夏休み登校日。疲労した響の前に降り立つヘリは、シンフォギア装者たちを新たな戦いへと誘うべく回転翼をとどろかせた。舞台は、南米の軍事政権国家バルベルデ。アルカ・ノイズを保有し、自国民に対して不当な弾圧を行うバルベルデ政府に対して、国連直轄の超常災害対策機動部タスクフォースS.O.N.G.は、しかるべき決議の後、武力介入を敢行するのであった。たちどころに制圧されていく軍事拠点。だが――不可知の結界に守られた旧いオペラハウスに姿を見せる三人の錬金術師。その名は、サンジェルマン、カリオストロ、プレラーティ。バルベルデ政府に錬金術の断片を譲渡していたのは、熱帯の夜に咲く、毒花のごとき彼女たちである。無慈悲に命を摘み取っていく錬金術師たちに、最後のLiNKERを投与したマリア、調、切歌が不退転の覚悟で立ちはだかるのであった。

想定された訓練通りに遂行される制圧任務。だが、その果てに顕現したのは想定外の異常事態。邪神にして蛇身、ヨナルデパズトーリを模した「神の力」であった。映像データを守るため、マリアはたしかに「神の力」を螺旋に抉ったが、埒外の現象によって「無かったこと」に貶められてしまう。一方、響、翼、クリスは、訪れた小さな村にて、化学兵器プラントの工場長より卑劣な交渉を持ちかけられる。膠着は、プラントで出逢った少年ステファンによって崩されるが、そのさなかにてクリスは残酷な選択を迫られる事となった。検知したアルカ・ノイズ反応を追って、再び錬金術師と対峙するマリアたち。不利な状況にあっても諦めずに奮戦するものの、あと一歩が及ばず、LiNKERの効果時間が超過してしまう。マリアたちの眼前に屹立する光の柱は、今まさに形為そうとしている「神の力」であったが――

早くも対峙する装者と錬金術師。そして舞台は日本へ。私立リディアン音楽院の二学期が始まったものの、終わらない夏休みの宿題とクリスに突きつけられた残酷な選択に胸を痛める響の表情は浮かなかった。バルベルデ政府が保有していた機密資料を手に、遅れて帰国する翼とマリア。そこに襲いかかるはカリオストロとプレラーティ。苛烈な歓迎儀式に搭乗していた特別機は破壊されるものの、ケースに収められた機密資料はかろうじて守られるのであった。サンジェルマンは、起動したアンティキティラの歯車を以ってしてティキを目覚めさせる。――と、その時、けたたましく鳴り渡る電話の呼び出しベル。受話器の向こうより語りかけるのは、パヴァリア光明結社の統制局長、アダム・ヴァイスハウプトその人。ティキの瞳のホロスコープは、新たな戦いを予感させるのであった。

翼とマリアがバルベルデ共和国より持ち帰った機密資料を解読するため、長野県松代にある国土安全保障の要、風鳴機関本部を訪れるS.O.N.G.の面々。装者たちは周辺の警戒任務にあたるものの、最後のLiNKERを使い切り、シンフォギアを纏えないマリア、調、切歌は焦りを隠せなかった。一方、パヴァリア光明結社の錬金術師たちも、統制局長アダムから下された「シンフォギア破壊命令」を実行すべく、ファウストローブの完成を急ぐが、ローブ越しの決着はもどかしいと、カリオストロは宣うのであった。そして訪れる、シンフォギアとファウストローブ激突の瞬間。大量に出現したアルカ・ノイズを殲滅するために抜剣。決戦仕様のイグナイトモジュールを起動させるが、それこそが罠であった。絶体絶命の窮地に陥る響、翼、クリス。さらに――

戦場に介入した統制局長アダム・ヴァイスハウプトは、わずかばかりの黄金を錬成するついでに装者必殺の鉄槌を振り下ろす。絶体絶命の響たちを救ったのは、LiNKERを介さずにギアを纏ったマリアたち。だが、国土安全保障の要である風鳴機関本部は跡形もなく消失してしまうのであった。その挺身に絶唱級の負荷も危ぶまれたが、奇跡的に軽症で済むマリア、調、切歌。すべては、アガートラームの特性によるものと推察されると、エルフナインは、マリアの脳内に残るアガートラームの電気信号痕を辿ることで、脳のどの領域にシンフォギアが繋がっているのかを突き止めようと試みる。それは危険な行為であったが、LiNKERのレシピ解明の突破口でもあった。ついに、神の力の具現化を本格始動させるパヴァリア光明結社。先だってシンフォギア装者の討伐は不可欠とし、総力戦を仕掛けてくる。支配からの解放を謳うサンジェルマンとの拳の握り合いを思い悩む響。親友の胸の内を察した未来は、ただ「負けないで」と背中を押すのであった。

錬金思想の最果てか、それとも遠い日の屈辱を雪ぐためか。完全を希求するサンジェルマンは、巨大アルカ・ノイズを伴って強襲してくる。装者連携による対応で、あっけないほど脆く崩れる巨大アルカ・ノイズ。だがそれは罠。分裂した個体がそれぞれに侵攻する分断作戦であった。LiNKER完成のために足りない最後の欠片、シンフォギアが繋がる脳領域を探るべく、残された電気信号痕を観測するマリアとエルフナインは、昏い世界の奥底で、懐かしくも忌まわしい声に翻弄されるのであった。限りなく続くアルカ・ノイズとの戦いに、徐々に疲弊していく装者たち。親友・未来に迫る危機に際して正義の選択を迫られた響は、選ぶのではなく、すべてに対してこの手を伸ばそうと、封殺された抜剣を試みる。一方、仮想に形成された深層意識内で、マリアは自分の記憶を客観視する。子供の頃よりも、少しだけ高く広くなった世界に立つことで見えてくる事実。そう。ウェル博士はいつだって、はぐらかす事なくハッキリと伝えてきたのだ。

爆心地にて対峙するシンフォギア装者と錬金術師。いわれなき理由に踏み躙られた過去を持つサンジェルマンは、殴り合いより話し合いをと呼びかける響の言葉を拒絶するが、響もまた、サンジェルマンと同様の傷を隠しているからこそ簡単には折れない。月遺跡の掌握のため、サンジェルマンたちが求める通称「神の力」。それは、藤尭が死地より持ち帰った映像記録データの解析によって、生命エネルギーより錬成されるモノと判明するが、同時に、響の一撃によって分解されるような規模ではないだろうと弦十郎は推察する。徐々に明らかになっていくパヴァリア光明結社の目的。だが、抜剣を封殺されたシンフォギア装者たちの状況は劣勢である。対抗策を探し求めるエルフナインは、膨大な聖遺物関連資料の中から一縷の光明を見出す。赤き輝石に対抗する奇跡とは、立花響の軌跡そのもの。胸からこぼれた取るに足らないガーベッジこそが希望の欠片であった。

賢者の石への対抗手段として動き出す、シンフォギア強化計画。愚者の石さえあればと期待する装者たちであったが、弦十郎の面持ちは厳しい。一方、調と切歌のユニゾンに敗退したプレラーティのダメージは存外に大きく、サンジェルマンも祭壇設置の儀式に追われるため、カリオストロは単騎出撃を決意。搦め手と取り出したのは、位相差障壁を檻と駆使するアルカ・ノイズであった。バルベルデへ帰国の直前、クリスに面会を求めるステファンとソーニャ。明るい表情で臨むステファンに対してクリスの表情は硬く暗く、後悔に苛まれ続けるソーニャの表情もまた、クリス同様に翳っている。踏み込むべき一歩を互いに躊躇する最中に出現するパヴァリア光明結社。装者分断を必勝の策とするカリオストロは、調と切歌の引き離しに成功。イグナイトモジュールに加えユニゾンまで封殺することで勝利を確信する。だがその時、窮地のクリスに投げかけられたステファンの言葉は、赦しではなく発破。燃え上がる想いを武器に、譲れない胸の張り合いがここに決着する。

ラピス・フィロソフィカスによる抜剣封殺への対抗手段――絆のユニゾン。装者たちの連携練度が進む中、調だけが上手くいかず、焦りを募らせる。その時、神社本庁を通じて神の力に関するひとつの情報がもたらされる。曰く、神出ずる門の伝承。早速現地にてS.O.N.G.による調査が開始する。一方、仲間に犠牲を強いるやり方に不信感を懐いたプレラーティは、アダムの元に赴いて真偽を質すが、結果、決裂を決定的なものとする。儀式執行中のサンジェルマンの元に向かおうと疾駆するプレラーティ。なりふり構わない暴走のあおりで、進行ルートに拡大する被害は甚大。駆けつける翼と調は、プレラーティに目的を問うがにべもなく拒絶されてしまう。まもなく差し掛かる住宅地への蹂躙を阻止するため、ユニゾンによる高機動戦を提案する翼であったが、調の表情は暗い。狭い世界の関係性しか知らない調にとって、誰かと繋がる事は容易でない。出口の見えない隧道を走る調に、翼はいつかの自分を重ねるのであった。

命を礎とする覚悟は済ませてある。だが、志を踏み躙られるのは果たして。求めた理想の為だとしても、アダムとティキの言葉はサンジェルマンの心を苛む。S.O.N.G.は神社本庁との連携によって、パヴァリア光明結社の作戦を、レイラインより引きずり出した星の命による「神の力」の具現化と看破。決戦に備えての疎開が進む中、弦十郎は対抗手段となる可能性を示唆する。――それは、「神の力」に対抗する「神殺し」の存在。だが、「神殺し」の真実へと至る道筋は悉く潰されており、解明は困難。緒川は各国の情報機関と連携し、すべてを詳らかにすべく奔走するが…難航するS.O.N.G.をよそに着々と進行するかに思えたパヴァリア光明結社の作戦。間一髪、要石によるレイライン遮断にて鼓星の神門を閉じる周到な八紘。それでもアダムは、自信に蓄えられた圧倒的な魔力を消費し、大地に描かれた鏡写しのオリオン座に照応する天のオリオン座を門に見立てて開闢。得られた星々の命とティキを交じり合わせる事で「神の力」を産み落とそうと試みる。

夜天を巡る星々の命はティキに降り注ぎ、今まさに神の力と完成しつつあった。握った正義は違えども、アダムの思惑を阻止せんとする響とサンジェルマンは、理解しあえぬ敵同士のままに勇気を花咲かせ、この鉄火場に共闘を実現する。予期せぬ作戦の軌道修正に著しく力を消耗していたために黄金の錬成は叶わず、拳撃と銃撃の奏でるコンビネーションに追い詰められていくアダム。好機に「だとしても」を貫くサンジェルマンは、ついにアダムをとらえるが、それは長きに渡って隠された、パヴァリア光明結社の秘密を抉る一撃でもあった。人でなしの咆哮に呼応したティキは、浴びる星々の命を固着させ、その身に鎧う。響とサンジェルマンに向けた敵意が、かくあれかしと形為し、神力はここに顕現。ディバインウェポンと完成したティキが誇る圧倒的な攻撃と絶対的な防御に、装者は、S.O.N.G.は、そして人類は、為す術もなく打ちのめされていく。誰もが戦慄し、諦めかけたその時、突如として開示されるバルベルデドキュメント。たとえ世界が異形の空に閉ざされても、撃槍は無限の鼓動に奮い立つ。

宙空に漂う神の力は、新たな器と定めた立花 響に向かって流れていく。響の身体に固着されるエネルギーは、サナギを思わせる異形の肉塊と変貌。ありえない現象にサンジェルマンは息を飲み、アダムはその場を後にするのであった。戦慄する各国は、迫る超常脅威の新生に緊急の安全保障理事会を開催。災禍の中心たる日本に対して、バルベルデの規模を凌駕する武力介入を検討する。風鳴訃堂は、かねてより強行してきた新法案・護国災害派遣法を響に適用。第二種特異災害と認定し、殺処分することで反応兵器投下を未然に阻止しようとする。だがそれは、響の親友である小日向未来には到底受け入れられない裁定である。国連による日本への武力介入が決議される前に最善を尽くそうとする装者たちは、人型に輝く銀の力と化した響を救わんと奮闘。そこにはサンジェルマンの姿もあった。響とその仲間たちが、これまでに培ってきた有形無形の「絆」全て統べての救出作戦。奇跡ではなく、軌跡が成し遂げた結末に安堵する一同。人は繋がり、ひとつになれるという理想を予感させる空には、光が小さく瞬いていた。

見上げた空に不浄をもたらす光はなく、錬金術師もまた光へと還っていった。歌でブン殴る事しかできない現実に慟哭する響。だが眼前に、尚も脅威は立ちはだかる。門の開闢に力を消費し、さらに神の力まで喪ったアダムは美形のプライドを焼却。高みに焦がれてきた人形は、高みに角を戴く姿へと成り果て、ここに決着を求める。装者六人のユニゾンによって上昇するフォニックゲイン。それでも、決戦機能のエクスドライブを起動させるには程遠く、苦戦を強いられる。終わりなき闘争に疲弊する装者たち。その原因こそバラルの呪詛と喝破するアダム。圧倒的な戦闘力に打ちのめされ、挫けかけた響の胸に届くサンジェルマンの声。見やる先に輝く、ファウストローブのコンバーターにして主兵装たるスペルキャスター。突き動かされるように飛び出す響。だが、逆転の可能性は無情にもアダムに握り潰される。炸裂するファウストローブの形成エネルギーを浴びる響は、絶唱にて対抗。前線に立つ仲間たちと銃後にて支える仲間たちの想い。そして――サンジェルマンの理想。全てはひとつに束ねられ、支配を強いる完全（アダム・ヴァイスハウプト）に貫き抗う六領（シンフォギア）へと新生（リビルド）する。