全人類の期待を受け修復完了した巨大宇宙戦艦マクロス。 その進宙式の式典が盛大に執り行われようとしていた。 しかし丁度その頃、正体不明の異星人艦隊が地球に接近しつつあった。 艦隊から斥候艦が発進、地球に接近したそのとき、 何の前触れもなくマクロスは勝手に主砲発射態勢に移行、 異星人との戦闘が開始されてしまう。

マクロスの放った主砲は、衛星軌道上のゼントラーディ艦を撃沈。 両軍が交戦状態に突入したことで、南アタリア島は戦場と化す。 その混乱の中、輝は未沙に訓練機ＶＦ-１Ｄでの出撃を命じられるが、 空中戦で被弾。墜落した市街地でミンメイと出会う。 彼女を守るため、敵戦闘ポッドを撃破する輝。 そこで彼が見たものは・・・。

輝とミンメイは、フォッカーのＶＦ-１Ｓに救出され、 マクロス艦内へ避難する。 ところが南アタリア島から発進したマクロスは、ゼントラーディ軍の 猛攻により、宇宙での統合軍艦隊との合流を阻まれる。 グローバル艦長は、敵の執拗な追撃を振りきるべく月の裏側を 目指し、地表付近での超空間航法・フォールドを敢行するのだった。

フォールドの結果、マクロスは南アタリア島一帯の空間とともに、 冥王星軌道に出現。グローバル艦長は、５万人以上の島民の収容を 指示する。これに巻き込まれた輝とミンメイは、小型機で宇宙を漂流。 ようやくたどり着いた艦内は、無人の閉鎖区画だった。 そこでの避難生活を経て、輝とミンメイは親密さを深めていくが・・・・。

プロメテウス、ダイダロスと連結し、戦力を補強するマクロス。 だがフォールド・システムは初使用時に消失し、通常航行を余儀なくされる。 さらにそれは主砲の発射不能という事態にも及んだ。 艦体構造を組み替えるトランス・フォーメーションにより主砲の 機能は復旧するが、その代償は市街区への甚大な被害を伴うもの だった。

マクロスではフォールド・システム消失跡のエネルギーから、 ピンポイント・バリアを開発。 グローバル艦長は、これを契機にゼントラーディ軍への奇襲を決行する。 だが強攻形態を維持したマクロスは、敵の機動力に翻弄される。 危機的状況の中、未沙はダイダロス艦首にバリア集中し、敵艦に突撃させる 起死回生の戦法を提案する。

火星軌道内へ到達したマクロスに、無人のサラ基地から通信が届く。 だがそれは、ゼントラーディ軍の機甲師団長カムジンが仕掛けた 罠だった。物資補給と調査を兼ねて基地に降下したマクロスは、 敵の重力機雷によって行動不能に陥る。 グローバル艦長は未沙に、地中の機雷を除去すべく、 基地反応炉の破壊を命じるのだが・・・・。

マクロスの航海開始から８ｹ月。 ミンメイは、艦内で１６歳の誕生日を迎えた。 一方、輝はこれまでの戦果を認められて少尉へ昇進。マックス、 柿崎の２人を率いる小隊長になる。ミンメイの誕生パーティーを 祝うため、中華料理店「娘々」に駆けつける輝たち。ところがその 直後、カムジン部隊が襲来。全艦に緊急出動が発令された。

マクロス艦内放送局の開局を記念して、ミス・マクロス・コンテストが 開催された。ミンメイも歌手を目指して出場することになる。 その頃、輝は軍務に追われ、ミンメイとすれ違う機会が増えていた。 コンテスト当日、最終選考に残ったミンメイ。しかし結果発表の 直前、輝は未沙にマクロスへ接近する偵察機の迎撃を命じられる。

カムジンの攻撃で広域監視レーダーを破壊されたマクロス。 未沙は哨戒任務を志願し、偵察機に搭乗する。輝の小隊は その護衛を命じられた。偵察機の発進を確認したブリタイは、 マクロス乗員の捕獲計画を実行。未沙は偵察機ごと捕らわれ、 ブリタイ艦へと収容されてしまう。輝の小隊は彼女を救出すべく、 敵艦内に潜入していく。

ブリタイの驚異的な戦闘能力の前に、輝と柿崎のバルキリーは大破。 ２人は未沙とともに捕虜になる。唯一機体の破損をまぬがれた マックスは、ブリタイ艦内部に潜入し、輝たちを救出する機会をうかがう。 しかし、艦は太陽系から基幹艦隊の展開宙域へとフォールド。 輝たち３人は、艦隊司令官ボドルザーの前に連行される。

マックスのＶＦ-１Ａは敵兵に変装し、輝たちと合流。敵艦からの 脱走をはかる。一方ボドルザーはロリーたち３人に、地球人を調査すべく、 マクロス艦内でのスパイ活動を指示する。輝たちは、混乱に乗じて 太陽系内にフォールドする敵艦への潜入に成功。その艦とマクロスが 接触した際に、彼らは敵ポッドを奪取し、船外への脱出する。

敵艦から奇跡的に生還した輝、未沙、マックス、柿崎。未沙が報告 する敵基幹艦隊の戦力規模に、がく然とする首脳陣。 グローバル艦長は、この事実を統合軍本部へ伝えるべく、敵包囲網の 突破を決断する。昇進した４人は、歓迎レセプションに出席。 輝は今やスターになったミンメイと再会する。一方、地球を目指して 加速するマクロスは敵艦隊に包囲され、その進路を阻まれていた。

予想外のフォールド効果で冥王星軌道に出現してから１年。 マクロスは、ついに地球に帰還した。しかしゼントラーディ軍は、 地球上空の包囲網を維持。統合軍の戦力を凌駕するという 基幹艦隊の存在とともに、より深刻な脅威となっていた。 グローバル艦長はこの航海で得た情報を統合軍本部へ提出すべく、 レポートを作成する。

グローバル艦長と未沙は、アラスカの統合軍本部に出頭。しかし 軍上層部は、２人が提出したレポートに冷酷な回答を出す。 それはゼントラーディ軍との停戦交渉案の却下と、艦内避難民の 受け入れ拒否という結論だった。一方ミンメイは、輝とともに 故郷の横浜・中華街に帰省。そこで彼女は、両親や従兄のカイフン と再会する。

カイフンは、ミンメイの保護者としてマクロスに乗艦する。 彼に初恋の人・ライバー少尉の面影を重ねる未沙。ところが カムジン部隊との戦闘の際、未沙は心の動揺からダイダロス・ アタックのタイミングを外してしまう。 ダイダロスの艦首は敵艦を貫通。ミサイル一斉発射の軸線上にいた 輝のＶＦ-１Ｊは、この攻撃で被弾してしまう。

ダイダロス・アタックに巻き込まれ、重傷を負った輝。病床の彼は 朦朧とした意識のまま、悪夢にうなされる。夢の中のミンメイは 歌手デビューをはたし、ファースト・コンサートを開催。 だが会場にブリタイが乱入し、彼女は拉致されてしまう。 ミンメイを救出するため、輝は軍に入隊。出撃と撃墜を繰り返し、 輝の悪夢は続く・・・。

フォッカーは入院中の輝を気づかい、ミンメイに見舞いを頼む。 ミリアは、カムジンから聞いた「凄腕パイロット」の存在を 確かめるべくマクロスを襲撃。その戦闘中、マックスを強敵と 認識したミリアは、執拗に彼を狙う。 マックスの援護に向かおうとするフォッカー。だがその隙を突かれ、 彼は背後から敵の攻撃を受けてしまう。

マクロスは、艦内避難民の受け入れ先を求め、唯一受け入れを申し 出た北米・オンタリオ自治区に向かう。そこへカムジンの部隊が 襲来、マクロスに艦砲射撃を加える。グローバル艦長は、艦体 すべてをカバーする新開発の全方位バリアで応戦。 だがバリアは、限界を超えた攻撃の負荷に耐えきれず、エネルギーを 爆走させてしまう。

ボドルザーは、マクロスのバリアの爆走を新兵器と誤解。 その脅威に対応すべく、ブリタイを再び地球圏へ派遣する。 ロリーたち３人のスパイは、ブリタイ艦隊へ帰還。彼らはマクロス 艦内での体験をブリタイに報告する。一方グローバル艦長は、統合 軍本部からマクロスの地球圏外出撃を命じられる。 それは、事実上の地球退去あった。

マクロス艦内では、ミンメイとカイフンの主演映画「小白龍」が 上映初日を迎えていた。輝はミンメイのキスシーンに動揺し、 上演途中で退席。同じく映画館から出てきた未沙と偶然出会う。 そのとき敵軍襲来の警報が響き、マクロスは緊急トランス・ フォーメーションを開始。輝と未沙は、変形のアクシデントに 巻き込まてしまう。

ボドルザーの命令により、ブリタイはマクロス捕獲作戦を開始。 マクロス艦内を制圧すべく、カムジン率いる突入部隊が内部へ 侵入する。その部隊にマクロスへの亡命を希望する、ロリーたち ２３名も紛れ込む。 艦内の野外ステージでは、ミンメイのコンサートが開かれていた。 だがそこへ、敵戦闘ポッド軍が乱入。会場は混乱に陥る。

マクロス艦内に突入したゼントラーディ兵は、初めて見る街の様子や ミンメイの歌声を聞き、カルチャーショックを受ける。 その影響で戦意を失い、戦闘を放棄する兵が続出。指揮系統は混乱を きたす。状況を憂慮したブリタイは作戦を断念、撤収を命じる。 一方、脱走したロリーたちは、マクロスへの亡命を認められるのだった。

未沙は報告書を携え、単身シャトルで統合軍本部のあるアラスカ 基地へ向かう。それをカムジンの部隊が襲撃するが、輝の救援で シャトルは危機を回避する。アラスカ基地で未沙は父の早瀬提督と 再会。未沙は提督にゼントラーディ軍との停戦を訴えるが聞き入れ られず、娘の未を案ずる提督にマクロスからの退艦えお命じられる のだった。

マックスとミリアは３度の対決を経て互いを認めあい、やがて愛し あうようになる。グローバル艦長は、マックスと元ゼントラーディ 兵のミリアとの結婚が、戦争終結のカギになりうるのではと考え、 マクロスで盛大な結婚式をおこなう。 その模様は、艦内放送局を通じて地球ばかりではなく、ブリタイ 艦隊にも発進されるのだった。

ブリタイ艦隊のエキセドル参謀が、和平使節としてマクロスに乗艦 してきた。エキセドルは、「文化に汚染された」ブリタイ艦隊が、 地球とともにボドルザーの基幹艦隊の総攻撃で抹消される危険性を 指摘する。その危惧は的中し、基幹艦隊が地球に接近。 エキセドルの提案を受け。グローバル艦長はブリタイ艦隊との同盟を 締結する。

ボドルザーの基幹艦隊は地球を包囲。その一斉砲撃は地表を瞬時に 焦土と化す。決戦前、輝は「みんなのために歌ってほしい」とミン メイを励ます。自軍を鼓舞し敵に動揺を与える効果が期待される、 というエキセドルの提案で、ミンメイの歌が全戦闘宙域に発信される。 マクロスは戦場に流れる歌声とともに敵旗艦中枢へ進撃する。

ボドルザーの基幹艦隊との決戦から２年。わずがに生き残った人々 により地球は復興の兆しを見せつつあった。マクロス・シティをはじめ、 各地には都市が再建されていた。輝は、都市周辺のパトロールに従事し ていたが、その途中、緊急連絡を受信する。ゼントラーディ人が武器を奪い、 暴動を起こしたとの通報に、輝は現場に急行する。

地球に帰化したゼントラーディ人には、平和な生活になじめず 不満を持つものたちもいた。彼らが起こす散発的な暴動は各地 に広がり、ついにマクロス・シティでも暴動が発生。 地球に潜伏していたカムジンとその一味は、不満分子を取り込み 組織化していく。一方ミンメイは、歌う目的を見失い、孤独に 打ちひしがれていた。

新統合政府は、将来予想される他のゼントラーディ軍や監察軍との 遭遇に対処すべく軍備増強を計画。その一環として、ゼントラー ディ軍の自動工場衛星の奪取作戦が立案された。作戦遂行のため、 ブリタイ艦隊に輝たち地球人を加えた混成部隊を編成。この任務には マックスとミリアも、一人娘のコミリアを連れて参加していた。

マイクローン化装置の強奪を狙うカムジン一味が、トラッド・シティで 暴動を起こす。輝の部隊はこれを鎮圧。輝は市長に、装置の管理を 新政府へ移すよう勧告する。だが市長は、自治権を理由に輝の提案を 拒否する。カムジンは、輝の部隊が撤退した隙を突いてトラッド・シティ 襲撃を再開。装置の強奪を成功させるのだった。

カムジンは、強奪したマイクローン化装置で、 仲間の反乱分子に再び巨人の肉体を与える。これにより、カムジンの 組織は、一気に勢力を拡大。ミンメイとカイフンを誘拐し、人質に とったカムジンは、新政府に戦艦１隻の引渡しを要求する。 輝はカムジン討伐を指揮する未沙を説得し、人質奪回を最優先にした 救出作戦を実行する。

ミンメイへの嫉妬から、輝に厳しい態度で接する未沙。 輝のほうもそんな未沙の態度に気分を害し、２人の関係は険悪な ムードになってしまう。輝に対して素直になれない自分に悩み、 後悔する未沙。クローディアはそんな未沙を気づかい、自らの体験を語る。 それは、若き日のフォッカーとクローディアの出会いの物語だった。

輝と未沙は、２人でピクニックに出かける約束を交わす。 ところが未沙との約束の当日、突然ミンメイから輝に電話がかかって きた。今すぐ会いたいと話すミンメイ。優柔不断な輝は迷うものの、 未沙との約束を反故にし、ミンメイのもとに向かってしまう。 その頃、何も知らない未沙は、待ち合わせの場所で輝を待ち続けるの だった。

クリスマスを迎えたマクロス・シティ。街にはミンメイ失踪の 報道が流れていた。自分が歌うことの意味を見失い、逃げるように 街を彷徨うミンメイ。彼女が頼れるのは、いまや輝だけだった。 その頃、戦力拡大を狙うカムジンは廃棄艦を修復。 廃棄艦のエンジン修復用パーツを求め、カムジンは工場街オノギ・ シティを襲撃する。

未沙は輝との関係に悩み、軍を辞めようかと考えていた。 一方ミンメイは、輝の家に身を寄せ、輝に軍人を辞めるように説得 していた。二人の女性の間で、どちらと決めかねる優柔不断な輝。 そんな折り、未沙に対してグローバル艦長は、宇宙移民のための 戦艦の艦長就任を打診するのだった。 輝に別れを告げに向かう未沙だったが・・・。