ダンテが冷凍保存されている間に魔界で戦争が勃発。古代の武器を見つけるため、ムンドゥスの城をくまなく調べるレディ。人間界への招待を受けるバージル。

双子同士を戦わせるべく、事を進めるアリウス。冷凍保存状態から解凍されることになったダンテの脳裏に、恐ろしく不穏な光景が浮かぶ。

運命の戦いへと突き進んでいくダンテとバージル。その過去の記憶から、それぞれの心の傷、そして二人を引き裂く原因となった家族をめぐる悲劇が明らかになる。

バージルが世界に再び混沌(こんとん)をもたらそうとする敵と戦う一方、負傷したダンテはレディに助けを求める。そして150年に一度の日食を前に、大胆な計画が実行に移される。

アリウスをアルカナから引き離し、アルゴサクスの復活を止めるため、謎めいた力を持つ教授に会いに行くダンテとレディ。

回想を通して、べインズとレディが初めて会った時のことが明らかになる。バージルが違う空間に送られるなか、ダンテは別の角度から現実を見ることを余儀なくされる。

悪しき炎の復活により混沌(こんとん)が地上に広がっていくなか、バージルに真実を見せるオラクル。世界を救うため、二手に分かれて戦うダンテとレディ。

2つの世界の裂け目が開き、壮大な戦いが幕を開ける。復讐(ふくしゅう)心、力、運命、忠誠心が交錯するなか、兄弟はそれぞれが信じる道を突き進む。