、重破斬（ギガ・スレイブ）は暴走したかに見えた。だが彼は呪文の正体に気づいていなかった。重破斬（ギガ・スレイブ）は絶対的な力を持つ金色の魔王（ロード・オブ・ナイトメア）を召喚する呪文であり、彼女こそは神族、魔族を超越する、すべての存在のはじまりだったのだ。リナの身体に顕現した金色の魔王（ロード・オブ・ナイトメア）はガウリイたちの命を救い、刃を向けたフィブリゾを圧倒的な力で滅ぼす。リナの捨て身の願いに応えてくれたのだ。フィブリゾの戒めを解かれたガウリイたちは、リナが金色の魔王（ロード・オブ・ナイトメア）に取り込まれ「混沌の海」に飲み込まれようとするのを知る。リナの命を救おうとガウリイは『光の剣』さえ捨て混沌の中へ飛び込み、自分の中にあったリナへの想いを悟る。そして、それに応えるかのように、リナはガウリイの腕の中に戻ってくるのだった。