東京都内のとある公園で、一人の男性の斬殺死体が発見された。背中から腹まで長く鋭利な刃物で刺された跡があるものの、血は一切出ていない。捜査をしていた刑事・吉原（テイ龍進）は、事件現場に御沙神駆（早乙女太一）と五百津翔（遠藤雄弥）の姿を見つけると表情を曇らせ、「あいつらが来ると必ず捜査打ちきりになる。疫病神だよ」と後輩刑事の内藤（野川慧）にボヤき、事件現場からただ立ち去る事しかできなかった。 同じ頃、一報を聞きつけ、事件現場へと向かったタブロイド誌「ニューズデイズ」の若手記者・三條美緒（深川麻衣）は、死体から湧き上がる“黒い灰”を目撃。しかし、その灰は他の人には全く見えていない様子。 この奇怪な事件に疑問を抱く美緒だが、編集長・村井（矢柴俊博）には相手にされず、美緒は事件の取材を単独で開始することに。そんな中、被害者が働いていたオフィスへ取材に向かう途中、事件現場で見かけた駆と翔と遭遇する。美緒は「黒い灰」についてたずねると、駆は「黒い灰が見えたらとにかく逃げろ。生きていたかったら…」と伝えるだけだった。 やがて美緒は取材を重ねる中で、被害者とつながる人物・井崎（佐野岳）にたどり着くのだが…。

「鞘で刀を収めると人が消える！」 駆（早乙女太一）と井崎（佐野岳）の戦いを目撃した美緒（深川麻衣）は興奮冷めやらぬ様子で編集長の村井（矢柴俊博）に事件の一部始終を報告。記事にするべく動こうとするが、何者かの圧力で揉み消されてしまう。 一方、戦いを終えアジトの骨董品店「五百津堂」に戻って来た駆と翔（遠藤雄弥）。仲間のカレン（中村ゆりか）から新たな鞘を渡され、次の戦いに備える駆であったが「一体、何故美緒にだけ黒い灰が見えたのか…」ひとり気になっていた。 そんな矢先…事件の真相を調べていた美緒が「日本刀剣協会」から紹介され、「五百津堂」にやってきた！美緒は店主の肇（橋本じゅん）に穢刃の存在について、質問をぶつけるが、煙に巻かれた挙げ句、追い返されてしまう。 途方に暮れた美緒は、古来の刀の伝承に詳しい大学准教授を訪ねるべく、西江戸大学へ向かうが、そこで再び身体から黒い灰が飛び出る一人の男と出会うのだが…

マンションの一室で出血のない斬殺死体が発見された。殺害現場に現れた駆（早乙女太一）と翔（遠藤雄弥）は、穢刃による犯行を確信し、刑事・吉原（テイ龍進）に情報提供だけを求めて足早に帰っていく。その姿を目撃した正義感あふれる女性刑事・弓美（武田梨奈）は、部外者に捜査協力なんて出来ないと激しく抵抗。駆と翔が現れる事件は警察上層部の圧力で情報規制がかけられる事実を吉原から聞いた弓美は単独で独自捜査を始める。 一方、事件記者の美緒（深川麻衣）も穢刃の謎について独自取材を続けていた。 見えない圧力で記事が潰された美緒と、捜査を打ち切られた弓美。 ひょんな事で出会った2人は、協力して事件の真相に迫る事を誓い合う。 そんな矢先、五百津堂の肇（橋本じゅん）のもとに巳前（手塚とおる）から穢刃の持ち主を特定したと連絡が入る。犯人は出前の配達員。配達先の出前客を次々と殺害しているという。情報を聞いた駆と翔は、すぐさま次の配達先へ急行する。同じ頃、弓美と美緒も犯人の正体を突き詰めていた。先回りして犯人確保をすべく次の配達先を確認した弓美は驚愕する。行き先はなんと弓美の自宅。次の標的は弓美と同居している妹だった…！

繁華街の路地裏で暴力団の構成員と麻薬の売人が穢刃によって殺害された。事件現場で被害者の情報を聞いた駆（早乙女太一）と翔（遠藤雄弥）は暴力団の組事務所へと向かう。そこで目撃したのは、死体と化したヤクザ達の前で、穢刃を手に1人佇む弓美（武田梨奈）の姿だった。穢刃を封刃しようと激しい格闘の末に弓美を追い詰める駆と翔。しかし、弓美が取り出した拳銃で駆は撃たれ負傷。あと一歩という所で逃げられてしまう。 同じ頃、事件記者の美緒（深川麻衣）は事件に巻き込まれ怪我をした弓美の妹・陽菜（新野七瀬）のお見舞いにきていた。そこで幼い頃、家族が強盗に襲われたことがキッカケで、弓美は強い正義感を抱き、警察官を目指したという過去を陽菜から聞かされる。 そして、駆と翔から逃げ切ったものの… 穢刃によって自分が自分でなくなっていく感覚に恐怖を覚える弓美。 自らが破滅してしまう前に事件の真相を解明したい。 弓美は「穢刃の事を世の中に伝えて欲しい」と美緒に電話を掛けるのだが…

フードの男に斬られると穢刃が生み出される――。 弓美(武田梨奈)の事件によって明らかになった事実は、肇（橋本じゅん）や巳前（手塚とおる）でさえ知らない新情報だった。一体、フードの男とは何者なのか…情報収集に迫られる五百津堂のメンバーのもとに、また新たな穢刃の情報が！？駆（早乙女太一）と翔（遠藤雄弥）は現場へと急行する。 穢刃を手にしているのは、とある工場の作業員。 激しい戦いの末、駆が穢刃を封刃しようとしたその時！ 激痛が駆を襲い、その場で倒れ込んでしまう。すぐさま駆け寄った翔は、駆の首に奇妙な痣が浮かび上がっているのを目撃する。 「人崩れの印。もうここまで…」 穢刃を封刃するたびに実は、駆の身体は穢れで蝕まれていたのだった。 このままでは駆の命も危ない。一刻を争う状況に焦りが募る五百津堂の面々。 穢刃が一体どうすればこの世から無くなるのか… やはり鍵を握るのはフードの男！ 情報を聞き出すべく駆は事件記者の美緒（深川麻衣）を呼び出すのだが…

次々と穢刃を生み出すフードの男。 彼の正体は、かつて駆（早乙女太一）の命を救い、駆を一流の封刃師として育て上げた師匠・悟堂真（坂口拓）だった！ 封刃師は穢刃を封刃するたびその身に穢れを溜め込み、一定の数を超えると穢れに支配され、外道と成り果てる。その時、封刃師は相棒に斬り殺される宿命にあったのだった。 そして6年前、外道となり果てた悟堂は、駆の目の前で、当時の相棒であった肇（橋本じゅん）に殺された…はずだった。 誇り高き封刃師として命を落としたはずの悟堂が一体ナゼ…。 さらに、度重なる穢刃との戦いで全身に穢れが広がり始めた駆はカレン（中村ゆりか）の計らいで穢れの解毒にあたっていた。 駆をこれ以上苦しめないために自らに何が出来るのか。苦悩するカレン。 そして美緒（深川麻衣）は新聞記者だった亡き父が残した資料の中から、穢刃に関する、とある事実を発見する…。

穢刃を世の中から抹消するためにはアイツを封刃しなければならない… かつての師匠でもある悟堂真（坂口拓）と戦う覚悟を決め、鬼気迫る修業を続ける駆（早乙女太一）と翔（遠藤雄弥）。そんな中、父が残した資料から穢刃を生み出す“鬼噛”と呼ばれる刃の存在を暴き出した美緒（深川麻衣）は、肇（橋本じゅん）をはじめ五百津堂メンバーに情報を伝える。悟堂攻略の鍵となる“鬼噛”とは一体… 一方、巳前（手塚とおる）は肇に、とある極秘資料を手渡す。それは駆の亡き後に据えようとしていた新・封刃師のリストだった。 それぞれの思惑が交錯する中で、駆たちはついに悟堂のアジトを見つけ… 悟堂の刃と駆の鞘が対峙する！

穢刃を生み出す鬼噛を持った悟堂（坂口拓）の圧倒的な強さの前に、鎮冥鞘を砕かれた駆（早乙女太一）はなすすべもなく、鬼噛に刺された挙句、姿を消してしまう。穢れに取り憑かれた駆を封刃すべく、巳前（手塚とおる）が派遣したのは、二本の鞘を鮮やかに使いこなす新たな封刃師・伊吹（山本千尋）。 駆を発見した伊吹は猛烈な斬撃で、駆を徐々に追い詰めていく。そして、ついに伊吹が駆を封刃しようとした瞬間、翔（遠藤雄弥）があいだに割って入り、「俺たちがお前を必ず元に戻す！」と伝え、駆を逃がすのだった。 その頃、カレン（中村ゆりか）は“人を消さずに封刃する鎮冥鞘”を作り始めていた。円哲（野添義弘）が封刃される間際に言い残した「鎮冥鞘に想いを残せ」という言葉を思い出し、翔と美緒（深川麻衣）にある協力を申し出る…

穢れに取り憑かれてしまった駆（早乙女太一）を、カレン（中村ゆりか）が作り出した新たな鎮冥鞘で封刃した翔（遠藤雄弥）。駆を消し去る事なく、穢れのみを鞘に封印する事に成功する。その報告を受けた肇（橋本じゅん）は安堵の表情を浮かべる。しかし…肇の前に現れた1人の男。それは鬼噛を持った悟堂（坂口拓）の姿だった。 鎮冥鞘を手に悟堂と向き合い、封刃しようと試みる肇であったが…鬼噛の前に歯が立たない。そして駆たちが五百津堂に戻った時には、すでに悟堂に襲撃された後だった。肇は倒れ、鎮冥鞘はすべて砕かれていた。哀しみに暮れるメンバーの元へ巳前（手塚とおる）が訪ねてくる。その手に持っていたのは、悟堂の襲撃を予想していたという肇から託された鎮冥鞘だった。 最後の鎮冥鞘を手にした駆は、肇の想いを胸に、悟堂との宿命の対決に挑む。刃と鞘が激しく交わる壮絶なバトル。果たして結末は…！？