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ある夜、スイス林野庁所属のロボット・モンブランが、山火事現場でバラバラの破片となって発見された。その数日後、ロボット法擁護団体の幹部ベルナルド・ランケが遺体で見つかる。どちらの現場にも２本のツノが突き立てられていた。ユーロポールの特別捜査官・ゲジヒトは二つの事件の捜査を開始する。犯人は人間か、それともロボットか。手がかりを求め、ゲジヒトは世界で初めて人間を殺害したロボット・ブラウ1589が幽閉される人工知能矯正キャンプを訪れる。同じ頃、盲目の音楽家ポール・ダンカンのもとで執事として働くノース２号のもとに何かが迫ってきていた。

モンブランに続きノース２号が破壊され、一連の事件のターゲットが7体の世界最高水準のロボットだと確信したゲジヒトは、そのうちの１体であるアトムに会いに日本を訪れていた。そして捜査協力のためゲジヒトのメモリーをコピーしたアトムは“あること”に気がつく……。その頃、日本では国際ロボット法の発案者・田崎純一郎が殺される事件が起きていた。事件現場の痕跡から、アトムは育ての親であるお茶の水博士も一連の事件の犯人に狙われていることに気づく。一方、ゲジヒトは同じく世界最高水準のロボットであるトルコのブランド、そしてギリシャのヘラクレスのもとへ危険を知らせるべく向かっていた。

輸送中に逃げ出した猛獣に囲まれて動けない少年を助け出したウラン。彼女は他者の恐怖や感情を感じ取る特殊能力を持っているという。そのウランを迎えに警視庁を訪れた兄・アトムは、出入り口のゲートですれ違った人物・アブラー博士に異質なものを感じ取っていた。一方、ゲジヒトは自宅で、妻ヘレナとともに自身の記憶に欠落があることに気づく。ヘラクレスもまた敵の攻撃が近いことを感じていた。しかし、そのヘラクレスの前に現れたのは、世界最高水準のロボットの１体、エプシロンだった……。そして日本では、ウランが様々な感情を感じ取るがままにたどり着いた再開発地区で、浮浪者風の謎のロボットを見つける。

休日を過ごすお茶の水博士は故障したロボット犬を見つけ、修理しようと家に連れ帰る。そんな博士のもとに、ロボット犬を引き取りたいと男が訪ねてきた。その男は自分が一連の連続殺人事件の犯人であり、ゴジと名乗る。そしてモンブランやブランドたちを倒した強力なロボットを、博士の孫家族の元に向かわせていると宣言。助けに向かうアトムはついに敵と対峙する……！　同じ頃、空港で倒れホフマン博士のメンテナンスを受けたゲジヒトは、アドルフ・ハースの護衛任務に就く。ゲジヒトに憎しみを抱くアドルフだが、彼はゲジヒト同様に狙われていた。さらに、ホフマン博士にも魔の手が迫っていた。

ゲジヒトは護衛するアドルフ・ハースから「人殺し」と罵られる。その言葉とともに蘇るフラッシュバック。セーフハウスにアドルフを残し、人工知能矯正キャンプへ向かったゲジヒトは、ブラウ1589との会話を通して自身の失われた記憶と向き合う。一方、エプシロンが見守る中、ついにヘラクレスと敵ロボットとの戦いが始まった。アドルフを護衛するゲジヒトもまた、反ロボット団体の襲撃を受ける。襲撃犯は人間であり、ゲジヒトの反撃は封じられたかに思われたが……。そして、日本では目を覚さないアトムのもとに、彼の生みの親にして天才ロボット学者の天馬博士が現れる。

“プルートゥ”の謎に迫るべく、ペルシアの科学省長官・アブラーと会うゲジヒト。アブラーはゲジヒトの問いかけをはぐらかし、天馬博士とゴジという人物が創りあげたという最高の人工知能を持つロボットの存在について語る。さらにオランダに向かったゲジヒトは、エプシロンから伝えられた存在・サハドについての調査を進める。プルートゥ、アブラー、そしてサハド。手がかりを手繰り寄せたゲジヒトはブラウ1589を通じて、ついに“プルートゥ”のもとにたどり着く……！　一方、アブラーは一連の事件のターゲットであるエプシロン、そしてホフマン博士の前に姿を見せていた。

世界最高水準のロボット、最後の1体となったエプシロンのもとにもプルートゥが迫っていた。エプシロンは保護する戦災孤児たちを巻き込まぬようセーフハウスに向かうが、敵は戦災孤児たちを狙うことでエプシロンを引きずり出す。そのころ、目を覚さないアトムを前に天馬博士はアブラーからのある依頼を思い出していた。アブラーは天馬博士に、敵対国であるトラキア合衆国のものを上回る人工知能ロボットの開発を依頼、完全な人工知能の開発を目指した天馬博士は全人類と同数である99億の人格をプログラミングする。しかしそのロボットが目覚めることはなかった。ある感情を注入されるまでは……。

トラキア合衆国の大統領・アレクサンダーは、彼のブレーンである人工知能ロボット・Dr.ルーズベルトに、一連の事件を「すべて予定通り」と嬉々として語る……。一方、日本ではゲジヒト、エプシロンの死を受け、ついにアトムが長い眠りから覚醒する。喜ぶ間もなく一心不乱に謎の数式を書き始めるアトム。その数式は“地球を滅ぼす数式”だった。想像をはるかに超越した最悪の事態が迫る中、アトムはゲジヒトの記憶を見る。