高校生竹本タケルは、友人の二ノ宮リョウや、幼なじみでいとこの西野マリと何気ない日常を過ごしていた。 ある日の夕方、リョウと共にバイク便のバイトの途中、空からやって来た謎の光と遭遇する。一瞬意識を無くしたタケルは森の中で光る繭を見つける。 その中から、何と裸の美少女が落ちて来た!! 突然の出来事に戸惑いながらも、自らを「ヒカリ」と名乗りおびえる彼女にタケルは「ヒカリは自分が守る」と伝える。その時二人の前に謎の怪獣があらわれた！！

昨晩の出会いの後、ヒカリを自分の下宿先の家に連れて来たタケルだったが、いとこのマリにあっさりとヒカリが見つかってしまう。クラスメイトも集まり、ヒカリについて問いつめられるタケル。ヒカリは「タケルさんは私にとって大切な初めての人なんです！」と語る。 そのころ昨夜の森では女性科学者ジェニファーが怪獣の死骸を調べていた。 西野家に下宿する事にしたジェニファーは、ヒカリを見つけると一緒にシャワーを浴びる。 その場でのやりとりで、自分の存在に疑問をもったヒカリは、独りどこかへ行ってしまう。 それを知ったタケルは……

タケルと暮らし始めたヒカリは早くも家族のひとりとして過ごしていた。 その頃街では謎のコソ泥事件が発生し、学校でも噂となっていた。 そんなある日バイトを休んだリョウは、タケルがヒカリと出逢った森へと向かった。その外れにある湖の畔で雨にぬれる少女を見つける。少女は森の中で彼女がクオンと呼ぶものと暮らしていた。 リョウは少女の住む森に毎日通い始める。リョウと触れ合うことで、少女は自らをアカリと名乗る。

熱を出したアカリを連れて自宅に帰ったリョウ。紀美は兄のリョウがアカリを連れて来たことにびっくりぎょうてん。 最初は迷惑顔だった紀美だが、アカリがひとりぼっちだと聞くと、放っておけず面倒を見るようになる。 きまじめな紀美の意見で、3人はタケルの下宿に相談へ向かう。ジェニファーの「ふたりはもともとひとつだったのでは」という話から、ヒカリとアカリは自分達が姉妹のようだと互いに喜ぶのだった。 答えが出たために、紀美はアカリをおいて帰ろうとするが……

ジェニファ－の計らいで、学校に通うことになったヒカリ。そこに新しい出会いがあるのでは？と期待を胸に学校へ向かう。 タケルのクラスに転入したヒカリだったが、授業中の生徒たちのあまり楽しくなさそうな様子から、なぜタケルたちは学校に通うのか疑問に思うのだった。 そんな中、体育の時間中に実施された避難訓練の途中、ヒカリは突然校庭へ向かう列を離れ、校舎へと向かう。学級委員の吉田まゆはヒカリの後についていくが・・・

待ちに待った夏休み、山へキャンプに出かけたタケル達一行。初めてのキャンプで、川遊びや魚釣り、屋外での料理などを楽しむヒカリやアカリ。 その夜、夏休みの定番「肝試し」をすることにした一同。タケルとペアになりうれしいヒカリと、二人きりで何を話ていいか分からずあせるタケル。 そして、そんな二人を隠れて見守る一同の前で、突然、ヒカリがタケルに抱きついた。暗闇の中、タケルとヒカリの距離が急接近し・・・

一丁の海の家（副業）を手伝いにきたヒカリ一行。ヒカリをはじめ、マリやジェニファーなど女性陣が水着姿で出迎えるお店は大反響。 そんな中、タケルともっと親しくなりたいと考えたヒカリは、タケルに良いところを見せようとお店の手伝いを頑張るが、逆に失敗してばかり。 タケルとヒカリは海にお店で使う食材をとりに出かけるが、突然ヒカリはタケルにキスをしようと迫る。その様子を見てふたりのところへ向かうマリ。その時再び怪獣がヒカリたちの前に現れ・・・

再び現れた怪獣に、改めてヒカリを守ることを決めたタケル。しかしその騒動が落ち着くと、また穏やかな日々が過ぎていく。 そんなある日、ヒカリとタケルは庭で鳴く鈴虫を見つけ、ヒカリの部屋で飼うようになる。また、海でヒカリとタケルのキスシーンを目撃したマリは、ヒカリに自分もタケルが好きだと宣言するが、ヒカリはマリも自分と同じくタケルのことが好きな事を純粋に喜ぶ。そんなヒカリに拍子抜けしてしまうマリ。 そのころ西野家を離れていたジェニファーは、他の学者を前に、一連の事件にまつわる自分の学説を説いていた・・・

一丁から、壊れたバイクを売ってもらったタケルはそのバイクを修理しようとする。ボロボロのバイクをタケルに与えた一丁に文句を言うマリだったが、その理由を聞き、タケルを手伝うため、クラスメートと共に使えそうなバイクのジャンクパーツを探しに行く。 バイクの修理中、タケルはリョウとお互いヒカリやアカリのことをどう思っているのかを話していた。夜、一仕事終わったとばかりにくつろぐ面々。 そのころヒカリは、アカリに自分達が地球に来た理由を知っているのではないかと、問いかけていた。アカリが語る二人の秘密とは･･････

自らの役割、この世界を滅ぼす存在、であることを知りつつ、それを避けようと思い悩むヒカリ。そのころマリは自分の思いをタケルに告げるための決心をしていた。 思い悩むヒカリを心配し、元気づけようとヒカリをデートに誘うタケル。そのままヒカリにキスをしようとしたところをマリに見られてしまう。駆け出すマリを追いかけたヒカリだが、マリの言葉から自分が彼女を傷つけていたことにショックを受ける。ヒカリに追いついたタケル。そこに怪獣が襲いかかる。しかしタケルは変身できず、ヒカリに襲いかかった怪獣は一瞬でバラバラにされてしまう。 凄惨な現場に集まった一同。ジェニファーはそこでED覚醒体と呼ばれる怪獣の説明と、ヒカリが滅びをもたらす存在であることを告げる。その説明を受け入れず、ヒカリを抱き締めるタケル。しかしヒカリはタケルの想いを拒絶し、タケルすら忘れていたある事実を突きつける･･････

ヒカリに見せられた自分の過去に反応するかのように変身するタケル。全てを壊したくなるような感情を必死に抑えるタケルに、ヒカリはその心のままにすればいいと告げる。 滅びを始めようとするヒカリに、アカリが立ち向かおうとするが、リョウがそれをとどめる。リョウの言葉にヒカリがまだ迷っていることに気づいたタケルは再びヒカリの元へと向かう。逃げるヒカリと追うタケル。 そのころアイオニオスは皆にわかれを告げ、自らの役割を果たすために動き出す。途中ヒカリに何度も弾き飛ばされながらも、ついにヒカリへと追いつくタケル。ヒカリを引き寄せ強引にキスをするタケル。 そのころ森では空を覆い隠すほどの無数の赤黒い蝶とともに巨大なアイオニオスが現われていた。

大切なこの世界を守るため、タケルと共に滅びを止める決心をしたヒカリ。そのころアイオニオスは滅びの準備を始めていた。それを阻止しようとするアカリ。 今まで謎だったアカリの役割に気づいたアイオニオスだったが、その行いを止めようとはしなかった。巨大なアイオニオスに捕まえられるアイオニオス。そこへジェニファーが最期までつきあうとばかりにしがみつく。 ヒカリと共に滅びを止めようと決心したアカリはリョウに別れを告げる。そんなアカリにリョウはキスをしようとするが、アカリに「家族だから」といわれ額にキスをした。 巨大アイオニオスのもとへたどり着くヒカリ、アカリ、タケル。滅びを止める鍵であるクオンを手に、必死にアイオニオスにむかうタケル。 そして・・・