一円（橋本環奈）は、警察庁長官官房長・榊山慎一郎（福井晶一）の肝いりで、本庁から特別会計係として万町署警務課に派遣された警察官。懸念される警察の財政破綻を回避すべく、所轄署の経費削減の特命を背負い、刑事たちの捜査費を監督する任務を与えられる。万町署で経費削減の対象となったのは、かねてから捜査費の使い方を問題視されていた刑事課。円の着任とともに捜査費20％カットを命じられるが、強行犯係係長の湯川哲郎（沢村一樹）はこれに猛反発。器物破損による補修費、いかがわしい情報屋との交流費、むやみに使われる車両費など、湯川は多額の出費を生み出す張本人だったが、本人はそれらすべてが捜査のための必要経費だと言い張る。 ところが円は、そんな湯川の言い分などお構いなしで、上司の須賀安吾（佐藤二朗）が用意していた刑事課の捜査雑費を今月から20％カットすると明言。当然、湯川は激怒し、シングルマザーの刑事・藤堂さゆり（松本まりか）らほかの刑事たちも大ブーイング。そして、「現場を知りもしないくせに」と怒りの矛先が円に向かった直後、管内で変死体が発見されたとの通報が入る。 遺体で発見されたのは、近隣の大学で講師を務める男性。早速、湯川たちは捜査を始めるが、そこにはなぜか円の姿も。実は、刑事に憧れて警察官を志したものの、ある理由から刑事課への配属がかなわなかった円は、ひそかに捜査に興味があり、「現場のお金の使い方を勉強する」という名目で湯川についてきたのだ。そして後日、偶然居合わせた捜査会議で、円は被害者の財布の中身にある違和感を覚えて…。

経費削減20％達成のため、円（橋本環奈）は刑事課の残業を月10時間減らすことで、4％の経費削減をもくろむ。しかし実際は、湯川（沢村一樹）たちも好きで残業をしているわけではなく、事件が起きるから残業を余儀なくされているだけ。珍しく事件が起きず、湯川班のメンバーが定時で帰ろうとする中、運が悪すぎるゆえに“疫病神”と呼ばれる円が電話を受けると、ショッピングモールに爆弾を仕掛けたという何者からかの犯行予告に湯川班たちの残業が確定する。 ところが、現場に駆けつけた湯川たちが店内を捜索しても不審なものは何も見つからず、さらに爆破予告時間を過ぎても何も起きる気配はない。現場にやって来た円は、余計な残業時間が増えるので早く撤収するよう呼びかけるが、湯川の嫌な予感は拭えず、やがてやじ馬の中に怪しい男を発見する。 男は、5年前に管内で不審な爆破騒ぎが起きた際、爆弾を製造した罪で湯川に逮捕された沼田だった。再犯を疑う湯川は、張り込み部屋を借りて沼田を徹底マークし始めるが、そのせいで湯川班の残業時間と経費は膨れ上がり、円の焦りはピークに。 さらに、湯川の勝手な行動にさんざん振り回され、うんざりしているはずの中西（徳重聡）や大竹（JP）が、上司とはいえ、なぜ湯川のやり方についていくのか理解できない円。 そんななか、湯川を追ってクレープ店へやって来た円は、湯川が小銭を落とした姿を見て、あることに気づき…。

ある日、毎年行われる一日警察署長イベントに刑事課が駆り出されると知った円（橋本環奈）は、彼らの残業時間と経費が増えることを理由にイベントの中止を訴える。ところが、湯川（沢村一樹）はイベントの中止に大反対。どうやら年に一度の恒例行事を誰よりも楽しみにしているらしく、中止にするなら仕事を放棄してストライキするとまで言い出す。そこで円は、例年どおりイベントを開催する代わりに経費削減に協力するよう持ちかけ、利害が一致した2人は手を組むことに。 一方、さゆり（松本まりか）や中西（徳重聡）ら刑事課のメンバーは、副署長の中塚（鶴見辰吾）が、爆弾犯との交渉に差し出した500万円の出どころが気になっていた。中塚が“脅迫者X”に脅されているのではないかとにらんだ一同は、ある大胆な方法で中塚の身辺を探ることを思いつく。そんななか、地下アイドル・マリリンのライブ会場で、男が売上金30万円を強奪する事件が発生。防犯カメラの映像から、被疑者として糸間という男が浮上するが、糸間はすでに滞在先のホテルをチェックアウト。そのうえ自宅ははるか遠くの沖縄だと分かり…。 同じ頃、湯川との約束を守るため、イベント開催に向けて動き出した円は、一日警察署長に大人気の若手俳優・氷河涼をキャスティングすることに成功。ところが、本番3日前に想定外の事態が起き、イベントは中止の危機に追い込まれてしまう——！

湯川（沢村一樹）が万町署内に設置されていた隠しカメラの存在に気づいた。湯川は、署をあげて経費削減を推し進めているにも関わらず、署内の監視カメラの数が増えていることに違和感を覚え、それに円（橋本環奈）が関与していると考えていた。追い詰められ観念した円は、その理由を湯川班のメンバーに打ち明ける。 そんななか、管内で募金強盗事件が発生。唯一の手がかりは被疑者の足跡に付着していた植物片だったが、微量なため科捜研での分析が難しく、専門家による同定調査が必要に。しかし、捜査に協力してくれる万町大学の宇佐美教授は、湯川のことを激しく嫌っていた——。 一方、相変わらずの運の悪さで、日々身の上に不幸な出来事が降りかかる円は、中西（徳重聡）から “満面破顔茶”という幸運を呼び込むお茶を譲ってもらう。すると、これから起きる幸せを予兆するかのように、円のまわりで思わぬ出来事が。さらに、同定調査の費用を少しでも抑えようと、須賀（佐藤二朗）と一緒に宇佐美の元を訪ねると、アンチ湯川の同士でもある宇佐美も“満面破顔茶”を飲んでいると分かり、円は親近感を覚える。 その頃刑事課では、これまで恋愛で数々の失敗を繰り返してきた中西が結婚を発表。警察の規則にのっとり、上司の湯川に交際申告書を提出するが、湯川は即座に却下して…。

万町署が統廃合される話が浮上し、円（橋本環奈）が署員たちの行く末を案じていると、身代金5億円の人質事件が発生。人質となったのはハッキングによって抜き取られた万町署の機密データ。タイムリミットは今夜0時——、現場となった万町署には捜査本部が設置され、捜査の指揮をとるため、警視庁から日下部管理官（浅利陽介）がやって来る。日下部は円と顔見知りのようだが、円は何やら警戒している様子。その姿を見た湯川（沢村一樹）たち刑事課のメンバーは、2人の関係が気になる。 すると、捜査に所轄の力を貸してほしいと、日下部が刑事課に直々にやって来る。万町署内にリストラのうわさが飛び交っていたこともあり、手柄を立てたいさゆり（松本まりか）と中西（徳重聡）は喜んで捜査に加わろうとするが、円はなぜかそれを阻止しようと必死に。日下部は、そんな円をあざ笑うかのように、湯川たちの前で円の隠された過去を明かす。そのうえ、捜査本部の運営費用がすべて所轄に計上されるのをいいことに、日下部は万町署の予算を湯水のごとく使い始める。 捜査が進展しないまま、いたずらに予算を使い、経費ばかり膨らむ状況に業を煮やした円は、本庁より先に犯人にたどり着くべく、湯川班とともに独自に捜査を進めることになるが…。

一緒に脅迫者Xを見つけ出してほしいという円（橋本環奈）の頼みに対し、意外にも興味を示したのは女手一つで息子を育てるさゆり（松本まりか）だった。臨時ボーナス狙いとはいえ、思わぬ協力者の登場に感激した円は、翌朝、出勤前にコーヒーを飲むのが日課だというさゆりをおすすめの喫茶店へ連れて行く。 ところが、店内に人の気配はなく、開いたままのレジの床には小銭が。事件性を感じた2人が店の奥へ足を踏み入れると、突然、背後から2人の男に襲われ、さゆりが応戦するも、円が隠れていたもう1人に拳銃を突きつけられてしまう。3人の男たちは未成年で、どうやらSNSの高額収入アルバイトの広告を見て集まった即席の素人強盗のよう。なかでも、拘束した相手が警察官だと知ってもまったく動じない17歳のナツメ（大友一生）は、これまでに複数回犯行を繰り返しているらしく、何やら危険な香りがする青年で…。 その頃、湯川班では出勤してこないさゆりの身を一同が案じ始めていた。警務課では円から意味深な信号を受け取った須賀（佐藤二朗）が胸騒ぎを覚え、湯川（沢村一樹）の元へ。GPSで2人が一緒にいると知った湯川班は、急いで現場へ向かう。 監禁されたさゆりは、何とかして犯人たちの情報を得ようと、3人のうちで唯一、まともに話ができそうな大学生のトーマ（今井柊斗）に、犯罪に手を染めた理由を尋ねる。すると、現代の若者が抱えるある問題が浮き彫りになるが、さゆりは励ますどころか「一度、転落した人間はずっと転がり続けるだけ」と、人生を悲観するトーマに追い打ちをかけるような言葉を浴びせる。しかしその裏には、男社会の警察でがむしゃらに上を目指す一方で、愛するひとり息子との時間を犠牲にしてきたことにわずかながら後悔の念を抱く女性刑事の苦悩が隠されていて…。

20％の経費削減が思うように進まず、円（橋本環奈）が焦りを見せ始めるなか、3カ月前に持ち主不明で見つかった1億円の落とし主を名乗る人々が万町署に押し寄せ、警務課は対応に追われる。一方、管内では商業ビルの階段から男が転落する事件が発生。湯川（沢村一樹）と中西（徳重聡）がすぐさま病院へ向かうと、被害者は1億円が入ったかばんを拾い、2日後にはその所有権を得るハラン人のノッカー・ウォール（小久保寿人）だった。大金がからんでいるとあって、事件にきな臭さを感じた湯川は、日本語はおろか英語も通じないノッカーを事情聴取するため、ハラン語が話せる通訳を呼びたいと円に頼む。しかし、国内でハラン語の通訳ができる人物はたった1人。当然、その費用は驚くほど高額で、円は頭を抱える。 するとそこへ、かつてノッカーに仕事を紹介したという奈倉幸子（筒井真理子）がやって来て、無報酬での通訳を買って出る。幸子のおかげでようやくノッカーと意思疎通が取れ始めた湯川班だったが、ノッカーは大きな秘密を抱えていて…。 一方、脅迫者Xの捜査を独自に進めていた円は、これまでの被害者が元警察官僚で政治家の小田切誠（堀川りょう）の近くにいる人物だと突き止める。そして、次のターゲットになりそうな人物をさゆり（松本まりか）たちに伝えるが、湯川はこの件に関して相変わらず非協力的で…。

万町署の金庫から、現金1億円が盗まれた。金庫の管理責任者だった須賀（佐藤二朗）は懲戒処分が濃厚となり、円（橋本環奈）は心配でたまらない。そんななか、脅迫者Xと接触する可能性がある西尾伸介参事官（隈部洋平）を尾行していたさゆり（松本まりか）たちが、あるデータを入手。そこには、不可解な映像と、元警察官僚で政治家の小田切誠（堀川りょう）が、新聞記者の芹沢詩織（石井杏奈）と電話でやりとりしている音声が入っていた。さらに詩織は、小田切に呼び出されたその晩に転落死していて…。 詩織の死を事故に見せかけた殺人事件だと疑う湯川（沢村一樹）は、データの出どころである西尾の元へ向かい、Xとの関係を追及しようとする。しかし、その様子を何者かが物陰から見ていて、しばらくすると、Xのリークで西尾が抱えていたスキャンダルが明るみに出る。Xによって辞職に追い込まれた警察官はこれで10人。その正体をつかめずいら立つ榊山官房長（福井晶一）は、万町署の未来を案ずる円に、ある提案を持ちかける。 その頃湯川は、本丸ともいえる小田切の元へ乗り込み、揺さぶりをかける。その無礼な振る舞いはすぐさま警察上層部の耳に入り、湯川は停職処分になってしまう。 問題が起きればトカゲの尻尾切りのように所轄の人間が責任を負わされ、保身のためなら罪をも見逃す。金銭や出世を見返りに、現場の警察官を駒として使う警察幹部や政治家たち——。一連の騒動で、榊山から特命を受けた自分もまた、警察幹部の駒だと思い知った円は、万町署を守るため、経費20％削減という本来の仕事を成し遂げようと、ある秘策を思いついて…。

警察のスキャンダルを追っていた新聞記者・芹沢詩織（石井杏奈）の転落事故死の真相が、脅迫者Xの正体につながるかもしれないと捜査を進めていた湯川班。そのさなか、湯川（沢村一樹）の情報屋で、転落事故について探っていた片桐（米本学仁）が何者かに殺された。死亡推定時刻に現場にいたことから、遺体の第一発見者となった湯川は容疑者となり、そのことに納得がいかない湯川班は、捜査からあっさり外される。信頼する上司が犯人扱いされたことに怒りがおさまらない中西（徳重聡）は、湯川の無実を証明しようと、上の命令に背いてでも捜査すると宣言。しかし、冷静さを欠いた行動をたしなめるさゆり（松本まりか）と険悪なムードになり、湯川班はバラバラになってしまう。 その頃、円（橋本環奈）もまた、片桐を殺害し、美和（前野えま）を悲しませた犯人に激しい怒りを覚えていた。さらに、約束通り経費20％削減を達成したにも関わらず、榊山官房長（福井晶一）から万町署が予定通り統廃合されると告げられ、ショックを受ける。自分が署員たちを巻き込み、本庁からの特命を断ったせいだと責任を感じる円は、万町署を守りたい一心で、ある人物のもとを訪ねる。 一方、殺人の容疑をかけられた湯川は、「Xの正体がわかった」と片桐が言い残して死んだことから、警察の監視下を抜け出し、Xについて独自に調べを進めていた。そのことを知った円は、同じくXが起こした1億円盗難事件を足がかりに、Xの正体を暴こうと動き出す。すると、1億円が盗み出された当日、署内で予定とは違う怪しい動きをしている人物がいて…。

片桐（米本学仁）を殺害した犯人、そして脅迫者Xとして、窃盗犯係の真壁（安藤嗣海）を逮捕した湯川班。さらに、警務課の金庫から1億円を盗み出した犯人も真壁であることが分かり、背後には警察の威信に関わる、ある重大な秘密が隠されていた——。 逮捕された真壁は自らの罪を認める一方で、片桐殺しは湯川（沢村一樹）の指示だったと話す。それにより、湯川には殺人教唆の疑いで逮捕状が出され、再び警察から追われることに。警察官としての誇りを大切にしてきた湯川が殺人を犯すなど、にわかには信じられない円（橋本環奈）は、行方が分からない湯川を見つけ出して無実を証明しようとする。しかしなぜか湯川班は乗り気ではなく、それどころか今までの湯川の言動を非難する始末。 それでも一人湯川を信じ、懸命に湯川の無実を訴える円だったが、中塚（鶴見辰吾）によると湯川には借金があり、金庫から1億円が盗まれた数日後、その借金は返済されたという。さらに、片桐の死を乗り越えようとする美和（前野えま）のもとにも、差出人不明で1千万円もの大金が送られてきたことが分かる。次々と明らかになる湯川が犯人であろうという状況証拠。無罪を証明するどころか完全に行き詰まった円は、ある場所へと向かい…。

榊山（福井晶一）ら警察上層部が、事件化していない押収品を裏金に変え、警察署をデジタル化するためのプロジェクトにつぎ込んでいたことを突き止めた円（橋本環奈）。するとそこへ、湯川（沢村一樹）の行方を追って、亡くなった芹沢詩織（石井杏奈）の関係先を調べていたさゆり（松本まりか）から、「Xの正体がわかったと思う」と1枚の写真が送られてくる。そこには、詩織と須賀（佐藤二朗）が並んで写っていた。 その頃、Xのアジトで目を覚ました湯川の前に、須賀が姿を現す。湯川は、詩織を死に追いやった警察の闇を暴くと息巻く須賀に対し、冷静に、そして何とか思いとどまらせようとするが、須賀の耳に親友の言葉は届かない。さらに、湯川の機転でアジトを突き止めた湯川班のメンバーも乗り込んでくるが、あと一歩のところで須賀に逃げられてしまう。 須賀の目的は、翌日の予算会議の場で榊山を断罪し、殺害すること。それを阻止するためには、裏金庫に隠された証拠を手に裏金問題を告発し、須賀が手を掛ける前に、榊山を官房長の座から引きずり下ろすしかない。円と湯川は須賀の凶行を阻止するべく、それぞれの立場で全力を尽くすことを誓うが…。 かつて経費をめぐり激しくぶつかり合っていた円と湯川が、大切な人と大切な万町署を救うため、思いを一つにして巨悪に立ち向かう。はたして、円は警察組織の闇を暴き、須賀の犯行を止めることができるのか！？そして、万町署と署員たちの運命は…。