アローラ地方を旅行で訪れたサトシとピカチュウ。自然豊かなアローラ地方は未知の魅力がいっぱいだ。新しいポケモンやアローラ独自の姿を獲得したポケモンたちに出会い、ポケモンについて学べる学校、ポケモンスクールの存在もしる。大興奮のサトシがその夜、不思議な声に導かれ外に出てみると・・・！？

ポケモンスクールの先生であるククイ博士の家に居候し、ポケモンスクールに通うことになったサトシとピカチュウ。ある日、クラスメートがサトシのサプライズ歓迎会を開いてくれることに！大盛り上がりの歓迎会の最中、とつぜん島の守り神というポケモン、カプ・コケコがやってきて・・・？

ポケモンスクールの先生、ククイ博士から新しいポケモン図鑑を貰ったサトシ。なんとこのポケモン図鑑は、人間の言葉をしゃべる画期的なポケモン図鑑、その名も「ロトム図鑑」だという！サトシは早速アローラのポケモン初ゲットをめざし森へに出かけた。一方ロケット団がサカキの命令でアローラ地方へやってきていた！

ポケモンスクールに通いながらアローラ地方のポケモンゲットを目指すサトシ。ある日サトシは、お腹をすかせた、くさばねポケモンモクローと出会う。サトシがモクローをゲットしようと森を進んでいくと、そこはきつつきポケモン、ツツケラたちの巣だった！このモクローはツツケラたちと一緒に暮らしていたのだ。そこへロケット団が現れて…！？

ポケモンスクールに通うサトシ。今度の授業は海のポケモンに詳しいクラスメート、スイレンを特別講師として、海ライドポケモンにのっての釣り体験だ。夫々に釣りを楽しんだあとお昼休憩をとることに。午後もがんばるぞと気合を入れるサトシだったが、そこに突然現れた謎の影がポケモンたちに襲い掛かる！！

今日は一人で留守番をすることになったサトシ。昼ごはんを作ろうとしたがうまく料理が出来ず、食材を使い切ってしまった。近くのショッピングモールへ出かけることにしたのだが、そこでクラスメートのマーマネとまるまりポケモンのトゲデマルと出会う。買い物中、突然モールが停電になり、ポケモンたちとはぐれてしまった！！

ポケモンスクールに登校する途中でサトシは、野生のひねこポケモン、ニャビーに出会うが、自分のお弁当を奪われ逃げられてしまう。そんなニャビーを探していると、シャムネコポケモンペルシアンと争って傷ついている所に遭遇。家に連れて帰り、傷の手当てをする事に。だが、人に懐かないニャビーは逃げ出してしまう。後を追うとそこには…

ポケモンスクールのオーキド校長から、ラナキラマウンテンで発見されたタマゴを観察し育てる課題を出されたサトシたち。夜はポケモンにさわることができないクラスメートのリーリエが家でお世話をする事になる。サトシはリーリエの家に同行するが、そこはとても広いお屋敷だった。ポケモンたちが遊べる庭やバトルフィールドまで完備。そこでサトシはリーリエの執事とバトルする事に！

島の畑がラッタとコラッタによって荒らされるという事件が発生！そこでサトシはしまキング、ハラに出会う。有力者であり、サトシが挑戦する島めぐりのキーパーソンでもあるしまキングと出会いに決意を新たにしたサトシ。早速島めぐりへの挑戦を申し出る。ところがハラは、まず島めぐりへ挑む資格があるか試す必要があるという…。

ついに迎えたしまキングハラとの大試練！かくとうタイプの使い手であるハラは、パワフルなバトルでサトシを苦しめる。対するサトシもピカチュウ、モクローと共に立ち向かう！バトル中、ハラはパートナーのハリテヤマと共にZワザを放つ！対するサトシもゼンリョクのZワザで応戦！ZワザとZワザの激突！果たして結果は？

ポケモンスクールがお休みの日、サトシは朝から担任のククイ博士とZワザの特訓をしていた。するとそこへクラスメートのカキがリザードンに乗って通りかかる。カキは実家の牧場の手伝いで配達をしているという。牧場に興味をもったサトシはカキの家に遊びにいくことにした。するとそこにはたくさんのポケモンたちが！！

ダラダラと怠惰な日々をおくるロケット団。するとそこへ本部から通信が。通信の内容はアローラ地方での活動が順調かどうかを確認するものだった。何とか取り繕ったロケット団だったが、このままではマズイと、新たなポケモンゲットを目指すことに。海辺へとやってきたロケット団だったが、丁度サトシたちも課外授業で近くを訪れていて･･･

あるときサトシは、クラスメートのマオから近々開催されるというパンケーキレースの話を聞く。このレースはトレーナーとポケモンが協力してお皿の上に積み上げられたパンケーキを、崩さずに早く運ぶ、というレースだという。興味をもったサトシはピカチュウと参加することに。大迫力のパンケーキレース、優勝するのはどのペアだ！？

皆でお世話をしてきたタマゴがついに孵った！大興奮のサトシたち。タマゴ係として頑張ってきたリーリエの感動はとても強いものだった。ところがリーリエはポケモンに触ることができない。落ち込むリーリエにサトシたちは、いつか触れる日がくるさと励ます。その日の放課後、家路につくリーリエを見つめる怪しい影が･･･

サトシがある夜帰宅すると、お留守番をしていたイワンコが傷ついていた！驚いたサトシとククイ博士は、留守の間にイワンコがどういった行動をしているのかを確認するために、監視カメラをしかけて観察することにした。ドキドキしながら見守っていると、何とイワンコが家を出てどこかへ消えていった、後をおいけかるとそこには！？

海辺で遊んでいたサトシたち。ふとしたひょうしに突風が吹き、モクローとアシマリを入れたバルーンがどこかへ飛んでいってしまった！迷子になった2匹の前に現れたのはやせいのニャビー。モクローとアシマリを送り届けることにしたニャビーだったが、そこへロケット団が現れて･･･！？

ある日、サトシがポケモンスクールに登校したら、大変なことに気がついた！何とカプ・コケコから貰った大切なデンキZが無くなってしまった！とても焦るサトシだったが、ロトムが探してくれるという。最近ロトムはアローラ地方でやっている探偵ドラマにはまっていて、名探偵のように謎を解決したいという。早速捜査にのりだしたロトムだったが？

クラスメートのマオに誘われ、彼女の家が営む食堂の新メニュー、幻のアローラシチューの試食をすることになったサトシたち。ところがマオは困り顔、なんでも幻のアローラシチューの完成にはやまぶきのミツが必要なのだが、今の時期はほとんど取れないという。諦めきれないサトシは、翌日マオと一緒にやまぶきのミツ探しに出かけるのだった･･･

放課後、クラスメートのマーマネの家に立ち寄ったサトシ。以前バトルをした伝説のポケモン、カプ・コケコにリベンジする為、でんきタイプに詳しいマーマネのアドバイスを受けようというのだ。マーマネの家で特訓をし、自信を深めたサトシとピカチュウ、するとそこにカプ・コケコが現れた！サトシ、リベンジなるか！？

ある日クラスのみんなとショッピングにきていたサトシは近くにあるという小島、通称たから島の話を聞く。さっそく探検に出かけたサトシは、ピカチュウと二人っきりで過ごす時間に、ピカチュウへの想いを改めて強くする。日も暮れてきたその時、上空に光輝く不思議なポケモンが現れた！？

街で買い物中のサトシ、するとそこへ以前出会ったニャビーを見かける。ニャビーをおってみるとそこにはニャビーを指導する年老いたムーランドの姿もあった。それから少しして、なんとあのニャビーがサトシに助けを求めてきた！なんと、あのムーランドの体調がとても悪いのだという･･･。

サトシが浜辺でクラスメートのカキとバトルの特訓をしていると、砂の上を動き回る不思議なスコップを見つけた！カキによるとそれはスナバァというポケモンで、てっぺんに刺さっているスコップに触ると大変なことになるという。しかし、ひょんなことからスナバァのスコップが飛んでいってしまい、サトシに大変なことが･･･！？

クラスメートや、ククイ博士たちと音楽ライブにやってきたサトシたち、お目当てはダグトリオとトレーナーのＤＪレオによるユニット、通称ダグレオによるパフォーマンスだ。ひょんなことからＤＪレオと知り合ったサトシ達は、そこでダグトリオに憧れるディグダと出会う。あくる日、衝撃のニュースが、なんとダグトリオが解散するという！？

ある日の休日、サトシは悩んでいた。近々ポケモンスクールで、保護者や地域の人を招いてオープンスクールが行われるのだが、何とそこでサトシが発表を行うことになったのだ！そこへ思わぬ来客が、何とサトシのママがカントーからサトシの発表を見るためにやってきたのだ！どうするサトシ！？

サトシのピカチュウをつけねらうロケット団。ある日ポケモンスクールの授業を覗いていて、Ｚワザに衝撃をうける。早速Ｚワザを習得すべく、Ｚクリスタルをさがしはじめた。するとそこへ、アローラ地方で乱暴をはたらく、スカル団が現れて･･･ロケット団とスカル団、悪と悪がぶつかりあう！！

サトシのクラスメート、マーマネは、両親が引っ越しの相談をしているのを聞いてしまう。ポケモンスクールのみんなとお別れしなくちゃいけない！何とか心を強く保とうと思うマーマネだったが、落ち込んでしまいスクールの授業にも身が入らない。そんなマーマネの様子を心配したサトシたちがとった行動とは･･･？

サトシはポケモンスクールの休み時間中に、最近巷で噂になっている超強いなぞのルガルガン使いの話を耳にする。ぜひそのトレーナーとバトルしたいと思うサトシが街にでると、そこに噂のルガルガン使いが現れた！早速バトルをしようと話しかけるサトシだったが、そこへ突然リーリエがやってきて･･･？

アローラ地方で大人気のスポーツ、ポケベース。ＴＶでポケベースをみたサトシとピカチュウは大興奮！翌日のポケモンスクールの授業でククイ博士からサプライズ発表！なんと今日の授業はポケベースをやるという、しかも講師はプロのポケベース選手として有名なオルオル選手だ！白熱の試合が開幕！勝つのは誰だ！！

休日を利用して森にキャンプにやってきた、サトシとポケモンスクールのクラスメートたち。料理をしたり、川で遊んだりとキャンプを満喫中だ。ところが、ひとり、またひとりと倒れていく･･･どうやらこの森には正体不明の存在がいて、襲われると記憶とエネルギーを吸い取られてしまうという･･･

いつものようにポケモンスクールへ行くとククイ博士から驚きの発表が、パートナーのポケモンを交換してほしいという。実は授業の一環として、自分のパートナー以外のポケモンのこともよく知ってもらうためだという。ピカチュウはリーリエの家で過ごすことになったのだが、リーリエはピカチュウを触ることができず…

いつも以上にテンションの高いサトシ。実は今日から授業の一環でアーカラ島へ向かうのだ。するとそこへルガルガンを連れた女性が現れた。彼女の名前はライチ、これから向かうアーカラ島のしまクイーンだ。ライチと共にアーカラ島へ向かう道中、あるトラブルが発生して・・・！？

アーカラ島へやってきたサトシたち。今日の授業はライドポケモンのムーランドと一緒に宝探しだ。それぞれパートナーのムーランドを選び宝探しへでかけるサトシたち、しかしスイレンのパートナーのムーランドは中々スイレンの言うことを聞いてくれず大苦戦、果たしてお宝は見つかるのか？

アーカラ島での時間を満喫中のサトシたち。今日は自由行動の日、サトシはスイレンと近くにある池に釣りをしにいくことに。なんでも池のぬしと呼ばれる超大物がつれるという。早速釣りをはじめたサトシとスイレン、すると、スイレンの竿にその超大物がヒット！しかし大きすぎてなかなか釣り上げられない、がんばれスイレン！

アーカラ島のお祭りに参加することにしたサトシたち。お祭りのメインイベントはポケモンに冠を被せること。ヴェラの冠と呼ばれるその冠を被せてもらったポケモンは強くなる、と言われているのだ。さっそくポケモンたちに冠を被せてもらおうとしたとき、突如ガラガラが現れて冠を奪い去ってしまった！！

課外授業の一環でアーカラ島の伝統料理、アーカラカレーの食材を集めることになったサトシたち。サトシはマオと一緒に３つの食材を集めることに。カリキリやディグダの群れに遭遇するなど困難に直面しながらも、なんとか食材を集めきったサトシ、するとそこへ突如ラランテスが現れてサトシへバトルを挑んできた！！

いよいよアーカラ島のしまクイーンライチの大試練に挑戦することになったサトシ。ライチとの大試練は２ＶＳ２のダブルバトル、サトシはモクローとイワンコの2匹で挑むことに。いわタイプのポケモンを使うライチは、トリッキーな戦術と、ルガルガンの圧倒的なパワーとスピードで、サトシを翻弄する。どうするサトシ！？

ライチとの大試練を終え、アーカラ島での課外授業も残すところあと少しとなったある夜。サトシのイワンコが姿を消してしまう。慌てて探しにでたサトシだったが、結局その夜、イワンコを見つけることはできなかった。翌朝、イワンコの捜索を続けるサトシたち、するとそこへ、あのポケモンが現れた！！

今日もピカチュウゲットを目指しサトシにバトルを挑むロケット団。バトルに破れ空へと飛ばされた後、なんとムサシとミミッキュがはぐれてしまった。しかも間が悪いことに、ミミッキュの被っていた布が壊れてしまう。困ったムサシがとった行動とは･･･！？

スクールの授業中、なんだか様子のおかしいマオ。なんと彼女の父親が営む食堂に、テレビ番組の取材が入ることになったというのだ！いざ取材がはじまると、テレビのクルーだけでなく、沢山のお客さんもやってきて大忙し。そんなとき、ちょっとしたことが原因でマオが父親と大喧嘩、勢いで家を飛び出してしまった！

ある日、サトシとスイレンは海辺で見事な芸を披露するオシャマリとそのトレーナーに出会う。なんでも彼らは世界中の海を旅する『うみのたみ』という人々で、この近くで昔沈んだ船を探すために来ているという。彼らに興味を抱いたサトシとスイレンは、一緒にその船を探すことにしたのだが、そこへロケット団があらわれて･･･

デンヂムシレース、それはアローラで大人気のカーレース。デンヂムシを車体に乗せて、デンヂムシの放つ電気エネルギーで走る車を使ったレースだ。サトシはマーマネ、カキと一緒にチームを組んでレースに参加することになった！ところがいざ練習を始めると、マーマネのデンヂムシは中々早く走れない･･･果たして優勝できるのか？

ポケモンスクール開校20周年記念として、カントー地方へやってきたポケモンスクールの面々。久しぶりにマサラタウンへ帰ってきたサトシも、懐かしいポケモンやタケシやカスミ、オーキド博士たちとの再会にとても嬉しそうだ。そんな中、ひょんなことからオーキド研究所の中でポケモンたちが迷子になってしまい･･･。

カントー地方での課外授業はまだまだ続く。今日はハナダシティでのジム戦体験。特別講師のタケシとカスミから、ジム戦のレクチャーを受け、ジム戦体験をする生徒たち。そんな中バトルが好きなサトシとカキは、本気のジムバトルをしたいと志願、タケシがカキと、カスミがサトシとそれぞれバトルをすることになった！

ある夜、サトシは不思議な夢を見る。翌朝の登校中に初めてみるポケモンと遭遇！サトシは夢の中でこのポケモンの面倒をみる、という約束をしたのだと思い出す。拾ったポケモンは、ロトム図鑑にもデータが載っていない謎のポケモン。どうお世話して良いか分からず、サトシはポケモンスクールの仲間たちと悪戦苦闘する。

拾った謎のポケモンに、ほしぐも、と名前をつけてお世話をすることにしたサトシ。しかしほしぐものお世話はとっても大変だ。クラスメートの協力をえてなんとかお世話をこなすサトシ。するとそこへ更に驚きの事実が判明、なんとほしぐもはテレポートが使えるというのだ！サトシたちは思いがけず大変な場所へテレポートしてしまい･･･

サトシたちは、リーリエの母、ルザミーネに招かれて、怪我をしたポケモンたちの保護施設、エーテルパラダイスへとやってきた。沢山のポケモンに出会い大興奮のサトシたち。ところがそこでトラブルが発生、メタモンが一匹逃げ出してしまったらしい。サトシたちはメタモンの捜索を手伝うことにしたのだが、中々見つからず･･･

ある日の昼下がり、サトシはひょんなことからリーリエの兄、グラジオと再会する。グラジオのもとには、初めてみるポケモンがいた。なんでもこのポケモンはあまり他人には見せたくないらしい。その理由は、グラジオとリーリエの過去に関係しているらしいのだが？

今日は楽しい楽しいお泊まり会、ポケモンスクールの皆がククイ博士の家にやってきた。飛び入り参加のバーネットとゴンベを加えた一同はゲームをしたり、みんなでご飯を食べたりとお泊まり会は大盛り上がり。皆が寝静まったあと、バーネットはリーリエが家を抜け出すのを目にする。

シルヴァディと対面し、ふたたびポケモンに触れることができなくなってしまったリーリエ。リーリエは忘れてしまった記憶を取り戻そうと、グラジオのもとへ向かおうとする。一方、エーテル財団のザオボーはリーリエの記憶が蘇ると、隠していた過去の失敗が知られてしまうと恐れ、リーリエの誘拐を画策する･･･。

過去の記憶を取り戻したリーリエ。リーリエはとても充実した時間を過ごしていた。その裏で、かつての失敗が露呈し追い詰められたザオボーは、逆転の一手をこうじる。ほしぐもを騙しその力を利用してウルトラビーストを呼び出そうというのだ!!

エーテルパラダイスの事件がキッカケにほしぐもが動かなくなってしまった。心配するサトシたちだったがそこへさらなる問題が発生！なんとリーリエが兄のグラジオと共に家出してしまったのだという。相次ぐトラブルに困り果てたサトシは、島の有力者である、しまキングのハラに相談にのってもらうことにする。

伝説のポケモン、ソルガレオに会うためにポニ島にある日輪の祭壇にやってきたサトシたち。だがそこにソルガレオの姿はなく、そのかわりにカプ・コケコをはじめとしたアローラ地方の守り神と呼ばれるポケモンたちが勢ぞろいしていた。驚くサトシたちの前で、カプ・コケコたちがとった行動とは･･･！？

ソルガレオの力によってウルトラホールをこえたサトシたち。たどり着いたのはウルトラビーストの住む世界だった！ルザミーネを助け出そうと試みるサトシたちだったが、その前にウルトラビーストによって操られたポケモンたちがたちはだかる！

ルザミーネを助け出すため、バトルを続けるサトシたち。なんとかルザミーネを追い詰めることに成功したのだが、ウルトラビーストに操られたルザミーネは抵抗をやめない。その上、一度倒したはずのルザミーネのポケモンたちが復活して大ピンチ！果たしてどうなる！？

ポケモンスクールのみんな、そして伝説のポケモン・ソルガレオと力を合わせてウルトラビーストの事件を解決したサトシ。アローラにも、かつての平和な日々が戻ってきていた。そんなある日、サトシはククイ博士から、とても大事な話があると告げられる･･･。

ポケモンスクールでバトルの練習をしていると、そこへネッコアラがやってきた。トレーナーであるオーキド校長から、ネッコアラとの出会いを聞いていると、今度はそこへプリンがやってきた。ひょんなことからプリンを怒らせてしまったネッコアラ、サトシたちはプリンとネッコアラを仲直りさせようとする。

ポケモンスクールがお休みの日、ククイとバーネットとおでかけするサトシに留守番を任されたロトム。はりきるロトムだが、ひょんなことからウォッシュロトムにフォルムチェンジしてしまう。さらにスピンロトムやヒートロトムにフォルムチェンジを繰り返してしまうロトム…。はたしてロトムは無事にもとの姿に戻れるのか！？

ロケット団たちがショッピングをしているとヒドイデが昔片思いをしていたセンパイに！今のヒドイデはコジロウ一筋だが、それでもセンパイはヒドイデのことが好きだと言う。ヒドイデをかけてバトルをすることになったコジロウとセンパイ。この恋の行方は！？

ある日森で迷子になったホウとスイがなぞの大きなポケモンに助けられて帰ってきたという。その話を聞いて、マオとスイレンも小さいころ、“森のおじいちゃん”と呼んでいた同じポケモンに助けられたことを思い出す。そこでサトシたちは、お礼をするため森に行くことに！はたして“森のおじいちゃん”に会うことはできるのか…！？

ラナキラマウンテンにやってきたサトシたち。一面に広がる銀世界を見て、みんな大はしゃぎ。そこでサトシたちは、ポケゾリジャンプの有名人サーラと出会う。サーラの誘いで、サトシたちはポケゾリジャンプ大会に出ることに！はたして優勝するのは誰！？

メレメレの花園に突如現れたウルトラビースト！ルザミーネの指示のもと、ウルトラガーディアンズのメンバーとしてついに出動するサトシたち。目的はもちろん、ウルトラビーストを捕獲し、彼らの世界に帰してあげること！果たして初出動の結果は…！？

大事にとっておいたアイスをムサシに食べられた悲しさから、秘密基地を飛び出したニャース。そこで偶然、アローラ・ニャースに出会った。アローラ・ニャースはとても気が利くため、ムサシとコジロウはぜひ仲間にしたいと言う。だがニャースは大反対で…！？

アローラ伝統の4体同時バトル、バトルロイヤルをテレビで見たサトシは、参加したいと会場に行くことに。そこでサトシは、バトルロイヤルで無敗のロイヤルマスクにニャビーと挑むことになった。バトルに勝つのはどっちだ！

サトシとピカチュウが市場でおつかいをしていると、なにやら争っているナゲツケサルたちに出会った。どうやらアーカラ島とメレメレ島のナゲツケサルの中でボスを決める争いをしていて、メレメレ島側が負けたらしい。サトシは負けたメレメレ島のナゲツケサルたちを見て、彼らの力になろうとするが…

ある日のポケモンスクール、サトシたちがバトルの練習をしていると、卒業生のイリマがあらわれた。マオとマーマネによれば、イリマはポケモンスクール始まって以来の秀才で、数々の伝説の持ち主らしい。サトシたちは早速、その伝説を確かめるためイリマに会いに行くことに。はたしてどんな伝説が！？

今日のポケモンスクールの授業は、トレーナーとポケモンが一緒にピンポンするポケピンポン。特別講師にイリマを招いて、サトシたちもポケピンポンに挑戦！その後、サトシたちはイリマが出るポケピンポンの大会を見に行くことに。前回はその大会の決勝戦で敗れていたイリマ。今回は優勝なるか！？

ポケモンスクールの授業中、ピカチュウの前にナゾのポケモンが！？どうやら以前出会ったピカチュウのことが気になっているようで、ポケモンスクールの外に連れ出してしまう。ピカチュウがいないことに気がついたサトシは慌てて探すが、そこにロケット団も出てきて…

今日はポケモンスクールのみんなでポケモンセンターの職業体験日。ところがジョーイさんが風邪をひいてしまった。サトシたちはジョーイさんに代わってポケモンセンターのお仕事を頑張ることに！そこにスカル団が現れて…

ある日マーマネが家族とキャンプ中に、竹やぶで地面に埋まった謎の銀色の金属（？）のようなものを見つけた。トゲデマルたちといっしょに掘り出してみると、顔のようなものがあることに気づいたマーマネ。もしかすると自分が好きな昔話、「星舟カグヤ」に登場するカグヤではないかと予想するが、はたして…

カキの牧場にブルガンと名乗る男があらわれ、牧場を買い取りリゾートホテルを建てると言う。カキたちがその誘いを断ると、ブルガンは様々な方法でカキの牧場に嫌がらせをはじめた。怒ったカキはブルガンにバトルを挑むが…

メレメレ島のとある森の中。野生のシズクモが旅立ちの時を迎えて、自分の水場を探す旅に出た。外の世界ではじめて海を見たり、水場争いで他のシズクモに負けたり、いろいろな経験をするシズクモ。そんな中、偶然出会ったスイレンに、シズクモが恋をしてしまう！？

料理修業の旅に出ていたマオの兄、ウルがひさしぶりに実家のアイナ食堂に帰ってきた。ウルは、アローラで年に一度行われる「アローラ・パンフェスティバル」に出場するというが、その裏にはある思いがあって…。アイナ食堂に何かが起こる予感！？

ある日、ムサシたちはヒドイデがあくタイプのわざを覚えたのと、すでにアクＺをもっていたことから、何とかＺリングを手に入れたいと話し合っていた。そこにサカキから、ウラウラ島のしまキングならＺリングをくれるかもしれないという情報が。ロケット団、Ｚリングゲットだぜ！？

次の島めぐりに挑戦するサトシたちは、ウラウラ島にやってきていた。しかし、なかなかしまキングを見つけられない。島に住む少女アセロラの助けを借りて、やっとしまキング・クチナシのもとにたどりつくも、はたして大試練に挑戦なるか！？

サトシは、より強くなるために島の守り神カプ・ブルルに特訓してもらおうとする。アセロラの案内のおかげで無事にカプ・ブルルのもとにたどり着けたサトシだが、なかなかカプ・ブルルが相手をしてくれなくて…

Ｚワザを使えるようになったムサシたちは、今度こそピカチュウゲットと動き出した。クチナシの大試練に向けて、より強くなったサトシ＆ピカチュウに対して、Ｚリングを手に入れたムサシ＆ミミッキュの本気バトルがはじまることに！

とうとうクチナシの大試練に挑むサトシ。ウラウラ島の大試練は、1匹のポケモンでクチナシのポケモン3匹を連続で倒すこと。クチナシが最初に出したのは、ワルビアル。はたしてサトシとルガルガンは特訓の成果を発揮し、大試練を突破できるのか！？

メレメレ島の花火大会に行ったサトシたち。そこで偶然、プログラムにない謎の歩く花火（？）を見た。翌日、ポケモンスクールでサトシたちがその話をしていると、ウルトラガーディアンズに緊急出動の指令が。謎の花火と関係があるようだが、はたして…

今日はポケモンスクールのみんなで宿泊学習の日。ホクラニ天文台で、ながれぼしポケモン・メテノの観察をしている。そこでサトシたちは、たまたま地上に落ちているメテノに出会う。そのメテノと仲良くなっていくサトシたちだが、実はメテノというポケモンにはある秘密があった…

メレメレ島に帰ろうとしていたサトシたちは、近道だと思った洞窟で迷子になり、リーリエたちとはぐれてしまう。そこでリーリエはアローラサンドたちに出会う。アローラサンドたちは、どうやら勝ちたい相手がいるらしい。その力になりたいと思うリーリエは…。そしてサトシたちは、無事洞窟から出られるのか！？

アローラで大流行の、バトルロイヤルで活躍するロイヤルマスクをテレビで見て興奮したサトシは、ククイ博士やバーネット博士たちと会場に試合を観に行くことに。ロイヤルマスクの対戦相手が卑怯な手を使ってきたことにがまんができないサトシがニャヒートとリングに上がることに！？

ある日のポケモンスクール。クラスメートのみんなで、トレーナーが考えたダンスをポケモンが踊る「ポケダンス」を発表しあうことになった。みんなそれぞれ、自分たちのパートナーポケモンの持ち味を引き出すダンスを考えるが、はたしてどんな発表会になるのか！？

今日のポケモンスクールの授業は、エーテルパラダイスのザオボーが特別講師に。科学に興味をもってもらおうと、ザオボーが用意したのはどんな巨大なものでもスイッチひとつで小さくなるマシン。早速ザオボーが実演してみせようとするが、マシンがうまく動かない。やっと動いたと思ったらサトシたちが小さくなってしまい…

ある日の夕暮れ。市場に来たサトシは、素敵な絵を描く女性に出会う。彼女の名前はマツリカといい、ポケモンの心を感じとることができるらしい。早速ベベノムを見て、絵を描くのが好きなことを感じとる。マツリカはベベノムに、さらになにかを感じとるが…。はたしてベベノムの気持ちとは！？

ポケモンスクールのグラウンドに、巨大な跳び箱のようなものがあらわれた。サトシたちはそれをククイ博士が授業のために用意したものだと思い、早速跳ぼうとしていると…。ウルトラガーディアンズに緊急出動要請が！一体どこにどんなウルトラビーストがあらわれたのか…！？

ポケモンのためのリゾートスパ、「ポケモンパラダイスリゾート」にやってきたサトシとポケモンスクールの仲間たち。しばらくウルトラガーディアンズの出動が続いたため、ルザミーネがみんなに休みを取ってもらおうと手配してくれたのだ。しかし、そこにサトシたちのポケモンを狙うロケット団があらわれて…。

ある日の朝、サトシはククイ博士とバーネット博士がいつもの元気がないことに気づく。アローラではめずらしい曇空の下、サトシがスクールに着き、仲間たちと話したところ、みんなのお父さんお母さんも元気がなかったようだ。この謎を調査すべく、ルザミーネの司令で出動したサトシたちウルトラガーディアンズ。そこに新たなメンバーが！？

突如ウルトラガーディアンズの目の前に現れたルナアーラともう一体の謎のポケモン。ルナアーラたちが激しいバトルを繰り広げていると、その2体を狙いロケット団の特殊部隊が！さらにそこにソルガレオが現れて…！果たしてアローラはどうなってしまうのか！？

アローラの危機を救うため、ウルトラホールの向こう側に出動したサトシたちウルトラガーディアンズ。その先でサトシたちを待ち構えていたのは…。そして、ロケット団の真の目的とは一体！？アローラの異変を巡って、それぞれの思いが交錯する！！

ついにかがやきさまの伝説に迫るサトシたち。しかし、どうすればアローラの危機を救えるのかわからない…。サトシたちが悩んでいると、その時カプ・コケコが！みんなの力を合わせ、アローラの平和を取り戻すのだ！行け、サトシ！行け、ウルトラガーディアンズ！！

ピカチュウがたくさん住む「ピカチュウのたに」にやってきたサトシたち。そこでピカーラというピカチュウのことが大好きでちょっと不思議な女性と出会う。ピカーラや谷のピカチュウたちに歓迎され、仲良くなっていくサトシたちだったが、そこにピカチュウゲットを狙うロケット団があらわれて…。

ロイヤルドーム最強のロイヤルマスクがメレメレ島で握手会をすることに！それを知ったサトシとバーネット博士は、握手会に行きたいとククイ博士に相談する。ロイヤルマスクの正体が実は自分だと明かしたくないククイ博士、このピンチをどうする！？

今日のポケモンスクールは、体育館で劇の発表会。サトシとポケモンスクールの仲間たちは、緊張しながらみんなの家族の前で劇を披露していた。そこに、たまたまサトシが落とした劇の台本を拾ったロケット団が乱入してきて…。発表会は一体どうなってしまうのか！？

ある日のスイレンの家。ホウとスイが、おばけ屋敷に行きたいと言い出した。ポケモンスクールでスイレンがみんなにその話をすると、たまたまスクールに来ていたアセロラのアイデアで、ポケモンスクールにおばけ屋敷をつくることに！はたしてどんなお化け屋敷ができるかな！？

ヴェラ火山を中心に強烈な磁気異常が発生！それがウルトラオーラの探知に影響を与えるため、ルザミーネは、サトシたちウルトラガーディアンズに調査を依頼した。はたしてサトシたちは異変の原因を突き止めることができるのか！？

エーテルパラダイスにやってきたサトシたち。ちょうど同じタイミングで、偶然ロケット団もエーテルパラダイスに来ていた。ロケット団の目的は保護されているポケモンを全部まとめてゲットすること。そんな中、なぜかムサシになついて離れないヌイコグマが一匹…！？

メレメレ島の森の中でサトシは偶然しまキング・ハラの孫、ハウに出会う。ハウが大試練を受けるために特訓中だと知ったサトシは、早速バトルをしようと話しかけた。ハウのフクスローとサトシのモクロー、勝つのはどっちだ！

アローラで人気の探偵ドラマの撮影現場に来たサトシたち。そこでたまたまロトムが番組プロデューサーに気に入られて、そのまま番組の新キャラクターにならないかと誘われる。うれしいロトムだが…。

浜辺でひとりできのみを食べているイーブイ。このイーブイ、誰かに会おうと街に出てきたみたい。でも意地悪なアローラペルシアンに追いかけられることに！はたしてイーブイの運命は！？

ある日サトシは、ポケモンスクールに向かう途中でアローラの守り神、カプ・コケコに再会した。早速バトルを挑むサトシ。ピカチュウとカプ・コケコの電撃が激しくぶつかり合ったその瞬間、目を覚ますとサトシとピカチュウは見知らぬ場所にいた…。そこで出会ったのは、一人の青年と、その青年とともにいるポケモン・ゼラオラだった！

ある出来事がきっかけで、見知らぬ場所に飛ばされたサトシとピカチュウ。その地は人影もなく、街は荒廃していた…。その原因はある強大なウルトラビーストだったことを知ったサトシとピカチュウは、ゼラオラたちとともに戦う決意をする！孤独に戦うゼラオラたちをサトシは救うことはできるのか！？

ポケモンスクールの授業後、タケシとカスミがサプライズでスクールにやってきた。はじめてアローラ地方に来た2人のため、スクールのみんなで観光案内をしてあげることに。はたしてどんな観光になるのかな？

タケシとカスミをアローラに迎えたサトシたち。今日はタケシの希望で、しまクイーン・ライチに会いにアーカラ島に行くことになった。ライチはタケシが元ジムリーダーだと知ると、タケシにバトルを挑む！熱いバトルの結末は果たして…。

ポニ島へ自由研究にやってきたサトシたち。それぞれの研究課題を決め、頑張ることに。そこで出会った女の子・ハプウにサトシが大根泥棒だと疑われて・・・。さらにスカル団も登場して波乱の予感・・・！

ポニ島での自由研究に取り組むサトシたち。リーリエがポニ島のポケモンたちを観察していると、そこで出会ったのは兄のグラジオだった！ポニ島にいるグラジオの想いとは・・・？そして、サトシとグラジオはお互いのルガルガン同士でバトルをすることに！

デンヂムシをクワガノンに進化させたいマーマネは、不思議な力があると言われるポニ島の大峡谷に行くことに。果たしてマーマネのデンヂムシは進化することができるのか！？そして、師匠・イアとアシレーヌに出会ったスイレンとアシマリは師匠たちのワザを全部覚えると大張り切りで・・・

ポニ島の守り神であるカプ・レヒレに会いたいサトシとカキは、二人でひがんの遺跡でバトルをする。しかし、その神聖な地でのバトルはカプ・レヒレを怒らせてしまい、サトシが捕まってしまった！サトシを助けるには、タイムリミットまでにカキがカプ・テテフの鱗粉を持って来なくてはいけない。果たして、サトシとカキの運命は！？

グラジオがポニ島に来ていたのはひがんの遺跡の守り神・カプ・レヒレに会うためだった。カプ・レヒレにはどうやらこの世にいない人に会わせてくれる不思議な力があるらしい。そして、それを聞いたマオの想いとは・・・。

ひがんの遺跡での儀式を終え、ポニ島のしまクイーンになったハプウ。ついに、サトシはハプウの大試練を受けることに！ハプウのバンバドロに挑戦する、サトシのパートナーは！？そして、サトシは大試練を突破できるのか！？

アローラで人気のポケモンと一緒にプレイするスポーツ、ポケゴルフ。ある日有名なプロゴルファーのカヒリとパートナーのドデカバシのカツオと出会ったサトシたちは、ポケモンスクールの授業で一緒にポケゴルフをすることに！

サトシたちがポニ島から帰ってくる時に、一緒に船に乗っていた不思議な生物・・・？ロケット団の秘密基地でコジロウの大切なコレクションを食べたり、ポケモンスクールで工具を食べたりと大騒ぎ！果たして、新種のポケモンなのか！？

サトシがオーキド博士に調査をお願いした結果、不思議な生き物は新種のポケモンということが分かり、メルタンと名付けられた！しかし、早速ロケット団に捕まりそうになり大ピンチ！果たしてどうなる！？

クイズ番組に出演するマーマネの応援にテレビ局に来たサトシたち。「アローラ探偵ラキ」のプロデューサーに再会したサトシたちは、ドラマの撮影を見学することに。そこにいたのは、天才子役のコイキング「コイちゃん」。しかし、コイちゃんの様子がおかしいみたいで・・・？

とある夜、Ｚクリスタルを持つトレーナーばかりが襲われる事件が発生した！その事件の犯人は、ウルトラビーストのフェローチェだった！フェローチェはＺクリスタルを集めているようで・・・？そして、ニャースがフェローチェに恋をした！？

ククイ博士から重大な発表があると、エーテルパラダイス特設ステージに集められたサトシたち。発表されたのは「アローラポケモンリーグ」の開催だった！盛り上がるアローラの人々。その中継をテレビで見ていたスカル団のボス・グズマがポケモンスクールに乗り込んできた！どうやらククイ博士と因縁があるようで・・・？

リーリエとグラジオの父・モーンが生きているはずだと信じる二人は、ザオボーの研究室でモーンの研究資料を探していた。その姿を見た母・ルザミーネは二人をモーンの部屋に連れて行くことに。そして、リーリエたちがそこで見つけたものとは！？

ウラウラ島のマリエシティに遊びに来たサトシたち。ニンジャのガイド、アナアキ・チクワに案内され、観光を楽しむことに。そんな中、風で飛ばされたマオの髪かざりを追って、シェイミ・ナギサ・メルタンが迷子になった！ロケット団に遭遇したシェイミたちは大ピンチ！無事にマオたちのところに帰ることができるのか！？

マリエシティにあるカントー地方のジムをモデルに作られた、ジムオブカントーにやってきたサトシたち。そこにはなぜか忍者の格好をしたジムトレーナーたちが！各フロアーにいるジムトレーナーに勝つと、最上階で頭領とポケモンバトルができるのだ。果たして最上階にたどり着くのは誰だ！？

クワガノンレースに出場することになったマーマネ。優勝賞品の“ムシＺ”をゲットするため猛特訓！大会当日、ライバルのハヤテと遭遇し、火花を散らす二人だが、ロケット団がレース中のクワガノンたちをゲットしようと悪だくみをしていて・・・。

無人島へやってきたサトシたち。みんなで海で遊んでいると突然現れた伝説のポケモン・カイオーガ！しかし、カイオーガは元気がないようで・・・！？そこに、カイオーガを狙うハンターが！サトシたちはカイオーガを守ることができるのか！？

アイナ食堂のおつかいでおおきなキノコをもらいに、ヤレユータンのお店にやってきたマオ。お店はポケモンたちがたくさんいて、大盛況！そして、マオもお手伝いをすることに！ポケモンたちの好みに合わせてジュースや料理を出していると、そこに突如現れたカプ・コケコ！マオはカプ・コケコの満足する料理を作れるのか！？

ロケット団のムサシたちは、サカキからの連絡でキテルグマをゲットした、とつい嘘をついてしまう。どうしようかとあたふたしているロケット団のところに、本部からマトリがキテルグマを連れにやってきた！果たしてムサシたちの運命は！？

アローラポケモンリーグに向けて、Ｚワザの特訓をすることになったポケモンスクールの仲間たち。サトシとマーマネはカキの家で特訓をすることに。バクガメスは、クワガノンと特訓したり、やんちゃなガラガラをなだめたり、まるでみんなのお兄ちゃんみたい。そんなバクガメスとカキの出会いとは・・・？

ヌイコグマ流星群が大接近しているある日、アローラで様々なものが切られてしまう事件が発生した！その犯人は、ウルトラビーストのカミツルギ！ウルトラガーディアンズとして出動するサトシたち。無事にウルトラホールに帰すことができるのか！？そして、さらにとてつもない事件が発生して・・・

ある日、ククイ博士の子どもの頃の写真を発見したバーネット。そこには、ポケモン超ワザ図鑑を抱え、ニャビーと一緒にククイ博士が写っていた。その頃、森で特訓をしていたサトシたちのところに、幻のポケモン・セレビィがやってくる。セレビィの“ときわたり”によって過去に飛ばされてしまう、サトシとニャヒート。そこで出会ったのは・・・

セレビィの“ときわたり”によって過去に飛ばされてしまったサトシとニャヒート。無事に過去から戻ってきて、ピカチュウやモクローたちと再会した。しかし、ピカチュウたちはなんだかボロボロで・・・？サトシとニャヒートが過去に行っている間、ピカチュウたちに何があったのか！？

リーリエはＺワザを成功させるため、サトシたちに家に集まってもらっていた。そこでリーリエはサトシたちになぜか動かない幻のポケモン・マギアナを紹介する。リーリエはどうにかマギアナを動かしたいと思っているようだが果たして・・・。一方、グラジオがメレメレ島の森の中で出会ったのは・・・！？

ついに、アローラポケモンリーグ開催の地、マナーロ・スタジアムにやってきたサトシたち。バトルフィールドを見に行ったり、ショッピングをしたり、思い思いに過ごしているが、ロケット団やスカル団も現れて波乱の予感！？そして明らかになる、ククイ博士とグズマの過去とは・・・？

アローラポケモンリーグの予選バトルロイヤルがはじまった！151組のポケモンとトレーナーが戦い、勝ち残った16組が決勝トーナメントへ行けるサバイバルマッチ！！強豪選手たちが出場する中、サトシたちは決勝トーナメント進出を決められるのか！？

アローラポケモンリーグの決勝トーナメントがはじまった！1回戦の第1試合はサトシVSザオボー！ザオボーの策略にサトシはどう立ち向かうのか！？第2試合はイリマとグズマが激突！第3試合はハウVSオーキド校長！そして第4試合、マオVSスイレンの友情を超えた熱いバトルが今、はじまる！！

決勝トーナメント1回戦の第5試合はマーマネVSマツリカ！なんと第6試合はムサジーナ（ムサシ）VSデコジロー（コジロウ）のロケット団対決に！ソーナンスとヒドイデ、果たして勝つのはどっちだ！？第7試合はカキVSアセロラ！第8試合はリーリエVSグラジオの兄妹対決！

ハウとの決勝トーナメント2回戦に向けて特訓をするサトシとモクロー。そこへ、ドデカバシとツツケラがやってきて、“フェザーダンス”を教わることに！ジュナイパー相手に不利なモクローは“フェザーダンス”を切り札にできるのか！？ハウのジュナイパーとの勝負がはじまる！

アローラポケモンリーグ決勝トーナメント2回戦、サトシとハウの白熱した試合が続く。ハウのジュナイパーのZワザを危機一髪でかわしたサトシのモクロー。モクローは特訓中の“フェザーダンス”を出せるのか！？モクローVSジュナイパー決着！そして、カキVSマーマネ、闘志を燃やす決勝トーナメント2回戦第3試合がはじまる！

アローラポケモンリーグ決勝トーナメント2回戦、第3試合。カキのバトルを徹底的に研究してきたマーマネとクワガノンに苦戦する、カキとリザードン。ゼンリョク勝負の行方は！？そして、第4試合のスイレンとスカル団のボス・グズマの試合もはじまって・・・。ついに決勝トーナメントベスト4が決まる！

カキを応援しにマナーロ・スタジアムにやって来た妹のホシ。そこにスカル団が現われて、大ピンチのところを救ったのは準決勝のカキの対戦相手・グラジオだった！ホシに幼い頃のリーリエを重ねるグラジオ。準決勝第1試合、カキＶＳグラジオ、妹を持つ兄同士の熱いバトルがはじまる！！

アローラポケモンリーグ準決勝第1試合カキVSグラジオ、ついに決着！そして、ポケモンリーグを潰そうとするスカル団のボス・グズマとサトシの準決勝第2試合。無敗伝説を誇るグズマに今、サトシが挑む！

準決勝第2試合、グソクムシャの“ききかいひ”によって、突然バトルすることになったハッサムがニャヒートに負けてしまう。勝手なことをしたグソクムシャに激昂するグズマ。ここまで有利にバトルをしてきたが、サトシのまっすぐな目に若き日のライバル・ククイを重ね、徐々にペースを乱していき・・・。

アローラポケモンリーグ決勝戦への切符を手にしたのは、サトシとグラジオ！それぞれの家族や友人、大勢の観客の応援を受け、熱いライバル対決の火ぶたが切って落とされる！！果たしてアローラ初のポケモンリーグチャンピオンの栄冠はどちらの手に！？

ついにはじまったアローラポケモンリーグ決勝戦、サトシVSグラジオ。サトシのメルメタルがシルヴァディに破れ、次に出てきたピカチュウがシルヴァディを倒し、ピカチュウとゾロアークのバトルが始まった！　果たして初代アローラポケモンリーグ・チャンピオンに輝くのはどっちだ！？

アローラポケモンリーグの初代チャンピオンの表彰式。そこに突如ウルトラビースト・アクジキングが現れた！会場を破壊するアクジキングに対し、サトシたちやロイヤルマスク、しまキングたちが立ち向かう！

アクジキングをウルトラホールに帰すことに成功したサトシたち！そして、ロイヤルマスクの正体がククイ博士だと発覚！！会場が驚きと興奮に包まれる中、サトシとククイ博士のエキシビションマッチがはじまった！6対６のフルバトルの行方は・・・？

白熱するサトシとククイ博士のエキシビションマッチ！サトシのルガルガンはウォーグルの“いわなだれ”をかわすことができるのか！？そして、ククイ博士のフシギバナに対するはモクロー。果たして勝つのは！？

サトシVSククイ博士のエキシビションマッチは、アーゴヨンVSルカリオの対決に！ぶつかり合う、アーゴヨンのシザークロスとルカリオのインファイト！そして、勝負はニャヒートVSガオガエン。果たしてニャヒートはこれまで一度も勝ったことがないガオガエンにリベンジすることができるのか！？

ククイ博士の6匹目のパートナーとしてエキシビションマッチに急遽参戦することになったカプ・コケコ。そして、ラストバトルはピカチュウVSカプ・コケコの因縁の対決に。Ｚワザが激しくぶつかり合うバトルフィールド。エキシビションマッチの激闘を制するのは！？

アローラポケモンリーグが終わり、日常が戻ってきたサトシたち。ポケモンスクールでは、ククイ博士が今度の長期休みの予定をみんなに聞いていた。みんなの予定と、その先の夢を聞いたサトシは、あることを決心する。

マサラタウンに帰ることを決意したサトシ。しかし、それを中々みんなに言い出せず・・・。そして、ロケット団にもミミッキュたちとの別れの時が迫っていた。