東京新宿、ルイという一人の契約者が殺害された。捜査線上に浮かぶもう一人の契約者、コードネームBK-201。彼の名は、ヘイ。感情を失くしたかのように冷徹に任務をこなすエージェントだ。殺害されたルイ、そしてヘイの追っていたものはゲート内に関するある情報だった。警視庁公安部捜査員は、ルイに情報を流したと思われる篠田千晶という女性を追う。ルイの仲間である契約者たち、そして公安に追われた千晶をヘイが救う。

ゲートの機密に携わる研究員だった千晶は、機密情報を盗み行方をくらましていた。彼女の両親は、契約者によって殺害されたという。以降、抹消されるはずの記憶を持ったまま、彼女は契約者の発する力に魅入られていった。ヘイの任務は二つ。千晶の持つ情報を奪うこと。そして、彼女の存在を消すことだった。情報を守るため、追っ手から彼女を匿い逃走するヘイ。だが、千晶は恋人のルイを殺したのがヘイだと知り、彼に銃口を向ける。

都内のある工場に潜伏したヘイ。ターゲットは工場の相談役、田原耕造。ゲート内第一次調査隊の生き残りである彼の研究資料が目的だった。ヘイとは別に田原を狙って契約者が現われる。そうとも知らず、娘の舞に関する事件に頭を悩ませる田原。舞に放火の疑いがかかっているというのだ。普段、会話をしない親子。舞は父親に対して頑なに心を閉ざしている。監視役を装い舞に近づくヘイ。彼女はヘイに、包帯で隠した手首の秘密を見せる。

契約者としての能力を萌芽させた舞。だが、その能力を制御することができない。目の前にあるものが、次々と炎に巻かれていく。田原はゲート内第一次調査の際に、特殊能力を封じることができるある物質を発見。それを持ち帰った。田原から研究資料を奪うため、舞を人質に取る契約者。田原は舞を取り戻し、過去に植え付けてしまった罪の芽を自らの手で摘もうとする。その行動にヘイは……。

史上最低最悪と称される契約者が捕獲された。彼女の名はハヴォック。5年前、南米のヘブンズゲート消失の際に、契約者としての能力をなくしたという。警視庁公安部の霧原未咲は、契約者ノーベンバー11とともに、ハヴォックをゲート内情報研究機関「パンドラ」へと移送する。そこへ、ヘイが出現。移送車両を襲い、ハヴォックを連れ去る。5年ぶりに再会を果たすヘイとハヴォック。二人とも、ヘブンズゲート消失事件に遭遇していたのだ。

ヘブンズゲートが消失した際、ヘイの妹は姿を消した。妹の行方を掴むため、ハヴォックから事件に関しての情報を引き出そうとするヘイ。だが、ハヴォックは当時の記憶を失っていた。ヘルズゲートへ行けば、能力とともに記憶を取り戻せるかもしれないとハヴォックは言う。しかしそれは、安息の日々との決別を意味していた。ヘイはハヴォックを連れ、ヘルズゲートへと向かうが……。そこにハヴォックを追ってノーベンバー11が現われる。

都内、寂れたビルの一室で探偵業を営む久良沢凱。彼の元へ、クチナシの匂いを身に纏った美しい未亡人、弓月亜璃紗が現われる。彼女は亡き夫が大切にしていた黒猫の捜索を依頼しに来たのだった。だが、久良沢はその依頼の背後に別の事件が絡んでいるのではないかと疑う。亜璃紗の亡夫が勤めていた会社では、社員の連続自殺が起きていたのだ。亜璃紗の邸宅に赴いた久良沢は、そこでヘイに出会う。ヘイはある契約者を追っていた。

黒猫を探すため、弓月の前妻が住む屋敷に潜入する久良沢。そこで、前妻の白骨遺体を発見する。久良沢の中で亜璃紗を疑う気持ちは強まり、自らの後を付け狙う契約者の影に気づかない。久良沢の前に姿を現す契約者。人から人へと憑依する能力によって、久良沢は身体を乗っ取られてしまう。猫に身をやつした契約者マオとともに危機に陥るが、そこにヘイが現われる。哀しい契約者の正体、そして亜璃紗の抱える想いとは……。

マフィアの幹部が次々と殺害される事件が発生した。捜査線上にVI-952と呼ばれる契約者の名が浮上する。マフィアの経営するホテルに赴く、警視庁公安部の霧原未咲。彼女はそこで、友人のアリスと再会する。アリスはマフィアのボス、王少棠の娘。この日はホテルでアリスの誕生日会が開かれるという。会に出席した未咲にアリスは囁く。VI-952の正体を教えると。だが、不思議な花の咲き乱れる温室で、アリスは未咲に銃口を向ける……。

ホテルの温室に横たわるアリスの父、王少棠の亡骸。アリスは全てのしがらみを消し去って、自由を手に入れようとしていた。マフィアの構成員であるウェイはアリスと結託し、幹部を殺害していく。血に染まっていくホテル。アリスに命を狙われた未咲は、ボーイに身をやつした黒とともに逃走する。だが、全ての出口は閉ざされ逃げ場はない。未咲は、必死に脱出を試みるが……。

ゲートを囲む壁の周辺にある研究施設。黒はその内部に潜入する。「流星の欠片」と呼ばれるゲート内物質を持ち出すことが目的だった。全ての物理法則に歪みが生じるというゲート内。そこで人は失ったものを取り戻すことができるという。ゲートの影響を強く受ける研究施設にいるからか。黒とともに入所したカリーナという女性は、精神不安定な状態になっていく。そして、遺体で発見されたカリーナ。容疑者として黒が拘束される。

ゲート内、流星の欠片の在り処が判明した。研究員たちが回収に向かうが、原因不明のトラブルに巻き込まれる。唯一生き残って帰ったニックに、研究員のミーナは疑いの目を向ける。ニックが契約者ではないかというのだ。本物の空を取り戻したいと黒に夢を語ったニック。だが、契約者は夢を見ない。ニックが黒に語ったことは全て偽りなのだろうか。ニックを追い、流星の欠片を奪取しようとする黒。その時、流星の欠片が眩い光を放つ。

久良沢探偵事務所に、エーリスというピアニストが現われる。彼は10年前にピアノを教えた盲目の少女の行方を捜していた。 少女の名はキルシー。黒の組織に所属するドール、銀のかつての名だ。その頃、組織も銀の行方を探していた。 イツァークとベルタという契約者が銀の観測霊を捕獲し、彼女を自分たちのもとへ誘き寄せようとしていたのだ。 銀を追う黒には、非常な命令が下っていた。組織の秘密を漏らされる前に、銀を消さなければならないのだ…。

イツァークとベルタ、二人の契約 者に狙われる銀。 ピアニストのエーリスは銀とともに、山中にある廃校に身を隠す。 その廃校、銀はピアノを奏でながら10年前のことを想う。満月の放つ銀色の光。 その光を浴びた両親の思い出。そして、自分の犯した罪の記憶も……。 そこへ、現われたイツァークたち契約者。銀が彼らの手に渡る前に、 黒は銀の口を封じなければならなかった。銀を捉える銃口。 だが、その時、銀の身に異変が起きる。

太陽に大黒斑と呼ばれる黒点が出現した。それは5年前、南米のゲート消失時と同じ現象だった。時を同じくして、連続爆破事件が発生。イギリス秘密情報部、MI6の元諜報員でフェブラリーと呼ばれる契約者が首謀者だという。彼女の別名はアンバー。黒の南米時代の仲間だった。MI6諜報員のノーベンバーは「流星の欠片」を奪い去ったアンバーを追って、共犯のマキという幼い契約者を捕らえようとする。黒もまた彼女の行方を捜すが……。

オッドアイの少年マキ。契約者である彼は、周囲の物を爆破炎上させる能力を持っている。ノーベンバーはマキに捕らえられ、仲間になるよう求められる。アンバーを中心とする彼らは、東京で南米と同じ惨事を起こそうとしているのだった。その頃、黒と再会するためにアンバーは銀を人質に取っていた。現われた黒にマキは嫉妬をたぎらせ襲い掛かる。そこへ窮地を脱したノーベンバーも現われ、炎と氷がぶつかり合う――！

連続爆破事件を起こしたイブニング・プリム・ローズという組織の存在が明らかになる。組織の中心人物は契約者アンバー。警視庁公安部の霧原未咲は、組織と契約者BK201の関連を追う。その頃、黒はキャバクラのバイトに身をやつしていた。ヤクザの組員で一橋という男が、ドールを手に入れ売り飛ばそうとしていたのだ。だが、ドールの世話を命じられた舎弟の健児が彼女に恋をしてしまう。ドールを逃がすため、健児は黒に助けを求める。

感情を表に出さず言葉を発することもないドール。健児は素性も分からないドールのために、組を裏切り逃亡した。ドールが重要な資金源だった一橋は、健児を見つけ出し殺すよう組員に命じる。その頃、未咲は新宿でBK201に酷似した男を目撃する。それは、ドールのために買い物をしていた黒だった。その背中に初めて未咲は疑いの目を向ける。黒の協力を受け、ついに決死の逃避行に出る健児とドール。だが、そこに一橋の仲間が現われる。

ある新興宗教の教祖を抹殺するよう黒に指令が下る。黒を手引きするのは契約者の志保子。黄はその任務に平静を失う。志保子は彼がかつて愛した女性、そして憎むべき存在だった。公安警部だった頃、志保子の手で同僚の磯崎という男の命が奪われたのだ。磯崎の妻、静香は記憶を消されたが、黄は記憶を保ったままだった。教団本部に潜入する黒。だが、志保子がイブニングプリムローズの雨霧という契約者によって捕らえられてしまう。

教団本部へ再び潜入する黒と黄。監禁された志保子から教祖アルマの居場所を聞き出す黒。かつての恋人と7年ぶりの再会を果たした黄は、同僚を殺害するに至った経緯を聞きだそうとする。イブニングプリムローズの雨霧はアンバーの命を受け、現われた黒と対峙する。そして、教祖アルマは黒に語る。契約者と人間の違いとは何かと。その問いかけに黒は……。その頃、黄は組織の命に従って、志保子に銃を突きつける。

「パンドラ」が匿っていたヘルズゲートの研究者、シュレーダー博士が誘拐された。アメリカ大使館が絡んでいると、MI6のノーベンバーから情報を得た未咲。警戒を強めるが、大使館内で爆発事件が発生。その混乱に乗じて、内部に潜入するノーベンバー。未咲が追う。大使館内、先に忍び込んだ黒の行く手をイブニングプリムローズの契約者が阻む。それは黒のよく知る者だった。黒は戦いを挑むが……。

ノーベンバーの行方を捜査するMI6によって取調べを受ける未咲。その頃、アンバーに捕らえられたマオ、そしてノーベンバーは衝撃的な事実を知らされる。南米が消失した理由、博士の研究内容。そして、マオや黒の所属する「組織」の謎。イブニングプリムローズはある目的のため、東京を消失させようとしているのだった。マオを追いアンバーと再会を果たす黒。その時、周囲が眩い光に包まれて……。

ゲート出現とともに出現した偽りの星。人々の間で、一夜だけ本当の星空が戻るという噂が流れる。その頃、先の大使館爆破事件を気にかけていた未咲は黒と遭遇。昔の星空が戻るという夜更けまで時間を共にすることに。だが、危機は目前に迫っていた。既にこの時、イブニングプリムローズのアンバーによって、東京消失計画が実行に移されようとしていたのだ。そうとも知らず、人々は昔の星を待ち望み夜空を見上げる。そして、未咲と別れた黒のもとには黄が駆けつける。「組織」が彼らを切り捨てたというのだ。

「組織」の追っ手から黒を逃す黄。黒は契約者ウェイとともに、アンバーの待つゲートに繋がる、地下鉄内へと侵入する。その頃、未咲はシュレーダー博士のもとで真相を知る。イブニングプリムローズが東京消失を目論む理由。そして黒の属する「組織」の正体……。ゲート内には多数の契約者が集い、自らの生存をかけた戦いを繰り広げる。空に無数の星が流れる中、ついに黒がゲート内へと足を踏み入れる。

契約者同士の戦いが繰り広げられる中、ゲートの中心へと急ぐ黒たちを出迎えるアンバー。ついに南米での真実を明かすという。その頃、EPRや“組織”の正体を知った未咲は、単独行動を取り始める。