横浜。ヴァンパイア・ハンター、ブレイドは、港の倉庫街の一角でディスコにカモフラージュされたヴァンパイア達の〈餌場〉を襲撃する。 だがそこはアジアを拠点とする謎のヴァンパイア組織『エグジステンス』の拠点だった。 鉢合わせした日本人の父娘ハンター、ハヤテとマコトと共に、襲い来るヴァンパイア達を斬り倒すブレイド。 その前に突如、組織の首魁であり母の仇である〈四本牙〉を持つヴァンパイア、『エグジステンス』の首魁ディーコン・フロストが立ち塞がる。 その時ブレイドはマコトの一生を変えてしまう決断を強いられる……。

大阪。府警の冴えない中年刑事、サコミズは、連続する東南アジア人女性失踪事件に頭を抱えていた。 そんな時、捜査中のサコミズはブレイドと遭遇、失踪事件の全貌を知らされる。それは府警幹部が協力して行っていた地元ヴァンパイアへの〈血液供給計画〉だった。 やがて二人は地下鉄廃線に作られた『エグジステンス』の〈餌場〉を突き止める。 ブレイドに襲いかかる日本のヴァンパイア『水虎』。激闘を繰り広げる二人の前に、ブレイドを父親の仇と付け狙う女ハンター、マコトが現われた……。

フロストの後を追って、神戸港から貨物船でフィリピンへと向かうブレイド。 密航を手引きしたのはブレイドのヴァンパイア・ハンターとしての師匠、ノア・ヴァン・ヘルシング。 彼は吸血衝動を抑える為にブレイドにレトロウイルスを注射し、ブレイドは戦闘不能に陥る。 マコトはヘルシングからブレイド出生の秘密を聞かされ、困惑する。 そこへ『エグジステンス』の刺客『マンドゥルゴ』の群れが飛来した……！

フィリピン。『マンドゥルゴ』にさらわれたヘルシングを救出すべく、スラム街で情報収集するブレイド。その街並みが、かつて彼がエリックと呼ばれていた頃の、少年時代の記憶を甦らせる。 母親代わりの娼婦達の笑顔が、ヴァンパイア化した実母・タラに奪われたあの夜の出来事。 その不幸な顛末をマコトに静かに語るブレイド。同じ哀しみを背負ったブレイドに協力を申し出るマコト。 こうして二人のヴァンパイア・ハンターによるヘルシング救出作戦が開始された……。

フロスト率いる『エグジステンス』の研究施設があるシキホール島。この島には白魔術を使い、ヴァンパイアを太古の昔から封印し続ける〈ベルドゥーゴ〉と呼ばれる一族が存在した。 島へ上陸したブレイドとマコトが一族と反目しながら研究施設を目指す頃、フロストが目覚めさせた島の巨大ヴァンパイア『マナナンガル』がブレイド達に襲いかかる……！ こうして二人のヴァンパイア・ハンターによるヘルシング救出作戦が開始された……。

インドネシア、スマトラ島。フロストを追うブレイドは、島にある『エグジステンス』の銀鉱山を突き止める。 ヴァンパイアの弱点である銀の採掘を指示するフロストの意図を探りながら、鉱山の破壊を画策するブレイドとマコト。その前に、〈魔法医〉を名乗る男アグスが現われる。 アグスは、ヴァンパイア化した人間達を〈聖水〉の力で元に戻せると主張するが……。

犯罪都市国家マドリプール。銀の輸送ルートを辿って上陸した港で、ギャング団の襲撃を受けたブレイドの前に、旧知のミュータント・ローガン（ウルヴァリン）が現われる。 別の事件を追っていたローガンだが、図らずもブレイドに巻き込まれる形でヴァンパイアとの戦いに身を投じてゆく。 『エグジステンス』壊滅を目論む〈純血種〉の使者アイザックも姿を現し、ヴァンパイア『ポロン』を駆使するギャング団と、タッグを組んだブレイドとローガン、三つ巴の死闘が開始される……。

ベトナムのジャングル。忍者ヴァンパイア部隊の襲撃に遭うブレイド。苛烈な攻撃をかわすため、ブレイドはマコトとの別行動を決意する。失意のマコトに母の形見のナイフを託し、再会を約束するブレイド。 激闘の中で負傷したブレイドは、ジャングルに住む元アメリカ兵スタンに助けられ、彼の辿った数奇な運命を知る。 かつてベトナム戦争で米軍が実行した恐るべき『Ｖ計画』とは……？そこへ謎の襲撃者が現れる……。

『エグジステンス』に雇われたミュータント、美影桔梗との戦いを余儀なくされるブレイド。ただひたすらに己の強さを求める美影桔梗。 剣を交えながら、二人はかつて共に日本の柳生道場で剣を学んだ日々を回想する。その最中、ジャングルの闇の中から突然、二人の師匠が登場する……。

カンボジア。ディーコン・フロストに捕らえられたブレイドは、遺跡の中にある『エグジステンス』の研究施設〈ファクトリー〉へと連行される。 拘束されたブレイドにフロストは自らの哀しくも狂気に満ちた過去を語り始める。その哀しき過去から明らかにされるフロストの恐るべき野望。 そこへブレイド救出の為に、マコトが懸命に駆けつけるが……。

ブレイドを救出しようとしたマコトはフロストの返り討ちにあう。フロストの高笑いが響き渡った時、突如、爆発と共にヘルシングが駆けつける。ブレイドの血液を手に姿を消すフロスト。正気を取り戻したブレイドはヘルシング等と共に〈ファクトリー〉を脱出する。フロストとその配下のヴァンパイアに最後の戦いを挑もうとするが、その代償は決して小さくなかった……。

『エグジステンス』の本拠地であるヴァンパイア都市〈アーモロート〉。乗り込んだブレイドは、立ち塞がるヴァンパイア達を斬り倒しながら、フロストの居る〈王宮〉へと突入する。ヘルシング、美影桔梗もそれぞれの思いを胸に死闘を繰り広げる。昇り始めた太陽を背に、いまブレイドとフロストの最終決戦が始まる……！