海宮内島できこりの手伝いをしながら、空手の稽古に励むリュウの元にある日、アメリカに住む友人、ケンから手紙が届く。そこには百ドル札の束とアメリカにこいというメッセージだけだった。友人からの突然の誘いにとまどいながらもリュウは日本を離れる決意を固める。

ケンの誘いで渡米したリュウは、サンフランシスコで刺激的な第一夜を迎えていた。ダウンタウンのパブ"マウント・フジ"でケンがアメリカ空軍の軍人に喧嘩を売り、大乱闘が始まってしまう。そして軍人たちと同じ制服を着ている大男、ガイルとリュウは闘うことになる。

香港に着いたリュウとケンは、ツアーガイドである春麗と共に九龍城に向かった。目指すは賭博格闘場"魔闘窟"。飛び入り参加をしたリュウは見事にチャンピオンを倒す。ところが、闘いにも、賭けも惨敗した賭博格闘を仕切る、チャイニーズ・マフィアのドンである麟王人を怒らせてしまい...

リュウとケンは暗黒街のボス、麟王人を怒らせてしまった。春麗を守りながら"魔闘窟"を抜け出すが、迎えのヘリコプターを呼ぶための携帯電話をなくしたことに気づく。「三人を生かして帰すな！」との命令に、群衆は殺戮集団と化す。三人は九龍城を脱出することができるのか...！

カンフー・スター、飛龍（フェイロン）の撮影現場を見学していたケンは、突然スタントマンとして参加することになった。本物のアクションを目指すフェイロンにとって、ケンは願ってもない相手だったが...。

春麗の家、銅昴（ドウライ）の道場に向かう途中、リュウは「気」という不思議な力を操る老人に出会う。リュウの隠された才能を見抜いた老人は、気功術の手ほどきをしていく...。

麻薬捜査官である春麗の父、銅昴は麻薬密輸団"阿修羅"を追っていた。ある日"阿修羅"が春麗を誘拐しようとするが、リュウとケンの活躍で失敗に終わる。怒った"阿修羅"は春麗の道場に刺客を送り込む...！

リュウとケンは銅昴の捜査に協力するため、タイに乗り込んだ。しかし、何者かの罠でリュウが刑務所に入れられてしまう。そこには、ムエタイの使い手サガットが待っていた...。

かつてムエタイチャンプであったサガットは、リュウと闘いその実力を認める。昔、八百長試合を断ったサガットは、阿修羅に無実の罪を着せられ刑務所に入っていたのだ...。

ケンの必死の追跡で、リュウを陥れた犯人が阿修羅だということかわかり、二人は阿修羅壊滅に動き出す。リュウの疑いをはらすことは出来たが二人は阿修羅の背後に何か大きい悪の組織の存在かあることに気づく...。

サガットにすすめられて波動を極めるため、インドへやってきたリュウとケン。しかし二人は、ダルシムという僧侶に「攻撃的な心を持つ獣には波動を操る資格はない」と言われてしまう。リュウとケンは留まることにするが...。

村の洞窟に眠る秘宝を狙った盗賊が現れた。しかし、魔物が棲むといわれているその洞窟から生きて出てきたものはいない。リュウとケンは村人を守るため、盗賊の要求通り洞窟へ入っていく。ダルシムは「魔物とは自分の心に宿る闘神だ。心を無にすれば倒すことか出来る。」というのだが...。

ダルシムの下で修業を続けていたリュウは、ある日、波動拳を発することに成功した。しかし、まだ力をコントロールできない。リュウは、格闘家への道が険しいことを悟り、波動拳の完成を目差しさらなる修業を決意する...。

"阿修羅"壊滅への貢献を表彰され、リュウとケンはスペインのバルセロナに招かれた。春麗と再会した二人は、闘牛場で美しい闘牛士バルログに出会う。その夜、春麗の眠る部屋に怪しい人影か現れる...。

ケンの元に舞踏会の招待状が届く。大喜びする春麗をエスコートして参加することにする。ケンと春麗が会場に行くと、そこには金網に囲まれたリングとバルログが待っていた。そしてパーティにシャドルーの総裁ベガが現れて...。

バルログとの死闘を繰り広げるケン。労せずしてケンと春麗が手の中に転がり込んできたと喜ぶベガ。一方、ケンの危機を知らないリュウは、一人、波動拳を修得しようと修業に励んでいた...。

ケンとバルログの死闘はケンの昇龍拳で決着がついた。シャドルーの総裁ベガは、ケンに強い興味を覚える。その頃、インターポールに潜入していたシャドルーのスパイ、バイソンはキャミィに銅昴の暗殺を依頼していた...。

試合後、注射を打たれて意識を失ったケン。抵抗する春麗も、ベガのサイコパワーの前に倒されてしまう。ケンは拉致され、ベガはケンの父親に十億ドルの身代金を要求する。一方、暗殺を依頼されたキャミィが銅昴を襲う...。

銅昴に襲いかかるキャミィ。首にワイヤーを巻き付けられた銅昂は、ホテルのベランダから地面に叩き付けられる。一方、身代金を要求されたケンの父親は、ＣＩＡに助けを求めた。かつてケンと拳を交わしたガイルと、その親友ナッシュが救出に向かう...。

一人で"気"を練る修業を続けていたリュウにも、ベガの魔の手が伸びていた。ベガの手下ザンギエフがその怪力で、リュウを拉致してしまう。一方、バルセロナ市内の病院には、キャミィの攻撃で瀕死の重症を負った銅昴が担ぎこまれていた...。

ベガの別荘では、意識を失ったリュウが実験室中央の拘束台に寝かされていた。彼のこめかみ近くには、ハイテクマシンへとつながれていた。それはリュウを思い通りに操れる"サイバーチップ"を埋め込むための機械だった。その頃、テレビでは銅昴が事故死したというニュースを映していた...

救出に向かったガイルとナッシュはベガの島へと侵入した。だが、すでにリュウの額にはサイバーチップが埋め込まれ、リュウはベガの意志のままに動く、シャドルーの戦士になってしまっていた。一方、ケンの波動が昇竜拳を放つことに成功する...！

悲嘆にくれるフェイロンは銅昴が実は生きていることを知る。そしてインターポールから正式に協力の要請を依頼される。銅昴の死亡を疑うバイソンも、キャミイを連れて病院にきていた。一方、ケンは変わり果てた春麗を目撃して...。

シャドルーの要塞の中を探っていたケンは、変わり果てたリュウと春麗を発見する。二人は、サイバーチップを埋め込まれシャドルーの戦士になっていたのだ。脱出を促すケンに、リュウは拳を向ける...。

サイバーチップを埋め込まれ、ベガにコントロールされているリュウは、ケンに容赦なく攻撃を加える。リュウのことを気遣い反撃のできないケンは、徐々にダメージを受けていく。要塞の中では、救出にきたガイルがザンギエフの恐るべきパワーに行く手を封じられていたが...。

ガイルがザンギエフと壮絶なバトルを繰り広げている間に、ナッシュは一足先に最上階の入口に到着。激しい肉弾戦を征してザンギエフを退けたガイルも、急いでナッシュの後を追った。だがナッシュはベガのサイコパワーの前に敗れてしまい...。

シャドルーの要塞の中ではリュウとケンの壮絶な死闘が続いていた。リュウは、ケンに対して波動拳を放とうと気を練り始めた。それを見たケンも気を練り始める。ぶつかり合う二つの波動の衝撃で、リュウの額からサイバーチップがはがれていき...。

ベガに向かって突進するガイル。そんなガイルに、サイバーチップによってベガに操られている春麗が攻撃しかけてくる。ベガ、春麗と死闘を繰り広げていたガイルは、絶体絶命の窮地に追い込まれていた。そこへ、リュウとケンが乱入してきて...。

正気に戻ったリュウは、ケンと共にベガと対峙した。いよいよ"最後の決着"の時を迎えた。ベガはリュウたちを、死闘の場として閃光きらめく異空間へと導いた。その頃、異空間の外では春麗とガイルのバトルも激しさを増していた。激しいバトルの中でリュウは"波動の本質"を見出して...