仲間とともに記念すべき式典に参列し、未来への希望に包まれるジャック。だがその頃、世界を永遠に変えてしまうような反乱ののろしがあがろうとしていた。

襲撃後、病院で目を覚ましたジャックは壊滅状態の街を見てぼう然とする。状況を把握するため急いで自宅に戻るが、そこにスーツの男たちが訪ねてきて...。

1年後、あるミッションを与えられたVC3偵察強襲部隊が月に降り立つ。一方ムーンチェインズの反乱軍は、コペルニクス制圧のため動き始める。

悲劇に打ちのめされるVC3の仲間の脳裏に、これまでともに乗り越えてきた過酷な日々がよみがえる。エリックと交わした大切な言葉を思い出すジャック。

新たなミッションとして、ジョイントアーミーよりも先にボブ・スカイラムの側近の連絡員を捕らえることになったVC3。標的と一戦を交えたジャックは、驚くべき事実を突きつけられる。

仲間たちが激しい戦闘を繰り広げる一方、運命的な再会に揺れるジャックは必死で事態を把握しようとする。果たして目の前のフィルを信用することはできるのか。

ゴダード基地に潜入するウィンディ。マリーの案内で街にたどりついたVC3の面々は、地球と月の争いが月の民に与えた影響を目の当たりにする。

緊急事態を告げるサラマンドラの声を聞いたフィルの脳裏に、忌まわしい記憶がよみがえる。ドランブル基地で自らの過去をジャックに語り始めるマリー。だがそこにリースが現れ...。

謎の病に倒れるイナンナ。病に精通している人を知っているというマリーだが、その人物がいる場所は目的地と反対方向だという。果たして仲間たちはどんな決断を下すのか。

ようやくアガルムシティに到着したものの、行く手を阻まれるVC3。被害をできる限り抑えたいジャックは大胆な行動に出る。

ジャックとの戦いを放棄しLゾーンを止めようとするサラマンドラだが、その暴走は止まらない。そこに突然マリーが現れ、Lゾーンの目の前に立ちはだかる。

解き放たれたLゾーンがアガルムシティに向かって進行を続ける一方、マリーの秘密が明らかになったことで仲間たちに動揺が走る。その後、基地が敵に襲撃される。

反乱軍とジョイントアーミーの戦いが激しさを増す中、ジャックと対峙(たいじ)したリースはつらい胸の内を明かす。危険を承知でジャックに頼みごとをするマリー。

13年前、ジャックと初めての出会いを果たすリース。そして現在、VC3のメンバーたちは、目標を奪取するため激しい戦いの中に飛び込んでいく。

タイムリミットが迫る中、ミッションを遂行しようとするリースたちは信じられない再会を果たす。マリーとともに、これまでの日々に思いをはせるジャック。

すべてを知った日のことをジャックに語って聞かせるフィル。その中で、ジャックの正体をめぐる衝撃の事実が明らかになる。リースから真実を聞き出そうとするサラマンドラ。

Lゾーンがコペルニクスシティを取り囲む中、リースの救出にあたるゾワンとドゥアン。反乱軍と戦うイナンナたちは、難しい決断を迫られる。

1発の銃弾が生んだ混乱の中、制御不能となったLゾーンがマリーを飲み込んでいく。フィルとジャックは、手遅れになる前にマリーと月を救うことはできるのか。