地球圏連邦・独立治安維持部隊アロウズは、非人道的な手段で、反政府勢力カタロンの鎮圧、殲滅任務を行っていた。長らく1人でアロウズの動向を探っていた刹那は、建設途中のコロニー・プラウド内への進入に成功する。そして、そこで偶然にも刹那は、冤罪で捕らえられ強制労働させられていた沙慈との再会を果たし…。

ガンダムの再登場によりにわかに慌しくなっていたアロウズの軍本部。そして、カティなどが続々とホーマー・カタギリ司令によって召集されていた。そこには謎の仮面の男の姿もあった。一方、プトレマイオス2の艦内に軟禁されている沙慈は、ルイスを襲ったのは刹那たちとは別部隊であった「スローネ」であることを知り…。

アレルヤは反政府勢力収監施設に拘束されていた。尋問に立ち会うピーリスに、アレルヤは「マリー」へと呼びかけるがその声は届かない。アレルヤが収監施設に捕らえられていることを知ったプトレマイオスクルー。ソレスタルビーイングへの参加に煮え切らない態度を取るスメラギに刹那は、救出プランはスメラギが立案するよう、言葉を投げかける。

アロウズは次なる作戦を展開するため、リント少佐を招聘する。カティは、前回のプトレマイオスの作戦を分析し、何かを感じ取っていた。カタロン幹部のクラウスたちはソレスタルビーイングとの接触を図ろうとするが、マリナの行方を心配したシーリンも、それへの同行を申し出る。アラビア海へと進路を向けたプトレマイオスに、水中用MAの利用を作戦に組み入れた、リントの追撃の手が迫る。

ソレスタルビーイングの出現を逆手にとり、アロウズの重要性を説く連邦政府。それはリボンズによる情報操作の指示でもあった。また、リボンズはイノベイターだけでなく、ある人物を使い、さらに世界に波紋を投げかけ、統合計画を推進しようと試みる。カタロンとの合流を果たしたソレスタルビーイングは、クラウスから協力を惜しまないという言葉を受ける。一方、望まぬままに戦いに巻き込まれつつある沙慈は、ある行動に出るのだった。

アロウズの攻撃により倒れるカタロンの兵士。今際の際につぶやかれた言葉に、スメラギは忌むべき過去を思い返し、気を失ってしまう。時を同じくして、リントから戦果報告を受けていたカティもまた、過剰ともいえた作戦に表情を曇らせていた。攻撃の惨事を目の当たりにし、消沈するピーリスの元にセルゲイからのメッセージが届く。ピーリスの心情を思いやるその言葉に、セルゲイの気持ちを受け取るが、超兵である自らの立場を再認識し、改めて戦場に身を置く決意をするのだった。

意識を取り戻したスメラギの作戦により、戦線から離脱したプトレマイオスだったが、ピーリスのアヘッドと共に墜落したアリオスを補足できずにいた。一方、海岸線へと不時着したアレルヤとピーリスはMSを降り、直接対峙するが…。

自分と同じ容姿をしたリジェネの出現にティエリアは驚愕した。しかし、リジェネの口よりもたらされたイノベイターの情報は、さらにティエリアの心を揺り動かした。その後、アロウズの高官たちが集まるパーティの情報を得たソレスタルビーイングのメンバーは、偵察任務として刹那と、ティエリアを潜入させる…。

サーシェスの駆るアルケーガンダムと対峙した刹那とティエリア。ロックオンの仇と怒りを向けるティエリアだが、その攻撃力に圧倒されてしまう。ライルはティエリアの言動から、サーシェスが兄・ニールの仇であることを知るのだった…。

連邦の強引な再生計画に反対する中東諸国の中でも最大の国力を持つスイール王国。スイールの蜂起とそれによる中東諸国の追随を懸念する連邦は、スイールへのアロウズ派遣を決定、正規軍のセルゲイに、スイール国境付近で状況監視の命を下す。一方、スイールの蜂起を期待するカタロンは、スイール国王と共闘のための会談を取り付けることに成功した。

イアンたちの手により、ダブルオーの支援機オーライザーの調整が進む中、更なるアロウズの新兵器が稼動した。そのすさまじい威力にアロウズ、そしてリボンズは笑みを浮かべる。彼らのやり方に激しい憤りを覚えたティエリアは、ついにイノベイターの存在をソレスタルビーイングのクルーに明かすのだった…。

アロウズの強襲にあい、急ぎ脱出を図るプトレマイオス。だがカティの戦略と新型のMSに苦戦を強いられるマイスターたち。そんな中、ダブルオーのツインドライヴが真の能力を発揮する…。

衛星兵器「メメントモリ」へ攻撃を仕掛けるカタロンの宇宙艦隊に、なおもアロウズＭＳ部隊が迫る。そして刹那に接近していくヒリングのMS。しかしそれは、囮役である刹那の誘導だった…。

イノベイターからの猛攻を受け、破損しながらも、地球へと降下するプトレマイオス。地球へと向かいプトレマイオスを探す刹那だったが、そこにサーシェスの乗るアルケーガンダムが現れる…。

カタロンの補給を受け、修理をしながら巡航するプトレマイオス。連邦の包囲網を抜けるために、ダブルオーの戦力は必須だったが、刹那はいまだ帰艦せずにいた。防戦一方のプトレマイオスだったが、そこに連邦内部でのクーデター勃発の情報が入ってくる…。

アロウズの突然の撤退、それは連邦内部でのクーデター勃発を告げる情報によるものだった。カタロンからクーデターの情報をキャッチした刹那は、ダブルオーの進路をアフリカへと向ける。だがそこで刹那を待ち構えていたのは、新たな機体を携え再び姿を現したミスター・ブシドーだった…。

状況が逼迫する中、修理が不完全なまま現状を打開できずにいたプトレマイオス。そんな中、負傷した刹那は、今なすべきことをなすために、傷を負った体で立ち上がる。そして刹那は沙慈にある言葉をかけて…。

連邦がアロウズの傘下に下ったことを懸念するプトレマイオスクルーに、今こそヴェーダを取り戻す作戦を決行すべきと進言するティエリア。そのためにイノベイター捕獲を主眼とした作戦をスメラギは立案する。

混乱する戦況の中、ルイスの機体を探し求める沙慈。ピーリスもまた、セルゲイの仇を討とうとアンドレイの乗るMSを探す。ヒリングとの交戦時に、刹那がツインドライヴの力を解放させると、ダブルオーライザーから放たれた粒子が戦闘宙域一帯に広がった…。

プトレマイオスに軟禁されるも、余裕の笑みを浮かべ、スメラギらの問いかけにも見下すようにはぐらかす返答を重ねるリヴァイヴ。その時、フェルトから、ミレイナが連れ去られたという通信が入る…。

時間差があって届いた留美からの連絡は、ラグランジュ5のある宙域のポイントだけのものだった。不審に思うプトレマイオスクルー一同だが、刹那は進路を向けるよう提案する。イアンもまた、その付近にあるソレスタルビーイングの秘密工場では、リンダたちが新装備を開発しているからと賛同し、一同は留美からの連絡で指定されたポイントへと向かった。ヒリングたちは、先の戦闘でのダブルオーライザーの力に歯噛みし、モビルスーツの性能以上に、何かがあるのではと思い始める。

アロウズの大艦隊が、ソレスタルビーイング殲滅のため集結しつつあった。一方、プトレマイオスでは戦いの決着をつけるべく刹那たちが互いの決意を口にする。最後の決戦まで間もない中、刹那にラボで生成された一輪の花を渡すフェルト。それは彼がゲリラ兵だった少年時代にも見たことのある中東地方に咲く花だった…。

リボンズにとうとう造反の意思を示したリジェネ。一方、カタロン、連邦軍をも巻き込んだ、アロウズとソレスタルビーイングの戦いは熾烈を極めていた。そこに突如、巨大な光の帯が戦場を包み込む…。

敵母艦内に侵入したティエリアはそこで驚愕の事実を知る。そして…。防戦に撤するプトレマイオスだったが、敵の休むことのない猛攻に劣勢を強いられ続けていた。1人、また1人と倒れていく仲間たち。その命の灯火に応えるよう、刹那が吼える…。

最後の決戦に身を投じる刹那。ライルの意思が、アレルヤの想いが、ティエリアの思念が漆黒の宇宙を翔ける時、ダブルオーライザーから発せられた粒子が周囲一帯を包み込む…。