ホテルの空調設備の中で遺体が発見される。ブレナンは、被害者が宿泊していた部屋にウオッカで拭き取った血痕を見つけ、衝動的な殺人だと推理するが、散乱した遺体の回収作業は難航する。ブースとスイーツが身元の判明した被害者のアパートへ行くと、何者かが窓から逃げ出した。その男はブースの戦友で、CIAのダニーだった。

街のゴミ箱から遺体が発見され、経営コンサルタントのアダムと判明する。彼の妻によると、夫は海外出張中のはずだと言う。遺体に付着していた土を調べると、バージニアの先住民居留地のものだとわかる。そこには結婚セラピーの合宿所があり、アダムは妻ではなく愛人と参加していた。ブースとブレナンは偽名で潜入捜査を開始する。

黒焦げの車から焼死体が発見される。被害者はギャング団に所属するデルカンポだった。彼の恋人は終始捜査に非協力的だったが、彼女の息子とスイーツは顔見知りで、スイーツは少年を劣悪な環境から救いたいと考えていた。事件はギャング団同士の抗争と思われていたが、遺体の頭蓋骨に不可解な銃創が見つかり意外な方向へと進展する。

スイーツの発案で、献体された遺体に細工を施して遺棄し、ペラントをおびき寄せることに。万事順調に進み、ブレナンとブースに遺体発見の知らせが入る。一同は現場へ駆けつけ遺体を調べるが、シナリオどおりに発見されたかのように見えた遺体は、彼らが用意したものではなかった。そして遺体の主が判明し、一同は愕然とする。

崖にぶら下がった遺体が発見された。遺体はタカに食べられていたため、ブレナンとブースはタカを捕えてラボに持ち帰る。被害者は高校の校長だったチャーリーと判明。彼は自分が余命わずかと知り、死ぬまでにやりたいことを実行していた。ラボではジャックが、タカの未消化物から証拠を見つけるため、吐き戻すのを根気強く待っていた。

ブレナンとブースの結婚式を翌日に控え、一同は式のリハーサルに臨む。そこへ遺体発見の知らせが入り、2人は周りの反対を押し切って捜査に向かう。しかし、遺体は35年前のものだった。式の準備に専念するため、ブレナンは渋々調査からはずれる。家族も集まり結婚前夜のディナーに出かけようとした時、教会が火事で焼失してしまう。

ハネムーン先でのんびり過ごすことに飽きてしまったブレナンは、ブースを連れて遺体安置所へ。集団墓地から発掘された“消えた人々”の骨を見せてもらうが、遺骨の1つが最近のものであることに気づく。地元警察の捜査の手伝いを申し出た2人は、ジェファソニアンの協力も得ながらハネムーン中にも関わらず殺人事件の解明に乗り出す。

ビーバーが作ったダムの中から遺体が見つかる。被害者はノーランという男性と判明し、精子バンクを通じて精子の提供をしていたが、学歴詐称が発覚して契約を解除されていたことがわかる。一方、ブレナンは著作を巡って作家のテス・ブラウンと対立。意に反して批判合戦となり、2人はテレビカメラの前でバトルを繰り広げることになる。

妻殺しの容疑がかかった元サッカー選手の裁判が始まり、ブレナンは陪審員の1人に選ばれる。ラボでは、海岸で発見された男の遺体の調査が行われ、被害者は、裁判で容疑者に不利な証言をする予定の証人だった。ブースたちは容疑者が口封じのために殺したのではないかと疑うが、裁判中で隔離されているブレナンにそれを伝えることができない。

学校給食のシチューから人骨や人肉が見つかる。ブレナンたちは提供元の食品加工工場へと出向き、遺体が入っていると思われる缶詰を回収する。被害者は食品科学者ハワード・コンプトンと判明し、ブレナンとブースは、彼と商品開発に携わってきた女性を訪ねる。一方、アンジェラは、ブレナンとの間に距離ができているのを感じていた。

野原で発見された少女の遺体には、全身に多数の骨折があったため、日常的に虐待されていた疑いが浮上する。復顔の結果、全米屈指の物理学者ワッターズ博士の娘と判明する。博士は1年前に妻も亡くしていた。娘の死を告げても数式を書き続ける博士を見て、ブースは彼が怪しいと決めつけるが、ブレナンには彼の行動が理解できるのだった。

ペラントの悪夢に悩まされるブレナンの自宅に、白骨化した遺体が配達される。そこには“私の死の真相を調べて”と書かれたメモが添えられていた。被害者は1995年に18歳で溺死したヨット選手と判明する。ブレナンは、ペラントが示した未解決事件との類似性を指摘し、連続殺人犯に殺されたと主張するが、なかなか聞き入れてもらえない。

コヨーテに掘り起こされた男性の遺体が発見される。被害者は無名のカントリー歌手、コリン・ヘインズと判明する。明らかに貧しい生活を送っていたにもかかわらず、彼の部屋には高額の小切手が。そんな中、ウェンデルがホッケーの試合中に骨折。その時の映像を見たブレナンは骨折原因を不審に思い、本人に内緒でＸ線写真を取り寄せる。

豚のエサの中から、バラバラになった男の遺体が見つかる。容疑者の男は、庭に捨てられていた遺体を切断して豚に食わせただけだと殺害を否認する。男の証言から被害者がチェスプレーヤーのマグナソンと判明。以前チェスにハマっていたスイーツは、マグナソンが所属していたチェスクラブへ出向き、会員たちと対戦しながら情報を探る。

国立公園内で、足の小指が切り落とされ地中に埋められた女性の遺体が見つかる。被害者は大企業のCEOの娘で、彼女の死を知らされた父と継母は愕然とする。2人は、娘が2日前に誘拐され、犯人から警察への通報を止められていたと話す。そこへ誘拐犯からの脅迫メールが届くが、なぜか犯人は彼女が死んだことを知らないようだった。

湖でバッグに入った遺体が発見される。被害者はアフガニスタン出身の女性サリーで、テロリストの情報を提供し、兄と共にアメリカへ政治亡命していた。ブレナンとブースが兄に会いに行くと、そこにCIAのダニーが現れる。一方、ラボでは、デイジーが骨の小さな傷に気づき、サリーは特殊部隊用の特注ナイフで刺されたことが判明する。

浄化槽の中から溶けた遺体が見つかる。タンクに残っていた皮膚のタトゥーから、被害者は受刑歴がある回収屋（ルビ：レポマン）のベニーと判明する。ベニーは車で事故に遭った後、誰かから逃げようとしたが浄化槽に入れられ溺死したこと、車には同乗者がいたことなどがわかるが、すでに車は解体され、残っていたのは事故直後の写真だけだった。

クズという植物で全身を覆われた遺体がラボに到着し、子供番組を降板した俳優と判明する。その後、被害者のツイッターに何百通ものメッセージを送った女性が容疑者として浮上する。一方、娘クリスティンの誕生日が近づき、ブースはパーティーの計画を立てるが、子供の頃に誕生会を開いてもらったことがないブレナンは、必要ないと言う。

ブレナンとブースは大富豪トッド・ミルガの葬儀へと出かけるが、そこへトッド本人が現れる。彼のセーフルームで見つかった遺体は腐敗が進んでいたため、状況からトッドと見なされたのだった。発見時の写真から、死亡直後の顔を復元すると、トッドの旅行の手配や古美術品の収集を請け負っていたダニエルだと判明。トッドに容疑がかかる。

国立公園の古木の中から遺体が発見される。被害者アビーは難病を患っていて、医者の勧めで激痛軽減のために医療大麻を使用していた。ラボでは、ウェンデルが自分も医療大麻を使用していることを打ち明ける。ブレナンたちは医療大麻の使用に理解を示すが、連邦法では違法なため、カミールはウェンデルを解雇せざるを得なくなってしまう。

新興住宅地の沼で女性の遺体が見つかる。付着した虫からは複数の死亡時期が推定されたが、骨髄穿刺の痕が見つかり、骨髄バンクの登録者で4ヶ月前から失踪していた女性と判明する。彼女は幼い娘を病で亡くしていたが、娘の治療をめぐって元夫と揉めていた。また、遺体を超低温で保管する“人体冷凍術”を施されていたことが明らかになる。

森でキャンプをしていた家族が、木に吊された遺体を発見する。ゴースト・キラーの犯行と睨むブレナンは、遺体の頭蓋骨に遺伝的特徴を見つけ、被害者がトレント・マクナマラの姉ステファニーだと見抜く。衣服に付着した植物成分からマクナマラ家の庭師ドナが容疑者として浮上するが、ブレナンは彼女の骨格を見てあることに気づく。

水泳部のコーチだったブライアンの遺体が、井戸の中から発見される。水泳部ではいじめが横行し、ブライアンは学校の記者に匿名で密告していた。また、車からは派手なイヤリングが見つかり、不倫の可能性も出てくる。ブレナンとブースは、ブライアンが毎週通っていたレストランに行くが、不思議な事に、彼を目撃した人は誰もいなかった。

公聴会を間近に控えるブースに、マクナマラ家の情報を持っているという男から電話があり、待ち合わせる。しかし、男は焼死体で発見され、ブースはマクナマラ家の陰謀にFBI関係者がいると睨む。男の身元が判明し、遺体からは乳首ピアスにみせかけたメモリーチップが発見される。一方、公聴会の席で、ブースに思いもよらない事態が起こる。