お久しぶりのひまわりですっ！ 忍者になりたくて転入したくノ一学校、志能備学園。最初はあたふたしちゃうこともあったけど、やっと忍者修行にも慣れてきた。これからもご主人様・ハヤト殿をお守りするため、立派な忍者になるため、日々精進で頑張るぞ～っ！ そんなある日、いきなり事件が発生！ 志能備学園男子校が爆破されたんだって！ でも、近くにいたあざみちゃんが爆発音を聞いてすぐに駆けつけたのに、すでに校内には誰もいなかったなんて……。男子のみんなは危険を察知して事前に逃げていたってこと？ そもそもなんで学校が爆破されることになったんだろう？ やつがしら校長先生は、男子校が廃校になったと言っていた。でも、あざみちゃんの話では、その日の男子校では新入生歓迎会が開かれていたみたい。ということは普通に登校日だったってことだよね。それを突然爆破するなんて。もしかして、校長先生も何かを隠してるの……？ その後、私たちはお好み焼き屋さんで夕飯を食べていたんだけど、食べ終わったら急に眠くなっちゃって……気がついたら、どこかで捕らえられていた！ 私を捕らえたのは奇妙な男の子。体をゴムみたいに伸ばすことができて、人間離れしてるんだ。しかも、私だけじゃなくて、私を探しに来てくれたハヤト殿やしきみさんたちにも攻撃しようとしている！ 忍者全体に対して敵意をもっているようだけど、なぜなんだろう？ それに、男子校爆破と同じ日に現われたということは、何か関係があるのかな。……ううん、その前に、彼の攻撃からハヤト殿やしきみさんたちをお守りしなくては。志能備学園生徒、日向ひまわり！ 誰であろうとも、ご主人様と仲間を傷つける者は許しませんっ！
やつがしら先生の課外授業で、私たちは森の中で草を探すことになったんだ。強烈な臭いで相手をかく乱したりできるような、いざというときに自分の身を守るために使う草。身代わりの術や煙幕なんかもそうだけど、忍者は逃げる手段を整えておくことが大切なんだよね。そして、草といえばしきみさん。誰よりも多くの種類の草を見つけてきそうだな、と思ったんだけど、そんなこともなく、代わりにしきみさんの様子が変な感じだった。 その翌日、びっくりすることが。なんと、ハヤト殿の頭に草が生えてきたの！ ハヤト殿がその草を森で見つけて、持ち帰って食べたかららしいんだけど、人間に寄生する草なんて……!? その草に心当たりがあるっていうしきみさんと一緒に、詳しく調べるためにハヤト殿の部屋に行ったら、そこでナナフシさんと出会ったんだ。ううん、ナナフシさんだけじゃない、草で全身を覆われた不思議な忍者もいた。ナナフシさんの話では、その忍者は男子校爆破事件と関係があるみたい。その忍者が所属する、ある巨大な組織が男子校の生徒を連れ去っていったっていうけど、何のためにそんなことをしたのかは、やっぱりわからないまま。 そんなことを話しているうちに、今度はしきみさんの頭にも草が！ しきみさんもその草を見つけていて、知らず知らずのうちに食べてしまっていたみたい。この毒草、食べた人間に寄生して、細胞も意識も支配してしまうんだって……！ しかも成長スピードがすごく早くて、一度頭に生えはじめたら、その人の命はあと一日！ しかも、しきみさんでもナナフシさんでも、解毒方法がわからないなんて……ハヤト殿としきみさんはどうなっちゃうの……!?
ハヤト殿が、ご自分の食費を浮かせるためにつくった「お好み焼き研究会」。部員は私たちいつものメンバーで、ハヤト殿が顧問ってわけ。私もお好み焼きは好きだから、こういうクラブ活動は大歓迎だな。では早速、マンサクさんの経営するいつものもんじゃ屋さんへ……行ってみたんだけど、お店がペシャンコになってた！ 命からがら逃げ出したマンサクさんによれば、真夜中に空飛ぶ怪物が現われて、お店の大黒柱を折っていったんだって。大黒柱を折るなんて、すごい力を持った怪物だなぁ……一体何者なんだろう？ そんなことがあった翌日、ハヤト殿と同じく一般教養を担当する、新任の先生が志能備学園にやってきた。武蔵坊ミサ先生っていう若い女の人で、すごく色っぽいんだ。ハヤト殿もちょっと気にされているみたいで……複雑な気分。でも、ミサ先生以上に気にされているのがお好み焼きなんだって。ハヤト殿がお住まいの近くにはいつもお好み焼き屋さんがあったみたいで、今回、マンサクさんのお店がつぶされちゃって、とても残念に思われてたみたい。ということで、その夜、寮の食堂を使ってハヤト殿のために私がお好み焼きを作ったの。そしてハヤト殿の部屋へ持っていったら、なぜかそこにはミサ先生の姿が。でも先生は、お好み焼きを見た途端、逃げるようにハヤト殿の部屋から出ていったんだ。ミサ先生はお好み焼きが嫌いってことなのかな？ それにしても、すごい驚きようだったけど……。 さらにその翌日、ミサ先生の特別授業で、美肌効果のある入浴剤を入れてお風呂に入ったの。くノ一として、女を磨いて男の人を惑わせるためなんだって。うーん、こういう授業も新鮮だなぁ、それに何より気持ちいいしね。……と思ったら、急にお湯のかさが増えだした。このまま教室内でお湯が増え続けたら、みんな溺れちゃうよ！ もしかしてミサ先生が私たちを罠にかけたってこと!? そのとき、つきよ姫さんのお味噌汁で、ミサ先生があの怪物だったことが発覚。だからお好み焼きが怖くて、もんじゃ屋さんを壊したんだ！ ……でも、どうしてそんなにお好み焼きを嫌うの!? そんなミサ先生は私たちだけじゃなく、ハヤト殿のお命も狙っているみたい。その理由はわからないけど、とにかく早く教室を脱出して、ハヤト殿をお守りしないと！
いつも思うんだけど、ヒメジさんってやることが過激だよね。缶蹴りで遊んでいるときも、鬼になったヒメジさんは、隠れた私たちを見つけるためにいきなりマシンガンを連射！ 確かにそのほうが見つけやすいかもしれないけど、缶蹴り遊びでマシンガン使用なんて聞いたことないよ～。そんなヒメジさんの突飛な行動には、しきみさんたちも違和感を覚えていたみたい。外国育ちのヒメジさんは、忍者についてちょっと誤解があって、そのために「忍者」としては派手な行動が目立ってしまうんだって。闇に隠れて生きながら、主人をお守りするのが忍者。でもヒメジさんは派手に動き回って、守ることをまったくしない攻撃一辺倒。ヒメジさんも、守ることの大切さをわかってくれればいいんだけどな。 そんなヒメジさんが、突然誰かにさらわれた！ みんなと協力してなんとかヒメジさんは見つけたけど、横になっていて動かない。そこへナナフシさんが姿を見せて、信じられないことを教えてくれた。ヒメジさんの意識下にはミクロ忍者が侵入しているんだって。……「意識下」とか「ミクロ」とか、いきなりＳＦっぽくなってきたけど、本当にミクロ忍者たちが目の前にいてびっくり！ ミクロ忍者たちはヒメジさんを思い通りにコントロールするため、意識に入り込んでいるんだって。そのときヒメジさんを助け出そうとすると、意識をあれこれ操作しているミクロ忍者の活動に支障が出て、ヒメジさんの精神そのものを傷つけてしまうことになって……うーん、難しいけど、とにかくヒメジさんを救うにはどうしたらいいんだろう？ そこでナナフシさんが解決策を教えてくれた。ある薬草をいぶした煙によって、肉体と精神を切り離すことができるから、私たちがその煙を嗅いでヒメジさんの心の中に入る。そして、同じく心の中にいるミクロ忍者を追い出す。……ってことなんだけど、やっぱり急には信じられないよね。でも本当にそれができちゃうからすごいもんだ。とはいえ、肉体と精神を切り離していられる時間はわずか15分！ その間に、大勢いるミクロ忍者を全部追い出して、私たちも脱出しないと、今度は私たちが死んじゃうことになるんだって！ こうなったらためらってはいられない、ミクロ忍者の目的もはっきりさせて、ヒメジさんを必ず助け出さなきゃ！
ある朝、私がジョギングしているとき、近くの藪に大怪我をした小紫くんが倒れているのを発見！ しきみさんの薬のおかげでなんとか大丈夫だったけど、その小紫くんの口から貴重な情報が。行方不明だった志能備学園男子校の生徒たちが捕らえられているアジトがあって、小紫くんはそこから脱出してきたんだって。それなら、私たちで男子校のみんなをアジトから救い出そう！ というわけで、まずはあざみちゃんが潜入捜査をすることになったんだけど、アジトに潜入したところであざみちゃんとの通信が途絶えた。あざみちゃんの悲鳴が聞こえたってことは……何かあったんだ！ よし、こうなれば私たちがアジトに忍び込んで、あざみちゃんと男子たちを救出だ！ アジトに潜入した私たちは、あざみちゃんの匂いをたどってくれたモモ太の後を追って奥へと進んだんだけど、内部は厳重なシステムでいっぱい。そしてついに、監視カメラに見つかって、大勢の忍者たちに追いかけられることになっちゃった！ その人たちは今まで戦った忍者と同じような感じで、原始人忍者とかムカデマンとか、おかしな忍者ばかりなんだけど、とにかく数が多いよ～！ しかも、アジト内が複雑の入り組んでいるせいか、どこをどう進んだらいいのかわからなくなっちゃった！ でもそんなのをお構いなしに、敵忍者たちの攻撃は続々と来るし、通路が次々と閉鎖されて逃げ場がなくなっていくし……。このままじゃあざみちゃんとも合流できない！ 私たち、ここから無事に脱出できるの!?
風間流のくノ一、椿さんが誰かに追われてる！ それを見た私は急いで椿さんを助けに向かったんだけど、椿さんはすでに傷ついていて、その傍に武智先生の姿が。まさか、先生が椿さんを攻撃したの!? と思ったけど、武智先生は私の姿を見ると、何も言わずにその場を去っていったんだ。一体、どうしちゃったんだろう……。 そんなことがあった翌日、志能備学園が突然の休校になったの！ しかも、ハヤト殿以外の先生たちがみんないなくなっちゃった。椿さんは休校になった理由を知っているというから聞いてみたんだけど……信じられない！ 先生たちが里帰りに向かった生徒たちを尾行して、隠された忍者の村を見つけて焼き払うためだなんて。椿さんたちの村も先生たちに夜襲をかけられたって言うけど、何のためにそんなことを!? でも椿さんは、それを知らせるために私たちのところへ来たんじゃなくて、私とまた勝負がしたいんだって。ハヤト殿にふさわしい忍びになったから勝負しろだなんて……私は、そんなことで椿さんと戦いたくありません！ そんなとき、私のもとにハヤト殿がさらわれたという矢文が！ 最初は椿さんが送ってきたのかと思ったんだけど、どうやら違うみたい。椿さんのほうには、私たちがハヤト殿をさらったという手紙が来たんだって。と、そこへ現われたのはまた新しい敵忍者。この忍者が、私と椿さんを戦わせようとして仕組んだことなの!? 次から次へとわからないことだらけだけど……ハヤト殿をお守りするため、そして武智先生たちの行動の真相を確かめるため、日向ひまわり、ここで立ち止まってはいられません！
志能備学園が休校になっちゃって、さびしい雰囲気だったんだけど、村はいつもと同じでにぎやかな感じ。むしろ、最近はさらににぎやかになったみたい。なんでも、毎年に一度、旅芸人の一座が霞の里へやってくる時期があって、そのときは里全体がちょっとしたお祭り状態になるんだって。で、今がその時期ってわけ。お祭りかぁ……う～ん、楽しそう！ でも、そんなときに敵の忍者が攻めてきたら、大勢の人たちが巻き込まれちゃうかも。そこで、私たちが護衛をかねてお祭りを見回りすることになったの。 そして結局、お祭りのときには何も起こらなかったようなんだけど、その直後に事件発生！ 突然、村の人たちが私たちを捕まえようとして追いかけてきた！ いつも優しい表情のマンサクさんも、鋭い目つきで私たちを攻撃してきて……みんなに一体何があったの!? そのとき、米澤くんが姿を見せて、追われている私たちの代わりに情報収集をしてくれると言ったんだけど……しきみさんは、米澤くんや村の人たちが何者かに操られているって言うの。何かの間違いだと思いたいけど、もし操られているとしても、みんなを元に戻すにはどうしたらいいんだろう？ そしてゆすらちゃんは、米澤くんのことでずっと何かを考え込んでいるみたい……。 そんな米澤くんが私たちの前にまた現われて、攻撃してきた！ ゆすらちゃんにも攻撃するなんて、本当に操られちゃってるの……？ そのとき、崖の上に着物姿のきれいな女の人の姿が。あの人が米澤くんたちを操ってるみたい、ということは、倒せばみんなは正気に戻るかも!? でも、米澤くんが激しい攻撃で私たちを妨害して、その人に攻撃できない。このままじゃ……！ ゆすらちゃん、お願い！ ゆすらちゃんの声で米澤くんの目を覚まさせてあげて！
志能備学園男子校を爆破したり、私たちのところへ色々な改造忍者を送ったりした敵組織が、今度はついに私たちの志能備学園まで爆破したの！ その危険を事前に察知したナナフシさんが知らせてくれたおかげで、みんな爆破前に学校から逃げていたから無事だったけど……これでひとつはっきりした。敵の狙いは私たちだってことが。この前のお祭りのときもそうだったし、今回も学校に私たちしか残っていないところを爆破したからね。でも、私たちを狙う目的は何なんだろう……。 それはともかく、当面の問題は私たちに帰るところがなくなっちゃったこと。志能備学園の寮まで爆破されちゃったし、もし里帰りをしても、敵がそこに現われて里の人たちに迷惑がかかるかもしれない。そんなわけで私たちは、しばらくつきよ姫さんのいる森で暮らすことにしたんだ。そうとなれば、まずはつきよ姫さんに引っ越しのご挨拶をしないとね！ で、つきよ姫さんに会えたはいいけど、そのとき降ってきた雨がなんだか変だった。雨が降ったら寒くなるのはわかるけど、それが異常なほどだったの。ナナフシさんやしきみさんが言うには、この雨が森の温度や私たちの体温を奪ってるんだって。どうしよう、このままじゃ寒くて動けなくなっちゃう！ 雨も敵の仕業だとしたら、早く決着をつけないと！ つきよ姫さんは、敵の居場所に心当たりがあるみたいで、私たちも一緒にその場所へ行ってみると……本当に敵がいた！ でも、寒くてとても戦えない……。そんなとき、突然つきよ姫さんが突然私たちを縛り上げて、動けない私たちをそのまま敵に引き渡そうとしたの！ まさか、あのつきよ姫さんが私たちを裏切るなんて……一体どうしちゃったんですか、つきよ姫さんっ！
この前爆破されちゃった志能備学園に、みんなでもう一度戻ってみたの。焼け落ちた跡からでも、まだ使えるものがないか探すためにね。そのとき、職員室があったところから電話の音が。ハヤト殿がその電話に出たんだけど、相手は「湖太郎」っていう人みたい。あれ、その人って確か、ハヤト殿のお金を詐欺で騙し取った人じゃないですか……？ しかも、湖太郎さんは今回も、ハヤト殿に「悪いやつらに追われているから助けてくれ」って頼んできた。すごく怪しかったけど、ハヤト殿のお友達の人だし、まずは話だけ聞いてみようってことで、ハヤト殿と私は湖太郎さんと待ち合わせの約束をしたんだ。 でも、待ち合わせ場所に湖太郎さんは来ていない。しかもそこに敵の忍者が突然襲ってきて……また騙された!? と思ったんだけど、今度は違ったみたい。なんと湖太郎さんは、敵の実験台になって透明人間にされちゃったんだって！ それでたまらず敵のアジトを逃げ出してきて、ハヤト殿に助けを求めたってことらしいんだけど……湖太郎さんのような忍者でない普通の人も捕まって、改造忍者にされちゃうのかな。やっぱり敵の目的がわからないよ～。 そんな湖太郎さんが持っていたのは、敵の重要データが入ったメモリーカード。それを見れば敵の目的がわかるかも！ ってことで、機械に詳しいあざみちゃんが、学校の焼け跡にあったパソコンをかろうじて使える状態にしてくれた。そして、そのパソコンでデータを見てみると、なぜかハヤト殿が子供だった頃の映像ファイルがあったの。なぜそんなものがあるのかは、湖太郎さんが答えてくれたんだけど……信じられないようなことが発覚！ ハヤト殿にそんな秘密があったなんて……！
日向ひまわり、久しぶりに故郷に帰ってきました！ でも、ただばっちゃに会うためだけじゃないんだ。この前、ハヤト殿のお友達の湖太郎さんから衝撃の言葉を聞いてしまって、それが本当かどうかを確かめにきたというわけ。ハヤト殿も同じ目的で、私の故郷に来たの。なぜならその言葉というのが、私とハヤト殿に作り物の記憶があるということだから……。なぜ私たち２人がそうなのかはわからないし、信じたくなかった。だけど、故郷の村の人たちは、私が小さい頃に起こったはずの出来事を誰も覚えていなかったの。10年前にできたと思っていた用水路も、50年前からあるっていうし……。本当に、私の記憶は作られたものだったの？ でも、ばっちゃは覚えていてくれた！ 私が熱いお風呂が好きなことや、昔飼っていた犬のタロウのこと。やっぱり、私とばっちゃは家族だったんだ！ それから、私とばっちゃとハヤト殿の３人で、家の囲炉裏を囲んで楽しい話をたくさんしたんだけど、私がアルバムを見ようとすると、なぜかばっちゃは話をそらそうとするんだ……。 私はそれが気になって、夜中にタロウのお墓があるかどうかを確かめに行ったの。そうしたら、ちゃんと昔の場所にお墓が残っていた。でもそれだけじゃ納得できなくて、タロウが眠っている木箱を掘り起こそうとしたら、家で寝ているはずのばっちゃが私の後ろに！ そのあと、ばっちゃが私に話したことは、本当に信じられない、信じたくない事実ばかり……。それがもし本当だとしたら、私は一体何者なの……!?
私とハヤト殿は、ハヤト殿のお母さんに会うために、ばっちゃがいる故郷の村を出発したの。ばっちゃの言葉で私が本当は何者なのかがわかってきたから、今度はハヤト殿というわけ。でも、ご主人様一人にしては家来の名がすたる、ということで、私はこれからもハヤト殿にお供するんだ！ そんなとき、遠くの村から煙が立ちのぼるのを見た私たちは、急いでその村に駆けつけてみたんだけど……すでに誰かに焼き払われたあとだった。でも、私たちはそこで甲羅忍者のお頭さんとわび助くんと再会したんだ。お頭さんの話では、椿さんの村と同じように、志能備学園の先生たちが夜襲をかけてきたんだって。しかも、村の人たちやさび助くんは、そのときに連れ去られちゃったみたいなの……。その人たちの居場所の手がかりを見つけるために、お頭さんとわび助くんは霞の里へ向かうんだって。私たちは行き先が逆方向なので別れたんだけど、さび助くんたちが無事だといいな……。 そのあと私たちは、突然現われたきゅうり先生と筆乃子先生から攻撃を受けたの。お頭さんが言ってた、村を焼き払った人って、先生たちのことだったんだ！ 先生たちは村を焼き払うという命令とは別に、私とハヤト殿を消すという命令も受けたんだって。志能備学園では優しかった先生たちなのに、なぜそんな命令まで平然と受けられるんですか!? それに私とハヤト殿を消そうとする理由って……!? 私は忍者の仲間同士で傷つけ合いたくありません！ 戦いをやめてください、先生！
霞の里にいるしきみさんやあざみちゃんたちが敵に捕まっちゃった！ つきよ姫さんからの手紙でそれを知った私とハヤト殿は、すぐに霞の里に戻ったの。私たちの過去を知るのも大切だけど、それより大切なのはみんなを助けること！ ハヤト殿やお頭さんたちも、私といっしょに来てくれた。つきよ姫さんは、しきみさんたちが敵のアジトに忍び込もうとして捕まった、って言ってた。さび助くんも、同じアジトに捕らえられているのかも。じゃあ、早速アジトへ向かおう！ アジトはあざみちゃんのスパイ作戦のときに忍び込んだから、進入口はわかっていたんだけど、今は全部封鎖されちゃってるみたい……。そこでお頭さんたちが作戦を考えてくれて、アジト内に進入できた。そして行く手を阻むムカデ忍者たちを倒して先に進んでいく途中、ヒメジさんと合流できたの！ ヒメジさんはしきみさんといっしょに捕まっていたんだけど、脱出に成功したんだって。でも、そのあとしきみさんがまた捕まっちゃって……ほかのみんなの居場所もわからないままみたいなの。それなら、私たちで助け出しましょう！ とはいえ、やっぱりアジトの中は広くて、みんなはそう簡単に見つからない。早く助けないと、しきみさんたちが危険な目に遭うかも！ みんな、どうか無事でいて！
アジトの中で、しきみさんがカプセルに入れられた！ 敵はしきみさんを、これまで戦ってきたような異能の忍者に改造するつもりなんだ。早く助けないと！ でも、そんな私やハヤト殿、ヒメジさんたちをちょろぎ先生たちが阻止してきたの。先生たちはしきみさんを見捨てるつもりなんですか!? ちょろぎ先生は、改造されて強くなるならしきみさんも本望だなんていうけど……しきみさんはそんなことを望んでいないはずです。私はしきみさんの友達だからわかるんです！ 先生たちと戦っている間にもしきみさんは、敵の装置の影響で苦しめられてる。早く装置を止めたいのに、部屋の仕掛けが邪魔をして進めない！ さらにムカデ忍者たちが私たちを捕らえようと襲ってくる。このままじゃ……！ と思ったとき、あざみちゃんやゆすらちゃんたちが駆けつけてくれたの。よーし、みんなといっしょに反撃開始！ しきみさんや、捕らえられた人たちも助け出さないと！ 日向ひまわり、いつまでもご主人様と仲間をお守りしますっ！
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