サッカーの名門・聖蹟高校に入学した柄本つくしは、クラスメイトの風間陣から人数が足りないという理由でいきなりフットサルの試合に誘われる。まったくの初心者のつくしは足を引っ張ってばかりだったが、それでも必死に走りゴールを奪う。そんな彼の姿を見た風間は、自分が純粋にサッカーを楽しんでいた時のことを思い出す。

サッカー部に入部したつくしと風間は、同じ１年生部員たちと共に、連帯責任による外周ダッシュを課されていた。みんなに迷惑をかけたくないつくしは、みんなの分の外周ダッシュを自分ひとりで走るとキャプテンの水樹寿人に頼む。「一緒にサッカーがしたい」という純粋な気持ちで、実直に走り続けるつくしの姿に１年生部員たちは触発される。

他校とのＧＷ合同合宿初日。夕食の時間、つくしは他校の生徒が中学時代の風間について話しているのを耳にする。過去に何があったのか気になったつくしは、同室の風間に思い切って訊こうとするが、うまく切り出せない。翌日、つくしが早朝に目を覚ますと風間の姿がなく、彼がグラウンドでひとり自主練をしていることを知る。

クラスメイトで同じ美化委員の生方千加子に、掃除を手伝ってほしいと話しかけるつくし。だが、話を聞いてもらえず、練習に遅刻し外周ダッシュをさせられていた。ひたむきに走り続け、サッカーを諦めない彼の姿を見た生方は、昔の自分を思い返す。その頃、中澤監督はインターハイメンバー選考に向けて、選手たちの練習を見守っていた。

インターハイを最後に引退を決めた３年生・笠原の練習を手伝うつくし。インターハイメンバーの発表が始まると、１年生の風間がメンバー入りし、次々と名前が呼ばれていく。そして最後のひとり……選ばれたのは、つくしだった。落選した笠原の分まで頑張ることを誓ったつくしは練習を重ね、いよいよインターハイ初戦が始まる--。

初戦は辛くも勝利したが、何もできなかったことに落ち込むつくし。そんな彼の前に、聖蹟のライバルである桜高のキャプテン・犬童かおるが現れる。「サッカーをしよう」と犬童に誘われたつくしは、フットサル場へ向かう。圧倒的な差をつけられるが、「誰よりも走る」という自分のサッカーを思い返し、自らオトリになってゴールにつなげた。

インターハイ予選二回戦「聖蹟対南高校」。聖蹟は風間の活躍により圧倒的な差をつけて勝利した。翌日、試合に出られず悔しい思いをしたつくしはオフにもかかわらず、ひとり外周を走っていた。その行動には、“聖蹟サッカー部にいたい”という必死な思いが込められていた。そして準決勝、対戦校の蟻明のラフプレイに苦戦する聖蹟だが--。

水樹の活躍でなんとか決勝に進んだ聖蹟は、対戦相手のプレー映像を観て作戦を練っていた。決勝対戦校は、2年前に突如台頭してきた『奇跡のチーム』、関東大会の覇者である都立桜木高校。現時点での大会得点王であり、桜高の10番でもある成神蹴治のプレーに驚愕する1年生部員。一方、風間は強敵と戦えることを喜び、闘志に満ち溢れていた。

いよいよ始まったインハイ予選決勝。聖蹟キャプテン・水樹も完全に復活し、最高の状態で試合に臨む聖蹟イレブンだが、つくしはいつもと様子が違う風間のことが気になっていた。開始早々、トラップミスをしてしまう風間。つくしの不安が的中したかのように思えたが、すぐさまキープし、ゴール前へとひとりドリブルで突き進む。

水樹のシュートで先制点を獲得した聖蹟は、犬童かおるに対して風間をマンマークでつけた。だが、その５分後、犬童のシュートがゴールネットに突き刺さっていた。格の違いを見せつけられた風間は、初めて敗北を味合わされていた。そんな風間は、つくしのがんばりを思い返し、いつもとは違う泥臭いプレーで犬童に食らいつく。

体力が尽きるまで走りきった大柴と交代することになったつくし。ピッチに入ろうとしたそのとき、パンツが落ち、下着が露わに!?　そんなつくしの姿に、聖蹟の選手たちから笑いがこぼれる。雰囲気が変わったことに気付いた犬童は、警戒心を強める。再び風間を抜きにかかる犬童に対して、今度は風間１人ではなく、つくしと2人がかりで止めに入る。

最後のチャンスでつくしのシュートは外れ、聖蹟は桜木高校に敗れた。翌日、インハイを最後に引退すると決めていた笠原は、水樹に見送られ静かに発っていった。その頃、風間はフットサル場でいつものメンバーとゲームをしていたが、妙に落ち着かず、初めて悔しさを感じていた。一方、つくしは一心不乱に住宅地を走り続けていた。

幼なじみの小百合から息抜きしようと夏祭りに誘われたつくし。昔のことを思い返しながら屋台を周っていると、君下が焼きそばを売っていたり、お面を被って水鉄砲を撃ちながら駆けていく水樹や彼を追う灰原、猪原たちに遭遇したりと、聖蹟サッカー部の面々も祭りを楽しんでいた。後日、聖蹟サッカー部のメンバーたちは、ある目的で大柴の家に集まっていた。

夏休みに入り、聖蹟サッカー部は4泊5日の桜島遠征合宿に来ていた。選手権のメンバーをイチから選ぶ、熾烈なレギュラー争いが始まる。つくしとポジション争いをする2年生の先輩・大柴は、全力で奪いに来いとつくしに告げる。練習試合が始まり、「聖蹟3本の矢」の水樹と風間は千葉の房総高校相手にシュートを決めるが、大柴は決めきれないでいた。

合宿初日の夜、練習試合で不甲斐ない結果に終わったつくしは、3年生の灰原と共に練習試合の映像を見ながら、自分に何が足りないのかを考えていた。翌日、中澤監督から前日の練習試合終了時メンバーに挽回のチャンスが与えられ、玄武高校との練習試合が始まる。だが、つくしが命じられたポジションはディフェンスのセンターバックだった--。

レギュラーになりたい、でも仲間とは争いたくないと悩んでいたつくしは、風間と話したことで自分なりの答えを見つけようとしていた。合宿3日目・竜真学園との練習試合。堅守を誇る竜真の1年生ゴールキーパーに対し、優勢に攻める聖蹟攻撃陣。その陰には、ディフェンスで学んだことを生かし、自分を犠牲にしてチームを活かすつくしの姿があった。

合宿最終日、青函高校との練習試合を迎えた聖蹟。開始早々、平のパスとは思えぬ威力あるボールに、スーパールーキー・火村が走り込んで合わせ、聖蹟ゴールを割る。だが臼井がラインを上げていたため、オフサイドでノーゴールとなった。お返しとばかりに風間が青函ゴールに迫るも決めることはできず、大柴と君下は相手のディフェンスに苦戦していて……。

青函戦後半。怪我をした風間の代わりにつくしがピッチに立った。一方、青函ベンチでは監督と平が火村の起用方法で揉めていた。意地でも火村のワントップでいきたいという平に、監督は10分だけと制限時間を言い渡す。自分を庇ってくれた平のために、火村は豪快なゴールで応えると、さらにシュートを重ねて２対２の同点に追いつくのだった。

試合終了間際、つくしの渾身のシュートが決まり、聖蹟は勝利を収める。つくしは実感が湧かず戸惑っていたが、風間をはじめとする聖蹟メンバーたちにもみくちゃにされ、嬉し涙を流した。そんな中、試合を見に来ていた風間の母は静かにその場を去ろうとする。風間はつくしの手を引いて母の前へと行き、「最高の、友達なんだ」とつくしのことを紹介した。

夏休みが明け、ついに始まった選手権東京都予選大会--。3年生にとって最後の大会が幕を開けた。準々決勝まで駒を進めた聖蹟の次の相手は北東高校。先制点を奪い、順調と思われた試合展開だったが、相手のラフプレーで大柴が怪我をしてしまい、君下を守ろうとした水樹は2枚目のイエローカードをもらい、2人は次戦に出場できなくなってしまった。

準決勝の相手は、新設の私立京王河原高校。「3本の矢」を欠いてしまった聖蹟だったが、君下を中心に3年生メンバーが奮起する。さらに、何かを掴みかけていたつくしは、セカンドボールを拾う精度を上げていた。そんなつくしが倒され、フリーキックのチャンスを得た聖蹟。キッカーは右の君下と左の速瀬。果たして、このチャンスでどんなフリーキックを蹴るのか……!?

新渡戸がレッドカードで退場し、10人になってしまった聖蹟。そんな危機的状況に追い打ちをかけるように、京王2トップの甲斐と丸岡が聖蹟ゴールを脅かす。臼井の守りと猪原のスーパーセーブでなんとか前半を乗り越えるも、後半開始早々、京王の気迫のこもった攻撃が聖蹟を襲い、ついに同点に追いつかれてしまうのだった。

臼井が繋げ、つくしが再びもぎ獲った2回目のフリーキック。1回目と同じく君下が蹴ったボールは、低空のグラウンダーシュート！　京王GKが反応するも、その手を弾いてボールは見事ゴールに吸い込まれた。逆転した聖蹟は1点を守りに入るが、京王の攻めに押されてしまう。そして後半残り3分、臼井がボールをクリアしようとしたそのとき、異変が起き……。

激闘の末、聖蹟は勝利を勝ち獲った。3本のフリーキックを決めた君下、そして3本のフリーキックを獲ったつくし。「3本の矢」が抜けても名門・聖蹟の名に恥じぬ戦いを見せた。決勝進出を決め、チームメイトたちが喜ぶ中、浮かない顔をするつくし。試合後、部室に荷物を持って帰ってきた来栖たちは、グラウンドで泣きながらボールを蹴るつくしの姿を目にする。