「この世界」を救うため、白銀武は再び「元の世界」へ行き、香月夕呼からオルタネイティヴⅣの鍵となる数式の回収を果たす。そして「この世界」へと戻ってきた翌日、第207B分隊に招集がかかる。そこで告げられたのは、第207衛士訓練小隊の解散――それは、武たちが訓練兵から正規兵になったことを意味していた。

念願の正規兵となった第207小隊は、白銀武が考案し、自分たちで育てた新型OS・XM3の有用性を実証するためのトライアルに参加する。歴戦の衛士たちを相手に、XM3の性能を十分に見せつける武たち。その最中、演習場にBETAが出現。BETAとの戦いに逸った武は突撃するが、返り討ちにあい、己の無力さを痛感する。

白銀武が変えようとした未来は、神宮司まりもの死という形で歴史を紡いだ。己が変えようとした未来の結果に絶望した武は「元の世界」へ逃げ場を求める。元の世界で生きているまりもに安堵する武。しかし、因果導体となった武の存在は元の世界にまで影響を及ぼすことになるのだった。

白銀武を基点に「元の世界」が歪み始める。武の記憶が周囲の人たちから次第に失われていく中で、鑑純夏だけが彼の記憶を手放さないよう、日記を書き続けていた。しかし白銀武という存在は、ついに純夏の運命にまで影響を及ぼすのであった。武は己が振りまく災いを払うため、もう一つの世界へ戻ることを決意する。

白銀武は「元の世界」の香月夕呼の協力を得て「この世界」への帰還を果たす。己が関わった全ての世界を救うため、再び立ち上がる武。そんな武に、夕呼は00ユニットが完成したことを告げる。それは全く予想だにしない姿をしていた。

白銀武は一週間後に控えた運用評価試験に向けて、鑑純夏（00ユニット）の調律を命じられる。BETAへの憎悪以外の感情が欠落してしまっている純夏のために、武は「元の世界」での楽しかった記憶を頼りにプレゼントを用意する。武の献身で、徐々に理性を取り戻していく純夏。すると彼女は「この世界の白銀武」のことを口にする――。

2001年12月23日。佐渡島にあるBETAハイヴの制圧を目標とした大規模作戦「甲21号作戦」が発令される。それは、鑑純夏が搭乗する凄乃皇・弐型の攻撃によるハイヴ殲滅という、00ユニットの運用評価試験でもあった。初陣を前に、緊張を隠せない白銀武たちは、作戦を成功させること、そして全員が生き残ることを誓う。

2001年12月25日。「甲21号作戦」が開始される。帝国と国連の連合軍とBETAが激戦を繰り広げる中、白銀武たちの所属するA-01部隊・伊隅ヴァルキリーズは、作戦ポイントに向かう凄乃皇・弐型を守るため、BETAに奇襲作戦を仕掛ける。

伊隅ヴァルキリーズの奮戦と鑑純夏が駆る凄乃皇・弐型による砲撃によって、BETA侵略の証であるハイヴの外観が吹き飛び、ついに人類はBETAに一矢報いることに成功。誰もが作戦の成功を確信するが、突如として凄乃皇は機能を停止してしまう。白銀武は純夏を守るため、伊隅みちると共に凄乃皇の元へと向かう。

00ユニットを回収した白銀武は、仲間の援護を受けながら撤退を開始。一方、凄乃皇・弐型に残った伊隅みちるは、凄乃皇の再起動を試みる。しかし、凄乃皇の起動によって佐渡島にいる全てのBETAが、地下より新たな大軍を加えつつ、凄乃皇へと殺到し始めるのだった。

伊隅みちるが凄乃皇・弐型を囮にしたことで、白銀武は鑑純夏と共に無事、帰還に成功する。しかし同時に、それは伊隅が皆の犠牲になることを意味していた。残された時間の中で、伊隅は武が心に抱える恐怖を取り除き、伊隅ヴァルキリーズの仲間たちに地球の未来を託す。

多くの犠牲を払った「甲21号作戦」は一応の成功を収め、帝国からBETAは排除された。しかし、人類が勝利の美酒に酔える日はまだ遥か彼方。厳しい戦場を生き残った白銀武たちは、伊隅みちるの死を乗り越え、彼女が残した言葉を胸に未来を夢見て進んでいく。