キット・テイラーは行方不明の父の幻から「ドラゴンを探せ」と告げられ、見慣れぬカードデッキを手にする。そのときから彼には鏡の中の世界＝ベンタラから市民を襲うモンスターが見えるようになる。そして街中でモンスターと遭遇したキットは、偶然から仮面ライダーに変身する。

危機一髪のキットを救ったのはウイングナイトに変身したレンだった。レンはキットからカードデッキを奪おうとするが、キットはレンの忠告に従わず、自らの意思でドラゴンと契約し、仮面ライダードラゴンナイトに変身！　今ここにキットの果てしなき戦いが始まる。

新たに出現した仮面ライダー＝インサイダーは、キットに対し、モンスターと共に攻撃してきた。インサイザーの正体は一攫千金を願い、ゼイビアックスにそそのかされたリッチー。一方、キットは偶然出会った新米記者のマヤから行方不明の父の手がかりを聞かされる。

キットを戦いに巻き込んでしまったレンは彼に戦闘の手ほどきをし、仮面ライダーのなんたるかを教える。そんなふたりの前にリッチーがあらわれ、対決を申し入れる。一騎打ちを受けるレン。キットはその戦いでライダーとして避けられない、もうひとつの真実を知る。

現実を目の当たりにし、戦いから逃れようとするキット。だがレンからモンスターとの契約が永遠であることを知らされ、否応なく戦いに引き込まれることに……。その頃、ゼイビアックスの基地では、ドリュー＝仮面ライダートルクが、キットとレンを引き離す策をめぐらせていた……。

キットはドリューに「レンと共にゼイビアックスを倒そう」と持ちかけるが、ドリューはレンこそがゼイビアックスと手を組んでいると嘘をつく。最初こそ信じなかったキットだったが……。その頃、マヤは伝説的なハッカー・JTCからキットの父が病院にいることを知らされる。

マヤに連れられ、父のもとを訪れるキット。だが彼に意識はなく、抜け殻のようになっていた。ドリューはゼイビアックスとレンを倒すことでキットの父親は治るとキットに吹き込み、レンとの信頼関係を壊そうと謀る。レンはキットを利用したドリューを倒すべく、一騎打ちを仕掛けるが……。

格闘家のグラントはゼイビアックスからカードデッキを受け取り、仮面ライダーキャモとなった。一方、父のためにドリューと組んだキットの前に、モンスターと戦うレンがあらわれる。ドリューはレンをだまし討ちで倒そうとするがグラントが乱入。戦いはさらに混迷していく！

突如あらわれた仮面ライダートラストがウイングナイトと戦いを繰り広げていた。そこへキットとドリュー、グラントが鉢合わせに。キットは異様な状況に、誰もがゼイビアックスに騙されていると感じ、彼らを説得する。だがその時ドリューが本性をあらわし、銃口をキャモへ向ける！

トラストに変身するブラッドは、ゼイビアックスにスキャンダルを捏造され、選手生命を断たれたモトクロス選手だった。無実を証明する証拠と引換えにライダーバトルに加わり、キットに1対1の対決を申し込む。その頃、マヤの前にJTCが姿をあらわす。彼の正体は？

ゼイビアックスに騙されていたことを知ったブラッド。しかし弱みを握られたままのブラッドは従わざるを得ず、ウイングナイトとの決闘に向かう。一方、キットは街中で仮面ライダースティングと出会う。だが彼もまた、ドラゴンナイトに襲いかかってきた！

スティングの正体はライダーとの戦いが国のためになると吹き込まれたクリスだった。キットとレンは彼を説得しようとするが……。その頃、立場を失ったドリューはゼイビアックスに取り入ろうとするが、彼の本心はすでに見抜かれており、仮面ライダーストライクに命を狙われることに！

ブラッドはレンに勝負を挑む。一方、迷いの中にいたクリスはキットやレン、マヤの行動を信じ、彼らと共に戦うことを決意する。その頃、逃げ回っていたドリューの前にJTCがあらわれる。その正体は仮面ライダーストライクだった！

ウイングナイトとトラストの戦いにドラゴンナイトとスティングも加わり、そこへトルクとストライクも合流。さらなる混乱の中で、すべてを敵に回したトルクは最大の一撃を放つ！その結果、トラストは……。一方、混戦から逃れたドリューもストライクを前に、危機を迎える。

大きな戦いを切り抜け、キットとレン、クリス、マヤは新たな友情で結ばれていた。彼らは各々、自分たちのことについて語っていく。キットの父のこと、仮面ライダーになったきっかけ、これまでの戦いを……。そこでキットたちはクリスの持病について知ることになる。

塞ぎがちのクリスのことをマヤに任せたキットとレンは、新たな仮面ライダーを捜すべく、マヤから聞いたJTCに接触を試みる。トレントの助けもあり、ようやく居場所を探し出したが、そこにいたのはモンスターだった。その頃、クリスの前にストライクがあらわれ、彼に襲いかかる！

自分が足手まといだと感じるクリス。だがレンは三人の力こそが必要だと、彼を説得、チームとして迎え入れ、再び結束する。その頃、ゼイビアックスは新たなライダーとして迎えるべく、チョウ兄弟に接近していた。そしてJTCはマヤを通じて、キットたちと会う約束をするが……。

仮面ライダーアックスとスピアーに変身するチョウ兄弟を引き入れたゼイビアックス。JTCは二人にレンを襲わせるが、彼の強さの前に二人がかりでも歯が立たなかった。一方、キットたちの友情に支えられながらも、身体の限界に気付きはじめたクリスは無茶な戦いをし始めていた。

JTCの誘惑を「仲間は裏切らない」という海兵隊魂ではね除けるクリス。一方、キットの父が病院からさらわれ、それがストライクの仕業だと知ったキットたち。そこへチョウ兄弟があらわれる。五人が戦い合う中、キットはアックスを前にファイナルベントを放とうとするが……。

キットとレンは、クリスのことは自分に原因があると後悔し、心乱れていた。そんな中、マヤの元上司のミシェルがレイシーに近づき、ライダーたちの秘密を探ろうとしていた。一方、マヤのもとへJTCからキットの父親が見つかったと連絡が入る。焦るキットは……。

JTCの情報でフランクがゼイビアックスにさらわれたことを知ったキット。罠だと知りながらもマヤと共に救出に向かった先で、彼らはJTCの真の姿を目の当たりにする。アックスとスピアーも加わった3対1の不利な状況の中で、キットはスピアーにファイナルベントを仕掛ける……。

初めてライダーをベントしたことでキットは仮面ライダーの戦いの現実を知り、思い悩んでいた。一方、弟をベントされたことで復讐に燃えるダニーは、ゼイビアックスの命令を無視し、キットに攻撃を仕掛ける。そこへ新たな仮面ライダー、セイレーンがあらわれた。彼女の正体は？

セイレーンは、ゼイビアックスの攻撃から辛うじて生き延びたベンタラの仮面ライダーだった。彼女はキットを信頼するレンとは裏腹に彼を子供扱いする。その頃、ミシェルはマヤから盗んだ仮面ライダーに関する情報をある政府の秘密組織に預けていた。そしてキットへの復讐心を捨てきれないダニーにJTCが襲いかかる！

キットを襲った黒いドラゴンナイト＝オニキス。すべてにおいてドラゴンナイトを圧倒する力を見せるが、すべては夢だった。キットはミシェルに同行を求められるも、それを断り、父のもとで悩みを打ち明ける。とそこへゼイビアックスが現れ、父を助けたければレンを倒せと言う……。

心の隙を見透かされたようにオニキスの幻影に悩むキット。そこへダニーが襲いかかるが、彼はゼイビアックスの命令を破ったとしてストライクによってベントされてしまう……。レンとケイスはキットの悩みと決意を知り、彼を改めて真の仮面ライダーと認める。

仮面ライダーラス＝ヴィックは意識を奪われ、ゼイビアックスの傀儡となっていた。一方、キットが秘密組織に狙われていることを知ったマヤは彼になんとか連絡を取ろうとするが、時すでに遅く、キットは拉致されてしまう。そしてゼイビアックスはJTCと共にグレース堂書店を襲撃する！

マヤはミシェルから秘密組織＝ノーマンの真相を聞かされるが、それでも諦めきれず、キットを助け出そうとトレントに相談する。一方、レンとケイスも独自に捜査を始めていたが、そこへゼイビアックスとJTCが襲いかかる。彼らはキットを助け出すことができるのか？

一瞬の隙を突き、ノーマン本部から脱出したキット。その混乱の中、レン、ケイス、マヤはノーマン本部に忍び込む。その頃、逃げのびたキットの前にゼイビアックスとJTCがあらわれ、彼をベントしようとする！　一方的に攻撃されるキットのもとへ3人は間に合うのか？

キット、レン、ケイス、マヤ、トレント、レイシーはひとつの大きな事件を乗り越え、共に戦う仲間となった。そしてベントされてしまったクリスのことなど、これまでの戦いに思いを馳せる……。だが、ゼイビアックスも黙ってはいなかった。JTCに新たな力を授けようとしていたのだ。

レンからデッキを奪ったJTCは3匹のモンスターを操り、ラスとなったゼイビアックスは圧倒的な力で、キットとレンをベント寸前まで追い詰めていく。ふたりのピンチにケイスが立ちはだかるが……。悲しい結末がレンを衝撃で包み、彼はゼイビアックスへの復讐に燃える！

ケイスから受け取ったサバイブのカードでサバイブモードの力を得たキットとレン。レンが新たな力でストライクを倒すも、ラスに捨て身の攻撃を仕掛けたキットはベントされてしまう！　信頼を寄せる仲間を失い、残ったライダーはレンひとり……しかし絶望の中に、かすかな希望が！

テレポート装置が完成し、ゼイビアックスの侵略計画は次の段階へ。さらにかつての裏切り者、ベンタラのドラゴンナイトであるアダムを仲間に引き入れていた。その頃、レンは秘密組織ノーマンの手引きで、アドベントマスター＝ユーブロンと再会。マヤもライダーへの変身能力を得て、反撃の準備を整えていた。

アダムと再会したレン。だが簡単にはアダムを信じることができなかった。一方、ユーブロンはかつてベントされたベンタラのライダー、チャンス、プライス、ハントを復活させ、全世界規模で展開するゼイビアックスの企みに備える。だがゼイビアックスはアダムを潜入させ、彼らを混乱させようとしていた。

レン、チャンス、プライスの前に突如あらわれたオニキス！　その正体はユーブロンの手によって復活したキットだった。そんな喜びの中、ひとりで戦うマヤのピンチに駆けつけるアダム。マヤは彼を信じるがキットはレンと同様、彼を信じられず……。ふたりの龍の戦士がぶつかり合うことに！

ユーブロンに許され、レンたちのもとへ戻ってきたアダム。全てはゼイビアックスの狙い通りに動いていた。しかしキットはアダムを信じることができず、疑惑を捨てられないでいた。そんなとき、敵の待ち伏せを受け、ハントが怪我を負ってしまう。

キットとアダム。ふたりはお互いに心を開きかけていた。そんなキットの言葉に自らの行為を顧みて悩むアダム。彼の裏切りを懸念したゼイビアックスはユーブロンに化け、一計を案じる。次々と転送機を撃破し、喜びの中にいたキットやレンたちだったが、そんな中アダムだけが……。

アダムとレンが出撃するもマヤはアダムの中に邪悪なものを感じていた…･･･。その予感は的中し、レンはアダムの不意打ちをくらう！　激突するアダムとレン。サラを守るため、ただそれだけのために戦うアダムを前に、レンは覚悟を決める。アダムは最後の一撃を振るうのか？

ゼイビアックスの転送機が復活し、ついにその発動が間近になった。ユーブロンはキットやレン、そしてアダムたちに命じて、最後の作戦を決行する。ライダーたちの前に立ちはだかる無敵のモンスター。彼らはこのピンチをくぐり抜け、ゼイビアックスの居城に辿り着くことができるのか？

マヤとトレントの活躍で、ゼイビアックスの居城への侵入に成功したライダーたち。ユーブロンも前線に立って戦うが、ゼイビアックスの力は彼らを圧倒していた。転送機を破壊し、侵略者を倒すことができる最後の切り札は“リンクベント”、そして13人の仮面ライダー!!

ゼイビアックスとの戦いを終え、普通の生活に戻ったマヤは自らの体験とライダーたちの活躍を本にまとめていた。ベンタラと地球に平和をもたらした仮面ライダーたちは次なる戦いの舞台へ。そしてキットは再び、ドラゴンナイトとして戦い続ける決意を新たにするのであった！