想像力豊かな少女エミリーは、カナダのプリンス・エドワード島に父とふたりで暮らしていた。ところが、愛する父は「世の中は愛がいっぱいだ。春はどこにもやってくる」という最期の言葉を残して亡くなってしまう。葬儀にやってきたのは、母方の親戚マレー家の人々。誇り高く権威的な彼らは、自由な考えで自分を主張するエミリーを生意気で憎らしい子どもと感じ、誰ひとり引きとろうとしなかった。

エミリーはエリザベス伯母さんに数々のニュームーンの決まりを教わったあと、お下げ髪を切るように言われる。しかし、エミリーはそれを拒否する。お下げ髪は父ダグラスのお気に入りの髪型だったのだ。譲らないエリザベスと激しい口論になり、エミリーはおしおきのため、二階の客間に閉じこめられてしまう。

初めて学校に行ったエミリーを、同級生の少女たちは、マレー家から来たという理由だけでいじめる。担任のブラウネル先生も、自己主張のはっきりしているエミリー快く思わない。少女たちの中で特にエミリーに対して攻撃的だったのはイルゼという少女。憤慨したエミリーはイルゼとの対決を決意する…。

エミリーとイルゼは、病気で学校を休んでいるテディの家に毎日遊びに行くようになる。テディはとても優しく純粋な性格で、絵を描く才能に溢れていた。テディは隠してあるスケッチブックをエミリーたちに見せてくれる。テディが描いた絵を見て、息をのむエミリー。しかし、「どうして隠してあるの？」と聞くエミリーに、テディは「絵を描くと母さんが悲しむから」という。

学校で演劇会が開かれることになった。ローダから挑発され、「ちゃんとした劇を作って、演じてみせるわっ」と宣言してしまうエミリー。しかし、家に帰り、どんな話にしようかアレコレ考えるが、ちっともイメーがわかない。おまけに、エミリーが小説や詩に関わる事を快く思わないエリザベス伯母さんから、台本を書くことを禁じられてしまう……。

ニュームーン農場の隣にはジョンという農夫が住んでいた。昔から、マレー家とは犬猿の仲である。しかし、エミリーたちはジョンの林が大好きで、彼の納屋を遊び場にしていた。ある日、エミリーはジョンの納屋でりんごを食べるが、そのりんごにはネズミを殺す毒が入っていたという。エミリーは、自分の命はもうわずかだと、涙にくれて遺書を書く。

ニュームーンの一大ピンチ。のっぽのジョンが大切な林を伐採するというのだ。自分でなんとかしたいとやきもきするエミリー。そんなとき、ジョンのもとへ密偵に行ったペリーが有力情報を得て帰ってくる。ジョンは、隣村に住むキャシディ神父だけは信頼しているというのだ。キャシディ神父の忠告があれば、ジョンも林の伐採を断念するかもしれない。エミリーは、ニュームーンを救うために、隣村に行くことにした。

ニュームーンに来て以来、エミリーにはずっと気になっていることがあった。それは、エミリーの母ジュリエットが使っていた部屋がこの屋敷にあるということだ。エミリーはその部屋に入ってみたくてしかたない。だが、部屋には鍵がかけられており、その鍵はエリザベス叔母さんがどこかにしまっているという……。

イルゼがニュームーンに泊まりにくることになった。みんなが寝静まったあと、イルゼにサマーハウスの中で消えたダイヤモンドの話をする。そのダイヤモンドは、５０年前にミリアム・マレーがなくしたもので、時々、月明かりに輝くという。次の日、テディとペリーにダイヤモンドの話をするエミリー。結局その夜、ダイヤモンドを探すことになるエミリーたちだが……。

学校にカーペンターという新しい先生がやってきた。彼は突然エミリーたちを教室の外へ出した。学校の前の広場で、それぞれが自分の学びたいことを学ぶ教科書を使わない授業である。先生はとうとうエミリーのところへやってきて、どんな詩を書いているのかとたずねる。ノートを渡したエミリーは期待と緊張に胸を膨らませるが……。

ペリーは病気がちの叔母さんと二人暮らしで、生計を支えていた。そのため、叔母さんはペリーが学校へ行くことに反対だった。あるとき、学校でスピーチコンテストが開かれることになる。生徒たちがおもいおもいの主張をスピーチするコンテストだ。ペリーは大胆にも出てみたいと思った。彼はエミリーたちに内緒で、スピーチの猛練習をする。

あるとき、エミリーは、ジミーさんの言葉からインスピレーションを得て、美しい詩をつくった。ニュームーンの自然を賛美した詩だ。われながら、すばらしいと思ったエミリーは、その詩を新聞社に投稿することを思いついた。エミリーの初めての投稿だ。ところが二週間後、エミリーの詩が載っているはずの新聞が、すべて売り切れてしまっていた。

クリスマスの当日。イルゼがエミリーをスケートの誘いにやってきた。しかし、エリザベスはニュームーンの女性はスケートなどしないものだと許してくれない。しかたがなく、スケートをするテディとイルゼをながめていたエミリーだが、我慢ができず、とうとうスケートをしてしまう。その上、手伝いの時間に戻ることも忘れていたエミリーは……。

日曜学校のピクニック。初めて参加するエミリーは、わくわくと落ち着かない。遅刻してやって来たイルゼは、寝坊したらしく、お弁当も作り損ねたと云う。いらだつエミリー。美しい岬の近くの海辺に到着する一行。早速ゲームをやったり、ロープで作ったブランコに乗ったり、貝拾いをしたりして遊ぶ。そして、食後は、いよいよ楽しみにしていたアイスクリーム作り。順番が来て、アイスを作り始めたエミリーたちだが……。

エミリーはナンシー大伯母さんの家に滞在することになった。そこはお化け屋敷といわれる古い屋敷。ナンシーとかキャロライン、ふたりの伯母さんはまるで魔女のような老婆で、エミリーを驚かせた。夜になると、幽霊のうめき声のような音が聞こえ、エミリーは一晩中寝ることができない……。

ナンシー大叔母さんの屋敷裏の浜辺へ散歩に出たエミリー。ところがうっかり足を滑らせて崖下に転落してしまう。助かる見込みがなく、絶望の詩をよんでいたとき、助けてくれる人物が現れた。その人は、詩歌や歴史、ロマンチックな物語に精通し、エミリーにさまざまな興味深い話を聞かせてくれた。エミリーは、異国のかおりがするたくさんの珍しい話を聞いて、ひらめきをふくらませていく。

イルゼと父・アランの仲は、いつもぎくしゃくしていた。それは、アランがイルゼの母のことを彼女に全く話してくれないことが原因だった。母は死んだということになっていたが、イルゼは疑っていた。そんなある日、父・アランと大げんかしたイルゼは、大嵐のなかに飛び出し、行方不明になってしまう……。

ローダのお誕生日パーティに、エミリーとテディが招待される。スチュワート家は、自分の家が町で一番だと誇示するために、バンクーバーから様々な名士を舞踏会に招待し、そのなかに、有名な舞台女優もいた。イルゼとペリーも女優みたさに舞踏会にもぐりこむ。そのパーティの最中、エミリーはローダから即興で詩を読んでほしいとお願いされが、あまりの緊張で言葉が見つからなかった。

エミリーの詩が雑誌に載り、地元で彼女は詩人だという噂が流れる。数日後、亡くなった老人の追悼詩を依頼されるエミリー。有頂天になった彼女は、老人のことを取材し、人となりを聞きかじる。そして、老人が人生の落伍者だったことをたっぷり皮肉った詩を書いた。それを読んだカーペンター先生は……。

エミリーがニュームーンへやってきて３度目の夏。みな、自分の進路を決める時期にっていた。ペリーはシュルーズベリーの学校へ行くための奨学金の試験に合格し、テディもケント夫人の許しが出て、進学することが決まった。もちろんエミリーもシュルーズベリーで勉強を続けたいと願っていた。しかし、エリザベスおばさんは進学を許してくれない……。

シュルーズベリーでの新しい生活が始まった。エミリーは相変わらず、新聞や雑誌に詩を投稿していたが、なかなか採用されない。そんなエミリーを見下し、バカにするのが同級生のイブリンであった。エミリーはイブリンに負けまいと、一生懸命詩を投稿するが……。

将来、何をしたいのか……。それがはっきりと見えてきたエミリー達はシュルーズベリーの学校生活を満喫していた。そんな時、ペリーが学年でトップの成績をおさめた事が発表される。ペリーはエミリーに「君が応援してくれたから頑張れたんだ。僕と結婚して欲しい」と告白をする。

卒業を間近にひかえたエミリー達は、着々と未来への道を歩き始めた。しかしエミリーはただ一人、取り残されたような不安を感じていた。最近ひらめきがやってこなくなり、いくら雑誌に投稿しても掲載されない。そしてエミリーだけが、卒業後、ニュームーンへ戻らなくてはならなくなった……。

ニュームーンで過ごすエミリーは、小説を出版社に投稿するが、落選続きであった。エミリーはすっかり自信をなくし、文章を書く喜びや楽しさを失っていた。そんな時、カーペンター先生が授業中に倒れたという知らせが届く……。

雪が舞うなか、カーペンターの葬儀が行われる。エミリーはカーペンターを亡くしたショックと、テディが婚約したことで絶望の淵に立っていた。落選続きで大好きだった小説も書くことが出来なくなり、食事もろくに取らず、かつての活発だったエミリーはどこにもいない。エリザベスはそんな腑抜けになったエミリーに厳しい言葉を投げつけた……。

エリザベスが足を骨折して動けなくなってしまった。退屈をもてあますエリザベスのために、エミリーは書いた小説を見せた。エミリーの小説は、エリザベスや家族のみんなを感動させ、ついに……。