伝説の勇者たちの「偉大なる気」を身につけた４匹の子パンダは、龍の導師ポーにカンフーを教えてほしいと懇願する。

訓練を始めた４匹の子パンダたちは自分たちの力を過信し、師匠ポーの許しを得ることなく悪党退治に向かうが、案の定、窮地に陥ってしまう。

メイメイの舞台に立つことになったポーと４匹の弟子だったが、秘伝の巻物を狙うジンディアオに邪魔をされてしまう。

パンダ村にやって来たジンディアオは子パンダたちにカンフーの親善試合を申し込むが、その裏には邪悪な動機があった。

毒を盛られたと知ったポーは誰の仕業なのか確かめるため、キャラバンが集うオアシスへと向かう。弟子４匹がこっそりあとをつけてきていることに気づかずに。

ポーと弟子４匹は旅の途中で夜を過ごそうと宿屋に立ち寄るが、そこでギャングに絡まれる。宿を出て寺に落ち着く一行だったが、ポーはそこでジンディアオの本当の企みを知る。

ポーと離ればなれになった弟子たちは寺から森へ脱出を図り、パンダ村に戻ってジンディアオとの戦いに備える。

ポーを捜す弟子たちは思いも寄らない協力者に遭遇する。

驚くべき真実を知ったポーは、気のパワーとジンを取り戻すため、ジンディアオに立ち向かうことを決意する。

子パンダたちは魂の王国へ行き、４匹の勇者にジンディアオの倒し方を教えてもらうとするが…。

ジンディアオは聖なる泉のありかを知るため、ポーと弟子たちを捕らえる。

子パンダたちはパンダ村の民を助けるため、どうしても村に戻りたいと願っていた。一方、ポーはジンディアオが世界征服を成し遂げる前に倒さなければならないと決意を固める。

ジンディアオを倒すためにポーと弟子たちはパンダ戦士たちと力を合わせなければならない。だがそこへ思わぬ誘いが…。