TVアニメ銀魂、新シリーズ再開！！ ところが、銀時、神楽、新八、以外の時間が止まってしまった！どうやら、ＵＦＯ墜落現場から拾ってきた「三千世界時計」を銀さんが破壊してしまったことが関係しているよう。故障した時計を修復すべく、からくり技師・源外の元を訪れるが、源外の時間も止まっていて…。時計の針を無理やり進めて修理をお願いすることを思いつく３人だが…！？

世界の時間が止まった原因がただの時計の電池切れだと気づいた万事屋の３人は、替えの電池を求めて、UFOの墜落現場に向かう。そこには、現場検証を行う真選組と、電池を握ったまま時間が止まった土方の姿があった。電池を手に入れるため、土方の手を開こうと試行錯誤を重ねる銀さんたちだが、銀さんの悪ノリも手伝って物語は意外な方向に…。止まった時間は再び動き出すのか…！？

万事屋の張り込み調査を命じられた真選組監察方・山崎退。暇を持て余す銀さんを見張り続けることに意味を見いだせなくなっていた頃、故障したスーパーのレジに優しく話しかけるたまに、一目惚れしてしまう。それ以来、たまの姿ばかり追ってしまう山崎だったが、そのことが悪だくみをする沖田にバレてしまった…！万事屋や真選組も巻き込んで山崎の恋路は思わぬ方向へ…！

・年号暗記より人間焼きつけろ 苦手な歴史の年号暗記を月詠から教わる晴太。月詠のスパルタな勉強法に嫌気が差した晴太は、銀さんに家庭教師のバイトをお願いすることに。中途半端なことは出来ないと意気込む銀さんだが、その暗記法はどこかズレていて…。 ・エロ本隠して○○○隠さず 新八がタカチンから預かった「HOLOVEる」はちょっとエッチなところもある漫画。その保管場所をあれやこれやとアドバイスする銀さん。二人が行き着いた「HOLOVEる」の究極の隠し場所とは…！？

・鏡は美も醜もありのままを映し出す ある日、万事屋の洗面台に備え付けられた新品の鏡。それは、さっちゃんが銀さんのあられもない姿を覗き見るために設置したものだった！さっちゃんが目の当たりにする、万事屋３人のありのままの姿とは…！？ ・免許証の写真を気に入ってる奴は皆無 真選組での裏方仕事をなかなか評価されない山崎は、服部全蔵が持つ忍者免許を目撃する。隊士のみんなを見返すため、忍者免許の取得を思いたち、教習所にむかった山崎だが、ベテラン忍者が教官を務める教習内容はどこかおかしくて…！？

攘夷志士同窓会に呼ばれた銀さん。出番欲しさに桂と坂本が主催したものと思いきや、招待を出したのは攘夷戦争時代の盟友「黒子野太助」だった！しかし、一行はなぜか黒子野のことをまともに思い出せない…。黒子野が来る前に彼のことを思い出そうとするが、ろくでもない思い出ばかりが蘇ってきて！？銀さんたちは無事に黒子野のことを思い出し、同窓会を乗り切ることができるのか！？

高杉からの手紙と「歩狩」を見て黒子野のことを思い出し始めた元攘夷志士の銀時、桂、坂本の３人。記憶は攘夷戦争時代に遡る。戦いの合間、廃寺で休息をとっていた銀時たちは、気分を変えようと缶蹴りに興じていた。鬼役を買って出た黒子野に起こった悲劇。心の奥深くに封じ込めていた、忌まわしい過去を思い出した銀時は、やがてこの同窓会の真の意味に気づきはじめるのだった…！

行きつけのタバコ屋の婆さんから、落し物の宝くじをもらった土方。特に興味はなかったはずだが、その宝くじが3億円に当選していることを知った途端、周囲の人が3億円を狙うモヒカン姿の危険人物に見えてしまうように…！そんな中、偶然銀さんに遭遇した土方は、なんと宝くじを落とした人物が銀さんだと知る。3億円は自分のものだと主張する銀さん。譲らない土方。二人が換金のために向かった銀行には本物のモヒカン銀行強盗がいて…！3億円の行方は！？

・鼻の穴のデカイ奴は発想力もデカイ 万事屋に依頼が来ない原因は、宣伝不足だと思い立った銀さん。宣伝ポスターを作るため、神楽、新八と一緒に万事屋のキャッチコピーを考えるが、どこかで見たことのあるものばかりで…。ポスターは無事完成するのか！？ ・新しく始まる戦隊モノは最初はこんなの認めねェみたいになっているが最終回の頃には離れたくなくなっている かぶき町町内会に集まった四天王代理メンバー。新・四天王ことかぶき町の女王お妙の提案で、かぶき町イメージアップのため「ご当地キャラ」を作ることに。果たしてどんなキャラクターが生まれるのか！？

道端で占い師に声をかけられた九兵衛。男として生きるべきか、女として生きるべきか—悩みを打ち明けた九兵衛に対し、“本当に男になりたいのなら、それを叶えることができる”と言う占い師。馬鹿げた提案に憤慨した九兵衛はその場を立ち去ろうとするが、その瞬間、かぶき町は謎の光に包まれた！すると九兵衛の身体に異変が！？なんと本当に男の身体になってしまった！しかも九兵衛だけでなく、かぶき町の全住民の性別が転換していまい…！？

デコボッコ教の裁きで性別が転換してしまったかぶき町の住人たち。さらに教団は「新しい性をまっとうしない者には天罰を下す」と宣言し、かぶき町内は混乱の様相を呈していた。隊士が全員女性になった「まん選組」は、男らしく／女らしく行動しない者たちを取り締まる振りをしながら、隠密に反乱の機会を伺っていた！そんな中、男性になりパワーアップした元女性陣が、デコボッコ教との直接対決に打って出る！！彼らは無事元の性別に戻れるのか！？

元女性陣の活躍でかぶき町の住人たちは元の性別を取り戻し、デコボッコ教は地球から去って行った！しかし、地下にいた銀さんたちは男女逆転したまま取り残されてしまった…。逆転した性別の中でそれぞれの生き方を模索する銀さんたち。男として生きることを望んでいた九兵衛は、お妙ともいい雰囲気。のはずが、どこか違和感が拭えない。そんな中、九兵衛は自分だけでなく、皆迷いながら生きていることを知る。男でも、女でもなく自分らしく生きることを決めた九兵衛が取った行動とは…！？

午前の授業が終わるといつも弁当を食べずにどこかへ出かけていく晴太。 それは、日輪がつくる弁当が豪華すぎて恥ずかしいという理由からだった。 それを察した月詠は、「普通の弁当」をつくることを日輪にもちかけるが、 明日の弁当は月詠がつくればと逆に提案されてしまう。 でも、「普通の弁当」って…どんなの？？ さっちゃん、九兵衛、お妙、神楽を巻き込んでの弁当合戦はとんでもない方向に…！

かぶき町を騒がせる奇妙な辻斬り事件。皮一枚を残して首を切断するその様子から、死神の仕業ではないかという噂が立っていた。そんな折、銀さんは飲み屋の帰りに遭遇した死神に切腹の介錯を依頼される。切腹に失敗し、気を失った死神を万事屋に連れ帰った銀さんは、この死神の名前を知る。名を池田朝右衛門。幕府の処刑執行人一族でありながら、先代当主の首を手にかけた謀反人ということだが…？

処刑執行人一族の現当主・池田夜右衛門より打ち明けられる、知られざる銀時の過去。それは、銀時が先代・夜右衛門に逃がされた罪人の一人だということ。 銀時は、池田家に助けられた恩に報いるよう、朝右衛門逃亡の協力を要請される。逃亡用のとある運搬船の中で、銀時の口より語られる先代・夜右衛門が守ろうとしたもの…。事件を捜査する土方・沖田もこの船に乗り込んで、明らかになる現・夜右衛門の真の思惑とは…！？

ついに剣を交える朝と夜の死神。公儀処刑人として池田家を守ろうとした夜右衛門。 先代・夜右衛門の魂を守ろうとした朝右衛門。そして、先代・夜右衛門に命を救われた銀時。 三人の過去が、それぞれの想いとなって交わり、その剣が繰り出される…。 池田家に伝承される必殺剣「魂（きも）あらい」の真髄をとくと見よ！死神篇、堂々決着！

夏休みになった。その頃、公園をねぐらにしていた長谷川は、深夜まで夜遊びする子供たちを捕まえては怖い話をしてくる「怪談おじさん」として知られるようになっていた。これが商売になると踏んだ長谷川は、ネタを仕入れるため、万事屋を頼る。神楽、新八、銀時はそれぞれ背筋も凍るような、とっておきの「かいだん」を披露するのだが、その話が本当に恐ろしいものを呼び寄せてしまう。

銀時は、スナックお登勢の看板娘・たまと共に「ロボッ娘懺悔室」を開店し、楽に一儲けしようと企む。だが、懺悔室にやって来る罪人（とがびと）達の告白する罪は、銀時に降りかかるものばかり。自分の預かり知らぬところで災難をこうむっていたことが次々と明らかになる。その告白を聞くうち、銀時は自分の部屋に何者かの死体が隠されているという衝撃の真実を知ってしまい—。

桂は記憶をなくした「謎の男」と意気投合し、一緒に国崩しをする約束を交わした。攘夷志士たちはその事態に困惑。どう見てもその男は、消息不明になっている将軍その人だ。 将軍と一緒に攘夷活動というこんがらがった事態のまま、桂は男に帝王学を叩き込もうと手合わせをする。だが、男の見せる圧倒的なカリスマ性の前に敗北。桂はリーダーとしての信頼を失い、パシリ同然まで落ちぶれてしまう。

納涼祭で賑わうかぶき町。お面を被って見廻りをする近藤は、お妙にフラれた腹いせに、カップル達を徹底的に取り締まっていた。そのうちその虚しさに打ち拉がれ、自分の行いを激しく後悔するが、一転、お妙と行き逢いデートする流れに。近藤は千載一遇のチャンスを生かし、お妙のハートを掴もうと必死になる。だが、訪れた銀時の屋台には、客から金をむしり取るための、とんでもない罠が仕組まれていて—。

・ベギラマな夏 そよ姫とスイカをほおばる万事屋一同。種が邪魔だという神楽に、銀時は「種という障害が生み出すプチドラマが、スイカのうまさを増しているのだ」と説明する。ならばと、そよ姫はスイカ割りを始めるが、それが更なるドラマを呼び込んでしまう。 ・何もねぇよ夏２０１５ 夏の終わり。夏休みの宿題をまったくやっていなかった晴太が、万事屋に泣きついてきた。 銀時たちは真っ白な絵日記を何とかするため、晴太の話を元に、適当な日記をでっち上げていく。

交通事故に遭い、五体は無傷ながらも魂がミンチになってしまった銀時と土方は、中身だけが入れ替わってしまった。元に戻る方法が分からないまま、銀時は土方として、土方は銀時として暮らすことになる。厳格な規律を重んじる銀時と、自由を好む土方。ふたりのリーダーの変化が、万事屋と真選組をまったく別の組織に生まれ変わらせてしまう。

魂の入れ替わりは源外の発明した「全自動卵かけごはん製造機」によるものであることを知った銀時たち。銀時と土方は元に戻るため、事故によってちぎれた銀時の魂の半身を捜すも、すでに魂は猫の死骸に乗り移り、恐るべき戦闘マシーン・どざえもんへと変貌していた。リーダーの中身が入れ替わり、統率の取れない万事屋と真選組は、どざえもんにこっぴどくやられてしまう。

お妙からどざえもんを引きはがそうと手を尽くす銀時と土方。そこに魂と肉体が入れ替わった万事屋と真選組、桂や長谷川たちが駆けつける。ふたりのリーダーが入れ替わったことによって教えられた「自由」と「規律」。そのふたつが、バラバラになってしまったみんなの心をひとつに結ぶ。果たして銀時たちは、どざえもんを倒し、己の肉体を取り戻すことができるのか—？

坂本は、石ころ同然の価値しかない、５千万円入るバックを大量に作り、大赤字を生み出した。副艦長・陸奥は、戒めのために坂本をかばんに詰めて海に流してしまう。銀時と陸奥は酒を傾けながら、坂本との出会いを語り合う。そんな中、海を漂っていた坂本が、海賊に捕らえられたという報告が入る。その海賊は陸奥と坂本に深い愛憎を抱く人物で—。

海賊時代、売り物である奴隷を逃がしてしまった陸奥は、部下たちによって処刑されようとしていた。その命を救ったのは、坂本と、先ほど逃がした奴隷たち。それがひとつの契機となり、宇宙海賊・千鳥の零落が始まったのだった。そして現在、陸奥の元・部下の男が、そのときの恨みを晴らすべく、坂本を処刑しようとする。海賊船に乗り込んだ銀時と陸奥は、坂本を救出に向かうのだが—。

・オシャレとはオシャレと言葉にした時点でかき消えるものなり 新しい着物を買い、イメチェンしたい新八。だが、その一歩がなかなか踏み出せない。 万事屋３人まとめてイメチェンすれば恥ずかしくないだろうと、お妙が気を回すが、どんどん変なイメージになってしまう。 ・世の中には二種類の人間がいる　それは必殺技を叫ぶ人間と叫ばない人間だ マカデミアンナッツチョコで弟子を呼び込む日々に疑問を持った新八。弟子達に必殺技を教授すべく、父の残した秘奥儀をマスターしようとするが、奥義書に書かれていたのは格ゲーのコマンドだった。

泥棒・猿吉小僧に見込まれ、弟子入りすることになった近藤。盗人の心得を学び、二代目として跡を継ぐことを期待されるようになる。猿吉小僧から頼まれ、神社に供え物に行くと、そこには土方の姿が。猿吉小僧と近藤の尻尾を、すでに掴んでいたのだ。そこに居合わせた老婆から昔話を聞かされる土方と近藤。その話をきっかけに、近藤は、子供の頃に、この神社の宮司に世話になっていたことを思い出す

桂は、真選組を内部から瓦解せしめるため、採用試験を受けた。見事試験を通過した桂は、三番隊の特別副官として採用される。そこは斉藤終のみが所属する「沈黙の部隊」と恐れられる隊。桂は斉藤と何とかコミュニケーションを取ろうとするが、まったく噛み合ないらしい。そんな与太話をする銀時たちの所に斉藤が現れる。桂の正体はバレていたのか？ 桂、銀時たちの顔に緊張が走るが…。

桂の罠によって処刑されそうになる斉藤終。斉藤の秘めた思いを知った銀時は、極度に無口な斉藤に代わり、マイクを使って申し開きをすることに。あの手この手の絡め手で、何とか罪を晴らそうとするが、桂は断固粛清を主張。事態を見かねた土方は、ふたりに「裏切り者」を粛清するよう命じる。剣に生きる者は剣で語るべき。桂と斉藤は剣を交えることになってしまうのだが—。

原因不明の病に倒れた神楽は、病院に担ぎ込まれた。銀時のひどい待遇が神楽の寿命を縮めていたということが分かり、銀時は激しく動揺。だが、それはすべて嘘。自分の扱いがひどいことに腹を立てた神楽が、銀時に反省を促すため、ひと芝居打ったのだ。余命幾許もないフリを続ける神楽。だが、事態は取り返しのつかない話に発展してしまい—。

沖田の策略によって、神楽の国葬が開かれる事になった。棺桶に入れられ、身動きひとつ取れなくされた神楽は、誰かに自分が生きていると気づいて欲しいと願う。神楽の死を悼む人々は、それぞれの方法で神楽を弔うが、そのやり方が神楽を追いつめる一方。火葬場は目前、神楽はどうすれば棺桶から生きて脱出することができるのか—？

・担当編集は一人で足りる 刑務所の医務室にいる成滝先生に恋心を抱いた鯱。その気持ちを何とか漫画で伝えようとするが、のらりくらりとかわされてしまう。 ・Gペンは気まぐれ屋さん丸ペンは頑固者 悪路木夢砕のジャンプデビューが決まった。銀時は最強の漫画アシスタント軍団・悪路木組を集め、短期間で原稿を仕上げようとするが、そのメンバーは危険な囚人ばかり。鯱はこんな奴らに任せて大丈夫なのかと心配するが——。

・鉄と魔王は熱いうちに打て 鉄子に鍛冶屋の店番を頼まれた銀時たち。 そこに、銀河の平和を取り戻そうとする勇者が伝説の聖剣を、銀河を支配しようとする魔王が伝説の魔剣を、鍛え直して欲しいと持ち込んできて——。 ・オイルの雨 ポンコツの自販機・タバ子と出会ったたま。 タバ子と心を通わせたたまは、雨宿りをしながら、タバコ屋の主人が帰ってくるのを待ち続けるが——。

何者かが将軍・茂茂の茶に毒を忍ばせ、殺害しようとする暗殺未遂事件が発生した。将軍の命を案じた者たちは、京の帝に庇護をあおぐことを決める。護衛を任された松平は、影武者を使い、敵を撹乱しつつ、将軍を安全に送り届ける計画を立てる。ずらりと勢揃いした御庭番の影武者たち。だが、なぜかその中には、銀時たち万事屋の姿もあって—。

海路を進む一行は、内通により宇宙海賊・春雨の待ち伏せを受けてしまう。鬼兵隊と夜兎を中心とした部隊を相手に、一行は壊滅寸前。その危機的な状況を打ち破ったのは、土方の指示を受け、ひとり真選組を離れていた沖田だった。その前に立ち塞がる春雨・第７師団長の神威。交わる得物、血煙があがる。はたして沖田はその死線を越えられるか！？

忍の里へと下った銀時たちは、全蔵が密かに将軍・茂茂の身柄を伊賀衆に託していたことを知った。だが、その伊賀の地に、春雨の船団が姿を現す。高杉たちは伊賀衆を将軍暗殺の謀反人に仕立て上げようと画策していたのだ。その春雨の船に、再び姿を現した全蔵。すべては友である茂茂を護るため。春雨船団相手にたったひとり、決死の戦いを挑む。

全蔵の思いを知った御庭番衆は、自分たちの頭目を救うため、春雨の艦隊に飛び込む。 一方、銀時、新八、神楽は阿伏兎率いる敵部隊から茂々を護るため、必死の抵抗を試みる。 近藤、土方も合流し、逃走を図るが、敵の追撃は止むことがない。 百地たち伊賀衆の手助けもあり、里の抜け道へと続く吊り橋まで辿り着いた。 そこで近藤、土方は、万事屋に最初で最後の依頼を切り出すのだった。

抜け道のある摩利支天像の前には、高杉、神威たちが待ち受けていた。神楽は神威を止めるため、盛大な兄妹喧嘩を開始。一方、銀時と高杉は因縁の刃を交える。その刀に、ふたりの思いが重なる。それは、攘夷戦争のときに交わした約束、そして、何者でもなかった、本当の武士になりたいと願っていた幼い頃の思い。その死闘の果てに、ふたりが見るものとは—。

力つき、倒れる銀時と高杉。 高杉は松陽の教えに従い、自分の武士道を胸に掲げ、侍になることを決意した少年時代を思い出す。気づくと、目の前に松陽が立っている。あの頃のように、自分を叱りに来てくれたのかと、懐かしい思いに捕われる。だが、松陽に見えたのは、再び立ち上がった銀時だった。銀時は高杉を殴りつける。先生はもうここにはいない、俺たちを止められるのは俺たちだけだと、銀時の悲痛な叫びがこだまする。

死地を抜けた新八たちを待っていたのは、天導衆であった。彼らが連れていたのは、正気を失った喜々。天導衆はかつて茂茂が提出した解官詔書を利用し、喜々を新たな将軍に仕立て上げていた。 天導衆は将軍の命令として、茂茂の身柄を明け渡すよう要求。将軍の命令は絶対であり、拒めば逆賊として追われることになる。 その絶体絶命の窮地に、ひとりの男が立ち上がる。

真選組の艦隊が現れ、これ以上の戦いは無益だと見切った天道衆は、撤退を決めた。 その去り際、茂茂は未来の侍のあり方について語る。 人はそれぞれが美しいと思う生き方を見つけ、それを新たな主君として生きるようになるだろう、と。 戦は終わり、茂茂は京に身を寄せることになった。 仕えるべき主君が江戸から消え、一同が不安を感じる中、そよ姫からの手紙が届く

将軍・茂茂を失った真選組は、失意の底にあった。隊士たちが葬儀の警備にかり出される中、近藤は銀時と飲みに出かける。近藤はふたりで杯を傾け、その思いを託した後、見廻組に出頭。真選組局長として、近藤は茂茂暗殺を防げなかった責任を取り、斬首されることを選んだ。それはひとえに、この国、そして真選組を護るための苦渋の決断だった。

真選組の解散、近藤の死罪が決まり、土方の心は塞いでいた。 小銭形は部下である土方の憂さを晴らすため、銀時を伴ってお妙のいるキャバクラへと繰り出す。 だが、そこに将軍・喜々が現れ、その会は滅茶苦茶にされてしまう。 お妙は民を傷つける暴虐無人な振る舞いに、思わずその行いを責めてしまうが、将軍へ楯突く者を喜々が許すはずもなかった。

収監された独房で、近藤は桂と出会った。桂は真選組と攘夷志士で手を組み、この国を変えるつもりであるという、自らの計画を話す。だが、今の国を守るため、斬首される覚悟であった近藤は煮え切らない。同じ頃、近藤の思いを知る土方は、決断を下せないでいた。局長不在の場合、全権は副長に託される。それは真選組が魂に誓った鉄の掟、局中法度に定められたことであった。

土方たちは、断崖絶壁が行軍を阻む、島の裏手に上陸した。そこから奇襲をかけて虚を突けば、敵地は簡単に落とせるというわけだ。だが、烏と使ってその動きを察知した朧は、島の裏手に守りを配していた。ついに真選組・攘夷志士・万事屋vs見廻組・奈落、決戦の火蓋が切っておとされる。一方、佐々木異三郎は脱獄した近藤たちを追っていた。その胸中には、ある思いが去来していた。

土方たちは、断崖絶壁が行軍を阻む、島の裏手に上陸した。そこから奇襲をかけて虚を突けば、敵地は簡単に落とせるというわけだ。だが、烏と使ってその動きを察知した朧は、島の裏手に守りを配していた。ついに真選組・攘夷志士・万事屋vs見廻組・奈落、決戦の火蓋が切っておとされる。一方、佐々木異三郎は脱獄した近藤たちを追っていた。その胸中には、ある思いが去来していた。

ならず者の寄せ集めでしかなかった浪士組が正式な警察組織・真選組になった頃——真選組は一橋公の護衛という大任を仰せつかり、やる気に満ちていた。だが、その任務は幕府のめぐらした陰謀であり、真選組は知らぬまま、その片棒を担がされようとしていた。事情に通じていた佐々木は、生まれてくる娘のため、胸を張れる正しい侍であろうと一計を案じる。しかしその行いが、思わぬ不幸を呼び込んでしまう。

神楽を庇った信女の身体を凶刃が貫く。それを放ったのは、謎の男であった。男は信女、神楽、沖田を、次々と打ち破る。男の名は虚（うつろ）ーー天照院奈落の先代首領にして、天導衆までのぼりつめた男であった。一方、倒幕を目指し、天を覆そうとした佐々木は、自分の計画が失敗に終わったことを認め、最後の力を振り絞り、信女の元へと 向かってい た。

森の中で再び相まみえることになった近藤と佐々木。近藤は傷ついた真選組と見廻組の隊士たちを助けながら、退却を続けていた。佐々木はその近藤の目に、かつて信じた、あるべき侍を見るのだった。一方、銀時、土方たちは近藤の救出に向かっていた。しかし時すでに遅く、土方たちが見たものは、奈落に追われ深い傷を負った佐々木、そして、額を割られ息絶えた近藤の無惨な姿であった。

戦いは終わった。信女たち見廻組と、近藤たち真選組は、自らの強い信念に命を捧げた佐々木異三郎の生き様に敬意を評し、その死を悼む。銀時たちは江戸に戻ったが、街の様子はすっかり変わってしまっていた。警察組織は崩壊、多くの侍たちが出奔し、倒幕の気運が高まりつつあった。そして、その変化に呼応するように、真選組は新たな一歩を踏み出そうとしていたーー。