文字フェチ頭脳派刑事・鳴海理沙（鈴木京香）をはじめ、文書捜査のプロが集まる警視庁捜査一課「特命捜査対策室」第6係。文字を糸口に数多くの未解決事件を解決してきた彼らだが、今や係長になる者すら現れず、とうとう部署の廃止が決定。文字通り、風前の灯火の状態にあった――。 そこへ突然、警察庁のキャリア組・陸奥日名子（黒島結菜）が6係を訪ねてくる。親友・水原弘美（影山優佳）が謎の転落死を遂げた《３年前の未解決事件》を、独自に追い続けているという日名子。彼女はつい先日、事件との関連が疑われる不審者が持っていたものと同じ型で、奇しくも３年前にフリマアプリに出品された中古カメラを偶然入手。中を調べたところ、「目を塞グ」「口を塞イで しン臓を 止めル」など、不気味な文言が並ぶ２通の脅迫文を撮影したフィルムを発見したという。 その矢先のことだ。この脅迫文と酷似した手口の猟奇殺人事件が、２件連続で発生する！ 理沙、夏目征也（宮世琉弥）、草加慎司（遠藤憲一）ら6係の面々は、日名子とともに捜査に参加。１件目の被害者が残した謎深きダイイングメッセージを手がかりに、事件の真相に迫ろうとするが、捜査は難航を極め…。

親友・水原弘美（影山優佳）が亡くなった《３年前の未解決事件》を独自に追う中、事件との関連が疑われる中古カメラを入手した警察庁のキャリア組・陸奥日名子（黒島結菜）。その矢先、中のフィルムに写っていた《不気味な脅迫文》と酷似した手口の連続猟奇殺人事件が発生！ 日名子とともに捜査に乗り出した文字フェチ頭脳派刑事・鳴海理沙（鈴木京香）ら「特命捜査対策室」第6係（文書解読係）は、ある女性起業家が連続殺人事件の被害者たちからセクハラを受け、３年前に自死していたことを突き止めたのだが…。 そんな中、女性起業家の恋人で、連続殺人の被疑者として急浮上した長澤靖史が、事件を捜査する日名子を襲撃…！ だが間一髪、かつて6係に所属していた刑事・矢代朋（波瑠）のおかげで、日名子は命の危機を回避。一方、確保された長澤は犯行を否認する。そんな中、理沙は「一言一句間違えずに、私の言葉を“犯人”に伝えて」と、日名子に指示し…！ 今回の連続猟奇殺人事件と、３年前の未解決事件。一見、無関係に見えた両事件を結ぶ謎の脅迫文…そして、《真犯人》の正体とはいったい？ 鍵となるのは、今回の事件の被害者が残した血文字のダイイングメッセージ「二累」。一筋縄ではいかない謎に包まれ、３年もの間覆い隠されてきた《驚愕の真相》が、《文字》を糸口についに暴かれる！

都内の大学で、《警察宛ての怪文書》と《人型に膨らんだシュラフの写真》が見つかった！ 「カワイイアキチャンは モウジキ ツチニカエル ハヤクタスケテ」などと記された怪文書の内容が、《アキチャン》という人物を略取または誘拐したことをほのめかす声明文とも読み取れたため、警視庁は極秘で捜査本部を設置。早期解決を目指し、鳴海理沙（鈴木京香）ら「特命捜査対策室」第6係（文書解読係）はすぐさま、管理官・岩下敦子（りょう）が新設した情報分析班と同時進行で、解読に着手する。だが、「モアイのハナヅラ」「ジュウジのキズ」など、犯人が文中に散りばめたヒントはどれも意味不明…！ そんな中、情報分析班はシュラフの写真におぼろげに写る《13桁の数字》を発見するが、依然として犯人とアキチャンの特定は難航。捜査本部は焦りを募らせる。 その矢先、今度は都内の保育園で、《謎の数字》を羅列した《第２の怪文書》が見つかる。やがて…6係は試行錯誤の末、解読に成功。暗号が示唆する場所へ急行した6係の新係長・陸奥日名子（黒島結菜）らは、最初の怪文書とともに見つかった写真の人型に膨らんだシュラフを発見！そこには、あろうことか《男性の遺体》と《新たな怪文書》が…！ ４つの丸印に加え、「天文　生物　設備　回路」という謎の単語が並ぶ、新たな怪文書の解読に頭を悩ませる理沙。そんな中、一体どういうわけか!? 理沙は被害者の本棚を確認するよう、日名子に依頼。時を同じくして――遺体のそばにあった《琥珀のペンダント》が、８年前から行方不明になっていた大学生・武田千秋（佐々木美玲）のものと酷似していることも判明。6係の面々は千秋の恋人・元村隆義（伊野尾慧）や、祖父・武田満男（ベンガル）への聞き込みを開始するのだが…。

元号が令和に変わって間もない2019年秋――社用車で移動していたアパレル企業のカリスマ社長・西園綾音（市川由衣）と運転手が殺害され、車内にあった現金３億円が奪われる事件が発生した！ 犯人が白バイ警官になりすまして停車させるなど、《昭和43年に起きた三億円事件》との類似点も多かったため、同事件は《令和の三億円事件》と呼ばれ、世を騒がせることに。だが、犯人の正体も３億円の行方もつかめぬまま月日は流れ、空前の大捜査はついに打ち切られてしまった…。 あれから７年、同事件との関連が疑われる事件が発生する。街中で大柄の男に刺された元モデル事務所社長・橋詰旺司（竹財輝之助）が「あの消えた３億円は、僕のものになるはずだった」と言い残し、息絶えたのだ！ 鳴海理沙（鈴木京香）ら「特命捜査対策室」第6係（文書解読係）は、橋詰が所持していたタロットカード「聖杯（カップ）の８」を糸口に、真実につながる道を模索するのだが…。 その矢先のことだ。6係の係長・陸奥日名子（黒島結菜）は、かつて橋詰の事務所に所属していた元モデル・深谷栄斗（戸塚純貴）から新情報を得るが、それによって捜査は混迷を極め…！ 次々と明るみに出る情報、そのたびに一進一退する捜査状況。そんな中、またしても新たな事件が発生！ その奥に潜んでいたのは、複雑に入り組んだ全事件の真相だった――。

完全施錠された自宅で、資産家・北柳愁一（脇知弘）が殺されてから15年――。事件は迷宮入りしていたが、遺族の要望で再捜査が進められていた。事件当時、海外にいた妻・北柳沙織（櫻井淳子）を除き、鍵を持っていたのは家事代行の松原美幸（馬渕英里何）のみ。捜査を担当した伝説の刑事・熊田礼二（西岡德馬）も、犯人は美幸だと確信していたのだが、捜査は思いのほか難航。決定的な証拠は得られず、無念のまま定年を迎えていた。 そんな中、新たな殺人事件が発生する。自宅でオンライン読書会に参加していた鳥羽泰樹（髙﨑俊吾）が、席を外した隙に何者かによって殺されたのだ！しかも、現場に残されたメモには謎の文字が並んでいた上に、そのうちの１つには丸印がついており…。 主催者である大竹東生（ふかわりょう）をはじめ、雨村安希（井桁弘恵）、村木鞠子（ふせえり）ら、読書会メンバーへの事情聴取を開始する強行班。その矢先のことだ。つい先ほど美幸から脅迫メールを受け取ったという沙織が、怯えた様子で警視庁にやって来る。対応した「特命捜査対策室」第6係（文書解読係）の係長・陸奥日名子（黒島結菜）らに、15年前に夫を殺したのは読書会中に殺された鳥羽だと打ち明ける。だが、メールの送り主であるはずの美幸は、１年前すでに他界していて…!? 一方、読書会の文字起こしデータを精査した6係の刑事・鳴海理沙（鈴木京香）は、ある発言に違和感を覚え、驚くべき《真犯人の正体》を推理。だが、その人物には《完璧すぎるアリバイ》があった――。

大臣政務官・周藤光太郎（須田邦裕）の娘・周藤菫（永尾柚乃）が誘拐された！ 身代金１億円を要求する脅迫電話に応対した妻・萌々子（東風万智子）の通報を受け、警視庁は秘密裏に捜査を開始。萌々子が身代金の支払いを拒否したことを知り、その言動に違和感を覚える一同。 そんな中、新情報をつかんだ警視庁は、《ある未解決事件》にも再び着目する。なんと菫は、５年前に何者かによって殺された光太郎の運転手の実娘。なぜか実父の死後、周藤夫婦の養子になっていたことが判明したのだ！ その矢先、事態は急変する。小学生とは思えぬ頭脳明晰ぶりを誇る菫が何を思ったか――人知れず、誘拐犯・四屋大介（上川周作）に《ある“完全犯罪”》を持ちかけて…!? そんな裏事情などつゆ知らず…捜査にまい進するも、誘拐犯の正体や菫の居場所はおろか、５年前の未解決事件の真相もつかめないまま身代金受け渡しの期限が迫り…！そんな中、鳴海理沙（鈴木京香）、陸奥日名子（黒島結菜）ら「特命捜査対策室」第6係（文書解読係）は、菫の実父が殺害された際に所持していた手紙を精査するのだが…。 やがて、誰一人として想像すらしていなかった！ 長年にわたって闇に埋もれていた、切ない真実が浮き彫りになる――。