戦闘摂理解析システム「#コンパス」の世界では、ヒーローが人間のパートナーと力を合わせて日々バトルすることでエナジーを生み出している。 しかしワケありヒーローの13（サーティーン）はパートナーを見つけるどころかバトルを拒否してばかりで……ついには#コンパスの世界から追放の危機⁉︎ そんな中、新規ユーザーの塵（じん）がログインし、Voidollの案内のもとパートナー探しが始まる。

塵のパートナーとなった13（サーティ－ン）だったが、一度パートナーになったら解除できないというシステムに不満たっぷり。 そこで、パートナーを解除するための方法をヒーローたちに聞いて回ることにした彼は、テスラやヴィオレッタたちを尋ねる。 一方で13のことをもっと知るために彼を探すことにした塵。13の足跡を追い、訪れる場所でさまざまなヒーローと出会い話を聞くが、ますます彼のことがわからなくなっていく……。

ノイズに飲まれ13（サーティーン）たちを襲ったジャスティスは、完全に正気を失う寸前に自身を自らの世界へと転送した。 彼を連れ戻すためには13のヒーロースキルでジャスティスの世界へ行く必要がある。 しかし13だけではヒーロースキルが発動せず、肝心のパートナーである塵とはギクシャクした関係が続いている状況。 それでも塵はジャスティスを助けるため、13、ジャンヌ、アオジルとともに彼の世界へ行くことを決意する。

近頃バトルばかりでまともな休息をとろうとしないジャンヌに、パートナーのアオジルは心配を隠せない。 マリアとの会話で、レオン＝ブルク聖王国のオアシスでのバカンスに想いを馳せる彼女。 そんな中塵たちはノイズに侵されたジャスティスの色が、Bugdollと似ていることに気づいた。 13（サーティーン）と塵、ジャンヌとアオジルの4人は、Bugdollの次の行き先であるマリアとアダムの世界へ向かうことになるが……？

Bugdollを捕獲することに成功した13（サーティーン）は、天才発明家であるテスラのもとへ連行し一連の事件について問い詰める。 しかし、ノイズに飲まれて自我を失ったヒーロー「イレギュラー」の発生はBugdollの仕業ではないという。 そこになぜか#コンパスの世界で起きている異変を独自に調べていた零夜も現れる。ノイズの発生地点を予測して来たという零夜の発言通り、突如13たちの背後にノイズが出現し……？

ヒーローが凶暴化する「イレギュラー事件」に不安が広がる#コンパスの世界。 「#コンパスニュース部」のポロロッチョ、ヴィオレッタ、コクリコ、デルミンは事件を調査・取材して、世界を再びチェリーパイで埋め尽くすために行動を開始する。 同じ頃、狐ヶ咲甘色とルルカは共演するラジオのコーナーの一環で、路地裏の不気味な噂を調べることになった。 そんな中、人気のない道を1人歩いていたリリカの背後に、怪しげな人影が迫る！

ピエール77世のダイナーではジャスティスの退院祝いが盛大に行われることに。 しかし、ノイズを観測していた零夜から13（サーティーン）のもとに連絡が入り、桜華忠臣のイレギュラー化の可能性を伝えられる。 イレギュラーの力を手に入れようと自らノイズに飲まれ自我を失ってしまった忠臣は、ジャンヌたちがバトル中のステージへと乱入。 ヒーローたちを圧倒する力を見せる忠臣だったが……彼の前に、盟友が立ちはだかる。

忠臣の証言で、ヒーローたちのイレギュラー化の裏で暗躍する「ロキ」を名乗る謎の存在が判明した。 その直後、上空に次々とノイズが発生し、ライブ中だったリリカとルルカを始め多くのヒーローたちがノイズに飲みこまれイレギュラー化していく。 13（サーティーン）と塵は無事だったヒーローたちと協力しイレギュラーに立ち向かうが、#コンパスのシステムを管理しているキューブはまたたく間にノイズに侵蝕されていき……。

13（サーティーン）の攻撃で傷ついたコアが大爆発した直後、#コンパスの世界から強制ログアウトさせられた塵。 スマホの画面には終了時間未定の「メンテナンス中」の文字が表示され、周りのプレイヤー同様に不安を募らせていく。 この状況が自分のせいだと思い込む塵は自らを責めながら、13とともに冒険した#コンパス2.0の世界のことを追想する。 そんな彼の前に、自分のプレイヤー名を呼ぶ見知らぬ人物が現れて……？

#コンパスの世界へ戻る方法を探るため、塵と13（サーティーン）は13の世界へ向かう。 2人の前に姿を現したのは、13の元同僚、ファースト。 彼との会話の中で塵は兄の事故死の真相、そして13との関係について、真実を知ることになる。 一方、#コンパス2.0の世界ではロキが13から奪った力を使い、自らがイレギュラー化したヒーローたちをなぜか元に戻し始めていた。 ついに明かされるロキの真の目的とは。

#コンパスを「#コンパス3.0」へアップデートすると宣言したロキ。 アップデートが終わればそれぞれの世界への行き来が自由になるという甘言に何も知らないヒーローは騙されているが、実はヒーローとプレイヤーたちのパートナー関係はリセットされ……大切な思い出も消えてしまうのだ。 計画の邪魔になるヒーローの排除も躊躇しないロキとVoidollたち。 怒りに燃える13（サーティーン）は、単身でロキに挑むが……？