それは、暗い嵐の夜であった。 ルナ・アタックの脅威から１００日あまり。 戦姫たちをめぐる物語は、 疾走する輸送列車と、空を覆いつくさんとするノイズにて幕をあける。 何者かによって操られたと思しきノイズの群れを 息の合ったコンビネーションにて撃退する響とクリス。 列車は目的地である山口県・岩国の米軍基地に到着し、 完全聖遺物「ソロモンの杖」の護送任務は完了するのであったが…… 時同じくして、 最大規模の音楽祭典「QUEENS of MUSIC」に出演する風鳴 翼は、 新進気鋭のアーティスト・マリアと特別ユニットを組み、登壇する。 この舞台を、世界最後のステージと称するマリアの真意を知るものは少ない。

岩国基地に続き、ライブステージ「QUEENS of MUSIC」にも 操られたと思しきノイズが出現。 さらに、一連の事件に呼応するかのように米国の聖遺物研究機関でも 実験にまつわるデータの破壊と聖遺物盗難事件が発生する。 フィーネの名を冠した組織の少女マリアは、 黒いガングニールを身に纏い、各国政府に対して国土割譲を要求してみせるが、 振る舞いは稚拙で、甘さすら漂わせている。 だが、茶番めいた作戦であっても行使する力は本物。 揃い踏んだ響、翼、クリスは、ついに激突すべき相手と対峙する。 戦いの中、投げつけられた言葉は紅蓮の刃となって響の胸の奥を伐り刻む。 自分の一生懸命で誰かを救いたいと願う彼女は、 その一生懸命で家族を悲しませた過日の記憶を思い出すのであった。

増殖分裂するノイズを殲滅した絶唱の三重唱。 だが、その場にて爆発的に高まったフォニックゲインは、 蛹の状態にて眠る完全聖遺物ネフィリムを覚醒させてしまう。 響たちを謀り、生きていたウェル博士は、 ナスターシャ教授たちと通じ、人類に敵対する。 闇に身を潜める者たちの昏い思惑。 だが少しずつ歯車は狂い、早くも思惑から外れた軋みを奏ではじめる。 アジトとした廃病院よりナスターシャたちを送り出したウェルは、 誰に邪魔されることなくひとり策謀を巡らせる。 その渦中に飛び込んでいくシンフォギア装者たちは、 纏ったギアの重さに戸惑い、予期せぬ苦戦を強いられることになる。 生化学者であるウェルの搦め手は、初めて相対する脅威であった。

響たちと激突し、肉体を失ったフィーネの魂は、 マリアの内に再誕していたと、囚われのウェル博士は語る。 その冷ややかな眼差しは、 受け入れられずに戸惑う響たちを尻目に戦局を見極め、 ついには、取り戻したソロモンの杖と共に脱出を果たすのであった。 だが、アジトであった廃病院と、 本国より持ち出したネフィリムの餌――聖遺物の欠片を失った痛手は大きく、 フロンティアの起動に先立って、新たな作戦立案の運びとなる。 敵地へと潜入する調と切歌。 度重なるアウフヴァッヘン波形との接触によって これ以上、マリアの魂がフィーネの魂に上書きされないよう、 危険な実働任務を買って出る２人の少女であった。

響たちが通う私立リディアン音楽院に潜入した調と切歌は、 任務遂行に奔走するものの、認識の甘さは隠しきれず空回りを繰り返す。 一方その頃、閉鎖工場に身を潜めるマリアたちに米国の特殊部隊が迫る。 掠め取った聖遺物に関する技術を独占するばかりか、 Ｆ.Ｉ.Ｓ.の目的が米国の隠蔽する不都合な真実の開示と判断し、粛清に動いたのだ。 排撃を命じるナスターシャであるが、マリアは人の命を奪うことに躊躇する。 彼女もまた、調や切歌と同じく非情に徹しきれない甘さを胸に懐いていた。 惨劇から目を逸らさずに踏みとどまろうとするマリア。 だが、無垢なる命の散華に堪えきれず、ついにガングニールの少女は悲鳴をあげる。 さらには、もうひとりのガングニールの少女にも非情な運命が顎を開けて襲いかかる。 ただの一度もコトバを交わすことのないまま、 マリアと響のココロとカラダは、限界に達しようとしていた。

飢餓衝動のまま暴れるネフィリムは、ついに最高の餌食を咥え込む。 その身と同じく、生きた聖遺物の甘き味わいに共食いの巨人は、 胸を昂ぶらせ早鐘のように心臓を打ち鳴らすのであった。 狂気が正気を駆逐する瞬間に頂と達するウェル博士。 ――だが、突如として巻き起こる破壊の黒い暴風は、博士の思惑を吹き払い、 そして、さらなる脅威を呼び込むのであった。 月明かりの下にて何が起き、これから何が起ころうとしているのか。 混濁する意識の中、響はいつかに過ぎた光景を思い返す。 自分の一生懸命が誰かを傷つけてきたという事実。 ウェル博士が命の救済を宣言するのなら、この拳が握り締めた正義とはいったい？ それでも誰かに踏みにじられた少女は、誰かのために固めた拳を躊躇なく突き出す。 考えているのではない。ただそうあれと胸に感じているのであった。

正義を信じて握り締めた拳は、感じるがままに突き出された。 ノイズに触れる瞬間にギアを纏ったか否か、それは誰の知るところではない。 確かなのは、胸のガングニールがいつも以上に熱く滾っていること。 ネフィリムの覚醒心臓を持ち帰るために手段を選ばないウェル博士は、 高みからの物言いで調と切歌に助けを要請し、滅びの歌を強要する。 必勝を期したシュルシャガナとイガリマの絶唱二段構え。 それさえも、響が咄嗟に試みたＳ２ＣＡの応用で強引に封じられてしまう。 打つ手をもぎ取られた調と切歌。しかし苦痛に呻いて膝を折ったのは響の方であった。 世界の主要政府を敵にまわしてでも不都合な真実を公表し、 月の落下より可能な限り人命を救うことがＦ.Ｉ.Ｓ.の決起目的であったはず。 だが、覚悟の甘さと重なる不測の事態、そして混入した猛毒が理想を蝕んでいく。 ナスターシャは、組織が何も果たせぬまま限界に達していることを痛感していた。

思い描いた都合のいい未来図が翳るからこそ、逸脱した思惑が光り輝く。 だが、ナスターシャは、そんなウェルの英雄願望の暴走を抑圧するために、 あえてフロンティアの封印解除に失敗してみせ、科学者が懐いた夢の限りを知らしめる。 それでも、己が人の頂に立つ幻想に昂ぶりを抑えられないウェルは、 ついに瓦解しかけた組織を自分の手で牽引すべきと思い振り切るのであった。 これ以上、フィーネを演じる必要はないと告げられたマリアと、 自分がフィーネの魂に塗り潰されるのではないかと、ひとり恐怖する切歌。 そして、ガングニールの侵食に蝕まれ、ヒトの在り方を喪失しつつある響。 迫る月の落下に打つ手無しの世界状況と同じく、少女たちの胸の内も混迷を極める。 壁が高く強固であるならば、砕いて越えることもできるだろう。 だが、立ちはだかるのは「現実」という、歌を力に戦う者にとって最悪のバケモノである。 ただもがくばかりの状況を打破すべく、ついにマリアはその手を血に染めるのであった。

見上げた先にて大切な陽だまりまでもが奪われてしまう響。 心は確かに折り砕け、身に纏ったシンフォギアを維持できずに解除してしまう。 F.I.S.と米国政府の交渉も決裂し、月の落下に対する協力体制は夢想に潰える。 聖遺物に関する異端技術者であるナスターシャの余命が残り僅かとなり、 極大災厄に抗うには猶予がないことを感じ取ったマリアは、ついにウェル博士の側につく。 悲壮な決意のマリア。だがそれが本心でないことは、誰の目にも明らかであった。 理想に空回りするばかりのF.I.S.の実権を掌握したウェル博士は計画の綻びを修繕し、 最終段階に進むべく、フロンティアの封印ポイントに向けて再度動き出す。 だが、神獣鏡によるステルスを機能させないエアキャリアは無防備であり、 作戦海域付近にて展開していた米国の哨戒艦艇に補足されてしまう。 これを好機としたF.I.S.は、かつて果たせなかったデモンストレーションを試みるのだが―― 命を弄ぶウェル博士にマリアは身を震わせ、大胆な遂行者である調はその身を空に翻すのであった。

降下する「それ」は、フロンティアに施された封印解除に必要な出力確保のため、 人のフォニックゲイン――小日向未来の躯体を得た神獣鏡のシンフォギアであった。 本来の目的とは異なる、ウェル博士の大胆な神獣鏡の運用に驚きを禁じ得ないマリア。 胸の想いを歪められた少女は戦場に雄叫びをあげ、愛を剥き出しにする。 暴力を制圧し、無力化させるのは自分こそが相応しいとクリスが汚れ役を買って出る。 急ごしらえの装者では届くはずもなく、 たちまち神獣鏡のシンフォギアを圧倒するクリス。 だが、一瞬の隙をついて反撃に転じた神獣鏡のプログラムは、 集束した輝きを一気に解き放つ。 それは、聖遺物由来のエネルギーを分解する陽だまりの優しさ――凶祓いの力であった。 現実に翻弄され、正義を為すことも悪を貫くことも果たせぬまま懊悩するマリアは、 自分の拠り所でもある「フロンティア計画」を遂行せんと震える心を捻じ伏せる。 人類救済の可能性を零さないよう、か細い光を手繰り寄せ、 巧みに編み上げるマリアの絶技。 空から落ちる災厄に先んじて海より顕現する驚異に、誰もが意識を奪われるのであった。

無垢にして苛烈。魔を祓い、あるべきカタチへと映し出す神獣鏡の輝きは、 響と未来の身体をそれぞれ侵す聖遺物の脅威を退けるばかりか、 海中に封じられた外つ国の遺産、フロンティアをも解き放ってしまう。 重力アンカーにて月を手繰り寄せ、その反作用にて空中に浮上するフロンティア。 結果、早まってしまった月の落下にて地球の余命は残りあとわずかとなってしまう。 地球外脱出の力を手に入れんとする米国政府は再度、艦隊を差し向けるが、 とどまることを知らないウェルの欲望は、これを一瞬にして殲滅せしめる。 フロンティアに遺された情報を開示・解析し、備えようとしてきたナスターシャだが、 差し迫る猶予のない事態に、フロンティア単独の対抗策という賭けに打って出る。 それは異端技術の信奉者としての誇りであり、未熟な「悪」へのけじめであった。 最後の希望とされるマリアの歌声。だが、マリアの心は折り砕かれてしまっている。 そこにガングニールを喪失し、ギアを身に纏えなくなった響が駆けつけようとしていた。

すれ違い続けた想いは新たな天地にて激突し、互いの気持ちを伝え合う中、 状況はさらに混迷を極め、ただ、すべてが終局に向かって加速していく。 人の間こそが帰る場所と知ったクリスは、何よりも暖かいその場所を守るべく、 ついには二度と帰らないと意を決し、ウェル博士と拙い約束を取り交わす。 人間だけを殺す力――ソロモンの杖は、誰の手にもあってはならないのだ。 自分が自分でいられるうち、僅かに残った人類救済の可能性にかける切歌もまた、 それこそが大好きな人たちのためと信じて、望まぬ刃を振るい続けていく。 だが、フィーネの魂の器となったのが、自分ではなく調であったと知った時、 価値観や判断力、切歌を形作る常識が決壊し、世界からの逃亡を求めてしまう。 そして、現実の只中で英雄になることを望み望まれたマリアもまた、どん底に喘ぐ。 人類のため、セレナの犠牲を無駄にしないためと謳う歌では月の落下に抗えない。 生まれたままの感情を覆って隠すシンフォギアはどこまでも黒く、重たかった。

きっと救うと誓った胸に聖詠が湧きあがると、この身は既に戦装束―― 再びガングニールのシンフォギアを纏った立花 響がフロンティアを駆け抜ける。 偽りの心を解きほぐされた彼女もまた、生まれたままの感情で自分に向き合う。 頬を染めて口にする星の救済は、マリア・カデンツァヴナ・イヴの迷いなき選択。 世界を繋いで共鳴する優しい歌声は天を衝き、公転軌道から外れた月に伸びていく。 セレナを亡くして以来、少女のまま止まっていたマリアの刻がついに動きはじめる。 夢に焦がれるウェル博士もまた、理想に向かって全てを蹴散らし邁進する。 装者も、統治するには手に余る人類も、左手に繋いだフロンティアにて駆逐すべく、 たっとひとりで立ち回り、ついには血の涙を流して奇跡を起こしてみせるのであった。 迫り来る世界蒸発の事態を回避するために、クリスがソロモンの杖を高く掲げる。 人を殺すだけではないと示した杖の可能性に、明日を求めてマリアも吠え叫ぶ。 英雄でないすべての命が、ひとりでは掴めない未来に向かって小さな手を広げる。