幼き熊犬に課せられた宿命、それはまだ見ぬ父が犬達の楽園を築いた伝説の男、奥羽の総大将・銀であるという事実であった。はるか遠き奥羽を目指し、ウィードは旅立つ。それは新たなる銀牙伝説の始まりでもあった！

母・桜の死を乗り越え、仲間となったGB・スミスと共に父のいる奥羽を目指すウィード。その道中、人間に追われている少年犬・メルを助ける。しかし、そのメルに関わることを止めるものがいた。メルのボス・ブルーのかつての手下であり兄を惨殺されたフックであった。

メルを仲間に加えた一行はようやく奥羽にさしかかろうとしていた。まだ見ぬ父と奥羽への思いに心はやるウィードはスミスらと別れ、二子峠への旅路を一人急ぐのであった。しかし、ようやく到着した二子峠でウィードを待ち受けていたものはあまりにも残酷な真実であった。

楽園崩壊の真実を受け止めるまもなく、ウィードに忍び寄る新たな影。その正体はジェロム率いる冷徹な5人の殺し屋であった。己の命をかけ怪物P4を倒すのが使命だと語る男達。そして、その後を追うウィード達を試すかのように、かつて奥羽の戦士達が飛び越えたという断崖絶壁が立ちふさがる。

怪物P4との壮絶な戦いは続いた。その中で、自らの命と引き換えにP4と共に散っていった奥羽の決死隊長スミス。しかし、そのあまりの死に様に涙する男達の背後で、牙城が不気味な地響きをあげるのであった。そして、殺し屋達の凄まじき作戦が遂行されるのであった。

楽園であるべき二子峠を取り戻すため、己の命を燃やしP4を追い詰めるウィード、剣、影虎。P4との戦いを終わらせるため、P4もろとも谷川へと落ちていくのであった。その死闘の先にあるもの。ついに打たれる終止符。その結末とは。

探し求めていた父・銀が、南アルプスのボス・法玄の卑劣な手段により捕らえられたことを知ったウィード。二子峠を後にし、銀救出に向かうことを決意する。しかし、疑うことを知らないウィードに怪しい影が忍び寄っていた。

奥羽軍に偽りの仲間として潜入し、ウィードを狙ったロケット。ウィードを連れ去り、手にかけようとしたその時、一人の男が立ちはだかった。それは己の命すら顧みず、ウィードを守ろうとするジェロムであった。

さらなる仲間を求めて南アルプスを越えようとするウィード達。その頃、ジョンは奥羽の仲間達に銀の危機を知らせるべく、ヒロ・麗華と共に法玄の元から脱出していた。しかし、法玄相手に命を落とすことは絶対にしないとヒロに誓ってみせたジョンに、法玄の執拗な追跡が迫っていたのであった。

強大な法玄を倒し、捕らわれの父を救うため、西の雄・狂四郎を仲間に引き入れようと滋賀に向かうウィード達。そして、ウィード達の前に現れる、奥羽軍とはかけ離れた正義を唱える男。それこそが探し求めていた狂四郎であった。

狂四郎の説得を試みるウィードであったが、その甲斐なく一騎打ちへと突入してしまう。そして現れる法玄より送り込まれた殺し屋レクター・サンダー。姑息な殺し屋たちに向けられたウィードの怒りは自らの熊犬の本能を目覚めさせるのだった。

殺し屋レクター・サンダーとの死闘の末、狂四郎を仲間に加えたウィード。新たなる力を得た奥羽軍であったが、時同じくして法玄の弟・玄婆が二子峠に向けて進軍しており、牙城は大いなる危機を迎えていた。

黒虎達を脱出させわずか4人で牙城に残った甲斐四兄弟は、牙城の危機を陸奥にいる仲間に知らせるため、圧倒的な数の玄婆軍に対し中央突破を試みる。決して引くことのない闘い・・・それはまた激しき甲斐犬の性ゆえであった・・・。

新たな仲間を求め紀州に辿り着いたウィード達は、突如野犬狩りの銃弾に襲われる。それは備後の凶犬カマキリの卑劣な罠であった。絶体絶命の窮地に陥るウィードを救ったのは、己の命も顧みず友を救おうとする一人の漢・・・ジェロムであった。

銃弾を受け、断崖に転落してしまったジェロムを探すうち、渓谷の温泉へと辿り着いたウィード達。そこで待ち受けていたものは温泉で傷を癒すジェロムと、甲賀の忍犬・哲心であった。南アルプスへと赴いていた哲心からウィードにもたらされたもの・・・それは不変の志を持って正義を貫けという父よりの熱き言葉と必殺技｢絶 天狼抜刀牙｣であった！

湯治により心身共に癒えた奥羽軍は哲心を仲間に加え、南アルプスへの進軍を始めた。法玄のアジト近くまで来たその時、ウィード達を見つめる二つの影が。それは、ウィード・狂四郎暗殺に失敗した殺し屋レクターとサンダーであった。再びウィードたちの首を狙う殺し屋。その処遇を巡って、奥羽軍の絆に亀裂が走る。

メルより決戦の場は奥羽になると報らされるウィード達。しかし奥羽に到着したウィードたちを待ち受けていたものは玄婆・闘兵衛率いる侵略軍であった。兄弟の仇に燃える時雨や陸奥の六兄弟やカマキリ軍も加わり、二子峠で決戦が始まる！！

法玄の弟・玄婆が倒れた。だが、玄婆亡き後の法玄軍№2を狙うカマキリがウィードの首を獲りその地位を固めようと奥羽軍を探し続けていた。ロケットと共に囮になり、カマキリ軍の目を逸らそうと走り出すウィードは3倍もの数のカマキリ軍を戦わずして追い払う、一か八かの賭けに出るのだった。

奥羽軍に命を救われた法玄軍幹部・鬼の闘兵衛。だが、敵であろうと怪我をしたものを助けるという奥羽軍の在り方を受け入れようとはしなかった。GBはそんな闘兵衛のために食料調達をするうち、法玄軍に遭遇してしまう。咄嗟に自らを法玄軍と偽ったGBは、ついに牙城へと足を踏み入れるのであった。

法玄軍が牙城を出陣したとの情報を得て、法玄襲撃を決意するウィード。少数精鋭の部隊によるそれは、父・銀から受け継いだウィードの必殺技｢絶 天狼抜刀牙｣に賭けた奇襲であった。そしてとうとう、ウィードは法玄と相見える！

奥羽軍を離れ、法玄軍に寝返った狂四郎。奥羽軍に命を救われたが、再び法玄の元へ戻った闘兵衛。だがしかし、これは二人の漢の偽りの姿であり、真意は総大将・銀奪還にあった。敵中でその機会を窺う狂四郎と闘兵衛。そして、ウィードも赤目を伴い、ついに自ら父を救うため敵陣となった牙城へ決死の潜入を試みるのであった。

法玄に捕らえられていた総大将・銀が狂四郎と共に牙城からの脱出に成功した。だが、脱出を許したカマキリは血眼になって総大将を探していた。総大将を救うため、カマキリ軍と対峙する奥羽軍。カマキリ軍に包囲されたその時、ヒロがカマキリに襲い掛かる。ヒロにとってカマキリはかつて愛する父を殺された因縁の相手であった。

総大将・銀を奪還した奥羽軍に恐れるものは何もなく、ついに牙城を、犬達の楽園を取り戻すための最終決戦が始まる。ウィードは、哲心、剣・影虎、そして狂四郎を部隊長として指名し、自らはロケット・赤目を伴い、法玄の首を獲るため牙城へと潜入する。先陣を切るのは狂四郎。法玄軍幹部・夜叉森のブルゲとの一騎打ちに臨む！

狂四郎と夜叉森のブルゲとの対決に続き、次々と切って落とされる法玄軍部隊との闘いの火蓋。風神のカイトに対する哲心。剣・影虎は心眼の抜人との決戦に挑む。一方、ウィードはロケットと共に法玄を追っていた。奥羽の山々に降りしきる雪と、燃え上がる炎。その狭間で続くそれぞれの戦いの行方や如何に！

法玄軍の幹部達が倒れ、戦いの勢いは奥羽軍にある中、姑息にも一人戦地から脱出を計る法玄。そんな法玄の前に一人の漢が立ちはだかった。それは道は違えど常にウィードのために行動していたジェロムであった。ついに自ら法玄に挑むジェロム。しかし、その時戒めとして足に残しておいた銃弾がジェロムの動きを奪う！？

ジェロムは自らの命を犠牲にウィードを救い、激流の中へと消えた。法玄の凄まじき執念によってのみ続けられるこの無益な戦い。それを一刻も早く終らせるため、ウィードは誰にも手をだすことを許さず法玄との最終決戦へと臨む。幾千の漢達の熱き魂を背にウィードは己の全てをかけ｢絶 天狼抜刀牙｣を放つ！！