プロになるため聖地「Xシティ」に来たアマチュアブレーダーの風見バード。 しかし、ルーキー潰し・石山タクミによって打ちのめされてしまう。 チームメイトに見捨てられてしまったバードだったが、そこへ謎のブレーダー仮面Xが現れバードをチームに勧誘！？ 超速スピードの「エクストリームダッシュ」を放つ、その正体とは！？ 強敵が集う「Xタワー」の頂上を目指すバード達の闘いが幕を開ける！

もう一度ゼロからXタワーの頂上を目指そうとする黒須エクスに刺激されたバードは、心が熱くなり共に闘う決意を固める。ベイを壊されて失ってしまいバトルに出ることができないと焦るバード達の前に、謎の人物が現れベイを譲ってくれる事に。しかし、実はその人物は…！？そして、プロを目指すべく「プロ選抜試合」に挑む2人の前に、人気と実力を兼ね備え、ベイを自由に操るブレーダー・七色マルチが立ち塞がる！！

「仮面Xなら七色マルチに勝ってくれる」と信じるバードだったが、マルチは既に仮面Xの闘い方を研究しており、新たなベイと自らの姿を変えて有利な戦法で勝ちにくる！万全のマルチに対し、仮面Xは臆するどころかまさかの瞬殺宣言…！？不利な闘いの中、必殺のエクストリームダッシュを放つが、果たしてマルチに勝利し、チーム「ペルソナ」はプロに昇格することができるのか…！

プロ選抜試合で勝利した仮面Xは、マルチをチームに勧誘。晴れてプロになることが出来たと喜ぶバードだったが、正式にプロになるにはスポンサーが必要だ！さっそく仮面Xにオファーがあり、スポンサーの会社があるという場所へ向かうとそこはなんと創業200年のお寿司店だった…！バード達は、スポンサーの最終プロテストに合格し、無事にスポンサーになってもらうことが出来るのか！？

正式にプロチームになったペルソナはついにXタワーへ。プロ専用エリアに入り、負け続ければ全てを失うという緊張感と、4Xアバターが出現する迫力満点のバトルに心躍るバード達。プロ専用エリアで練習バトルをして、初試合へのモチベーションが高まる中、ライバルチームの試合速報が流れ、バードは衝撃を受ける。なんとそのバトルの勝利チームがペルソナの初戦の相手になることが決定する。

プロ初のバトルで、万獣キング率いるチーム「ズーガニック」とのバトルが決まったバード達は、そのスポンサーが運営する動物園「ライオンズジャングル」に偵察へ。潜入していたバード達だったが、リーダーのキングの鋭い嗅覚によって見つかってしまう。動物園のお客さんも見守る中で、挑発されたペルソナは臆さずキングの前に歩み出る。予期せず両チームのメンバーが対峙することになり、一触即発…！？

ついにプロデビュー戦に臨むペルソナ。バードは初の憧れの舞台に足を踏み入れ、会場のスケールと巻き起こる歓声に感極まる。両チームメンバー同士がステージ上で対峙し、ファーストブレーダーが決まり、早速ズーガニックとの対決が始まる！バトル開始前から心理戦を仕掛ける億長トグロ、データ無し実力未知数のチョー・パンと、圧倒的な実力を誇る万獣キング達に、果たして勝つことができるのか！？

公式戦無敗の記録を持つ仮面Xと万獣キング、チームの要でもある2人の圧倒的実力者が相まみえる。バトル開始前から煽り合い、強者同士が放つ迫力に、観客の緊張と期待が高まる中、お互いの強烈なシュートが放たれる！4Xスタジアムで火花を散らすハイレベルなバトルが繰り広げられ、ここまで激闘を続けてきたペルソナ対ズーガニック、プロデビュー戦のゆくえは一体・・！？

デビュー戦を終え、注目を浴びたペルソナがプロとして受けた初の依頼は、ベイカフェでのデモンストレーションバトルだった。仮面Xとマルチ宛に依頼されていたバトルだったが、勝つだけでなくプロとして「魅せるバトル」を覚えてもらう為にも、バードに出てもらうことに。マルチはバードの実力を引き出す為に新たなベイを作るが、果たしていままで良いとこ無しのバードは今度こそ活躍することが出来るのか！

ペルソナのプロ2戦目の相手は、アマチュア時代にバードのベイを破壊した石山タクミの所属するファランクス。試合直前、スポンサーの要求に応えられず追い詰められる石山の姿を目撃したバードは悶々としながら試合に臨む。一方仮面Xは、勝ち抜き戦で3人抜きを狙えることにテンションが高まる。試合が始まり、万全なドランソード対策をしてきたファランクスに向けて、仮面Xが驚きの事実を告げる…！

Xタワーの1階を突破するためにはチーム全員が「カドバーの試験」に合格することが必要！しかしバードは失敗してしまう。ペルソナの弱点をおぎなうため、タイショーの提案によりバードは1人でキャンプ施設でのトレーニングに送り込まれる。なぜかそこへエクスも合流し、一緒に特訓することに…！？エクスのペースに巻き込まれ戸惑うバードだったが、試験を突破するため練習を続ける。果たしてバードは合格できるのか！？

ペルソナのメンバーは、個人戦の「シングルバトルフェス」に参加する。予想以上に真剣な雰囲気の中、気合を入れてステージに上がったバードが対戦する丸湖カルロは、ある理由で「本気のバトル」を要求してくる。カルロはかつてバードが使用していたベイの力を存分に引き出し、引退直前とは思えない強さを見せて立ちはだかる。バトル後にカルロの口からバードに「本気のバトル」を求めた理由が語られる…。

ペルソナの中で唯一人気がないバードだったが、おつかいの途中ファンだという少女が現れる。感激してファンサービスをしていたところ、悪意を持って近づいてきたブレーダーたちに絡まれる。自分だけではなくペルソナのメンバーやスポンサーまで馬鹿にされたバードは、仲間の名誉を守るためルール無用の何でもありのストリートバトルを挑まれ、受けてしまう。汚い手を使う相手に、バードは一体どう立ち向かうのか！？

最近緊張感がなく、たるんでいるエクスに、冥殿はブレーダージムでの特訓を命じる。トレーニングメニューをこなせばノルマクリアの特典として、冥殿自らベイバトルの相手をするという。様々なベイが収められたケースを見せられ、エクスのテンションは最高潮に！用意されたメニューはバトルとは関係がない筋トレやランニング、水泳！？冥殿は、特訓はエクスのためだけでなくバードのためでもあるというが…。

ベイとナゾトキを同時に楽しめる新感覚テーマパーク「ゾナモスハウス」から、インフルエンサーであるマルチに招待状が届いた。一番人気の4Xアトラクション「ナゾアンドベイ」では、数々の謎と、未知の生物とのバトルがペルソナを待ち受けていた！？バード達はチームで協力しながら挑戦する！いくつもの問題を乗り越え最終的に辿り着いた先で、謎の人物が登場し、更なる難問がペルソナに繰り出される！！

ゾナモスハウスのメインアトラクション「ナゾアンドベイ」で数々のナゾトキをクリアしたペルソナに、ゾナモスハウスの管理人、ゾナモスから更なる難問が出題される。「実行せよ！ Do it！」という掛け声からスタートした謎が解けずに苦戦する仮面Xとバードだったが、マルチは2人のバトルを見ている中で何かに気づく。かつてこの「ナゾアンドベイ」をクリアした者はいないというが、ペルソナはクリアすることが出来るのか！

Xシティ中にばら撒かれた謎のベイ。バードがその存在を知った頃には、既にたくさんのブレーダーたちの手に渡っていた。それを手にしたアマチュアブレーダーたちの力はプロにも匹敵し、無邪気にバトルをする子供たちが放つシュートですら、そのベイでは目で追えない程のスピードを出していた。いたるところでそれを目の当たりにしたバードは驚愕する。圧倒的な速さを誇る謎のベイが、Xシティを包み込む…！！

人気低迷により、プロの地位が危ぶまれたファランクスとの3度目の対戦が決まる。スポンサーの意向で、ファランクスのメンバー全員が、Xシティ中で話題の謎のベイを使用していた。勝利を重ねて一気にXタワーを駆け上がってきた彼らが、再びペルソナの前に立ちはだかる！！永久スポンサーを獲得するために自らの信念を曲げてまで勝利にこだわる石山たちは、どのように襲いかかってくるのか！？

ズーガニックの万獣キング主催のイベント『DATTO』にゲスト参加するペルソナ。バードはなぜかアマチュア参加者に間違えられ、逃げる側で参加することに！？各所でベイバトルが繰り広げられ、アマチュアブレーダーにはXシティで話題の謎のベイを使用する者も。終盤に差し掛かるにつれ、さすがのプロブレーダーたちにも次第に疲れが見え始める。プロもアマチュアも脱落していく中、なんと最後まで残ったのは…！？

Xタワー上層階を目指すためにはバードの人気を上げることが重要！ペルソナは駒刃寿司の新商品を考案しつつ、ベイの特訓をする動画の配信をする事に！バトルで負けたブレーダーが個性的なオリジナル寿司を試食し、レビューをしていくが、エクスとマルチの考えたお寿司は上手くいかず。そんな2人に対し、バードはまさかの才能を発揮する！一方、エクスはお寿司を見てふとペンドラゴンの頃の思い出を思い浮かべ…。

「日ごろ見た目を気にしなさすぎ！」とマルチに叱られ、エクスとバードは身なりを整えるためブレーダー御用達のアパレルショップ「ブレーダーズドレス」へ連れてこられた。バードが店で服を探していたところ、アンバサダーと名乗る人物からプロブレーダーとしての魅力がないと言われてしまう。さらに、ブレーダー特性の測定のためのシュートも「期待はずれ」と言われてしまい、納得いかないバードはバトルを申し込む…！

Xタワー50階まで登り詰めたペルソナと、強敵揃いのチーム「ユグドラシル」との対戦が決まる。しかし、入場コールが終わってもステージに肝心のリーダー・不死原バーンの姿は無い。ユグドラシルはどのような作戦でペルソナに挑んでくるのか！？ファーストブレーダーのゾナモスはペルソナに変則ナゾトキバトルを提案してくる！ゾナモスお得意の「ナゾ」が再びペルソナに襲いかかる！

ユグドラシルとの闘いは、いまだにバーンの姿が見えないままセカンドバトルを迎える。2戦目のバトルはマルチ対ゆに。ゆにはマルチに、お互いインフルエンサーの引退をかけて闘うことを提案してくる。リスクある提案に対し、マルチは臆さず受けて立つ！序盤から激しいアタックを繰り出し、派手にバトルを進め、マルチを追い詰めるゆにに対しマルチも反撃を始める。インフルエンサー同士の対決、果たして勝つのは…！？

ユグドラシルとの決戦、ついにバーンがヘリで駆けつけ、バトルアリーナに現れる。緊張感が場を包む中、バーンは闘えることに興奮し、突如仮面Xを抱擁する！？負けたチームは解散という無茶な提案をしてくるバーンに対し、なんと仮面Xは提案を飲んでしまう。Xシティ中を賑わせた謎のベイから更に進化を遂げた最速のベイがついにそのベールを脱ぐ！「最速」対「最速を超えた最速」のバトルが始まる…！

ペルソナ対ユグドラシル、チームの勝敗が決まるバトルがついに始まった。仮面Xは得意のエクストリームダッシュで仕掛けていくが、バーンは余裕の笑みで迎え撃ってくる！自身の最大の武器でもあるスピードでバーンに上回られ、ピンチに追い込まれた仮面Xは、「ベイタイムシフト」を起こしたバーンとの戦いに果たして勝利することができるのか…！？ペルソナのチーム存亡の行方はいかに！？

既存のチームをバラバラにし、運営が新たにランダムでチーム編成を行うイベント「シャッフルバトルフェス」が開催される。バトルの勝敗ではなく人気投票によって順位が決定し、最終的に最も人気のあるチームと、人気のある個人ブレーダー上位3人で組むチームでのバトルが行われる。結果を出せばXタワー頂上への挑戦に近づけるこの大会を前に、バードは今までのペルソナの闘いを振り返り、1人考え込む様子で…。

バードがアマチュアアリーナを通りかかると罵声が耳に飛び込んでくる。中ではなぜか石山が多数のアマチュアを相手に、負けたブレーダーのベイを壊すこともなくただひたすら闘い続けていた。バードに気づいた石山は煽りながらバトルを挑んでくるが、幾度ものバトルを終えて明らかに限界を超えており、何か事情があるように思い詰めた表情をしている…。やがて自分のベイを持ち、あらぬ行動に…！そこへまさかの人物まで現れ…！？

ついにシャッフルバトルフェスが開幕！！現役プロだけでなく引退したプロやスポンサーからもブレーダーがイベントに参加し、まさかの編成チームが出揃う。オープニングマッチから早速、未知の組み合わせチーム同士が激突しアツい闘いが繰り広げられる。誰も予想しなかったまさかのブレーダーまで参入する大注目チームの対決と、メンバーがバラバラになったペルソナの、投票のゆくえはいったい！？

仮面X対パンのバトルが始まる。キングは、ズーガニックのメンバーとの出会いを語り、仲間達が真の強者であることを思い知るだろうという。煽ってくるパンに対して仮面Xはどう出るのか！ペルソナはシャッフルバトルフェスで活躍し、票を集めることが出来るのか！？各チーム最後の対戦は、まさかのブレーダーがついに登場！4XマスコットAIのイチゴーちゃんは一体どうやってバトルをするのか！？

シャッフルバトルフェス2日目、マルチが所属するチーム「マルチ様とアタシ」と、チーム「男独楽」の闘いが始まる。ファーストバトルで登場したゾナモスは、得意のナゾトキベイバトルを提案してくる！トグロはナゾトキに対し乗り気ではなかったが、会場の盛り上がりにも押されて受けることに。続くバトルでは、ゆに、そしてペルソナとも因縁深いあの男が激突！！果たして2つのバトルのゆくえは…！

チーム「マルチ様とアタシ」と「男独楽」の対戦は、ついに最終戦に！サードバトルはマルチと、Xタワー運営でもあるカドバーの対決！マルチは派手な演出でステージに登場し、アイドルの衣装で会場を盛り上げる。ペルソナがチームとして投票数を獲得することを意識し、目立とうと仲間のために動くマルチに対して、カドバーはバトル前から1人チームで活動していた頃のマルチの話を持ち出し始め…！？

シャッフルバトルフェス最終日を迎え、バードが所属するチーム「授業参観」が出場する。エクスとマルチの活躍もあり、ペルソナに票が集まっているが、チーム投票1位にはまだ届かず更なるアピールが必要！バードは助言を受けてカスタマイズしたランチャーに持ち替え、新たな相棒と共にバトルに挑む。万全の準備をしてきたバードはこのイベントで活躍し、ペルソナに票を集めることが出来るのか！？

バードのチーム「授業参観」の最終バトルは冥殿が出場。かつてXタワーの頂上に登り詰めると期待されたチームでプロブレーダーとして活動していた冥殿は、とある事情で現役を引退していた。過去の活躍を知る観客は冥殿の登場に盛り上がる。バトルの前に、ベイを手にしたまま意味深なことを告げた冥殿が、このシャッフルバトルフェスに参加する意図とは一体何なのか…！？そしてイベントは終わり、更なる闘いの幕が開ける。

エクスとバードが駒刃寿司の手伝いをしていると、Xタワーのチャンピオンチームの一員、七色シグルが突如店を訪れる。ペルソナのエクス以外のメンバーの実力を認めないシグルは、エクスにペンドラゴンへ戻らないのかと問いかけるが、エクスはシグルにバードとのバトルを提案する。更にそこへマルチも現れ、シグルとの意外な関係が明かされる…！シグルに対し、ペルソナはチームの実力を証明することが出来るのか！

シャッフルバトルフェスの投票で選ばれた者たちの闘い、オールスターバトルが始まる！ペルソナの対戦相手は、個人投票トップ3で組まれた即席チーム「ドリームズ」。そのチームの1人、生ける伝説と言われるブレーダー万獣クインによって、バトル形式が勝ち抜き戦へと変更されてしまう！ファーストブレーダー、バードが対峙するのは超人気ベイチューバーのぱっくん。取り出したのは、なんとバードと同じベイ…！？

オールスターバトル初戦を勝ち抜いたぱっくんと対戦する、ペルソナのセカンドブレーダーはマルチ。天才ベイクラフターとはいえ、プロブレーダーとしてあるまじき方法でコピーしたバードのベイを初戦で使用してきたぱっくんに対し、マルチは静かに怒りを燃やしバトルに臨む…！ベイのコピーの真相に迫る会場に戸惑いや非難が広がり高まる中、万獣クインの宣言で試合の続行が決まる…！！

ドリームズ2人目のブレーダーは、無敗殺しと呼ばれる珠羅レックス。猛々しさが持ち味で、血沸き肉躍るバトルを求めるファンからの支持は圧倒的。レックスの登場に観客からは大歓声が上がる！終始飛び跳ね暴れまわる、予測不能な猛攻を繰り返すレックスに対しペルソナは苦戦を強いられる。何が起こるか分からないバトルに仮面Xを心配するバードとマルチだったが、いつもの調子でバトルへ臨む仮面Xが取ったのはまさかの戦法で！？

9999勝9敗の記録を持つ万獣クインの1万勝目か、仮面Xの無敗記録更新かを懸けたラストバトルに会場では大歓声が巻き起こる！大勝利宣言をする仮面Xだが、不敵に笑うクインは豊富なベイブレードの経験と知識を生かした戦略で迎え撃つ。バトル直前、クインは仮面Xのこれまでの戦法を見透かす発言をして…！？数多のブレーダーも息を呑んで見守る中、伝説のブレーダー万獣クインと仮面Xの闘いが始まる！！

相手の攻撃を受け流し無効化する万獣クインと、未知のエクストリームダッシュを放つ仮面Xが激しくぶつかり合い、勝負は決着がついた。試合後にクインはプロのベイブレーダーの在り方を語る。それはあるブレーダーの心に強く刺さり、自身の今までと今後を考えさせるものだった…。一方、頂上決戦に向けて自主練に取り組むバード。ベイの力を最大限に引き出そうと奮闘する彼の元へ、突然謎の来訪者がバトルを仕掛けてきて…！？

突如、謎の人物仮面Yにバトルを挑まれたバード。その後も仮面Yは立て続けにXシティ中に出没し、仮面Xが闘ってきたプロブレーダーたちにバトルを挑み続ける。プロに引けを取らないその実力は徐々に噂になり、マルチはタイトルマッチ直前で仮面Xに疑惑がかかりそうな状況を不安視する。仮面Xを真似し、バトルを再現する目的は一体何なのか？バトル後に残す不可思議な言葉の真意とは…？

仮面Yに続いて、プロブレーダー狩りを行う仮面Zも現れる。仮面Zは仮面Xに対して強い対抗心を抱いているようだが…。ブレーダー同士で仮面Y、Zの情報共有をしている最中、彼らに関わることを禁止する命令がB4より届く。納得がいかないエクスは突然姿を消し、各地で神出鬼没に押し掛けバトルを挑む騒動を起こす！やっとの思いでエクスを見つけ、勝手な行動を怒るマルチとなだめるバード。彼らの前に現れた人物とは一体…！？

仮面Xにバトルを挑んだ仮面Zだが、突然バトルを中断し立ち去ってしまう。そしてエクスは隙をついて再び失踪…さらに騒動解決までペルソナが謹慎処分！？ショックを受けたマルチは寝込んでしまう。エクスを見つけるため1人奔走するバードは、逆に仮面3人をまとめて呼び出す作戦を思いつく。B4とプロブレーダーたちに協力してもらい実行した作戦は、予想外のハチャメチャな展開に…！果たして仮面騒動は解決するのか！？

プロデビュー当初から連勝し続け、順調に頂上へ駆け上がるペンドラゴン。そして有名になればなるほどバトル以外の仕事が増えていく日々。クロムはエクスと共に戦えるチームのリーダーとして多忙な日々を送っていた。しかし、とにかくバトルだけしたいエクス、プロの仕事とバトルを両立させるクロムとシグル。少しずつ狂い始めた歯車により、あるメンバーはついに行動を起こす…。

頂上決戦で使うベイに悩むバード。初めての印象は大事にした方が良いと言うマルチは自身の過去を語り始める。マルチはシグルよりなんでも優秀だったが、唯一ベイブレードだけは勝てなかった。いくら努力を重ねてもシグルには勝てない…いつしかベイと姉への思い、さらに二人の距離をも変えてしまっていた。昔のように戻りたいと願ったマルチはある計画を実現すべく準備を進める。しかしシグルが家を出る日は突然やってきて…。

夢を抱いた1人のブレーダーがXシティへと一歩を踏み出した。アマチュア顔負けの活躍をするも、プロの壁は高く険しい。しかし悔しさを糧に努力を続けた彼は、最優秀アマチュア選手に選ばれるほどの実力をつける。憧れの龍宮クロムにも激励をもらい、ついにプロ相手の交流戦でリベンジも果たす！そんな彼を直々にペンドラゴンにスカウトしたクロムは、どこか様子がおかしくて…？クロムの心情を察した彼は重大な決意を固める…！！

頂上決戦直前、ベイから離れて休養の為オフが与えられバードはエクスと2人で地元に帰ることに。プロらしい活躍ができていないことに引け目を感じていたバード。しかし地元では大歓迎を受け、子供達にベイを教えることになる。これまでのベイの経験を振り返りながら教えるバードの姿を見たツルとスザキは、バードの変化を感じる。一方、頂上決戦までベイを禁止されていたが、皆が遊んでいる姿に我慢ができなくなったエクスは…！？

ついに明日に迫った頂上決戦。本番に向けた思いを胸に、各々は前夜を過ごす…。迎えた当日、さっそく報道陣に囲まれたペルソナ。取材を受けたバードからはビッグマウス発言が飛び出して！？ペンドラゴン対ペルソナの世紀の闘いを前に、観客たちは両チームの名前をコールし超満員の会場の熱気も高まっていく。ファーストブレーダーには一体誰が来るのか！？ついに、頂上決戦の火蓋が切って落とされる！！

頂上決戦ファーストバトル、シグルとマルチが対峙する。昔と変わらない言葉でマルチを褒めるシグル。対するマルチは過去を追憶し自身のコンプレックスとケリをつける決意を固めていた。一筋縄ではいかない相手に果敢に挑むマルチ！戦法を通してマルチが積み重ねてきた努力を感じたシグルは、シュート直前にある言葉を放つ。ベイのせいですれ違ってしまった心は、頂上のベイバトルで2人の関係に虹を架けられるのか…！？

仮面Zやバードが意気込む中、セカンドブレーダーとして立ち上がったのは龍宮クロムだった。それに呼応して仮面Xも前に出る。過去の記憶や思いは捨て去ったと断言するクロムは、仮面Xにおぞましい視線を向ける。クロムが纏うオーラの中にバードが見たものは…？一方、仮面Xは、最高のバトルができる予感にワクワクが止まらない。両者が放ったベイは凄まじい勢いで衝突し、その衝撃は観客席をも轟かす！！

エクストリームダッシュ同士の正面衝突はドランバスターに亀裂を走らせた。クロムは過酷な修練を積む引き金になったエクスの言葉を思い出しながら、仮面Xよりも上であることを示す為、再びベイを放つ！最高の場所、最高の相手、最高の自分。ふたりのバトルの行方は！？

頂上決戦もついに最終バトル。クロムの仇を取ると叫んだ仮面Zは、自ら仮面を外した。その正体はアマチュアの王、神成シエル。シエルの強さを知る人々はバードの勝利は限りなく難しいと口々に言う。仮面Xとマルチに緊張をほぐされたバードは、凛とした態度でバトルに向かう。全力で叩き潰すバトルを想定していたシエルだが、思惑通りにいかず焦り始め…！？最後に勝利を手にするのは果たして！？

頂上決戦後、ペルソナは再び頂上を目指すことを誓う！次の試合がなかなか決まらず気が緩むバードやエクスに反して、マルチはタイトルマッチ再挑戦に向けて、スペシャル配信を企画。気合を入れるバードの前に立ちはだかる特別ゲストとは！？一方、頂上に君臨し続けるペンドラゴンには大きな問題が…。戯画谷専務の一喝に平然と返すシグルに対し、シエルは冷や汗が止まらない。そんな中、駒刃寿司の様子を覗いている怪しい影が…！？

タイトルマッチの挑戦者候補として有力なズーガニックとユグドラシル。しかし他チームとの試合を全て断るバーンには思惑があるようで…？一方、キングはバードに新しいベイの構造を説明しつつ、混沌とした新時代の到来を予感していた。そんな中、闘いを拒んでいたはずのユグドラシルからズーガニックに果たし状が！さらに、ユグドラシルにも果たし状が届き、一触即発の状況に。両者を焚きつけ暗躍する人物とは一体！？

クロムが欠けた状態のペンドラゴンに公式戦を許さない戯画谷専務。シエルは反抗するが方針は変わらず、まさかの真実も知ることに。追い打ちをかけるようなクロムやシグルの言葉に意気消沈のシエルは、クロムを探して雨の中をトボトボ歩き、ある場所にたどり着く。雨が止むまで稽古をつけてやると笑みを浮かべるブレーダーに、楽な道を選ぶのは悪いことじゃない、と言われるが…？憧れのあの人がいない今、神成シエルが選ぶ道は…！

フェニックスラダーを試したいバーンの要望に応え、石山はユグドラシル製薬を訪れる。ベイバトル後、突如警報が鳴り響き、バーンの新ベイ完成祝いに謎の人物が飛来！？一方、マルチは新ベイの案が思いつかず悩んでいた。ベイから離れてみることや、同じベイクラフターに相談することを勧められ模索する。そんなある日、一緒に仕事をする機会を得たマルチとシグル。仕事後にマルチを呼び止めたシグルには、思うことがあり…？

駒刃寿司に突然現れた、白星テンカ。仮面Xとのベイバトルを目的に来るも、当の仮面Xは不在。この場にいる全員に勝ったら仮面Xとのバトルを許可してほしいと言う。独特な構えと、未知のベイを使うテンカにペルソナは立ち向かう！警戒するマルチは、仮面Xを倒すだけが目的ではないだろうと問いかける。にやけた笑みを浮かべるテンカに、マルチは負けじと強気に振る舞うが…？ベイブレードの新時代はまさに今、動き出している！！

ついにペルソナの次の試合が決定！詳細が不明のままXタワーに向かうと、招集されたのはペルソナ、ユグドラシル、ズーガニックの3チームだった。一方、仮面Xは控室に用意された差し入れと思われる大量のあんこクリーム寿司を一心不乱に食べ始める…！そんな中、発表された初のバトル方式に、会場ではどよめきが生まれる。バトル中相手を観察し攻撃のタイミングを計るバードだが、思いも寄らないハプニングが起こってしまい！？

トリプルバトルのセカンドブレーダーは、マルチ、パン、ゾナモスが選ばれた。ゾナモスはバトルの前にいつものように出そうとしたベイナゾをマルチに断られ、あっさり引き下がるが、せめてと作ったナゾを披露する。一度は断ったはずのベイナゾを、名探偵マルチが推理ショーで解き明かす！迎えたサードセット、大量のあんこクリーム寿司とのラストバトルに挑んでいた仮面Xに異変が…！？そして、その様子を見て現れた人物とは！？

ペルソナからのサードブレーダーは体調不良の仮面Xに代わり、謎の仮面S！キングとバーンは、以前2人の勝負に突如割り込んできたそのブレーダー相手に、ランチャーを構える。白熱するバトルの中、勝負を仕掛けたのは…！？そしてB4から世界初公開された新スタジアムのテストバトルに、会場は大盛り上がり！ワクワクが止まらないバードをよそに、今までのベイの戦い方を覆すギミックを目の当たりしたマルチは焦りをにじませ…。

新時代への突入を確信するバーンは、ゾナモス、ゆにと共にユグドラシル製薬の孤島の研究所に来ていた。突如現れた来訪者は仮面Sの詳細を知っているようで…？一方駒刃寿司では、テンカがここにいる全員を倒したら仮面Xとバトルをさせてもらえるという以前の約束を再度持ち出し、マルチに宣戦布告！一番の自信作で来いと挑発するテンカにマルチが立ち向かう！さらに、張り詰めた空気の中、ついに真打ちが登場する！！

仮面Xは、勝負に自分が勝ったら命令を聞いてもらうというテンカの条件をあっさり受け入れ、手配してきたダブルエクストリームスタジアムでバトルに臨む！仮面Ｘの勝利を期待し前のめりなバードに対し、マルチは自分が作ったベイが通用するかと不安げにバトルを見守る。ブレーダーとしてもベイクラフターとしても全く足りてないというテンカの指摘に、何も言い返せず俯くことしかできないマルチが下した決断は…。

ベイクラフターとしての壁にぶつかったマルチは、かつてベイクラフターの資格を取るために通っていた私立ベイアカデミーを訪ね、当時ベイクラフトの技術や知識に対するマルチの自信をへし折った恩師の目ヶ岡先生に、もう一度ベイクラフトを教えてほしいとお願いする。マルチの願いに応じて目ヶ岡が開催したベイクラフターの神髄を教える特別授業で、マルチは戸惑いながらも徐々にベイクラフトの大事な基本を思い出していく。

ベイクラフトの修行をすべくマルチが訪ねたのは、万獣一族が住むアニマルキャッスル。キングやクインの家族の手厚いもてなしにマルチは圧倒される。クインが言っていた、ベイクラフトの本物の天才は意外な人物で…！？始めは半信半疑だったマルチだが、その人物が作ったベイの設計図を見て敗北感を感じる。確かな実力を理解し自分の現状を打ち明けたマルチは、自身の作ったベイを率直に評価してほしいと願い出る…！

ベイクラフトに励むマルチは、休憩がてらキングの母ジョカとベイバトルをすることに。ベイブレードの新時代への不安を吐露するマルチがジョカにもらったアドバイスとは…？一方、実力原理主義と言われるソリダスタワーに電撃移籍したファランクスは、デビュー戦を迎える。観客や選手から厳しい意見が飛び交う中で、石山の堅実なバトルが生み出した結果は…？そして、試合後の石山を待ち受けていた人物は一体…！？

バードはツルやスザキと地元にいた日々を思い返し、テンカにベイブレードを始めたきっかけを語る。ある日クラスにやってきた転校生の鷹野ツバサにバードは気さくに声をかけ、次第に皆で遊ぶようになっていく。スポーツも勉強もできて友達からも頼られていたバードだったが、いろんなことをやってもなんかしっくりこないと言う。そんな時、思いがけなくベイブレードに触れる機会を得たバードの反応は、今とは対照的で…！？

取り上げられた皆のベイを取り戻そうと、バードは取った少年の前に立ちはだかる！ベイバトル未経験にもかかわらず勝つしかないと言うバードを見て、ツバサは少年とバトルをする決意を固めた。ベイバトルに勝っても楽しくないと言うツバサ。そう思う心には過去の経験や母の期待も関係していて…。勝つことを恐れるツバサに、バードは本気でやれよ！と叫ぶが…？バードがプロブレーダーを目指すきっかけになった物語が今明らかに！