「女子高生両親殺害事件」から18年。編集者の橋本涼（桐谷健太）のもとに新人作家の小椋沙奈（倉科カナ）から事件をモチーフにした企画が持ち込まれる。その事件は、女子高生の青田彩也子（工藤美桜）が恋人の大渕秀行（橋本良亮）に洗脳され、両親を殺害し切り刻んだという凄惨なものだった。大渕は死刑、彩也子は無期懲役が確定している中、橋本らは関係者の取材をするうちに彼らの心の闇に足を踏み入れていくことになる──。

大渕のかつての愛人で大金を貢いで破滅した市川聖子（斉藤由貴）から話を聞く橋本と沙奈。元ホストの大渕と清純なお嬢様であるはずの彩也子の素顔が明らかになる一方で、大渕は再審請求をすべく、大渕礼子（蓮佛美沙子）を洗脳していく。一方、小説を書き進める沙奈は次第に彩也子に対し奇妙なシンパシーを感じ始め……。そんな中、カリスマ編集者の笠原智子（渡辺真起子）のもとを訪ねた聖子が沙奈に関する衝撃の秘密を暴露する。

「小説を書く沙奈の正体は女子高生両親殺害事件の実行犯・彩也子」──衝撃の疑惑に笠原は裏どりに躍起になる。当の沙奈と橋本は、取材を断わり続けていた彩也子の幼なじみの取材にこぎ着けるが、向かう道中で沙奈が倒れてしまう。そんな中、礼子は死刑囚との獄中結婚を家族に告白し、家族と絶縁し手切れ金として1000万を手に入れる。大渕との未来を夢見て弁護士に再審請求を依頼する中、思わぬ事態が……。

再審請求の資金1000万を失った礼子。大渕のマインドコントロール下にある礼子は家族のもとに再度お金を要求しに行く。そこで弟の洋平（七五三掛龍也）らの思わぬ場面を目の当たりにし……。一方、執筆にのめり込む沙奈は過剰に心配する母・美江（宮崎美子）と彩也子の母親像が重なり、大渕が親の呪縛から解放してくれる存在だったのだと思い始める。橋本は礼子の再取材を取り付けるが、さらなる悲劇の連鎖を生むことに……。

赤い屋根の家で繰り返される惨劇。瀕死状態の沙奈は……。ニュースやSNS上でも騒ぎ立てられる中、彩也子を巡る真相が明らかになり、礼子や聖子だけでなく笠原までもが人生を狂わされていく。そしてついに、拘置所で大渕と再会した橋本は、「早すぎた自叙伝」に隠された大渕も知らない衝撃の告白をする。それぞれの黒い感情が交錯し、あぶり出されていく真実。「坂の上の赤い屋根」の小説の行方は果たして──。