1年半前、人類存亡を賭けた機界原種との壮絶な戦いに勝利した我らがGGGだったが、地球に完全な平和が訪れたわけではなかった…。 2007年7月、雪のパリ。 Qパーツと呼ばれる謎の物質が、国際犯罪組織バイオネットによって強奪された。 フランスの対特殊犯罪組織シャッセールに所属するルネ・カーディフ・獅子王は、女性型AIロボの光竜と闇竜と共にその行方を追うが、バイオネットのメタルサイボーグ、ギムレットは、Qパーツの力を使って巨大ロボを出現させた。 その時！　GGG機動部隊隊長・エヴォリュダーガイが駆けつけた！ ガイは、新たな勇者王・ガオファイガーにファイナルフュージョンし、ギムレットの巨大ロボに立ち向かって行く！！！

宇宙の彼方の危機を感じ、ギャレオンとともに宇宙へと旅立っていった天海マモル。 地球では、初野華はじめクラスメイトや彼の両親が、それぞれの思いを胸に平和な日々を過ごしていた。 華はある日、飼い犬の散歩中に、思いもかけぬ少年に出会う。それは、傷ついた戒道幾巳だった。 久しぶりの再会を喜こぶ間もなく、突然2人は攻撃を受ける。しかも攻撃してきたのは、華が帰りを待ち望んでいたはずの、マモルだった。 互いにエネルギーをぶつけ合うマモルと戒道。 2人の間で困惑し、悲痛な叫びを上げる華。 衝突する緑と赤の光が弾けた後、華が目を覚ました時には、すでにマモルと戒道の姿は消えていた…。

ＧＧＧオービットベースにマモルが現れた。 困惑するGGGのメンバー達の目の前で、マモルは研究モジュールを破壊し、Ｑパーツを奪っていった。 さらにマモルはガイガーへとフュージョンするが、ルネの機転でガイガーは出力を失い、大気圏へと落ちていく。 ガイは京都上空でガイガーを捕捉、ツクヨミからファントムガオーで出撃する。分かり合おうとするガイに対して、力ずくで黙らせようと攻撃するマモル。2人はガオファイガ－とガオガイガーにファイナルフュージョンし、地上へと降り立った！目的の為に手段を選ばぬマモルを正すため、ガイはマモルと戦うことを決意したのだ！ 今まさに、二体の勇者王同士の対決が、雨降りしきる京都で始まろうとしていた！！

オービットベースに帰還したGGGに対し、戒道は、宇宙全域が光速を超えるスピードで収縮しつつあることを告げる。戒道はその現象を確かめるため、宇宙収縮現象の中心部へジェイアークで向かい、そこでマモルに出会ったのだと言う。 全ての謎を解き明かすには三重連太陽系に行くしかない。 マモルとの約束を果たすため、そして全宇宙の危機を救うため、三重連太陽系に向かうことを決断したGGG。 だがそれを認めようとしない国連最高評議会が、旅立つGGGの行く手を阻止しようと立ちはだかった！

3重連太陽系。 ギャレオリア彗星の彼方にあると言われている、未知の世界。 戒道の導きにより、ツクヨミ、タケハヤ、ヒルメ、三機のディビジョン艦隊でギャレオリア彗星へと突入したGGGだったが、次元ゲート通過の衝撃で、全員が気を失ってしまう。 「………ようこそ、GGGの皆さん…」 目を覚ました猿頭寺が、メインモニターに見たその姿こそ…！

ＧＧＧがたどり着いたのは、地球にそっくりな惑星だった。 しかしそこには、戦うべき敵の姿はなかった。 偽りの平和の中、勇気ある心を失ってゆくGGGのメンバー達。 Gストーンに導かれ、それぞれの行動を開始するガイとルネの前に、ついにソール11遊星主が姿を現す！

パピヨンに助けられ、深い眠りから目を覚ますミコト。 自分たちが敵のケミカル攻撃を受けていたこと、さらにはガイが敗北したことを知り、悲しみに沈む。 ルネを救出したものの、わずか三人だけとなってしまった彼女たちに勝機は見い出せるのか？ 最後の切札。敵の城塞に隠された超弩級戦艦を起動せよ！

キングジェイダーに襲いかかる、許されざるソール11遊星主の謀略。その頃、太陽系では無数のギャレオリア彗星が発生し、地球は異常気象による天変地異に見舞われていた。勇気を見失わず堪える地球の人々の願いは銀河の果てまで届くのか？

最後の希望であるギャレオンも敵の攻撃を受け、絶体絶命の窮地に陥ってしまう。その時、Ｇクリスタルの導きとリンクしたミコトの決死の勇気が、全宇宙最強の破壊神・完成勇者王を降臨させる！

真の勇者王登場！　その名は、ジェネシックガオガイガー！ だがソール11遊星主も巨大ロボにフュージョン、真の姿を現した！ その時、ついに！ついに！ＧＧＧ機動部隊が駆けつけた！ ＧとＪの奇蹟のメガフュージョンで、キングジェイダーも復活！ 創造と破壊、互いの宇宙の存亡をかけた最終決戦の火ぶたが切って落とされた！

ソール11遊星主を追って、レプリ地球の各地に散開した勇者ロボ軍団。 だが戦闘は熾烈を極め、マイクが！ ボルフォッグが！ 超竜神が！ 撃龍神が！ 天竜神が！ そしてキングジェイダーまでもが倒されてゆく！ ガイの勇気も失われてゆく中、勇者たちは勝利の鍵をつかむことができるのか！

勇者ロボ軍団を、圧倒的な力で翻弄するソール11遊星主。 満身創痍の勇者たちは、Ｇストーンのパワーで最後の力を振り絞る。 しかし、無限の再生能力を持つピサソールが、そのわずかな希望さえも打ち砕く。 その時！　ＧＧＧ最強最大最高最後のＧツールが姿を現した！！ 仲間のために！勇気ある誓いのために！　ガイの叫びがこだまする！！！