現代の日本。平穏な日常に不可解な地盤沈下や異状気象と思われる現象が続いていた。竜神翔悟は、どこにでもいる普通の高校生。いつものように幼馴染みの早穂と学校に向かっていた。しかし、3人の若者が彼を尾行する。「あいつが本当にドラゴンボーンなのか？人類の最後の希望…。」そんな翔悟に突如、謎の敵・ダークボーンが襲いかかる。翔悟は混乱し、敵から逃げるのに精一杯だが、庭深くから現れた不思議な石板に触れた途端、異変が起こる。石板が光り、その光が翔悟を包み込む…変身が始まる！ドラゴンボーンの誕生！ なぜ翔悟は変身したのか？石板とは？翔悟は、ダークボーンに勝てるのか？そして、翔悟を追う者達の正体とは？
ドラゴンに変身した翔悟は異空間にワープし、謎の敵・ダークボーンと戦う。ドラゴンは手強いダークボーンに苦戦し、絶体絶命のピンチを迎える。その時、ドラゴンの背後に、3体の謎のシルエットが現れた。ダークボーンは3体を見て、動きを止める。そして、異空間が消え、翔悟は現実世界へと戻った。 幼なじみの早穂の家はダークボーンに壊されてしまった。そこで、早穂と早穂の母、喜代子は、翔悟の家にしばらく住むことになり、翔悟の新たな生活が始まる。ダークボーンとは一体、何なのか？ なぜ、翔悟は変身したのか？ 翔悟を救った3体は何者なのか？ 分からないことだらけの翔悟の前に、ブラジルから来たと言う青年、アントニオが現れた。
翔悟は、アントニオ、ルーク、タイロンという3人の青年と共にボーンを着装し、ダークボーンを退けた。 自分の意志でドラゴンボーンを着装した翔悟 は、ボーンに選ばれた戦士であることが証明された。全く状況が飲み込めない翔悟は、ルークから、ダークボーンの目的は地球のボーンを奪うことであ り、ボーンを奪われれば地球が滅ぶ可能性があると告げられる。 いきなりそんな事を言われても、翔悟に受け入れられるはずがなかった。 そんな翔悟の気持ちとは関係なしに、ルークたちは翔悟の近くに絶えずいる。 学校、放課後、翔悟の家にまで姿を現す始末。なぜ自分につきまとうの か、翔悟がルークに問うと、翔悟が持っているカードの意味が分かっていない、そう告げるだけであった。 翔悟のドラゴンカードの意味とは一 体……！？
ダークボーンが現れたが、翔悟はドラゴンになれなかった。ボーンには意志があり、無意識に翔悟が戦うことを拒んだため、ボーンを着装できなかったのだ。翔悟はなぜ戦うのか、どうして自分がボーンに選ばれたのか悩む。そんな翔悟に、タイロンが声をかける。アフリカ出身のタイロンは弟と妹が15人いる大家族。両親はおらず、彼らの面倒はタイロンが見なくてはならない。タイロンは地球を守るというよりも、家族を守るためにボーンを着装したのだ。そして、アントニオも翔悟に声をかけた。アントニオがまだ、ボーンを着装する覚悟ができなかった頃に、ルークに言われた言葉を、翔悟に贈るのだが……。
4人目のボーン適合者、ギルバートが日本の空港に降り立つ。翔悟たちが迎えに行くと、なんと彼は13歳の少年だった。しかし、彼の発言は誰よりも厳しい。翔悟の資料に目を通したというギルバートは、翔悟に会って早々、ボーンと適合するのに時間がかかりすぎである、そして始まりの魔神について知らなさすぎると指摘する。年上の翔悟にも容赦がない。挙げ句には、翔悟には戦う意志、覚悟が足りないと言い放った。ギルバートの指摘はもっともだと思った翔悟は、これから先、ボーンファイターとしてやっていけるのかどうか悩むのだが……。
ギルバートはレオボーンを着装し、初めてダークボーンと戦った。だが、ダークボーンはラインを組み、魔神を召喚する。さらにリーダー格のダークホースの足技は強力で、レオは全く敵わなかった。初めて魔神を見た翔悟たちは動揺していた。翔悟は彼らに本当に勝てるのか、不安になっていた。だが、ギルバートの心は折れていない。彼はダークホースの足技攻略のために、翔悟にスパーリングパートナーになってもらい、特訓を行う。そして、ルークは謎の人物に電話をかけ、魔神召喚の許可を願う。しかし、ルークたち5人に信頼関係が築けていない今、魔神召喚は危険だと止められるが……。
再び、ダークボーンは魔神を召喚した。彼らに対抗すべく、ドラゴンも魔神を召喚する。魔神の力でドラゴンに力がみなぎり、ダークボーンの1体をボーンクラッシュさせた。その時、ダークボーンの素顔が見える、まるで人間のような姿！ダークボーンたちは撤退。ドラゴンが放った拳は石化していた。ドラゴンの着装を解いた翔悟は、ドラゴンカードの異変に気が付く。ドラゴンボーンが石化しているのだ。ドラゴンボーンを修復し、魔神の謎、そしてダークボーンの正体を知るために、翔悟たちはオーストラリアのボーンの研究機関に行くことにする。早穂もオーストラリアに行きたいと言うのだが、翔悟が反対、二人の仲は気まずくなり……。
ボーン研究所で翔悟は、東尾から衝撃の事実を知らされた。ダークボーンの正体は地球外生命体であり、ドラゴンボーンを狙って地球にやって来ていたというのだ。ドラゴンボーンさえなければ、敵は自分の所へやって来ない、周りの人間に危険が及ばない、そう考えた翔悟は、ボーンファイターを辞めようとする。そこへルークがやって来て、翔悟をボーンのシミュレーターに連れて行く。ドラゴンボーンの石化修復には、翔悟の共鳴値をシミュレーターで計る必要があるのだ。シミュレーターにはボーンのデータがあり、バーチャルのボーンを着装することができる。翔悟は最後の協力という約束で、ドラゴンのバーチャルボーンを着装。すると、ドラゴンの前に現れたのはバーチャルシャークだった。
ドラゴンボーンを奪いに、ウルフとタイガーがボーン研究所に現れた。翔悟を除いたルークたちボーンファイターは着装し、リベレーションコクーンを展開、タイガーとウルフと戦う。ドラゴンボーンを着装しないと決めていた翔悟だが、シャークたちがウルフとタイガーに苦戦していることを知り、再びドラゴンボーンを着装することを決意する。だが、ドラゴンボーンの石化は修復されておらず、着装することができない。ウルフとタイガーの圧倒的な強さの前にシャークたちは為す術がなく、絶体絶命のピンチにおちいる。翔悟は心からシャークたちを助けたいと思い、ドラゴンボーンにうったえると、石化していたドラゴンボーンが反応した。
研究所から帰った翔悟たち。いつもの他愛ない日常を送る。早穂は翔悟を見て、何か雰囲気が変わったことに気が付く。早穂は、翔悟たちがオーストラリアに行ったのは、ルークの親戚の牧場を手伝うためだと聞いていた。牧場の手伝いが翔悟を変えたのか？不思議に思う早穂。一方、ギルバートは淡々と生活する翔悟が許せなかった。ウルフとタイガーの圧倒的な強さに為す術がなかった。しかも、彼らは地球人にも関わらず、ネポス・アンゲリスに協力する裏切り者だ。そんな事実を知ったにも関わらず平然としている翔悟に、ギルバートはいら立っているのだ。しかし、翔悟には翔悟なりの想いと考えがあった……。
ギルバートは現れたダークホースを見て、密かに安心していた。強敵、ウルフとタイガーではなかったからだ。そんな自分が許せずに、トレーニングにはげむ。一方、ダークホースはドラゴンに圧倒的な強さを見せつけられて焦っていた。ドラゴンに最後の戦いを挑むべく、出撃の準備をする。翔悟は、メルボルンのみやげを忘れた償いとして、早穂の買い物に付き合っていた。すると、翔悟たちを見ている怪しい影が。ルークたちボーンファイターだった。いつダークホースが現れてもドラゴンボーンを守れるように、翔悟の側にいようとしていたのだ。ルークたちは、ドラゴンボーンの護衛をするために、翔悟と早穂のショッピングに同行する。
戦いの余波によって翔悟の住む街には傷跡が残されていた。自然災害だと報道されていることに違和感を抱く翔悟。全ての情報が漏れないよう、研究所によってコントロールされているのだ。だが、戦いの中でホースを握りつぶした巨大な魔神の手については、多くの情報が得られなかった。始まりの魔神――そう人々が呼ぶ存在が、姿を現したのではないかとルークは言うが、真相は分からぬままだ。さらに、アミュレットが破壊されたことにより、リベレーションコクーンを展開できない危険な状況のまま、ドラゴン・翔悟を狙って、新たな刺客が訪れようとしていた――。
暴走したドラゴンボーンにのまれた翔悟は、日本にやって来たレナードに救出されて、病院に運ばれた。ボーンの着装は解かれたが翔悟の意識は戻らない。心配するルークたちボーンファイター。そして早穂。動揺する彼らとは違い、健悟は落ち着いており、ルークや早穂たちを気遣う。病院のベッドに寝ている翔悟、彼の意識はまだ、ドラゴンボーンと共にあり、ドラゴンボーンと会話をしていた。ドラゴンボーンは、ダークパンサーを消し去りたいと願った翔悟の強い気持ちに応えて、暴走させたと言う。暴走したために翔悟たちの街に被害が出てしまった。翔悟は自分がしてしまったことに思い悩む。
ルークのどこか思いつめた雰囲気に違和感を感じる翔悟。前の戦いでボーンにのまれそうになった事を一人葛藤しているのか、アントニオらと心配するが…。ルークがボーン研究組織のトップの息子だと知り、ボーン適合者としてルークが生まれ持った運命の重さを思う翔悟。一方、グストスとモースは、リーベルトを倒したドラゴンに報復するため翔悟らのそばまで迫っていた！ネポスの星では、クルードがリーベルトに対し、勝手に地球に出向いた事を質すとともに、ドラゴンとの戦いを通じて起こった微妙な変化を見抜く。やがてベアー（モース）とグリズリー（グストス）が翔悟らを襲来、シャークはなぜか再び暴走を始めてしまう！ルークの本当の思いとは一体…！？
幼い頃、運命に導かれるように適合者になったルーク。以来、研究組織のトップとなった父と離れ、ボーンファイターとしての使命を果たすべく、一人で生きてきたのだった。ドラゴンを守るため自己犠牲も厭わないルーク。翔悟やアントニオらは、常軌を逸したルークを心配する。ルークは健悟から、親が子を思う普遍的感情や、仲間の存在の尊さを聞かされるうち、父や自らの運命について思いをはせるが…。ボーン回収を狙うイーグルが襲来！無茶な攻防を続けるシャークに対し、ドラゴンがある思いをぶつける。イーグルの圧倒的強さの前に、シャークは暴走するのか！？そして、シャークボーンが放った言葉とは？
ルークが水の魔神をディセントしたことにより、ギルバートは焦りを感じる。これまでの戦いを振り返り、エースを自負する己の理想と、常に仲間の後塵を拝してきた現実との差に苦悩していたのだ。そんな思いを抱きつつ、朝の公園でスパーリングを続けるギルバートの前に、早穂が現れた。早穂は自らの進路への悩みを打ち明けて、それでも諦めないのだと語って聞かせる。翔悟ら仲間達には常に頑なな態度をとり続けていたギルバートも、早穂の優しい思いや言葉によって、次第にその心を開こうとしていた――。
タイガーとウルフを、ボーンから発せられた強力な力で退けたレオ。その力は謎のまま、レオのボーンは石化してしまった。ギルバートは力が出る際に、ボーンの「声」を聞いたと言う。「声」という単語に、タイロンは敏感に反応した。かつて、タイロンの弟たちがライノーボーンの「声」を聞き、タイロンの元にライノーカードを持って来たのだ。だが、タイロンは「声」を聞いたことがなかった。一方、翔悟は英語の期末テストで赤点をとり、追試験に向けて勉強しなければならない。実は大学に通っているというタイロンに勉強を教えて欲しいと頼むのだが……。
朝の道場での稽古。アントニオとルークが、まるでお互いを知り尽くしたかのように繰り広げるカポエラと合気道の対決に、翔悟は目を見張る。稽古を終えて、いつものようにアルバイトに出て行くアントニオ。翔悟とルークが見たそのアルバイトとは、ジャグリングを取り入れたパフォーマンスを町中で披露すること。アントニオが目指す夢への道のりのための訓練であった。翔悟はアントニオとルークの過去に興味を持ち、彼らがなぜ知り合ったのか、パフォーマンスの道になぜ進もうとしたのかを尋ねる。そして、アントニオの口から語られた真実は、今の彼からはとても想像できない、スラム街での鬱屈した日々の記憶であった――。
ウルフとタイガーと戦うドラゴン、シャーク、ジャガーの前に、ダークワイバーン、ダークイーグル、ダークアリゲーターの3体が現れた。ギルバートとタイロンは3体が現れた反応を察知し、リベレーションコクーンの付近にまでやって来る。だが、ボーンが石化しているので、リベレーションコクーンにも入れず、どうすることもできない。一方、ダークワイバーンはウルフとタイガーに撤退するように命じた。ドラゴンボーンの奪還を自ら行おうというのだ。ダークワイバーンの強さはすさまじく、シャークとジャガーを一撃でボーンクラッシュさせてしまうほどだった。リベレーションコクーンにただ1体残されたドラゴンは、絶体絶命の危機に直面する！
圧倒的な強さのアイアンボーン、ダークワイバーンであったが、レオがアイアンボーンとなって何とか退けた。次にまたダークワイバーンが襲ってくれば、ドラゴンたちが勝つ見込みは薄い。レオ以外のボーンもアイアンボーンになるべく、翔悟たちはメルボルンのボーン研究所へと行く。レナードによって、レオボーンとその適合者ギルバートの調査・研究がされるが、アイアンボーンになるための理論は解明されない。ダークワイバーンに勝つためにはどうしてもアイアンボーンにならなければならないと、翔悟は焦る。そんな翔悟に気が付いたルークは、翔悟に声をかけた。
研究所では、アイアンボーンの理論を解明するために、レオボーンとギルバートの調査は続いている。だが、翔悟、アントニオ、タイロンはメルボルンのカフェにいた。どうやらガードシステムを解除して、ダークアリゲーターの侵入を手引きした者が、研究所にいるらしいのだ。翔悟とドラゴンボーンを守るために、ルークとギルバートを残して、研究所の外に出したのだ。一方、ドラゴンボーンを持ち帰らなければ、自分の立場が危うくなるダークアリゲーターの適合者、ドロッサスは、ドラゴンボーンを奪おうとする。着装しようとしたその時、ダークイーグルの適合者、バイズが現れ、ドロッサスを止めた。
メルボルンの街。翔悟の前に、ダークワイバーンの適合者、クルードが現れた。 彼はドラゴンボーンが地球の味方をする理由を、その適合者である翔悟にたずねた。だが、翔悟は知らなかった。適合者であるにも関わらず、何も知らない翔悟に、クルードは始まりの魔神による宇宙誕生の歴史と、始まりの魔神が地球を消滅させる理由を教える。事実を知った翔悟だが、地球が滅ぼされると聞いて、黙って見ていられるはずがなく、屈しない。翔悟は逆に、自分の星が滅ぼされると言われたら黙って従うのか、クルードにたずねると、始まりの魔神の意志ならば従うと、迷うことなく答えた。
夏休みを満喫できなかった事を翔悟にこぼす早穂。突然、早穂の父・勝也が長期出張から帰宅、父娘の久々の再会がかなう。翔悟は、幼い頃出て行った母親に似てきたと勝也に言われ、気がかりに…。一方ネポスでは、クルードとシュトルツが面会。シュトルツは娘のリーベルトを案じる一方、若きエクェス一派を警戒する。早穂とプールに出かけた翔悟は、偶然ルークらと合流。勝也も加わり、皆で遊ぶ事で気分転換をはかる。が、新手の敵・ソードフィッシュが襲来！アイアンボーン同士のバトルとなるも、クルードらの指示外の動きとわかり、驚くドラゴン達。勝也の再出発の朝、翔悟は、自分の回りの存在を守ろうとする姿が似ているという母親に思いをはせるが…。
リーベルトは悩んでいた。彼女の前に幾度となく立ちはだかった、地球のボーンファイターである翔悟。彼らが始まりの魔神に抗う姿に、魔神を常に敬い、従って来たネポス人である彼女は、違和感を覚えていたからだ。そんな彼らが、アイアンボーンに変貌を遂げたという情報に接したリーベルトは、ついにクルードの元へ真相を問いに行く。リーベルトはクルードの許可を得て、再びボーンカードを手にすると、翔悟が何故アイアンボーンになれたのか、何故戦うのかを知るために、グストス、モースを伴って地球へと向かうのだった。ちょうどその頃、翔悟は、ルークたちや早穂の応援を受けながら、年に一度の空手大会に参加していた……。
ネポスの戦士、ケルベロスが、ある星のボーン回収を完了させた。ボーン回収のためならば手段を選ばない、星の生物を全て殺りくしてしまうほどの残忍なエクェスだ。彼はネポス・アンゲリスに戻り、本格的に動き出す。一方、翔悟は三者面談で使う調査書に、自分の長所と短所を書かなければならない。自分のことがよく分かっていない翔悟には、何を書いていいのか見当もつかない。ルークたちボーンファイターは竜神家、島谷家の家族の警護についている。空手大会では、グストスとモースが早穂に接触してきたからだ。だが、翔悟は、リーベルトたちなら、家族や友達に危害を加えるようなひどいことはしないと言い切った。
パンサーたちを退けた翔悟たち。パンサー、ウルフ、タイガーと共に、研究所にあるはずのベアーとグリズリーのボーンがいた。研究所からボーンカードを外に出せるのは所長しかいない。ルークは、研究所の裏切り者は東尾だと確信し、竜神家で健悟と喜代子の警護をしているタイロンに連絡する。だが、すでに東尾は竜神家に上がり込み、健悟と喜代子と共にいた。タイロンは東尾を外に誘い出し、健悟と喜代子と引き離す。東尾にはタイロンの思惑などお見通し、あえて誘いにのったのだった。東尾とタイロンが対峙する、そこへ翔悟、ルークたちがやって来た。翔悟たちがそろったところで、東尾はかつての衝撃的な出来事を語り出す。
ダーク・ソードフィッシュの攻撃がドラゴンたち、ボーンファイターに迫る。絶体絶命のピンチを、ウルフとタイガーが救う。ドラゴンらをかばうようにして、ダーク・ソードフィッシュの攻撃を受け止めたのだ。ドラゴンとの会話で、ウルフとタイガーの心境に変化があったのか！？ ウルフとタイガーの行動に怒りをあらわにするダーク・ソードフィッシュ。一方、リベレーションコクーンの外にいるルークは、東尾に、ダークグリズリーとダークベアーのボーンを研究所から持ちだし、ウルフとタイガーに渡したのか、真相を聞き出そうとしていた。そこで、東尾から意外な事実が明かされる。
翔悟の前に突如現れたリーベルト。そして、彼女を待っていたかのように、東尾も現れる。驚く翔悟の前で、東尾はリーベルトに取引を持ちかけた。ネポスに帰れず、地球での暮らしに不都合を感じていた彼女達のために、研究所の資金で便宜を図る。その代わり、ネポス・アンゲリスについて情報提供をして欲しいというのだ。当初は頑なに拒否するリーベルトであったが、翔悟の家に招待され、食事を振る舞われたことや、その光景が翔悟の守りたい日常なのだとルークに聞かされたこともあり、心を動かされて東尾の言葉に応じるのだった。翔悟たちの見守る前で、研究に協力するリーベルト。だが、ネポスでは同じ頃、リーベルトの父・シュトルツの前に、ケルベロス・レボルトが姿を現していた……。
リーベルトは父のシュトルツを救うためネポスに戻る事を決意。翔悟達も同行を決め、危険を孕むネポス潜入を決行する。翔悟は、地球と同じネポスの日常を知ると同時に、地球より遥かに先進的な科学技術や美しく整った環境に驚愕する。一方、レボルトはシュトルツ不在の隙に臨時評議会をぶち上げ、自ら議長役におさまる。リーベルトの帰還を鋭く察知すると一計を案じ、クルードの元を訪れるが…。シュトルツの屋敷を目指す翔悟らの前に、ケルベロス一派のクラーケンが出現。翔悟はドラゴンを着装し、強力な技を駆使するアイアンボーンのクラーケンと激しいバトルを展開する！
翔悟たちは、リーベルトの父親、シュトルツを救出するために彼の屋敷へと向かった。だが、屋敷には人の気配どころか見張りもいない。罠なのかと思いながらも、翔悟たちは広い屋敷を二手に分かれて探すことにする。翔悟はアントニオ、タイロン、リーベルトと共に屋敷を回る。リーベルトはかつてシュトルツと鍛錬で使った剣を見つけ、シュトルツに思いをはせる。そんなリーベルトを見た翔悟は、必ずシュトルツを見つけようと、シュトルツに言葉をかけた。その時、リーベルトはボーンの気配を感じた。彼女たちに向かって歩いて来る。身構えるリーベルト、彼女の前に現れたのは……。
ネポスから命からがら地球へ戻ってきた翔悟達を出迎えたのは、偶然ロサンゼルス研究所に派遣されていたアンナであった。東尾やイアンたちに窘められつつも、無事の帰還を報告するルーク。だが、ワイバーン・クルードのレアメタルボーン化によってコクーンは破壊されており、新たなコクーンが完成するまでは、安全のためバリアの装備された研究所内で過ごすことになった。一方、ケルベロス・レボルトは、クルード、シュトルツがネポスに残っているため、自らが地球に侵攻することはできず、配下のホークに、ある力を持たせて出撃させるのだった。コクーンのない中、ピンチに陥る翔悟達。新たなコクーンのデータを受け取るため、翔悟は国際宇宙ステーションに滞在する開発責任者と通信することになるのだが……!?
翔悟と知らぬまま12年ぶりに言葉を交わしていたと分かり、智恵は、ボーン研究者として、母親として生きてきた今までの日々を回顧する。イアンは、12年前に智恵を研究所に呼び戻した結果、家族と長きに渡り引き離してきた事を翔悟に詫びる。だが翔悟は、あえて智恵にコンタクトをとろうとせず、智恵もまた同様に国際宇宙ステーションでの作業を優先させるのだった。そんな母と息子の葛藤を、イアンとルーク父子が察する。翔悟は、智恵が家族の元を出てひとり研究組織に戻りリベレーションコクーンを開発した、母の覚悟や本当の思いを初めて深く知る。そこへ、エクェスのアイアンボーンが襲来し─。
長年、行方が分からなかった翔悟の母・智恵は、宇宙ステーションでコクーンの研究をしていた。翔悟は通信で12年ぶりに智恵と会話する。日本に帰ってきた翔悟は、健悟と智子に智恵の無事を知らせたいが、コクーンの研究をしているとは言えるはずもなく、もどかしい。一方、リーベルトはネポスに置いてきた父・シュトルツやクルードたちのことが気がかりであった。翔悟とリーベルトが何か悩みを抱えていることを察する早穂。行き場を失ったリーベルトはしばらく竜神家に滞在することになり、早穂はリーベルトと翔悟をショッピングに誘うが……。
学校での休み時間。翔悟のクラスメートたちは、竜神家に美人の外国人がいるという噂を聞きつけて、翔悟に紹介して欲しいと頼み込む。分かったといなす翔悟、クラスメートたちとのくだらない会話、翔悟にいつもの日常が戻っていた。一方、リーベルトのパンサーボーンの石化が回復した。これでネポスへと戻り、シュトルツを救うことができる、そう思っていた矢先に、空がかき曇った。ドラゴンボーンを狙って、エクェスがやって来たのだ！ 翔悟は学校への被害を避けるために、教室を飛び出して逃げる。翔悟の前に現れたのはグレゴリーとヴィクトールだった！
ネポスから帰還したリーベルトとクルードたちは、ウロボロスの襲撃を受けて負傷しており、日本の研究施設で直ちに治療を受ける。リーベルトから、ウロボロスをはじめとしたネポス評議会のメンバーは、ボーンを消滅に追いやるほどのとてつもない力を秘めていると聞かされる翔悟たち。さらに、頼みにしていたクルード・ワイバーンのレアメタルボーンは、常に発揮できる力ではないというのだ。苦戦が予想されるタイミングで、追っ手として現れるウロボロスとオウル。危険だというクルードの静止も聞かず、翔悟は、彼らをも守ってみせると言い、着装するのだった。だが、絶望的な力の差によって、次々に倒れるライノー、ジャガー、レオ、シャーク。一人残されたドラゴンの戦いを、クルードは見守ることしかできないのか……!?
ダークウロボロスの攻撃を受けて、倒れるダークワイバーン。コクーンの外でクルードの身を案じるシュトルツは、いつしか思い出していた。ダークワイバーンの適合者、クルードが、とある星の核であるボーンを回収し、ネポスに持ち帰った時のことを。クルードの核のボーンの回収により、ある星が消滅した。始まりの魔神の意志とはいえ、星を消し去ったことを哀しむクルードは、その業を背負っていくと決めた……。ダークウロボロスの攻撃がダークワイバーンに迫る！ 絶体絶命のピンチを救ったのは、ドラゴンだった！
ウロボロスとの戦闘中にレアメタルボーンと化した翔悟について、レナードが調査研究を進める。が、バイオデータやマジン粒子に異変がない上、レアメタル化した痕跡すら残っていなかった。レアメタルボーンの謎は一層深まり、ルークやリーベルトらは愕然とする。一方、クルードとシュトルツは密かにネポスに戻り潜伏。レボルトは2人の追跡を評議会で申し合わせる。ソキウスは部下のスネークを地球に送り捜索にあたらせる。翔悟は、火の魔神やレアメタルボーンの情報についてルークらと話し合うが、やがて重圧を覚え戸惑う。そんな中、スネークと遭遇。ボーンを着装するドラゴンだが…
ネポスに潜伏するクルード達を警戒するレボルトは、自らの手を下さず、ドラゴンボーンの回収を進めようと試みる。彼に呼び出されたのは、かつてのクルードの部下バイズだ。ホワイトボーンのイーグルであるバイズに、レボルトは一人でアイアンボーンのドラゴンたちと戦うよう命じるが、あまりのことに、同僚のドロッサスに不安を打ち明けるバイズ。しかし、レボルトが持ちかけた、グリフォンボーンの力を授けるという策は、口止めのため明かすことが出来ず、結局、一人で戦いに赴くことを決意するのだった。一方、翔悟たちは、今のネポスの状況に疑問を抱いてた。星の核であるフェニックスが奪われた今、始まりの魔神の声を聞ける者はいない。その真実を、ネポスの人に伝えられないかと考える。そんな時、現れるイーグル。その右腕に、グリフォンボーンを着装した……！
グリフォンボーンの着装実験に成功し、力を得たレボルトは、とうとう、自らが地球に出撃することにする。一方、喫茶エデンではクリスマスパーティーが開かれていて、智子と早穂、ルークたちが楽しんでいた。そんな中、翔悟だけはどこか浮かない表情。翔悟はパーティーを抜け出し、一人、店の外で夜空を見ている。そんな翔悟を心配して、タイロンが声をかけた。翔悟はグリフォンボーンの着装実験で消えたダークイーグルと、ダークアリゲーターのことを考えており……。
新年を迎え、翔悟の家の神社は初詣の参拝客で賑わっていた。その賑わいをよそに、ルークはメルボルン研究所の東尾と深刻そうに電話をしていた。前回、ダークケルベロスが地球に現れライノーを石化させた。メルボルン研究所で治療し、タイロンの怪我は回復しそうだが、ライノーボーンの回復の見込みは立っていない。そして、ダークケルベロスに対抗するには、レアメタルの謎を解き、完全なドラゴンの覚醒が必要だと、ルークは考えていた。神社で参拝客に甘酒をふるまう翔悟たち。ルークは甘酒を見て、かつてのメルボルンでの出来事を思い出すのだった……。
ウロボロスによるライノーボーンの石化、メルボルン研究所の破壊と、翔悟と地球に、立て続けに危機が訪れていた。翔悟はメルボルンの設備をロス研究所に移す手伝いをするために、しばらくメルボルンに行く許可を健悟からもらう。出発の前に、出来上がりつつある早穂の家を見て、翔悟はドラゴンボーンとの適合から始まった今までの出来事を思い出していた。一方、メルボルン研究所から奪ったデータを見たグレゴリーとヴィクトールは、その内容に衝撃を受けていた。
メルボルン研究所が破壊された。翔悟たちはロサンゼルスの研究所に移動し、戦いで石化したライノーボーンの修復作業を見守る。ライノーボーンの損傷は激しく、完全に回復するのかも不明。タイロンは心配げに修復作業を見守っていた。一方、ネポス・アンゲリスでは新たな動きを見せていた。ペルブランドとバーリッシュは、怪しい行動をとるレボルトの、評議会議長の解任を議会で申し出る。だが、評議会の一人、ダークバジリスクの適合者・ラケルトは、レボルトを支持した。そして、レボルトの行動がおかしいと知りつつも、彼のためにドラゴンボーンの回収へと向かった。
土の魔神が現れ、ライノーがレアメタルボーンへと変化した。ロス研究所では、レアメタルと、レアメタルのデータを元に、新型のコクーンの研究が進められる。一方、ネポス・アンゲリスでは、火の魔神に続き土の魔神までもが地球に味方したことに、レボルトがいら立ち始めていた。グレゴリーとヴィクトールは問題を解決するために地球に行くことにする。ルークは、ロス研究所を守るために、一人で研究所を飛び出して、見回り、警護することにする。破壊されたメルボルン研究所のようにはさせまい、必ず守り抜くと誓うルークだが……。
リベレーションコクーンの真の目的は、始まりの魔神を呼ぶための装置だと、イアンに知らされた翔悟たち。リベレーションコクーンは始まりの魔神に接触するために開発するためのものだった。そして、もう少しでコクーンが完成し、智恵の研究も終わることも教えられる。翔悟たちはロス研究所から日本に戻ってくる。家族や仲間たちとの日常に戻った翔悟は、研究を終えた母親が帰って来られるようにするためにも、日常を守らなければならないと、改めて思った。そんな時、評議会から新たなるエクェス、ダークユニコーンが現れた。
始まりの魔神の出現は異常気象などの形で、地球に大きな影響を与えていた。一夜明けて、そのことが報道される中、翔悟は早穂が火の魔神たちの影を目撃していたことを知る。ネポスや始まりの魔神の襲来によって、日常が次第に壊されていくことに焦りを感じる翔悟。そんな中で翔悟は、姉の智子に手合わせを頼み、自分の進むべき道へのヒントを掴もうとするのだった。一方、ネポスではクルードたちの潜伏先をレボルトがついに見つけ出した。彼らを倒せば、後顧の憂いなく地球を滅ぼすことができると目論むレボルト。だが、その裏をかいて、クルード、シュトルツらはペルブランド、バーリッシュの力を借りて、レボルトの屋敷を襲撃する。混乱に乗じて、フェニックスボーンを取り戻そうとするクルードの策は、果たして成功するのか……。
突然、地球の翔悟たちの前に現れたグストスとモース。彼らはネポスで起こった悲劇を翔悟たちに語った。レボルトはネポスの星の核であるダークフェニックスを着装し、クルードとシュトルツを襲った。ダークバットが身をていしてかばうが、クルードとシュトルツは、圧倒的なダークフェニックスの力で倒される。グストスとモースはダークバットの空間の力で地球に移され、危機を逃れたのだった。クルードとシュトルツが倒されたことを知り、落ち込む翔悟。そんな翔悟を元気づけたのはアントニオのパフォーマンスだった……。
評議会の目的とは、『終焉の結び』、つまり始まりの魔神からの自由だと聞かされる翔悟。そのためにシュトルツを手にかけ、地球を襲撃した事が許せず、レアメタルジャガーとともにソキウスらを返り撃つ。リーベルトは幼い頃、終焉の結びの文字が書かれた地下室で自分を叱責した父シュトルツを思い出し、終焉の結びとは自由や平和ではなく忌むべきものとしか思えない。評議会が言う目的は真実なのか？地下室が始まりの魔神を召還する場所だったとも考えられ、確かめに智恵を訪れ、亡き父への悲しみに泣くリーベルト。地球の被害を目の当たりにした翔悟らは、葛藤の末、リーベルトや智恵と一緒にネポス行きを決意。『終焉の結び』の謎を確かめに向かうが…。
ネポスへと向かった翔悟たちと智恵は、リーベルトの案内で、シュトルツ邸跡地に地下室を発見した。智恵はその祭壇の様子と、翔悟が触れたことで現れた紋章を見て、コクーン開発と終焉の結びのヒントを掴むことができた。だがその時、クラーケンが現れ、攻撃してくる。翔悟はやむなく、智恵を先に地球のISSへ帰すと、必ず戻ると約束してクラーケンに立ち向かう。だが、五人の力でクラーケンを倒したかと思われた時、ウロボロスが急襲。空間の力を駆使した攻撃も相まってコクーンがタイムアップ、着装も解けてしまう。リーベルトが空間の力で一同を逃がそうとするが、それを待ち構えていたウロボロスによって、翔悟は捕らわれるのだった。レボルトの前に引き出される翔悟。ドラゴンボーンは、ついに奪われてしまうのか!?
とうとう動き出した始まりの魔神。それを察知したロス研究所は、リベレーション・コクーンの開発を急ぐ。始まりの魔神に対するには、コクーンの完成版が必要なのだ。一方、ネポス・アンゲリスでは、翔悟とリーベルトがレボルトから逃げていた。コクーンがない翔悟は、ドラゴンボーンを着装して、戦うことができない。ただ、逃げることしかできなかった。そんな二人の前に、グレゴリーとヴィクトールが現れた。身構える翔悟とリーベルトだが……。
ケルベロスと戦い続けるドラゴンは、パンサーを倒された怒りから、レアメタルボーンになった。だが、レアメタルの力をもってしても、三属性を自在に操るケルベロスには苦戦するドラゴン。さらに、宇宙ではレオが左手を残して石化しながらも、ユニコーン、バジリスクと対峙する。たった一人、拳一つ、それでも諦めずに、立ち向かおうとするギルバートの鋼の精神に、レオボーンと雷の魔神が答えた。レオもまた、レアメタルボーンになったのだ。そこに、シャーク、ライノー、ジャガーもレアメタルとなって舞い戻り、優勢に戦いを繰り広げる。だが同じ頃、戦い続けてきた翔悟が、ケルベロスの猛攻についに倒れ、ドラゴンボーンを奪われてしまった。地球の運命は!? 終焉の結びは為されてしまうのか!?
ドラゴン、フェニックス、グリフォンの3つの星の核を手に入れたケルベロス・レボルトは、とうとう『終焉の結び』を行なおうとしていた。その時、シュトルツがフェニックスのボーンパーツをかざし、フェニックスのコアボーンを呼び寄せる、レボルトの終焉の結びを阻止した。だが、まだドラゴンボーンがとられている、地球の危機が去ったわけではない。刻一刻と迫る地球の危機、ボーンを着装できない翔悟たちには為す術がなく……。
宇宙を消滅させようとする始まりの魔神。地球の核、その適合者の翔悟ならば、リベレーションコクーンで始まりの魔神と接触することができるはずなのだが、始まりの魔神は応じようとしない。コクーンの外、ネポスに放り出されてしまった翔悟に、シュトルツは地球に戻るように言う。地球の核の適合者は、地球でリベレーションコクーンを展開しなければ、始まりの魔神と接触できないのだった。翔悟は地球に戻り、リベレーションコクーンを展開させる。そして、始まりの魔神との接触に再び挑むのだった。
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