1000年に一度、全世界の神々によって開催される人類存亡会議にて、全会一致で人類滅亡が採択された。 しかし、その決定に対し、半神半人の戦乙女〈ワルキューレ〉長姉・ブリュンヒルデが異議を唱えた。 ここに、神と人類の代表が一対一で闘う神VS人類最終闘争〈ラグナロク〉、十三勝負が勃発するのだった。

神VS人類最終闘争〈ラグナロク〉第１回戦は、中華最強の武人・呂布奉先VS北欧神話最強・トールのノーガードの攻防で幕を開ける。 そんな中、トールはかつて巨人の群れをも一撃で壊滅させた必殺技「トールハンマー」を撃ち放つ。 誰もがトールの勝利を確信する中、呂布が、反撃の一手をしかける。 そこには、ブリュンヒルデのある“秘策”があった。

神の力に対抗する人類側のチート「神器錬成（ヴェルンド）」により、トールへの反撃を開始する呂布。 だがそれは、雷神・トールの“本気”を引き出すことになってしまう。 闘いの中で、互いを好敵手と認め合い、今まで出会うことのなかった最強の相手に心を震わせる。 そして、トールの必殺の一撃が呂布に放たれた――。

トールの真の必殺技「覚醒雷槌（ゲイルロズトールハンマー）」を受け止めるも、両脚を破壊され絶体絶命の呂布。 人類の声援を受け再び立ち上がった呂布の元へ、愛馬である赤兎馬が乱入する。 赤兎馬の背に乗り人馬一体となった呂布は、生涯一度も繰り出すことがなかった一撃「天喰（そらぐい）」を放つ――。

激闘の末、第１回戦はトールの勝利で決着した。 敗者は、転生も救済もなく消滅させられることを知った戦乙女〈ワルキューレ〉末妹・ゲルは、その事実に涙を流す。 人類存亡の希望をつなぐため、第２回戦には、神に最も憎悪を抱く、全人類の父・アダムが選ばれた。 対する神代表には、神々の父と呼ばれるゼウスが登場、予想外の展開に場は騒然となる――。

意気揚々と第2回戦に登場したゼウスに対し、アダムは、戦乙女〈ワルキューレ〉七女・レギンレイヴと神器錬成し、メリケンサックを手にする。 そして、拳vs拳の対決が幕を開けた。 凄まじいゼウスのパンチを軽々とかわし、その全ての技を神虚視（かみうつし）して模倣するアダム。 その驚異的な能力の秘密は、アダムの出生にあった――。

ゼウスの超必殺技「時を超える拳」をも神虚視（かみうつし）し、ついにゼウスをダウンさせたアダム。 楽園追放の憎しみを晴らし、人類が初勝利するように見えた――。 だが、ゼウスは再び立ち上がり、アダムに闘う理由をたずねる。 その答えを聞いたゼウスは、ついに “最終形態”へと姿を変える――。

アダムの強さを認めたゼウスは、最強形態「阿陀磨須（アダマス）」で対抗する。 アダムは人類の父として子供たちを守るため、ゼウスの猛攻に立ち向かう。 互いに自らの身体に大きな負担をかける壮絶な殴り合いは、相手の限界を待つ我慢比べとなった。 信念とプライドのみが支えるノーガードの激闘の末、ついにその時が訪れた――。

アダムの敗北により、人類はついに２連敗を期す。 第３回戦の神代表は、神々すら恐れる海神・ポセイドン。 後がない人類側代表は、死してもなお鍛錬を積み続けた史上最強の敗者（ルーザー）・佐々木小次郎に望みを託す。 そして闘いの火蓋が切られたが、互いに１歩も動かない膠着状態となる。静寂がどこまでも続くかと思われたその時――。

小次郎は、相手のあらゆる動きと技を先読みする「千手無双」で、セイドンの猛攻を紙一重でかわし続けた。 そして、敗北を重ね続けた末に辿り着いた究極の絶技「燕返し」を放ち、ポセイドンに真っ向から立ち向かう。 その神速の一撃は、ポセイドンの動きすら凌駕したかのようにみえたが、ポセイドンは嘲笑を浮かべるのであった。

諦めず反撃を繰り出す小次郎だったが、ポセイドンの一撃により小次郎の刀“備前長光三尺余寸”は叩き折られてしまう。 だが、戦乙女〈ワルキューレ〉フリストの能力により、折れた刀は二刀へと生まれ変わる。 人類最強の敗者(ルーザー)であり続けた小次郎は、新たなる武器を手に、更なる奥義へと覚醒する。

ついに覚醒した小次郎が生み出した「二天岩流」。 だが、ポセイドンも全力の攻撃によって、さらに小次郎を追い込んでいく。 ポセイドンの底知れぬ強さに絶望しかける小次郎だったが、生前に激闘を繰り広げてきた剣士達の声に支えられ、再び立ち上がる。猛攻の末に、小次郎がたどり着いた一手とは――。