魔都と呼ばれた1930年代の上海。雑多な人種や国籍、階層、さまざまな人々が入り乱れる混沌とした、だがエネルギー溢れるその街で、日本人の財閥が誘拐されるという事件が起こる。駐留する日本軍との武器取引を目論む地方軍閥の仕業らしい。人質を救出すべく、軍閥の本拠に潜入する四人の若者たち。葵、葛、棗、雪菜、とそれぞれに花の名を冠し、桜井機関と呼ばれる諜報機関に属する彼らは特殊な能力を持っていた。

演奏旅行で上海を訪れたユダヤ人ヴァイオリニスト、クライネフ。彼が某国の諜報員だという疑いがあり、その証拠を掴むため行動を起こす桜井機関の四人。クライネフの握っている情報を能力で探ろうとする葛と棗。雪菜と葵はヴァイオリンを教わるという口実で彼に近付くがやはり情報は簡単に掴めない。そして演奏会当日、ヴァイオリンの音色は葵や雪菜たちそれぞれの過去を浮かびあがらせるように響き始める。

ビッグフォーと呼ばれた上海の四つの大きなデパート。その一つ、永安デパートの食堂に雪菜と棗がいた。数時間前、雪菜の許に大陸に姿を消した兄、勲からの手紙が届き、指定された再会の刻限をそこで待っていたのである。同じ頃、葵と葛もビッグフォーへ向かっていた。四つのデパートのどこかに爆弾を仕掛けたという犯行声明が届いたというのである。直後、予告通り、そのデパートの一つで大きな爆発が起こる。

ライバル店が精巧な食品サンプルを店頭に展示して大繁盛。対抗心を燃やす風蘭に、メニューに載せる食品写真の撮影を頼まれる葵と葛。強引な風蘭の押しにやむなく引き受ける二人。だが、葛と葵の息が合わずに撮影はなかなか上手く進まない。そんな時、他の顧客の依頼で撮影した写真のフィルムが無くなったことに気づき愕然とする葵。手分けしてその写真の行方を捜す葵と葛だが、二人の息はここでも合わず･･･。

葵が撮影した集合写真に写っていた男の姿。それは葛の旧友、西尾だった。何故か西尾に固執し、その行方を追っていた葛は自分も尾けられていることに気づく。追っていた女、愛玲もまた西尾の姿を追い求めているらしい。そんな彼女に巻き込まれる形で、国民党の諜報機関に捕らえられてしまう葛 。国民党が追っている相手もやはり西尾だった･･･。一体、西尾とは何者なのか？　灼けるような夏の日差しの下、葛はその影を追い続ける。

上海在住の日本人哲学者、三木の邸に書生として潜り込んでいた葵。そこに右翼の大物と目される老人が訪れる。二人はアジア各国の独立運動家を上海に極秘裏に集めようとしていた。なおも詳しい情報を探ろうと潜入を続けていた葵は、突然、その姿を消してしまう。何か事件に巻き込まれたのか？　あるいはどこかへ拉致されたのか？　葵の行方を捜すべく上海の街を探し回る葛、雪菜たち。そんな彼らの前に勲の部下、久世が再び現れる。

中国東北部、満州に移住してきた日本人たちの取材で、南満州鉄道に乗り込んでいた二人の若い新聞記者はそこで一人の将校と出会う。 彼の名は石原完爾といった･･･。１９３１年９月、満州で歴史の歯車が動きだそうとしていた。 日本が戦乱の泥沼に足を踏み入れるきっかけの一つとなった満州事変である。 そこに至る過程で何が起きていたのか？満州に集った日本人たちの視点を通し、事変勃発に至る道のりを描く。

満州事変の勃発からわずか半年。日本は中国東北部に満州国の建国を宣言する。しかし、世界のほとんどの国が満州国を独立国家とは認めようとせず、国際連盟はその実情を調べる為、リットン伯爵を長とする多国籍の調査団を満州国に送り込む。だが、その一行が忽然と姿を消すという事件が起こる。手口の大胆さから、それが高千穂勲の仕業によるものではないかと推測した桜井の命を受け、葵と葛は北へと向かう。

満州国の国都、新京で葛は預言者と呼ばれる女性の警護にあたっていた。古来から日本の歴史を裏で操っていたと言われるその存在に満州国執政溥儀が興味を抱き、面会を希望した為である。葛はそこで奉天に向かっていた筈の葵の姿を目撃し、驚く。葵は預言者を追っているのか･･･？　一方、雪菜と棗は奉天のヤマトホテルで高千穂勲の計画と関係があると思われる物理学者、市ノ瀬を探ろうと張りこんでいた。だが、そこに現れたのは･･･。

預言者との面会が叶わなかったことで溥儀の不興を買った満州国政府は、その機嫌を取るように、皇帝即位の式典を予定より早めて執り行うことを決める。葵たちはその頃、ドイツから大連を通って兵器が国民党に運ばれているという情報の裏を取る為、大連港にいた。だが、そこに現れた高千穂勲によって葛が拉致される。連れていかれた先で、葛は勲の野望の一端を聞かされる。そして、そこで葛が見たものは･･･。

高千穂勲と葛の行方を追う葵たちは、大連で身柄を確保したイギリス人スパイから得た情報と、棗の調査によって、勲たちが計画の準備作業を行っている場所を突き止める。だが、葵たちの行動は何者かによって洩れ、彼らがその場所へ着いた時には、勲たちは計画の中核となる兵器を運びだそうとしている所だった。彼らの逃走を阻止する為、必死で追った葵たちは勲と預言者が行動を共にしていることを知り、驚く。

皇帝即位の式典を数日後に控え、溥儀は奉天にある祖先の陵墓を訪れていた。高千穂勲たちが行方を絶ってから、数ヶ月。溥儀の赴く先に勲が現れるのではないかと僅かな可能性に賭け、葵たちもその地にいたが収穫は無い。だが、そこで商売をしていた風蘭と暫くぶりに再会。ひととき嵐の前の静けさのように穏やかな時間を過ごす葵たち。そして遂に式典当日の夜。大勢の群衆が集まる中、突然、会場が闇に包まれる･･･。

高千穂勲の野望を食い止めるべく国務院へ向かう葵たち。行く手を遮るいくつかの障害を乗り越え、地下へ入り込んだ葵たちは勲のもとへ辿り着く。そこで明らかになる勲の目的と真意。預言者、桜井、市ノ瀬･･･それぞれが思惑を秘め、破滅へ向かう歯車は勲もあずかり知らぬ所で廻り出す。最悪の未来を回避する為、葵と葛は新京の飛行場へ向かう。災厄をもたらす兵器を乗せた飛行機は今まさに彼らの前で飛び立とうとしていた･･･。