魔女教大罪司教の襲撃をなんとか退けたスバルたちだったが、『色欲』に姿を変えられた人々、『暴食』に名前や記憶を奪われた者たちなど、失った代償は大きかった。現状解決の糸口を探る中、アナスタシアの提案でルグニカ三英傑の一人、『賢者』シャウラの住まうプレアデス監視塔へ向かうことを決意する。一方、療養のためプリステラに残ったガーフィールはミミと一緒に、記憶を失った母リアラの家を訪れていた。

ラムやレム、メィリィも加わって、プレアデス監視塔のある魔境・アウグリア砂丘への挑戦の旅が始まった。しかしミルーラの町で聞いた「監視塔には四百年間だれも辿り着けてはいない」という話の通り、メィリィの加護で魔獣をいなし、砂風吹き荒れる『砂時間』をやり過ごしながら進むものの、塔との距離は何故か一向に縮まらない。ラインハルトをも阻んだ砂丘のカラクリに対し、ラムが『千里眼』で突破口を探る。

陰魔法によって空間の歪みが生じ、砂丘の地下に飛ばされてしまったスバルはラムに叩き起こされる。襟ドナとパトラッシュと合流するものの、エミリアやレム、ベアトリスたちとは分断されてしまった。双子の共感覚によって動けないレムの命の無事は確認できたが、近くに出口も見つからない。みんなと合流するため、風もなく、気温も低く、砂を踏む足音だけが響く地下通路を、スバルたちは進み始める。

竜車の中で目を覚ましたスバルは、ベアトリスから全員無事に合流できたこと、プレアデス監視塔の内部に到達したことを聞かされる。安心したのも束の間、スバルを「お師様」と呼び慕う少女、塔の星番を名乗るシャウラの熱烈な抱擁が歓迎した。彼女の案内で一行は塔の三層『タイゲタ』に足を踏み入れる。そこは監視塔の本来の機能――大図書館プレイアデスの書庫に入る資格を得るための試験会場だった。

星座にまつわる『試験』を解いたことで、三層は白い空間から無数の書架が並んでいる巨大な書庫へと姿を変えた。一冊の蔵書に触れたスバルは、無邪気の残酷を具現化したような記憶を追体験する。膨大な蔵書の中から目当ての情報を探すのは困難だと判断し、一行は他の階層の攻略を優先することに。二層『エレクトラ』の白亜の領域に突き刺さる剣を引き抜き、次なる『試験』が始まる。

二層の試験官として待ち構えていたのは、『棒振り』を自称する赤い男だった。先陣を切るユリウスに対し、『棒振り』が得物として取り出したのは木の枝のような箸。最高峰の剣技を容易くかわされ、圧倒的な力差が騎士を退屈に踏みにじっていく。なんとか四層へと逃げ帰ったスバルたちはその風貌やシャウラの情報を頼りに試験官の正体を推測するが、その最中、ユリウスが姿を消してしまい……。

レイドとの戦いで負傷したユリウスはひとまず緑部屋で休養することに。スバルたちは初代剣聖攻略のヒントをシャウラから聞き出そうとするも、有益な情報を得られない。束の間の朗らかな食事を終えた夜更け、目覚めたスバルはバルコニーでたたずむ襟ドナを発見する。アナスタシアを演じず、人工精霊としての言葉でもって対話するエキドナ。互いの真意を問いただしていると、その会話をユリウスに聞かれ――。

コンビニからの帰り道、突如として異世界へと召喚されてしまった少年、ナツキ・スバル。目の前に広がるファンタジーな異世界に目を輝かせるスバルだったが、どうやら召喚されてから今までの記憶を失ってしまったらしい。塔の『試験』に挑戦中だと教えてくれたが、異世界に招かれた人間が超常の力を発揮するといったお約束の展開もなく、待機を言い渡されるスバル。そんなスバルが塔内を散策していると……。

記憶喪失後、二度の『死に戻り』を経験したスバルは殺人鬼から逃れるため、誰一人として信用ならない監視塔からの脱出を目指す。しかし砂漠で巨大な砂蚯蚓に襲われ、砂に呑まれて地下へと迷い込んでしまった。精神的に追い詰められながら地下通路を進むも、何故か監視塔からは逃れられない。目的を変え、凶気を携えて四層へと登ったスバルは、見るに堪えない光景を目撃する。

意識が途切れたかと思うと、目の前にはメィリィの死体、そして腕には『ナツキスバル参上』の文字。激しく動揺するスバルはひとまず死体を隠してその場を去るも、書庫でベアトリスがメィリィ・ポートルートと書かれた『死者の書』を発見していた。代表して『死者の書』を読み、彼女の孤独な過去と、死の真相を追体験するスバル。深く潜り込みすぎたことで記憶が溶け合い、脳裏に『わたし』の声が甘く響き始める。

消えてしまったメィリィの死体を探す現場を抑えられ、氷の檻に囚われたスバル。記憶喪失だと必死に訴えるも、スバルを偽物だと疑うラムの誤解は解けず、風魔法で意識を失ってしまう。しかしその後、目覚めるとスバルは檻の外に出ていて、さらに周囲の壁一面に『ナツキ・スバル参上』の文字が刻まれていた。覚えのない事態の連続に混乱するスバルの背後で、四層にいるはずのないレイド・アストレアが待ち受ける。