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国立半蔵学院--東京浅草にある名門マンモス進学校の知られざる裏の顔。それは善忍と呼ばれる国家所属の忍を育成する秘密機関、通称忍学科の存在である-。忍学科に所属する飛鳥たち５人の少女は学院の一般生徒に気付かれることなく、日夜一流の忍になるため、修行に励んでいた。ある日、修行の一環として、商店街の不良退治に向かった飛鳥は、修学旅行で浅草に来たが迷ってしまったという少女と出逢う。修行中にもかかわらず道案内を買って出る飛鳥だったが、その少女は後ろ手に短刀を隠し持っていた。

心にイメージした生物を具現化させることで、超常的な力を発揮する奥義"秘伝忍法"の修行をする飛鳥たち５人。他のメンバーが龍や鳳凰、イカなどの召喚に次々と成功する中、飛鳥だけがなぜか上手くできず落ち込む。

斑鳩とじっちゃんの歓迎会の買い出しに出かけた飛鳥は、スーパーで武器を手にした謎の少女に襲われる。斑鳩に対して敵愾心を燃やす少女の攻撃に圧倒される二人だが、忍結界が解けると少女はいずこへと消えていた。

臨海修行のため、忍島にやってきた半蔵学院のメンバーたち。屋敷の掃除の最中、梁の裏に「スーパーニンジャ」という文字を見つけた雲雀だが、霧夜先生にスーパー忍者のことを聞くも、笑ってごまかされてしまう。

飛鳥たち５人が忍クラスで授業を受けていると侵入者を知らせるブザーが鳴り響く。学院全体が忍結界に包まれる中、蛇女子学園のメンバーが現れる。その中の一人、焔は、飛鳥が以前、浅草の道案内をした少女だった。

半蔵学院旧校舎に潜入した蛇女子学園の悪忍５人が張り巡らせた巨大な連動忍結界の中で飛鳥たち５人は分断される。それぞれが相戦うことになるが、秘伝忍法を使ってもなお悪忍たちの圧倒的な力で苦戦をしいられる。

蛇女子学園の潜入を許してしまった飛鳥たち５人に霧夜は新たな特訓「ハイ・キン・グ（這緊虞）」を命ずる。それは生存術強化のため、最低限の装備で任務を全うしながら丸二日間生き延びるという過酷な修行であった。

忍教室での修行がますます厳しさを増す中、霧夜は手裏剣を上手くかわせない雲雀とそんな雲雀をつい庇ってしまう柳生に補修行を課す。霧夜は、５人の生徒は各々特質は違うが、鍛練次第では相当の逸材と見込んでいた。

先の奇襲以来、警備を強化していたはずの旧校舎に何者かが侵入し、超秘伝忍法書が盗まれてしまう。超秘伝忍法書を盗みだした侵入者を手引きしたのは、蛇女子学園の悪忍に操られた雲雀だった。

時は平安。京の周囲には火羅(ホラー)と呼ばれる物の怪が蔓延り、夜な夜な起こる怪異に人々は怯えていた。その一方で、人知れず火羅と戦う者たちがいた。黄金の鎧を持つ若き魔戒騎士・雷吼と謎多き魔戒法師・星明。新たな怪異の噂を聞きつけた雷吼は、火羅の仕業ではないかと調べ始めるのだが……。

蛇女子学園への潜入に成功した飛鳥たち４人は雲雀と忍法書を取り戻すため、天守閣へ向かう。次々現れる警護忍を倒し、ようやく見つけた隠し扉から天守閣に入るが、迷路のような内部には詠たち悪忍が待ち伏せていた。

半蔵学院vs蛇女子学園。天守閣で繰り広げられる戦いは激しさをます。そんな中、「蛇女子学園の生徒たちは戦いに敗れると死ぬ―」雲雀の声を感じとった飛鳥たちは、真の敵は最上階にいるオーナー道元だと知る。