ウインターカップ準決勝進出を決めた誠凛高校バスケットボール部。「キセキの世代」の青峰擁する桐皇学園、紫原擁する陽泉を立て続けに撃破し、すっかり注目校の一つとなった誠凛は、準決勝へ向けて決意を新たにする。黒子に背中を押され、氷室と和解するために場外へ出た火神は、男に絡まれる氷室とアレックスの姿を目にして助けに入る。その男は福田総合学園の灰崎祥吾。帝光中出身で、黄瀬が入部する以前は1軍スタメンだったというが…。

もうひとつの準々決勝、海常VS福田総合の試合が始まった。黄瀬にとって灰崎は、一度も勝てなかった因縁の相手。帝光中スタメンの一人だっただけあり、灰崎の実力は確かなものだったが、チームを省みない傍若無人な態度に海常メンバーは憤りを感じる。堅実なプレイで攻める海常だが、灰崎を止めることができない。さらに灰崎は見せつけるように森山の変則3Pを打ってみせる…！ それは黄瀬の“コピー”に似て非なる灰崎の必殺技だった！

灰崎の能力は、一度見た技をコピーするのではなく“奪う”。それぞれの得意なプレイを封じられ、追い詰められていく海常。コピー能力によって多様な技を持っている黄瀬さえも、試合が進むほどに、使える技のストックが尽きてきていた。さらに、ハードな試合の中で黄瀬の足も限界に近づいていて…。完全に福田総合有利の流れ、思うように動けない焦り。ついに膝をついた黄瀬に、観客席から黒子の激励の声が届いた。その声に応えるように再び立ち上がった黄瀬は、新技「パーフェクトコピー」で猛追を始める！

ついにウインターカップ4強が出揃った。しかし準決勝の試合当日、2人そろってバスケットシューズを破損した黒子と火神は、急いで新しいバッシュを買いに出かける。しかし火神のサイズのバッシュが見つからない！ 黒子の提案により桃井に相談すると、なんとサイズが同じの青峰のバッシュを使えばいいという。しかし青峰が素直に応じるはずもなく、バッシュを賭けた1ON1で勝負することになり!? 準決勝の1試合目は、秀徳VS洛山。「キセキの世代」赤司を獲得しただけでなく、「無冠の五将」のうち3人がスタメンに顔をそろえ、過去最強の布陣とも言われる洛山の実力が明らかに！

準決勝の1試合目、秀徳VS洛山戦。一進一退のハイレベルな攻防は、第2クォーターに入り新しい局面に差し掛かる。『無冠の五将』の1人である葉山は、凄まじいパワーのドリブルを繰り出し、マッチアップしていた宮地を圧倒する。さらに大坪も根武谷を前にパワー負けしてしまう。緑間以外は足手まとい…厳しい言葉が投げかけられた。しかし緑間は動じることなく、宮地へとパスを出す！

相手の動きの未来が視える赤司の「エンペラーアイ」を前に、打つ手なしと思われた秀徳だったが、メンバーの目には再び闘志が宿り、『不撓不屈』の精神で洛山に立ち向かう！ 緑間と高尾の奇策によって一気に差を縮めにかかるが、それに対し赤司は、あえて自陣にゴールを決め周囲を震撼させる。最後まで諦めずに食い下がる秀徳に、赤司は無慈悲な言葉を放つ。

秀徳対洛山戦の勝敗が決した。そして続く準決勝第2試合は、誠凛対海常！ 試合前のアップから、エースである黄瀬と火神がそれぞれ渾身のシュートを決めて牽制しあう両校。春の練習試合以来、初の公式戦での対決に全員が気持ちを高ぶらせていた。誠凛との練習試合で人生初の敗北を経験した黄瀬は、そのリベンジに燃える。対する黒子も、ライバルとして黄瀬と戦えることに喜びを感じていた。そしてついに試合開始！

ついに始まった 誠凛対海常戦。先手必勝を狙った誠凛に対し、黄瀬がまさかの試合開始早々のパーフェクトコピーを使い、圧倒的な強さを見せつける。完全に出鼻をくじかれた誠凛は、焦るほどに攻撃が空回りするばかり。浮足立ったチームを立て直さなければならない。リコは選手交代を指示する。伊月に代わってコートに立ったのは降旗だった！ 大舞台にすくみ上る降旗だが、その投入には思わぬ効果が…？

エース対決で白熱する誠凛対海常戦。攻守が逆転し、攻め上がる誠凛。「キセキの世代」と同じ才能を持つ最後の覚醒者…火神はその才能を開花しつつあった。その脅威を誰よりも感じ取る黄瀬。だからこそ絶対に負けたくない！ しかし痛めた足を悪化させた黄瀬は、一度ベンチに下がることとなる。一気に誠凛有利の流れかと思われたが、エースを欠いた海常はチーム一丸となって粘り強さを見せる。さらに、紫原さえも止められなかった黒子のファントムシュートが、笠松によって破られた！

誠凛対海常は後半戦に突入！ 驚異的な成長を見せる火神は、海常のダブルチームをものともせず、エース黄瀬を欠いた海常を圧倒していく。海常は気迫で誠凛に追いすがるも、誠凛の流れは止められずその差は次第に開いていく。絶体絶命と思われたその時、ついに黄瀬がコートに戻ってきた！ 黒子もそれに合わせるかのようにコートに戻る。出るなりパーフェクトコピーで猛攻する黄瀬に、黒子のイグナイトパス廻でカウンターを仕掛けるが、ブロックされてしまい…。

エース黄瀬の復帰により猛追する海常。観客たちはその懸命な姿に沸き上る。海常応援ムードに包まれる会場。そのプレッシャーは誠凛にとって初めての経験だった。苦しい状況の中ミスが相次ぐ。さらに火神のディフェンスがファウルに…。しかし、火神は観客からのブーイングを激しい闘志で振り払う！ その強い心に触れ、チームは落ち着きを取り戻すことができた。そして黒子がついに黄瀬のパーフェクトコピー攻略の糸口を見つける…！

勢いが止まらない黄瀬のパーフェクトコピーの傾向を必死に分析する黒子は、逆転につぐ逆転の攻防の中でその答えにたどり着く。チャンスは一度きりだ。誠凛側の覚悟を感じ取りつつ最後の攻撃に出た黄瀬は、黒子のスティールを青峰のコピーでかわす。さらに火神を赤司のコピーで抜き、とどめは紫原の『トールハンマー』！ しかしその瞬間、伊月のイーグルスピアがボールをはじく…！ 決勝戦へコマを進めるのははたして!?

洛山との決勝戦の前夜、黒子は誠凛メンバーに「キセキの世代」との出会いと決別の過去を話しはじめる。バスケの名門・帝光中バスケ部に入部するも、黒子はクラス分けテストの結果3軍スタートとなる。一方このテストで異例の1軍スタートを決めた4人の1年生がいた。青峰、緑間、紫原、赤司。才能の差を痛感しながらも気持ちを奮い立たせて練習に励む黒子だったが、その努力も空しくコーチから退部を勧められる。しかし、影の薄い黒子の存在とその可能性に興味を持った赤司の提案により、チャンスが与えられて…。

念願の帝光バスケ部一軍となった黒子は、新たに一軍に昇格した黄瀬の教育係を任せられるまでになった。同じ頃、事情により自らキャプテンの座を退く決意をした虹村は、その後任を赤司にと進言する。赤司を中心とした新体制のもと、帝光バスケ部は全国中学校バスケットボール大会を順調に勝ち進む。しかし、青峰は自身の無敵さ故にバスケへのモチベーションを失いつつあった。そんな中黒子は、友人・荻原シゲヒロと再会し…。

「キセキの世代」の活躍によって、帝光バスケ部は全中二連覇を達成する。しかし、周囲との力の差は広がるばかり。才能を持て余した「キセキの世代」同士の関係にも亀裂が生まれ始めていた。練習をさぼるようになった青峰。さらには紫原までが反発し、赤司に1on1対決を提案してきた。受けてたった赤司だが、圧倒的な強さの紫原に追い詰められてしまう。これまで何事にも勝ち続けてきた赤司が、初めて意識した「敗北」。その瞬間、赤司の中に眠っていた何かが目覚める…！

中学3年生になり3度目の全中制覇に向けて始動した黒子たちだが、もはや敵なしの「キセキの世代」にとって勝利はただのノルマでしかなくなっていた。退屈を紛らわすために、公式の試合中に点取り合戦を始める青峰たち。そんな態度でも、チームは圧倒的な強さで全中本選を勝ち進む。一方、荻原率いる明洸中も着実にコマを進め、ついに帝光中との決勝戦の切符を勝ち取った。しかし、準決勝で負傷した黒子は決勝戦を欠場。赤司に「全力で戦ってほしい」と託すが…。

黒子に帝光中時代の話を聞いてから一夜、誠凛メンバーたちはそれぞれの想いを胸に決戦の朝を向かえる。ついに頂点が決まるウインターカップ最終日、各校の選手たちもその瞬間を見届けるために続々と会場に集まってきていた。ウインターカップ決勝戦、奇跡の新星・誠凛高校VS開闢の帝王・洛山高校。最後の戦いの幕が切って落とされる！

ゾーンに入った火神のスタミナ切れを恐れたリコは、一旦黒子を下げ、ディフェンスを2年生メインで強化し、火神をオフェンスに専念させる作戦に出た。しかし自ら火神のマークについた赤司は、ゾーン状態の火神の攻撃すらもエンペラーアイによって押さえ込んでしまう。再び黒子が戻っての攻撃。黒子のパスでボールをつなぐ誠凛だが、ことごとく洛山の守備に阻まれてしまう。洛山メンバーには、「影」であるはずの黒子の姿が見えているようで…。

謎に包まれていた黛の能力がついに明らかになった。黒子と同じ特性を持ち、ミスディレクションを武器とする洛山の「幻の6人目（シックスマン）」。しかも自らシュートを決めることもできる“新型”ともいうべき実力を持っていた。思わぬ伏兵に攻めあぐねる誠凛。リコは降旗を赤司のマークに付けて揺さぶりをかけるが…。点差を縮めるためには、オフェンスでも勝負を仕掛けるしかない。アウトサイドの要・日向と実渕、インサイドの要・木吉と根武谷が激しくぶつかり合う！

誠凛VS洛山戦は第3Qに突入。誠凛は諦めることなく、スコアラーの日向と火神に希望を託す。しかしわずかな希望すらも赤司は摘み取ろうとしていた。その矛先は日向に。攻める気持ちを逆手に取るような実渕のシュート「地」の罠にかかりファウルを取られた日向は、審判に反論し痛恨の4つ目のファールを取られてしまう。絶体絶命のピンチの中で、再び黒子がコートに立つ。「影の薄さ」という武器を失った黒子に勝算はあるのか?! 新旧「幻の6人目（シックスマン）」黒子と黛が対決する！

火神の超広域ディフェンスと黒子の黛封じによって希望を取り戻し始めた誠凛。しかしそれでも差が縮まらない。状況を打開するには、まず無冠の五将の攻撃を止めることが必須。黒子と火神が作った流れにのってまず動いたのは伊月だった。葉山の高速ドリブルに挑む伊月の戦略とは…？ そして日向に代わって実渕とマッチアップした小金井は、思わぬカンの良さを発揮し、3種のシュートにくらいつく！

いよいよ最終第4Q！ ウインターカップ覇者が決まる10分間が始まった。小金井のプレイによって実渕攻略の糸口を見つけた日向は、5ファウルによる退場のリスクを負いながらもコートに復帰し、再び実渕に挑む！ そんな日向の覚悟に呼応するように勢いをつけた木吉も、渾身の力で根武谷を制しリバウンドをもぎ取る。無冠の五将を切り崩し、誠凛が流れをつかんだかに見えたそのとき、赤司が動いた…！

チームメイトを見限った赤司は、自らの力でゾーンに入り、オフェンスだけでなくディフェンスまでも一人でこなし始めた。その圧倒的な強さに対抗しようと焦るあまり思うように動けない火神に、黒子はふたりで赤司と戦うことを提案する。その言葉の通り、火神の動きを読んで逆方向へと動いた黒子が、ついに赤司を止めることに成功する。それはまさに、ふたりの力を合わせた擬似「天帝の眼（エンペラーアイ）」だった！ そして、光と影の連携に追い詰められた赤司に変化が現れ…?!

自問自答の末に覚醒した赤司は、チームメイトに謝罪して試合にのぞむ。そのプレイを見た「キセキの世代」たちは確信した。昔の赤司に戻っていると。赤司の完璧なパスによって作られる完璧なリズムはチームメイトたちの潜在能力を引き出し、全員がゾーンに入った状態を作り上げた。対する誠凛は、全員の体力の限界が近づき万事休すの状況に。しかしそのとき、誠凛を応援する声が会場に響く！

真のゾーンによってまさに一丸となって洛山につめよる誠凛。しかし残り時間は40秒を切り、じわじわと終わりが近づいていた。そのとき伊月から日向へと通った1本のパス。日向は実渕の得意技である「地」のシュートを決め、ついに1点差に！ 仲間たちの想いと共に運命のボールが黒子＆火神に託された…！ 勝利を手にするのは誠凛それとも洛山どちらか。ウインターカップの頂点が決まる！