関西財界の大物・深谷成章（山田明郷）が、京都市内の自宅で毒殺された。発見時、邸宅にいたのは、成章の妻・美幸（福井裕子）、百貨店の社長を務める長男・尚一（草野イニ）、フィットネスクラブを経営する長女・佳菜子（山田キヌヲ）、画廊を営む次男・俊介（永野宗典）、それに、メイドの奥田彩月（中山忍）と美川依子（吉川依吹）。深谷家では以前から家族が相続をめぐって対立しており、中でも時価3億円といわれる、夭折の画家・中森司郎が遺した名画『黄昏』は、3兄妹それぞれが手に入れたがっている成章秘蔵の品だった。 “特別捜査対策室”メンバーとともに臨場した糸村聡（上川隆也）は、現場から1本のスプーンを見つける。殺された成章は自身も油絵をたしなんでいたようだったが、そのスプーンは画材を入れる木箱の中に大切そうに保管されていたのだ。いったい、なぜスプーンが画材の中に…!?　疑問を抱いた糸村は、捜査を開始。科捜研研究員・村木繁（甲本雅裕）の鑑定により、そのスプーンには微量の絵の具とペインティングオイルが付着していたことがわかる。殺された成章は、スプーンで絵を描いていたのだろうか…。 そんな折、毒物が混入された紅茶ポットから、意外な人物の指紋が発見され、捜査は急展開！　しかも、古美術鑑定の重鎮・園田蓮（柄本明）の存在が、事件の背後に見え隠れしてくる。園田は過去の事件で、佐倉路花（戸田恵子）が黒幕とにらんだ狡猾な男だったが…!?

居酒屋チェーンを全国展開する外食産業の社員・姫野美那子（加藤貴子）が、自社のキッチン工房で頭から血を流して死んでいるのが見つかった。臨場した糸村聡（上川隆也）は、被害者のバッグの中に古びたパペット人形があるのを発見。美那子は独身で子どももいないため、なぜパペットを持ち歩いていたのだろうか…。さっそくパペット人形を糸口に独自の捜査をはじめた糸村のマイペースぶりに、特別捜査対策室に異動してきたばかりの若手刑事・沖田悟（戸塚純貴）はただただ驚く。 そんな中、美那子は事件当日、“幻の銘酒”を作る老舗酒蔵の若き女性社長・野澤ひかり（阿部純子）と会っていたことがわかる。最近人気の宅配メニューの開発責任者だった美那子は、酒蔵に業務提携を持ちかけていたが、亡き父たちが築き上げた伝統の味を守りたいひかりはきっぱり断ったと話す。だが、美那子は上司に「まだ交渉の切り札がある」と打ち明けていた事実が判明。美那子が秘めていた“切り札”とはいったい…!?　やがてパペットから浮かび上がった切なくも衝撃の真実とは…!?

雑木林の土中から、女性の射殺体が発見された。臨場した特別捜査対策室のリーダー・佐倉路花（戸田恵子）は、遺体の顔を見て驚く。殺され、埋められていたのは、路花の亡き友人・前園慶介（東根作寿英）の妹で、元警察官の由紀（黒川智花）だったのだ。 一方、糸村聡（上川隆也）は、遺体のポケットの中からハンカチに包まれた、厚手の紙を発見する。少々いびつな形をしたそれは一見、和紙のようだったが、科捜研の研究員・村木繁（甲本雅裕）の鑑定によるとパルプを原料としており、和紙とは違うという。 由紀はかつて所轄署の地域課に勤務していたが、10年前、慶介の死とともに警察を辞め、数年前からカメラマン・高峰英作（湯江タケユキ）の事務所で働いていたらしい。やがて、由紀の命を奪った銃が先週、大阪で起きた暴力団員の銃撃事件で使われたものと判明！　それを知った路花は単独でどこかに出かけていくが――!? 慶介・由紀の兄妹、路花の間に過去、何があったのか…!?　そしてなぜ由紀は殺されたのか…!?　一片の紙を手がかりに、糸村が思いもよらぬ真実を浮かび上がらせていく…。

バーのママ・中松里香子（朝海ひかる）が、店内で殺されているのが見つかった。前日の閉店後に何者かに刺されたようだったが、臨場した糸村聡（上川隆也）は被害者が古びた銀のマドラーを握りしめていることに気づく。先端が小さなスプーン状で、その反対側は鉛筆の芯のように尖っている、少々変わった形のマドラーだった。 まもなく里香子の本名は“川端葉子”で、彼女は22年前、福岡市内で料亭の板前が殺された事件の容疑者として指名手配されていたことが判明。バーのオーナーである梶木邦昭（小林勝也）は6年前に彼女を雇い入れた際、身元は確認しなかったと話すが、彼女の所在に気づいた22年前の事件関係者による復讐なのだろうか…。また、科捜研研究員・村木繁（甲本雅裕）の鑑定の結果、凶器の包丁から被害者以外の血液がわずかに検出され、犯行の際、犯人は自らの手を傷つけた可能性が高いこともわかった。 そんな中、バーのカウンターにネイルサロンの名刺が貼ってあることに気づいた糸村と神崎莉緒(栗山千明)は、サロンの店長・小川深春(工藤遥)を訪問。深春は、里香子が来店したことはあるものの彼女のこともマドラーのこともわからないと証言する。だが、深春は手のひらをケガしている様子で…!?

雨宮宏（永井大）がランニング中、男性の撲殺死体を発見した。臨場した糸村聡（上川隆也）は、被害者のカバンから1枚の紙を見つける。そこには、雑誌を切り抜いた文字で「“京都名所マラソン”を中止しろ。中止しなければ多くの人間が死ぬことになる」と記されていた。1週間後に開催される京都名所マラソンは “京都のトランプ”と揶揄される“ホテル王”倉持俊（冨家規政）が主催する一大イベントで、実は雨宮も参加予定だった。糸村はまた、被害者のポケットから巾着袋を発見。中には直径15センチほどの輪状にした紐が入っており、興味を抱いた糸村はその輪っかがいったい何なのか、捜査をはじめる。 まもなく遺体の身元が21年前、強盗目的で女子大学生を殺害した前科のある稲葉祐介（長谷川朝晴）と判明。さらに先月、マラソン事務局に同様の脅迫状が届き、直後、コースの一角で爆破騒ぎが起きていたことがわかる。稲葉こそ爆破事件を起こした犯人なのだろうか!? そんな中、是が非でもマラソンを開催したい倉持が自ら特対に現れ、事件を公にするなと牽制する。そんな脅しに屈せず、倉持と稲葉の関係を調べはじめた特対メンバーは、倉持の妻で元人気アナウンサーの碧（霧島れいか）の現在の様子を知って衝撃を受けて…!?

ジャズサックス界のトッププレイヤー・新庄リュウ（葛山信吾）がステージで演奏中、突如、苦悶し絶命する事件が起きた。死因は毒物による中毒死と判明するが、どこに毒が仕込まれていたのかすぐには特定できず、鑑定の結果待ちの状況だった。そんな中、糸村聡（上川隆也）は遺体のポケットから、小さなケースに入った人差し指大の薄い板を4枚見つける。それはサックスを吹くときにマウスピースにつける”リード”のようだったが、『2/10』『2/11』『2/15』『5/3』という謎の数字がそれぞれ記入されていた。 新庄の付き人で、自身もサックスを吹くという満島拓斗（小野塚勇人）に聞いたところ、その数字はリードを使いはじめた日付だとわかる。リードは消耗品で寿命が限られているため、新庄は期限の目安にと、常に使用開始日を書き込んでいたらしい。となると、最近――つまり2月に使いはじめた3枚のほかに、5月に下ろしたリードが混じっていることになる。なぜ新庄は半年以上も前の古いリードを持っていたのか、糸村は疑問に思う。 また、拓斗によると、新庄は次のニューヨーク公演でバンドメンバーをひとり入れ替えると宣言していたという。外されるメンバーが、憎しみから犯行に及んだのだろうか…。バンド内の人間関係を調べたところ、ピアノ奏者の棚橋詠美（小橋めぐみ）が新庄と恋人関係にあったと判明。さらに、拓斗がプロデビューのチャンスを新庄に潰された事実も浮上し…!?

一月前に閉店した飲食店で、暴力団幹部・金子仁（本宮泰風）の刺殺体が見つかった。元店長の久保田英二（増田修一朗）が備品整理のため店を訪れたところ、遺体を発見したという。臨場した糸村聡（上川隆也）は、現場で2つに割れたクルミ大の石を発見。何の変哲もなく、しかも2つに割れた石を暴力団幹部がなぜ持ち歩いていたのか、疑問を抱く。 まもなく、金子が5年前、敵対する組織に狙われた組長をかばって左胸に被弾した過去が判明。このとき、金子が左胸に入れていた小石に弾丸が当たって一命をとりとめたため、“不死身の金子”とよばれるようになったらしい。以来、金子はその石をお守り代わりに持ち歩いていたらしく、石は事件とは無関係と思われた。 それでも石の“意味”を探ってあちこち訪ね歩いていた糸村は、偶然ひとりの青年・掛川春人（濱田龍臣）と出会う。春人は中学のときに母が他界、15歳で施設を逃げ出してからはアルバイトで食いつないできたと、糸村に天涯孤独の身の上を語る。その時既に、彼は「危険なバイト」へと手を伸ばし始めていた様で…!? その矢先、捜査は急展開！　先日、内勤に異動した岩田信之（梶原善）が特別捜査対策室に衝撃の情報を持って来るとともに、捜査線上にひとりの女性・末永節子（根岸季衣）が浮上する…。やがて、“割れた石”が、バラバラな事件のピースを奇しくもつなぎあわせていくことに――!?

撮影所内のオープンセットで若い女性の絞殺体が見つかった。臨場した糸村聡（上川隆也）は、被害者が所持していたお手玉を発見。シャンシャンと澄んだ音が鳴る、その赤いお手玉に興味をそそられる。 事件発生時、撮影所では人気アクション時代劇シリーズの最新作を撮影中で、主演女優・大峰恵（高梨臨）が遺体を発見したという。恵の母で事務所の社長・洋子（大家由祐子）は撮影中止を要請するが、恵は頑なに続行を主張。監督の水木俊彦（阪田マサノブ）にも直談判していた。 まもなく被害者の身元は、卒業を間近に控えた大阪府在住の女子大学生・西沢紗香（大幡しえり）と判明。彼女は撮影所の前を通りかかったプロデューサーに「恵の撮影を見学したい」と頼み込み、撮影所に入れてもらったことがわかる。 そんな中、糸村は遺留品のお手玉を解体し、小豆のほかに小さな爪のような金具を発見。それは足袋の留め具“コハゼ”だった。何故そんなものがお手玉の中に入っていたのか…？ その矢先、なんとシリーズ第1作でもスタッフが死亡していたという情報が浮上。やがて、紗香が暴露本を数多く刊行している出版社に就職内定をもらっていたことが判明。さらに、彼女は「撮影所に“潜入取材”に行く」ことを友人にほのめかしていたようで…!?

休日、科捜研研究員・村木繁（甲本雅裕）と登山を楽しんだ糸村聡（上川隆也）。日没が近くなったため避難小屋で一晩明かすことに決めるが、なんとたどり着いた山小屋で男の遺体を発見する。傷の状態から察するに、山から滑落し、なんとか懸命に小屋までたどり着いたものの力尽きてしまったようだ。所持品から、身元は貿易会社の社員・瀬川彰（橋本淳）と判明。糸村はまた、瀬川が所持していたリュックの奥底から、緑色のキャンドルを見つける。 そんなとき、小屋にひとりの美女が駆け込んできた。“貴子”（青山倫子）と名乗るその女性も下山しそびれてしまったと話し、携帯用のミルを使って2人においしいコーヒーを入れてくれた。その後、ランタンのオイルが切れたため、やむなく瀬川の遺品である緑のキャンドルを使用したところ、なんとも不思議な香りが漂いはじめ、それがアロマキャンドルだったことが判明。糸村は、瀬川がなぜ登山にアロマキャンドルを持ってきたのか、疑問を抱く…。 その後、瀬川の勤務先の社長・吉井寿樹（中山祐一朗）が遺体確認にやって来た。吉井によると、瀬川の父は少年鑑別所の法務官だったが15年前、コンビニ強盗犯に遭遇し刺殺されたという。瀬川は当初、父を殺した男が出所したら復讐すると決意し荒んだ生活を送っていたが、最近は立ち直り、吉井のもとで真面目に働いていたらしい。 まもなく瀬川は死の当日、恋人の並木優香（野村麻純）と登山するつもりだったが、優香がドタキャンした事実が発覚。捜査に加わった沖田悟（戸塚純貴）は、恋人が死んだのに悲しむそぶりすらない優香を疑うが…!?　そのころ、貴子のことが忘れられない村木は、彼女が営むカフェを探し当てて…!?

家出人探し専門の私立探偵・西野伸太郎（片桐仁）が、自身の事務所で刺殺されているのが見つかった。臨場した糸村聡（上川隆也）は、サイドボードにあった花瓶の中から思いもよらぬものを発見して驚愕する。糸村が見つけたのは、なんと人間の頭蓋骨の一部――。さらに驚いたのは、それが約200年前のものだという事実！　科捜研研究員・村木繁（甲本雅裕）の鑑定の結果、その頭蓋骨が江戸時代後期のものとわかったのだ。 第一発見者はテレビ局のプロデューサーで、先日、情報番組で西野を取り上げたところ、放送後、テレビ局に「西野は金だけ受け取って、家出人探しをしていない詐欺師だ」という匿名の告発メールが届いたため確認に来たという。 被害者は依頼人とのトラブルが原因で殺害されたのだろうか!?　まずは西野が死の直前まで請け負っていた5件の依頼者を当たることにした、”特対”メンバー。糸村は依頼人のひとり、考古学教授の大山国広（モロ師岡）のもとを訪ねる。 大山とその妻・容子（山下容莉枝）は、家出した娘・環奈（佐竹桃華）の捜索を西野に頼んだことを認め、先週、西野が環奈を発見し連れ戻してくれたことへの感謝を語る。だが、容子が出してくれた茶菓子が、殺害現場にあった菓子折りと同じ店のものだと気づいた神崎莉緒（栗山千明）は、夫妻に不審を抱き…。そんな中、テレビ局にメールを送った人物が発覚する。それは5人の依頼者のうちのひとりで…!?