特異災害対策機動部二課は日本政府から国連へと出向し、 超常災害対策機動部タスクフォースS.O.N.G.として再編成される事となった。 再観測が懸念されていた認定特異災害を含む、 通常の対応力ではあたることすら難しい超常脅威への措置であったが、 制御できなくなったシャトルの救助以降は、 主に大規模な災害や事故を収束させるための機関として機能するにとどまっていた。 だがある日、検知される謎の反応波形。 赤き粒子が舞う月下にて人形は、黒衣に身を包んだ小さな人影を睥睨する。 それは、新たな戦いの幕開けであった。 突如立ち上った火柱は、たちまち炎の海と化し、周辺を舐め尽くしていく。 火災救助の応援要請を受けた立花 響は、 奇跡のカタチ、シンフォギアを身に纏って駆け抜けていくのだが…… 向かう先にて、業火に涙するキャロルとの邂逅があることを知る由も無かった。

火災マンションの救助に出動した響は、 世界を壊すと宣言する錬金術師、キャロルとまみえる。 漲る力への絶対的な自信からか、 シンフォギアを纏って戦えと迫るキャロルであったが、 戦う理由を見出せない響は拳と固める事ができず、圧倒されるしかなかった。 その裏で同時多発する怪奇の事件。これもまた錬金術師達の仕業である。 自動人形レイアと激突したクリスは、窮地の只中でエルフナインを保護。 ライブ会場に侵入した自動人形ファラは、翼をおびき出すためにマリアを強襲する。 シンフォギアを身に纏った装者に比肩する戦闘力をみせる自動人形二機。 さらには根絶が予測されていたノイズと思しき存在も出現し、 状況は加速度的に悪化の一途を辿っていく。 そして、ついに牙を剥く錬金術の猛威。 誰もが予想できなかった事態に、翼とクリスの何もかもが砕け散る。

錬金術の脅威に蹂躙される天羽々斬とイチイバル。 敗北では済まされないと言い残した自動人形は、 キャロルの命令に従い、戦う力を持たぬ者をあとにその場より撤収する。 融合症例を経て適合者へと至り、 あの日に継いだ想いばかりか、力をも受け取ったはずの響だが、 戦いの無い日々に人命の救助と奔走するうち、 シンフォギアの力で誰かを傷つけることを嫌悪し、忌避するようになっていた。 適合係数の不足値をLiNKERにて補えない調と切歌は、 シンフォギアからのバックファイアに苛まれつつも、 エルフナインとクリスを救助し、S.O.N.G.本部へと保護する。 そして語られる世界の解剖計画と、欠片となって小匣に収められし魔剣の銘。 対抗しうる戦力の絶対的な不足をよそに、 さらに畳みかけられるキャロルの次なる一手。 級友たちとの下校途中を襲撃される響。 打開を願いつつも戦いを恐れる胸に、ガングニールからの聖詠は浮かばなかった。

シンフォギアを身に纏えない響を救ったのは、 偽りをかなぐり捨て、黒いガングニールにて鎧い立つマリアであった。 この機にガリィを討ち果たすため、全力で仕掛けるマリアだが、 LiNKERを介さぬギアからの負荷に熱血は飛沫き、その身は容赦なく灼かれる。 ついにギアは強制解除され、響と同じく戦えない状況に陥るが、 ガリィは面白くないと吐き捨て、その場をあとにする。 怖れ、忌避した響は、戦いから目を背けてしまい、 「何故、どうして」の先を模索してきたこれまでの歩みが鈍ってしまう。 それでも未来は危険を顧みず、 かつて自分が響と戦い、その帰結に救われたと語って聞かせる。 伸ばしたその手を怖がるなと諭す未来に、 奇跡宿る機械仕掛けのこの手から、逃げ出さないことを誓う響。 戦ってでも欲しい真実があると叫んだキャロルが率いる敵勢力と、 戦ってでも守りたい真実を求める響は、この瞬間、初めて激突理由を揃える。

響のガングニールまでもが砕かれて、 とうとう十全に戦える状態の装者は、ひとりとしていなくなってしまう。 かつてない危機的状況に、回天の期待を込めて進められるProject IGNITE。 ただ一つの希望は、シンフォギア強化計画の進捗が順調以上である事であった。 その時、発令所を震わせる爆発の衝撃。 自動人形ミカによる本部強襲である。 強化型シンフォギア完成までの時間稼ぎと飛び出す調と切歌。 メディカルルームより持ち出したmodel_K――かつて奏が使っていたLiNKERで奮戦するが、 それすらも圧倒するミカの戦闘力。 猛攻が続く中、意識を回復した響は再び歌を唄えるようになったと宣言するが、 その胸にガングニールはなく、未来を気遣う笑顔に精彩を欠いてしまう。 前だけを見据え、駆け抜けた後に可能性を繋ぐと誓った調と切歌は、 最後の切り札である、LiNKER過剰投与によるコンビネーションを仕掛ける。 負荷を厭わず、無理矢理引き上げられたフォニックゲインに、 充分だと目を細めるミカであった。

調と切歌の危機に、新たな力を携えた翼とクリスが駆けつける。 出力の向上に加え、バリアフィールドの調整が施された強化型シンフォギアは、 アルカ・ノイズの解剖器官も受けつけず、分解効果を無効とする。 殺到するアルカ・ノイズを蹴散らし、自動人形ミカに報いようとする翼とクリス。 その肉薄する一撃を凌いだのは錬金術の障壁であった。 計画の優先を理由にミカを下げ、最前線に立つキャロル。 想い出を焼却し、戦う力へと変換錬成すると、 ついにダウルダブラのファウストローブで襲い掛かる。 唄わずとも圧倒的な力を繰り出すキャロルの猛攻に対抗するため、 強化型シンフォギアに新規搭載されたイグナイトモジュールを起動させる翼とクリス。 だが、引き抜かれた魔剣の呪いは装者ふたりの心を蝕み、危うく暴走事故を起こしかける。 全ての対抗策が尽きたかに思えたその時、響が同様に改修されたギアを纏って到着する。 怖れずに、もう一度イグナイトモジュールの起動を提案する響。 誰かを守る力――シンフォギアは、 きっと自分たちも守ってくれると、翼とクリスに訴えるのであった。

キャロルの自死から経過する時間。 オートスコアラーの再襲撃もなく、 その間にシンフォギアの修復と改造、イグナイトモジュールの組み込みが行われる。 エルフナインの錬金術にて、ついに復活するアガートラーム。 マリアは、アガートラームの輝きに相応しい強さを求め、 響主催のスペシャルトレーニングに参加するのであった。 その最中に割り入るように現れる自動人形ガリィは、 アルカ・ノイズを使って周到に装者たちを分断し、 過日の汚名を雪ごうと執拗にマリアを追い詰める。 特訓用に準備していたmodel_Kを使い、アガートラームを身に纏うマリア。 だが、慣らしもしないギアの運用に焦りを覚えてか、 不用意にイグナイトの力にすがると、ダインスレイフの呪いに溺れ、暴走してしまう。 ガリィの一撃に昏倒し、結果、救われた形となるマリアは、 自分がずっと追い求めてきた「強さ」とは何なのかと考えるようになる。 マリアの問いにエルフナインは、自分らしくある事―― 翻弄する状況にあっても、自分らしさを保つ力こそが「強さ」だと伝える。 その言葉を胸に、もう一度、抜剣を試みるマリアであった。

そこに現れ立つのは、行方をくらませた響の父・洸であった。 突然の邂逅に、何より覚悟の決まらないままの再会に恐怖した響は、 いつかの父と同じく、振り返ることなくこの場より逃走する。 未来より連絡先を聞き出した洸は、東京にて娘と再びまみえるが、 その言動はあまりにも軽薄で、ゆえに響の心に重くのしかかるのであった。 同じ頃。アルカ・ノイズの分解能力を使って地下共同溝へと侵入を果たしたミカは、 東京を中心とした関東一円の電力供給の実態を調査していた。 現場に到着した響は、 調、切歌と共にミカの企みを阻止するべく突撃するものの、 父親との一件を思い出し、感情に身を任せて無鉄砲に突っかかる。 それは、融合症例時ならば暴走しかねない危険な精神状態でもあった。 身を挺して庇う調によって窮地を脱することができたが、 その無茶を簡単に受け入れる事の出来ない切歌は、調の行為を諌めてしまう。 調もまた、自分の未熟を責められたと受け取ってしまい、 響のみならず、向き合う勇気無き者たちが奏でる不協和音は、しだいに拡散していく。 予想される自動人形の再襲撃。 迎え撃つにはイグナイトモジュールの制御が不可欠であるが、 装者たちの心は、かつてないほどに乱れていた。

これまでに不可解な行動を繰り返してきた、錬金術師たち。 だが、緒川をはじめとするS.O.N.G.調査部は、ついに手がかりへと到達するのであった。 敵の狙いは、日本政府の重要拠点であると予想が立てられる。 候補となる地点は、 異端技術に関連した危険物や未解析品を収める管理特区――通称「深淵の竜宮」。 もう一か所が、翼の生家でもある風鳴 八紘邸であった。 検査入院のために響を欠いた戦力ではあるが、 ようやく掴んだ反撃の機会を逃さないよう、緊急の対策が講じられる。 深淵の竜宮に向かうクリス・調・切歌班と、 風鳴邸に向かう翼・マリア班。 翼とマリアは風鳴邸にて、レイラインの制御に関係する要石の防衛にあたるが、 強襲してきたファラによりあえなく破壊されてしまう。 追いかけてきた夢を諦めてなお、ファラに一太刀浴びせられないという現実は、 剣たらんと邁進する翼の誇りすらも砕いてしまう。 そんな翼を叱咤激励するのは、長らくまともに言葉を交わせてなかった父・八紘であった。 ここはまだ夢の途中だからこそ、羽撃くために剣を越えると宣言する翼は、 一番聴いてもらいたい人のために歌いあげる。 そしてもうひとり。 夢の途中にある者が、再び戦場に舞い戻るのであった。

風鳴八紘邸でのオートスコアラー・ファラの撃退とほぼ同時刻。 深淵の竜宮に向かったクリス、調、切歌たちは、 そこでフロンティア事変の関係者の一人、ウェル博士と邂逅する。 シンフォギア対錬金術師の構図を掻き乱す不確定要素の出現に戦局は混迷。 先輩装者としての背中を見せたいクリスと、 LiNKERの開発にウェル博士を傷つけてはいけないと考える調と切歌にも不協和音は生じ、 キャロル撃破の千載一遇の好機は、あえなく潰えてしまうのであった。 後輩ふたりの成長を実感しているからこそ、 焦燥を隠せないクリスは、再戦の機会においても飛び出してしまい、 結果、目の前で調と切歌をレイアに打ち倒されてしまう。 せっかく手に入れた絆――後輩すら守れない事実に、世界を残酷だと呪うクリス。 なぜ両親は、こんなにも残酷な世界を、歌で平和にしようと夢想したのか？ 悲痛な自問自答に答えるものはなく、無慈悲なレイアの一撃が迫り来る。 求めるモノに空回りするばかりのクリスであったが、 最後の力を振り絞りつつ、その身を盾にして手を伸ばす調と切歌の姿に、 絆は一方向から結ばれるものばかりではないと気づくのであった。

仕込まれた毒――イグナイトモジュールが奏でる呪われた旋律を、 オートスコアラーの身体に刻むことで手に入れたキャロルは、 もはやようはないとばかりに、レイアの妹を使ってS.O.N.G.本部の壊滅を図る。 海上に飛び出したクリスによって撃退に成功するが、 その際にエルフナインが負傷してしまう。 トリガーパーツ・ヤントラサルヴァスパの代替品として活用されるウェル博士の左腕。 ついにチフォージュ・シャトーは起動し、 その用を果たしたと見なされたウェル博士は無残にも廃棄されてしまう。 いよいよ最終段階に入ったキャロルの計画は、悲願成就の瞬間に向かって加速していく。 一方、父親と再度の対面を行っていた響は、 反省も進展も見られない洸の態度に苛立ちを覚えてしまう。 響との対話中、弱く臆病な洸なりに、一歩を踏み出そうと試みるものの、 頑なに閉ざされた響にはまったく届いていなかった。 空を割り、首都中心部に突如として顕現するチフォージュ・シャトー。 ただひとり、東京に残った装者である響の前に現れるキャロル。 逃げた父親と逃げなかった父親を背負う娘がふたり、激突する。

世界の分解現象を阻止するため、 チフォージュ・シャトーに潜入したマリア、調、切歌。 だが、シャトーの防衛システムは、三人に罪を突き付け、その行動を阻もうとする。 窮地に陥るマリアたちは、 チフォージュ・シャトーが見せた不安定な挙動の隙に、態勢を立て直そうと試みる。 一方、響たちと対峙するキャロルは、 錬金術と歌の関係、その一端を語って聞かせる。 その起源は先史文明期にまでさかのぼり、巫女フィーネであることに驚きを隠せない響たち。 ついにキャロルは、響たちにトドメを刺すべく必殺の錬金術を繰り出そうとするが、 ウェル博士と合流したマリアたちの抵抗によって妨害されてしまう。 世界の分解現象を、誰かの為などではなく自分の為に阻止しようとするウェル博士は、 掌握したチフォージュ・シャトーの機能を使って再構築を試みる。 そうはさせじと、シャトーを破壊しようとするキャロルであったが、 大怪我を負いつつも自分らしく戦うと宣言したエルフナインの助力もあり、 間一髪、分解を停止した世界構造は瞬時にして巻き戻り、再構築される。 目論みの潰えたキャロルは、想い出も、何もかもを失う覚悟で最後の戦いを響たちに挑んでくる。 世界を壊そうと吹き荒れるその歌は、７０億の絶唱をも凌駕するフォニックゲインであった。

キャロルの放つフォニックゲインをひとつに繋ぎ束ねる響。 その負荷を響ひとりに集中させることなく、 装者６人にて肩代わりし、エクスドライブへと再配置するマリア。 奇跡を身に纏うため、かつての奇跡を殺戮。 それは、奇跡を超越した「軌跡」――これまでに６人が紡いできた絆そのものであった。 対抗するキャロルもまた、自分を止めようとする父親の想い出すらも焼却し、 全てを擲った不退転の決意で立ちはだかる。 装者が絆を紡ぐなら、キャロルは鋼糸魔弦をカタチと紡ぎ、碧色の獅子機を練り上げる。 東京の中心地にて、超常のフルパワーが烈しくぶつかり合う。 シンフォギアのプロテクター部をエネルギーと換え、 アームドギアを介して全放出することで、局面を打開しようと試みる装者たち。 だが、キャロルの獅子機は、 一部損壊しながらも、そんな捨て身の攻撃すらも持ち堪えてみせる。 防御性能を著しく失った装者たちに勝利を確信するキャロルは笑みを抑えられない。 それでも響はあきらめず、繋ぐこの手が自分のアームドギアであると宣言し、 先に激突霧散したシンフォギアのエネルギーをひとつに束ねるのであった。