父の行方を捜して江戸から京にやって来た少女・雪村千鶴（若柳琴子）は、血を求める化け物に襲われそうになる。「羅刹」と呼ばれるその化け物を斬り伏せたのは、「人斬り集団」と恐れられる新選組の幹部たち――土方歳三（崎山つばさ）、沖田総司（金井成大）、斎藤一（矢野聖人）だった。千鶴は新選組に身を置き、父・綱道を捜すことになるが、ある日、父を見掛けたという情報を得て向かった桝屋で騒動に巻き込まれてしまい――。

新選組屯所への襲撃計画を知った土方たちは、長州人をはじめとする尊王攘夷派浪士が集う会合の場に踏み込むことを決める。会合場所は、四国屋か池田屋のいずれかだが、山崎烝（永田崇人）ら監察の情報だけでは絞り切れない。やむなく、隊を二手に分けて出陣する新選組。近藤勇（田中幸太朗）ら10人は池田屋、土方ら24人は四国屋に向かうが――。

山南敬助（中林大樹）の命を受け、土方たちのもとへ伝令にひた走る千鶴。そのころ、近藤たちは既に長州人をはじめとする尊王攘夷派浪士が会合する宿――池田屋に踏み込んでいた。大人数相手に獅子奮迅の活躍を見せつつも、味方の援護を待ち続ける近藤たち――。池田屋での壮絶な戦いの中、沖田と藤堂平助（福山康平）は、ただならぬ気配をまとった妖しげな2人の浪士に遭遇し、それぞれ一戦を交えるが――。

池田屋への討ち入りで、一夜にしてその名を上げた新選組。近藤らが江戸で行なった隊士募集に応じ、伊東甲子太郎（東山龍平）が新選組に入隊する。近藤は伊東に心酔するが、他の隊士たちはそれぞれ複雑な想いを抱える。特に、総長でありながら剣客の道を絶たれていた山南は、伊東が参謀の座に就いたことでますます居場所を無くしてしまう。そんな山南を気に掛ける千鶴だが、ある日事態は思いもよらない展開に――。

綱道が残した資料をもとに、ひそかに薬の改良を続けていた山南は、自ら薬を飲み人ならざる者へと変貌してしまう。土方は、山南に襲われた千鶴の傷が瞬く間に治癒するのを目にし、千鶴が羅刹ではないかと問いただすが――。山南の騒動もあり、新選組は西本願寺へと屯所を移転する。父親捜しを続ける千鶴だが、思うような手掛かりはいまだつかめぬまま。そんなある日、千鶴は偶然に沖田の秘密を耳にしてしまい――。

新選組内部で伊東派への不信感が強まる中、伊東に何も言わない土方に対し、永倉新八（才川コージ）はいらだちを募らせていた。そのころ、京では制札を引き抜く事件が相次ぎ、新選組に制札警護の命が下る。原田左之助（時任勇気）が制札を守り切った報奨金で、気の合う隊士らと飲みに繰り出す永倉だったが、意気揚々と向かった店にひとり待っていたのは土方だった――。一方伊東は、何者かと密会し、怪しい動きを見せ始める――。

「御陵衛士を拝命する」と告げ、新選組を出て行った伊東。斎藤と藤堂も、伊東に付き従い隊を離れることになり、新選組はばらばらになってしまう。ある夜、羅刹となった隊士が千鶴に襲い掛かる。駆け付けた土方らに間一髪助けられる千鶴だが、山南の身に異変が起こる。時を同じくして、風間千景（伊万里有）らが、屯所内に侵入する。千鶴にゆっくりと歩み寄る風間。果たしてその目的とは――。

伊東派に潜伏していた斎藤により、伊東が近藤の暗殺計画を練っているとの情報がもたらされる。土方は、永倉と原田に伊東ら御陵衛士を斬るよう命じる。そして、刃向かうようなら、藤堂も斬れ、と――。藤堂の身を案じ声を上げる千鶴だが、土方は聞く耳を持たない。ある夜、新選組と御陵衛士はついに事を構えることに。永倉・原田と藤堂は、戦いの中で邂逅を果たすが――。

薩摩・長州の両藩に対抗すべく、幕命により伏見奉行所に拠点を移した新選組。数日後、近藤が軍議から帰る途中で何者かに狙撃される事件が起こる。生死の境をさまよう近藤。その知らせを耳にした沖田は、病の身を引きずりながら山南の部屋へ向かう――。日に日に激化する薩長軍との戦いで、新選組は次第に劣勢を強いられていく。そんな中、土方はある決断を下す。

伏見からの撤退を決断した新選組。千鶴は井上源三郎（岡嶋秀昭）と淀城まで援軍要請に赴くが、その途上で行方不明になっていた父・綱道（山崎秀樹）が突然現われる。再会に涙する千鶴。行方をくらましていた理由を尋ねる千鶴だったが、綱道の口から語られた内容は恐るべきものだった。驚愕する千鶴だが、そこに風間が現われさらに残酷な真実を語る。絶望に打ちひしがれ自害しようとする千鶴のもとに、土方が現われて…。