遺伝子の適正から軍事訓練を受けていたミカ・セイドウは、謎の多い“Sミッション”のために召集された。超エリートのアタッカーばかりが集う宇宙ステーションに、とまどうミカ。そんな中、この世界では珍しい“男”を見かける。彼の名はヒロト・アマギワ。忘れもしない、ミカの親友の仇だった…。

ステーションに残る脱出ポッドに生存者がいることが判明。救出を呼ぶミカに、7分限定のミッションの許可が下る。バグだらけのシャフトに、苦しむミカ。あと少しでポッドに手が届く。その時…。

シャフトを使って破壊を目指すビルキス。だが、システムの安定しないシャフトを前に、乗り込みを拒否するドライバたち…。そんな中、ビルキスからの攻撃で対リング戦は始まったかに見えたが…。

地球政府統合軍から独立したビルキスは、データのサルベージを行うために、軍の手の届かないガニメデへと向かった。そんな中、ミカたちはセルゲイから、ビルキスの目的が、リング発現の元であろう“オベラス”という正体不明のものを見つけ出し、シャフトで破壊することだと知らされる。一方、シャフトドライバとしての資質に関して揉めるミカとミール。セルゲイはミールをガニメデの遺跡に案内し、謎の解明を示唆する。

チキによるシャフトのテスト中、リングが出現。だが、姿はすぐに消えてしまう。困惑の中、ミカはユニット内に倒れているチキを発見、その首すじにはリングによる吸血の跡があった。緊張が走るビルキス内に、小型リングが出現、次々と倒れていくクルーたち…。そして、リングは、ウイルスまでビルキスにもたらしていた。

外宇宙を航行中、ビルキスは漂流していた21世紀の小型シャトルを回収する。乗組員もやはり21世紀の男三人。ヒロトは野蛮人だとして隔離を命じるが、ミカたちはすぐに彼らと打ち解ける。だが、遺伝子操作社会に怒りを覚えた男たちはブリッジを占拠、地球への帰還を訴えた…。

突然のリングの出現に対し、シャフトで迎撃するミカ。フリーズに悩まされながらも再起動を試みるうちに、シャフトの異常に気づく。そんな中、ヒロトは意味不明な言葉を発し、奇怪な行動に出る。見かねたマリオは指揮権を剥奪、ビルキス撤退を命じるが…。

致命傷を負いながらもガニメデ宙域まで逃げてきたビルキスを待っていたのは、ガニメデからの反逆罪だった。更に、行方不明だったレミィから裏切りの通信が入る。セルゲイへの想いを捨てきれないミール、そして、困惑するビルキスクルーたち。困惑の中、突如送られてきた大量のデータとは…。

意識不明のヒロトに代わり指揮をとるマリオは、巧みな交渉で地球艦隊との戦線を膠着状態に持ち込んでいた。一方地球艦隊には、マリオをあざ笑う一人の男、ジャン・ゲドゥの姿があった。彼は艦隊司令を自らの手で葬り、ビルキスへの宣戦布告を果たそうとするが…。

ジャンの仕組んだウィルスの侵入により、徐々に木星の重力に引き寄せられるビルキス。必死のデバッグ作業が行われる中、ミールはシャフトの転送プログラムを完成させる。絶体絶命の危機に、マリオは、自らジャンのもとへ乗り込むことを決意した…。

遂にミールはシャフトそのもので単身ガニメデへと向かう。ミールを追うミカと、ミカを追うソフィア。一方、ドルチェはシャフトの最終プログラムを完成させていた。だが、新しいプログラムをインストールしたシャフトには大きなバグが…！

遂に目覚めたヒロト。だが、ビルキスは多くのクルーを失っていた…。一方、復讐を果たすべくセルゲイのもとへ乗り込んだミールは、もう一つのシャフトを託される。オべラスの、そしてガニメデの、すべての幕引きを行うために…。

オベラスへ向かうミカの前に現われたのは、ミールが乗った黄金のシャフトだった。シャフト対シャフト、ヒロト対セルゲイ、オベラスの最終プログラム発動…。それぞれの想いが交錯する中、最終決戦が始まった…。