オンラインゲーム「THE NEW GATE」は姿を変え、人々をゲームの世界に閉じ込め苦しめていた。そんな現状を打破すべくシンは、最後にして最強の敵である<オリジン>に立ち向かい撃破。囚われていた人々の解放に成功する。
シンも他のプレイヤーと同じく、見慣れた世界に別れを告げようとするが、新たな扉が突如開き500年後の「THE NEW GATE」の世界に飛ばされてしまう。
現実世界に帰る手段を探すため、かつてのホームである「月の祠」に到着したシンは、店番を任されていたエルフの女性、ティエラ・ルーセントと出会う。
依頼を無事に終えたシンは自分がハイヒューマンである事や、シュニーの主である事をヴィルヘルムに伝える。500年後の「THE NEW GATE」の世界で初めての「ダチ」と呼べる存在・ヴィルヘルムと再び会う約束を交わし、シン達はティエラが待つ「月の祠」へと向かう。500年ぶりに帰ってきた「月の祠」店長のシンは、シュニーとティエラ、新たに加わったユズハと一緒に団欒を楽しむ。一夜明け、目を覚ましたシンが見たものは、小狐から少女に姿を変えたユズハだった…。
『氾濫』と呼ばれるモンスターの大群を目の当たりにしたシンとリオンは、急いで大群の行き先であるバルメルへと向かう。ギルドへ『氾濫』の報告を済ませたシンの前に現れたのは、過去に交流のあったサポートキャラ、ベレットだった。ベレットから「THE NEW GATE」がデスゲームだった時代に死んだはずの、かつての仲間たちが生きている事を知らされたシンはシュニー達と合流し、バルメルを救うために『氾濫』を迎え撃つ準備を進める。