熱斗はナビのデータをオペレータにシンクロさせ、じっさいに形にする（実体化）じっけんに立ち会うために、科学省（かがくしょう）の祐一朗のところをおとずれる。その時、科学省内で室内の空気がなくなるという事件が発生、なぞのナビ・ビーストマンのしわざだ。なんとかビーストマンをたおすことにせいこうする熱斗とロックマン。安心する熱斗たちだったが、そのすぐ後、何者かがビーストマンとウィルス軍団を実体化させ…。

メイル、チサオとともにネットシティの見学にむかった熱斗。そこへ、とつぜんあらわれた巨大ＵＦＯがネットシティをはかいしはじめた。シティをまもるため、巨大ＵＦＯにのりこむロックマンだったが、ビーストマンのこうげきをうけ、たおれてしまう。 　ふたたび実体化したビーストマンのこうげきをとめるため、クロスフュージョンした熱斗とロックマンはバトルチップでたたかうが…。

水道トラブルがつぎつぎとはっせいし、ちょうさすることになった熱斗。水道局の システムにプラグインすると、犯人ナビ・バブルマンは全世界のトイレの水を逆流 （ぎゃくりゅう）させるというおそるべき計画をうちあけ、実体化しておそいかかっ てきた。 熱斗はロックマンとケンカをしながらもクロスフュージョンして戦うのだが・・・。

町中の電力供給（でんりょくきょうきゅう）のバランスがくずれる事件がはっせい。その犯人であるフラッシュマンと戦ったロックマンはダメージをうけてしまい、代わりにメイル＆ロールがフラッシュマンのもとへむかう。ロールがデリートされそうになったその時、ふたたびロックマンがあらわれるが、ダークチップの力をえたフラッシュマンは、またしてもロックマンをおいこむ。ロックマンをまもろうとしたロールは…。

よかよか温泉へやって来た熱斗たち。そこで熱斗は、みやげもの屋の白泉たま子＆メタルマンにバトルをしかけられ、おうじることに。だが、いいところでジャマが入って、バトルはとちゅうでとりやめに。実はジャマをしていたのは、ロックマンにしかえししたくてしかたがないバブルマンだった。バトルをぼうがいされたことにおこったたま子は、メタルマンでバブルマンをこうげきするが…。

げんざい、町ではボウリングが大流行。サイバーワールドでかつやくする謎のボウラー・ボウルマンは、現実世界でボウリングをしたくて、謎の男の力をえて実体化してもらう。そして、あらゆるものをピンに見立てて、たてものをこわしまくったために、町は大こんらんになってしまう。いっぽう、日暮は熱斗とメイルの協力をえて、あこがれのまりこ先生をボウリングにさそう。そこにボウルマンがからんできて、ゲームはおかしな方向へ…。

データを養分にしてサイバーワールド内に花をさかせるナビ、プラントマン。サイバーワールドはナゾのツタと花にのっとられ、ロールもとらわれてしまう。 そのころ、名人によばれ帰国したヒノケンは、プラントマンと戦うロックマンをすくう。そしてその後、ヒノケンは、ヒートマンのデータからはなれたファイアマンをえて…。

オープン前の科学歴史ランドのシステムチェックをたのまれ、プラグインする熱斗。だがそれは敵のワナだった。ミュージアム内で実体化したビーストマンにおそわれるＲロックマン。まわりが鏡というとくしゅなじょうたいのため、Ｒロックマンはうまく戦えない。しかし、ピンチになってしまったＲロックマンを、炎山がすくってくれる。

打倒熱斗を心にちかい、ジャワイ島で修行をつんでいたデカオ。熱斗にちょうせんするため帰国してきたのだが、ネットセイバーとしてのしごとがたいせつな熱斗は、バトルすることをやめてしまう。 そのじじょうを知ったデカオとガッツマンは、今回の敵、バーナーマンをたおそうと考えるが…。

ダークチップのえいきょうが町じゅうに広がりはじめていた。ダークチップを使ったナビは、とても強い力をえることができるが、そのあと暴走してオペレーターの手からはなれてしまい、ゆくえ不明になってしまうという。その事件をおいかけていた熱斗は、行く先々でまりこ先生のすがたを目にし、ふしぎに思う。じつはダークチップをかげで売っていたのは、まりこ先生にそっくりの謎の女・ゆりこだったのだ。

ディメンショナルエリアを利用した金庫やぶり事件が発生。謎の男からのめいれいにより、シェードマンがバーナーマンにレアメタルをぬすみ出させていたのだ。そんな中、町にディメンショナルエリアがはられるが、外から入りこむことは不可能（ふかのう）で、熱斗にもどうすることもできない。 なんとか外からエリア内へ入る方法はないかと考えをねる熱斗たち。だが、実験のとちゅうでまたもや事件が発生し…。

シャーロ国の軍事基地で、航空管制（こうくうかんせい）システム・コントロールＸがはかいされた。犯人のシャドーマンは、何者かにやとわれて、世界中のコントロールＸをこわしてまわっているのだ。シャーロ国のネットセイバーナビ・サーチマンは、犯人をおって来日する。そして、シャドーマンは今度は飛行機フェスティバルの会場にあらわれた。熱斗とロックマンは、サーチマンとともにシャドーマンと戦うが…。

ダークチップ製造工場を突き止めよとの指令を受けた熱斗は、捜査の途中で炎山と出会う。炎山もまたチップ工場を捜していたのだ。ゆりこを追い詰める炎山だが、すんでのところで工場は爆発、逃げられてしまう。一方熱斗はゆりこの罠にかかり、ディメンショナルエリアの中でデザートマンの攻撃を受け絶体絶命。その時ブルースとクロスフュージョンした炎山が現れる！

キングランドに留学中のやいとに呼び出され、熱斗、メイルらはキングランドへ。そこでやいとは、自分が企画したゲーム「ストロベリープリンセス」の主役のプリンセスが行方不明なので熱斗に探し出して欲しいと頼む。プリンセスが消えたのは綾小路家に侵入したウイルスに関係がある、ということでウイルスを追い、キングランドのサイバーワールドを駆け巡るロックマンたち。そしてやいと所有の城にプリンセスがいることを確信し、城に乗り込むのだが･･･

ジャワイ島にて。打倒ロックマンを目指し相変わらず修行中のデカオは、骨董屋で偶然手に入れたカードリーダー型の機械を使うとガッツマンがパワーアップすることを知り、熱斗＆ロックマンにバトルを挑む。だが機械の使い過ぎでガッツマンが異常に巨大化、暴走してしまう。暴走を止めるため、ジャワイのサイバーワールドを駆け巡るロックマンたち。ロールをさらって塔を登るガッツマンを何とかしずめようとするのだが･･･

デンサン商店街のネットバトル大会で優勝を射止めた城戸舟子＆アクアマンのコンビ｡舟子は関わるもの全てを不幸に巻き込むという悪運少女として名を馳せていた｡オペレーター思いのアクアマンは自分の不幸･･･電気が使えずご飯が炊けない･･･に落ち込む舟子を助けようと火力発電所に侵入するが、ガードナビに詰め寄られ泣き出してしまう。アクアマンの最強の技とは、一度泣き出すと辺りを洪水に化してしまうという恐るべきものだった。

シータワーの世界物産展にやって来た熱斗はそこで出店していたたま子と出会い、早速メタルマンとバトル開始する。だがそこにダークチップの影響で暴走したビーストマンが現れロックマンを攻撃してきた。一方、ゆりこも会場に来ていてニードルマンを使いシータワーの脚部を破壊、会場はパニックになる。そんな中、メタルソウルに変身したロックマンがビーストマンを圧倒するが、ビーストマンはDエリアを展開し･･･

サーチマンのオペレーター・ライカがニホンにやって来た。ライカはシャーロ国のネットセイバーだが、ナビと同様、熱斗とはそりが合わない様子。そんな折映画館で事件発生。ダークロイド・ビデオマンの仕業だ。ビデオマンはDエリアを張りRロックマンに襲いかかってきた。ビデオマンの攻撃に苦しむRロックマンだが、ライカとサーチマンがディメンショナルコンバーターを破壊してDエリアを解除。ライカはクロスフュージョン能力など不要だと言い放つ。

ライカと熱斗に共同で事件の捜査にあたるよう指令が下るが、仲の悪い二人はそれぞれ単独行動。事件の首謀者はデザートマンだ。インビジブル能力を得たデザートマンに苦戦するロックマンだが、サーチマンはサーチ能力で難なく戦う。だがロックマンのピンチに際し、サーチマンは命令違反をおかしてロックマンを助けたため、ライカはショックを受ける。ロックマンはサーチソウルに変身、デザートマンに立ち向かう。

ダークチップを求め暴走したデザートマンがネット警察に侵入、捕獲される。シェードマンはデザートマンを連れ戻すためフラッシュマンを派遣するが、ブルースとロックマンが撃退。シェードマンは謎の男に協力を要請、貴船と真辺を人質にしてデザートマンの引渡しを要求してきた。RロックマンとRブルースの活躍で人質は救出されるが、ダークチップに侵され正気を失ったデザートマン・フラッシュマンはシェードマンによって･･･。

謎の男に不信感を持つようになったシェードマンは、決別前にダークチップをせしめようと画策する。折りしもネット警察にダークチップに関する情報がリークされ､ディメンショナルエリアが発生。駆けつけたRロックマンとRブルースはそこでグラビティマンの攻撃を受け苦戦する。その隙にバトルチップを持ち出そうとするシェードマンだが、謎の男は全て見透かしていた。連携技でグラビティマンを倒したRロックマンとRブルースだが怒りに震えるシェードマンに一撃で倒される。

何としてでもロックマンに勝ちたいバブルマンは、自分もソウルユニゾン能力を得たいと切望。それには友達が必要だという結論に達し、友達を探してサイバーワールドをめぐる。そこで出会ったアクアマン、アイスマンと仲良くなるのだが･･･バブルマンのソウルユニゾンは成功するのか？

ディメンショナルコンバーター（DC）の研究の為、超エネルギーの世界的権威Dr.リーガルが科学省に招かれる。リーガルの手で修復されたDCにロックマンとブルースがプラグインした途端、DCが作動しDエリアが発生。DCのエネルギー源はネットナビだったのだ。そこにDC破壊を命じられたスパークマンが現れRロックマン・Rブルースを圧倒して去っていく。自分の実験のせいでこのような事態になったと反省するリーガルだが･･･

温泉部の活動で大地獄谷温泉へやって来た熱斗たち。一方、地熱発電所の電脳空間に侵入者ありとの報告があり、炎山もまたネットセイバーの任務で大地獄谷温泉へ。犯人はバーナーマンだ。火山に通じている地熱発電所を暴走させ、火山噴火を引き起こし人間世界に戦慄と恐怖を与えようというのだ。ディメンショナルエリアを張りマグマ内へダイブするバーナーマン。クロスフュージョンした熱斗と炎山はバーナーマンを止めるため戦う。

人気映画のビデオレンタルを楽しみにしている熱斗。その頃サイバーワールドでは事件が連続発生していた。事件を追う熱斗と炎山は、犯人がロックマンそっくりの偽ナビだと知り驚く。ロックマン憎しのビデオマンが密かに録画したロックマンの姿を利用し、悪事を働いていたのだ。人気映画のビデオに仕掛けがあると突き止めた熱斗と炎山はダビング工場へ赴きビデオマンと対決する。

ダークチップ密売組織を追う熱斗たちは、監禁されていた少女アネッタを救出する。熱斗と炎山に無邪気になつくアネッタだが実は彼女はネビュラの手先だった。自分の大切な友人であるナビ・シルクをブルースの手でデリートされたことを恨みに思い、炎山に復讐を誓っていたのだ。ゆりこの企みで展望台に閉じ込められたアネッタと炎山。システム解除の為プラグインしたブルースはニードルマンに襲われる。ネビュラの目的とは炎山にダークチップを使わせることだった。

Dr.リーガルのアジトに駆けつけた熱斗と炎山。そこで何故かディメンショナルエリアが発生し、ウイルス達がリーガルを攻撃する。リーガルの裏切りに逆上したシェードマンの襲撃だ。シェードマンと戦うRロックマンとRブルースだがあまりの強さにクロスフュージョンを維持できなくなってしまう。炎山はシェードマンを倒す為ダークチップを使用。ブルースはロックマンにブルースソウルを与えるが、自身はダークソウルに飲み込まれ暴走、行方を晦ます。

ネビュラに狙われているというウェアブルコンピュータのファッションデザイナー、イブ・モレシャンのショーの警護を引き受ける熱斗。だがイブは既に誘拐され、ゆりこと入れ替わった後だった。ウェアブルコンピュータに操られ、熱斗に襲い掛かるモデル達。一方、炎山は、ファッションショーの行なわれているビルの中にネビュラの真の目的があると直感し、ゆりこと対峙する。そこでネビュラの幹部となったブルースと対面し、衝撃を受ける炎山。

炎山が副社長を務めるIPCでは科学省と提携し、新型PETの開発を進めていた。ネビュラの新たな幹部・レーザーマンはその情報を得ようと画策する。Dエリアを張ってRグラビティマンを出現させIPC研究所を破壊すると同時に、電脳空間からブルースを侵入させてデータを奪おうというのだ。研究所内にいた炎山は単身でRグラビティマンの破壊活動を食い止めようとするが･･･

サイバーワールドで暴れるダークロイド。その騒動に巻き込まれたアクアマンをロックマンが救ったことがきっかけで、アクアマンはロックマンにべた惚れとなる。終始ロックマンにべったりくっついているアクアマンにロールは心穏やかでない。そんな時、ロックマンの元にバーナーマンから果たし状が届く。製鉄所のサイバーワールドでの決闘を受けなければ、そこを爆発させるというのだ。アクアマンを何とか振りほどいてその場所へ向かったロックマンだが･･･

やいとの呼び出しで宇宙ステーションへ連行される熱斗たち。何者かが宇宙に漂うスペースデブリを操って、ガブゴン社所有の宇宙ステーションに衝突させようとしているので何とかして欲しいという。犯人は廃棄された気象衛星内から生まれたジャンクマン。ジャンクマンは宇宙での孤独に耐えられず、ゴミを友達だと考えて自分のそばに呼び寄せていたのだ。ジャンク城に乗り込んだ熱斗たちはロックマンをプラグインしてジャンクマンと戦う。

海外で任務に就いていたビーフ司令が一時帰国するということで大喜びの熱斗。ガウスとゆりこがダークチップの取引を計画しているということで魚市場にはりこんでいたビーフ司令だが、ガウスはまりこをゆりこと勘違いして、まりこを連れ去ってしまう。それを追うビーフ司令＝マサ。ついにまりこにビーフ司令の正体がばれてしまった！と思いきや･･･

街を襲うグラビティマン。苦戦する熱斗＆ロックマンを助けたのはプリズマンとそのオペレーターの岬。岬はかつてクロスフュージョンの実験に失敗したものの、今はネット警察に勤務している正義感篤い青年だ。一方、科学省で開発中だったバトルチップゲートが完成、リアルロックマンに無制限にチップを送り込むことが可能だというが実験はうまくいかない。そこへグラビティマンがディメンショナルエリアで暴れているという情報が入り、駆けつける熱斗と岬だが･･･

ディメンショナルエリア内にリアルプリズマンが出現、宝石店を襲う事件が発生する。真辺に扮したゆりこが岬を連れ去り、クロスフュージョン能力を与えたのだ。ネビュラの開発したクロスフュージョンはダークチップを併用することで可能となったのだが、岬の精神を破壊してしまった。熱斗はクロスフュージョンしてリアルプリズマンと対峙するが、相手が人間である以上攻撃できない。結果弱点を突くも相討ちとなり、衝撃でPETが破壊され、ロックマンが消滅してしまう。

PETが破壊されたと同時にロックマンも大きなダメージを負い、熱斗はロックマンを失ったまま生活することに。そこへアメロッパからラウル＆サンダーマンが熱斗に協力を申し出て、シャーロからはライカ＆サーチマンが派遣されてくる。嬉しい熱斗だがライカとラウルはポリシーの違いからぶつかり合う。そこにダークロイド・コールドマン、ブライトマン、ソードマン、スターマンがニホンの公共施設を一斉攻撃してきた。

ロックマンの修復が完了し、あとは新型PETの完成を待つだけとなった日、科学省にディメンショナルエリアが張られ、ダークブルースがPETを狙って実体化、襲撃してきた。居合わせたアネッタが初期化中のPETを持って逃げるがダークブルースは執拗にアネッタに迫る。リアルダークブルースと対峙する炎山だが、生身の体では適わず追いつめられる。そこに駆けつけた熱斗が初期化の終わった新型PETでクロスフュージョン、パワーアップしたリアルロックマンがダークブルースに立ち向かう。

新型PETでパワーアップ、さらにバトルチップゲートによる炎山のサポートで無敵状態の熱斗は襲いかかってきたソードマンをあっさり撃退。すっかり天狗になってしまう。そのことを危惧した炎山はある作戦をラウルに持ちかける。謎の覆面ダークロイドに変装したサンダーマンで熱斗に挑戦して叩きのめし、自分の未熟さを自覚させようというのだ。

南の島、シーサーアイランドにて。熱斗たちは神殿の巫女・ランとそのナビウインドマンと出会う。その頃、神殿に祀られたシーサー像がゆりこの手により盗まれるが、その影響で島に大きな嵐が近づきつつあった。シーサー像を取り戻さなければ大変なことになってしまう。シーサー像にプラグインしたニードルマンは暴走してゆりこにも制御できなくなっていた。ウインドマンと、ウインドソウルに変身したロックマンは事態を収めようとするが･･･

列車の暴走事件が発生。犯人はスパークマンだ。解決にあたるサロマはウッドマンを暴走する列車にプラグインして暴走を止めようとする。その列車には遊園地帰りの熱斗＆チサオが乗り合わせていた。熱斗も列車のシステムにロックマンをプラグイン。だが車両の扉がふさがれて、熱斗からのオペレートが不能となってしまう。ウッドマンとロックマンは協力してスパークマンと戦い・・・

シャーロのレアメタル鉱山にＤエリアが張られ、ネビュラに占領された。熱斗とロックマンはネビュラ撃退の為にシャーロへと向かう。ライカを案内役にして鉱山へと赴くが、クロスフュージョンしてDエリア内に入ろうとする熱斗の後につづき、ライカは無理矢理Dエリア内に入り込んでしまう。命令違反を犯してまでのその行動には何か目的があるらしいのだがライカは答えない。そこに大量のウイルスとコールドマンが出現、ライカと熱斗に襲いかかってきた。

熱斗がシャーロに行って不在中、ニホンのサイバーワールド内では事件が起きていた。あるゲームに参加し、好成績でクリアしたナビがその後行方不明になってしまうというのだ。炎山はメイルとともに事件の解決に乗り出す。囮になったロールが連れ去られた場所には行方不明ナビが集められており、デリートバトルを強いられていた。駆けつけたメイルと炎山がロールを救い出すが、逆上した犯人はDエリアを展開、ウイルスを使って炎山に襲いかかってきた。

ネットセイバーの任務で忙しい熱斗。メイルはそんな熱斗が自分から離れていってしまう気がして、寂しさを感じていた。そんな時、熱斗からメイルに「いい所につれていってあげる」と誘いの連絡が。デートの約束だと舞い上がるメイルだが、その場所とはなんと科学省。メイルとロールに、祐一朗の実験に協力して欲しいということだったのだ。落ち込むメイルだが、祐一朗が二人に遊園地のチケットをプレゼントしてくれて、二人は本当にデートすることになる。

お年寄りの間でも今やネットバトルは大流行。熱斗とロックマンはシルバーセンターで老人たちにネットバトルを指導することになった。そこで頑固者で知られるコマ職人の匠転助とそのナビ、タップマンと出会うが転助は本当はネットバトルなど大嫌い。孫のコウスケにねだられて、渋々ネットバトルを始めたという。熱斗は転助にバトルチップの使い方を教えるが、転助はネットバトルよりもコマの方が面白いと主張、自作の電動ゴマをコウスケに披露するが･･･

夏休みの自由課題で昆虫採集に出かけた熱斗とメイル。虫を追ううち、いつしか謎の空間に迷いこみ帰れなくなってしまった。そしてある塔に辿り着いた二人は塔のサイバーワールドでミストマンと出会う。一方、ソードマンとコールドマンは、ミストマンをネビュラに引き入れようとするが断られてしまう。ゆりこの協力でDエリアを張り、現実空間に現れたソードマンらは熱斗たちと鉢合わせる。熱斗はクロスフュージョンして戦うが2対1ではさすがに苦戦。そこにミストマンが現れて･･･

メイルの家で、自分がないがしろにされていると感じたラッシュは家出を決意。現実空間と電脳空間を行ったり来たりするものの、行く先々で散々な目に遭うが、そこで幼いマルモコと出会い行動をともにすることに。そのころ街では原因不明の停電が多発していた。犯人はバブルマンだ。奪った電力を何処かへ送り込み、何かを企んでいるらしい。

リーガルの居所を突き止めるためネット警察内で調査を進める炎山。それを阻止する為、リーガルはこれまでデリートされたダークロイド達を復活させ、ネット警察を襲撃してきた。熱斗とロックマン、ライカとサーチマンは、続々と現れる再生ダークロイド軍団と戦う。そしてネット警察にDエリアが発生。実体化したダークブルースは炎山の調査を妨害しようと直接攻撃してきた。

リーガルのアジトとは、スティルス機能を備えた人工衛星であった。各国のキラー衛星がリーガルの衛星を攻撃するがことごとく迎撃され撃ち落されてしまう。なす術の無い大人達を尻目に、熱斗はやいとに頼んでデカオ、メイルらと共にリーガル衛星へと向かう。ジャンクマンの協力を得て衛星への突入に成功した熱斗は待ち構えていたリーガルと対峙する。そしてそこでダークブルースとの対決を強いられることになる。

岬に追われるゆりこは逃走中偶然まりこと鉢合わせ、まりこを盾にして岬を脅すが、逃げきれずに追い詰められた末、トラックに撥ねられてしまう。そしてまりこの口から、15年前に亡くなった双子の妹・ゆりこの存在について語られる。その後、まりこは熱斗たちと出かけることになったのだが、その途中の橋の上でＤエリアが展開。実体化したニードルマンが何故かまりこを襲ってきた。熱斗はクロスフュージョンしてニードルマンと戦うが･･･

科学省では祐一朗の開発したディメンショナルコンバーターとワクチンチップが完成。これを使ってブルース奪還作戦が実行されることになった。廃屋となったホテルにダークブルースをおびき出し、クロスフュージョンした熱斗との戦いで消耗させ、ワクチンチップを撃ち込んでダークオーラを除去するというのだ。だが、炎山はこの作戦に不吉な予感を感じていた。

世界各地のサイバーワールドでナビが消失する事件が発生。一方ニホンのサイバーワールドではラッシュがバブルマンにさらわれ行方知れずとなっていた。ラッシュを探してサイバーワールドを巡るロックマン達が行き着いた所は科学省のサイバーワールド。そこではシェードマンがフォルテの協力を得、ディメンショナルエリア無しでの実体化を果たしていた。シェードマンはリーガルに復讐するため行動を開始する。

秋原町に出現したリーガルタワー。そして地球上を覆っていくディメンショナルエリア。その中でシンクロチップを使いレーザーマンとクロスフュージョンしたリーガル。CFレーザーマンは巨大化して街を襲い、人々は戦慄と恐怖の中、混乱していた。リーガルの望む世界の到来だ。CFロックマンはCFレーザーマンに立ち向かうがまるで歯が立たない。一方、祐一朗、ライカ達はリーガルタワーを壊し、ディメンショナルエリアを解除しようとするが･･･