戦いの最中にパラドックス・プリズムに体当りしたソニックは、ニューヨウク・シティとよばれる不思議な世界に飛ばされてしまう。どんよりとしたこの世界は、どこか見覚えがあるような...。

抵抗(ていこう)軍の2人は、街が停電になっている内にカオス委員会のラボに入りこむ。そこでは委員会が、ソニックの力と街のエネルギー源(げん)との不思議な関係を調べていた。

プリズムのカケラを手に入れるため、カオス委員会と戦う抵抗軍の戦士たち。世界がバラバラになった時にいったい何があったのか、ソニックはついにすべてを思い出す。

ボスケイジ・メイズという別の世界に飛ばされたソニックは、元の世界の仲間にそっくりな住人たちに出会う。ジャングルにはおそろしいモンスターがいて、住人たちは木の上でくらしているという。

ジャングルのモンスターはかつての仲間たちにおそいかかり、プリズムのカケラまでも手に入れた。元の世界にもどる方法を見つけるため、ソニックはモンスターに立ち向かう!

またしてもニューヨウク・シティへ飛ばされたソニック。抵抗軍の戦いに協力するソニックはナインを説得していっしょに戦おうとするが、ナインは自分だけの新しい世界を作ろうとしていた。

ソニックは、どこまでも青い海が広がる世界"ノー・プレイス"に飛ばされ、そこで陽気な海賊(かいぞく)たちに出会う。はたして、ナゾに包まれたパーティー好きの船長とはだれなのか?

ソニックと仲間たちはプリズムのカケラを見つけに行こうとするが、カケラをねらっているのはソニックたちだけではなかった。勝つ方法はただひとつ。音速で突っ走れ!