待山みなと（永作博美）は、この春、新社会人となり実家から巣立つ息子・渚（中沢元紀）を見送っていた——。夫を不慮の事故で亡くして以来、「息子のために」生きてきたみなとだったが、子育て卒業という大きな一区切りを迎え、50歳にして自分の時間と向き合うことになった。しかし、いざ一人になると、心にぽっかりと穴が空いたような喪失感に襲われてしまう･･････。 そんなある日、腐れ縁の友人・磯田泉美から呼び出されたみなとは、一冊のパンフレットを差し出される。それは、わずか3か月で鮨職人になれると謳う、鮨アカデミーの入学案内だった。 “母親”としてではなく「自分のために」これからどう生きるのか悩んでいたみなとは、半ば勢いで入学を決めることに。 入学の日、そこに待ち受けていたのは、鋭い眼光で生徒を圧倒する堅物な講師・大江戸海弥（松山ケンイチ）だった。初日から「挨拶は板前として出発点に立つための出発点。それができない人は出発点に立つ資格もない」と厳しい洗礼を浴びせる大江戸だが——！？ クラスメイトも、リタイア後の趣味として習いに来たダンディで多才な紳士・立石船男（佐野史郎）、大手コンサルから鮨職人へのキャリアチェンジを図る柿木胡桃（ファーストサマーウイカ）、寡黙な青年・森蒼斗（山時聡真）という、世代も境遇もバラバラな個性の強い面々。みなとは、そんな周囲と自分の意識の違いや、熱意の差に気負いし、“第二の人生”の始め方に悩み、心身ともに疲れ、落ち込んでいく･･･。

真剣に鮨職人を目指すクラスメイトと自分を比べて挫折しかけていたところを、大江戸（松山ケンイチ）の言葉で気持ちを新たに“鮨アカデミー”へ通い続けると決めたみなと（永作博美）。 ある日、基礎練習ばかりでなかなか鮨を握らせてもらえないことに痺れを切らした胡桃（ファーストサマーウイカ）が大江戸に直談判。するとみなとたちに「アジの一品料理で自分の味を表現できれば、ネタを使った握りに進ませる」と宣言。 自分の強みを見せるチャンスだと意気込む胡桃をよそにみなとは、いまさら“自分の味”とは、“自分の強み”とは何なのかと思い悩んでしまう。そんな中、離れて暮らす息子・渚（中沢元紀）と久々に会い、何気ない会話の中に、みなとは自分だけの「料理の原点」を思い出す。 一方、学長の横田（関根勤）からも「授業の進捗が遅いことで生徒からの不満がでないように」と大江戸は詰められていた。 すると、横田の不安が的中。大江戸のクラスで事件が起こってしまうーー！？

「よこた鮨アカデミー」に激震が走る。講師の大江戸（松山ケンイチ）が、かつて店主として営んでいた鮨屋さんで弟子を殴り、閉店に追い込まれたというニュース記事を胡桃（ファーストサマーウイカ）が見つけてきたのだ。記事の内容を認める大江戸に対し、学長の横田（関根勤）は「しばらく休みを取るように」と出勤停止を言い渡す。 講師不在という異例の事態に困惑するみなと（永作博美）たち。一方、胡桃は大江戸を厳しく追及したものの、クラスメイトの森（山時聡真）から「和を乱している」と責められ、孤立を深めていく。自分の考えに縛られ、完璧主義ゆえに自分を追い込んできた胡桃は次第に体と心の異変を感じる･･････。 クラスがバラバラになっている状況に、みなとは何か働きかけることができないか考えていた。また、大江戸は自らの原点である師匠・土方（金田明夫）のもとを訪ねており･･･。

ゴールデンウィークを前に、浮き足立つ世間。しかしみなと（永作博美）の手帳には、亡き夫・航（後藤淳平）の命日が記されていた。みなとはこの時期になると、ある後悔のことを思い出してしまう･･････。 よこた鮨アカデミーでは、大江戸のクラスにフランス人留学生・セザール（Jua）が転入してきて賑やかになる。この週の授業テーマは「貝」。魚をさばくのとは異なり、身を傷つけずにホタテの殻を剥く作業に苦戦しながら、みなとは「中身を出すこと」の難しさを痛感する。 セザールの歓迎会では、自分の夢や生き方を臆することなく語るセザールの姿に触発され、立石（佐野史郎）や胡桃（ファーストサマーウイカ）もパーソナルな話を始める中、みなとはその空気に上手く入れずにいた。 一方、大江戸（松山ケンイチ）の周りでは、また新たな怪しい動きが･･････。大江戸は澪（土居志央梨）と名乗る女性から「強硬手段に出る」と電話で迫られており、なぜかパグを預かることになってしまい——。

鮨アカデミーでの授業も折り返し地点に差し掛かり、みなと（永作博美）たちは大江戸（松山ケンイチ）と一対一で卒業後の進路を考える「進路面談」に臨むことに。卒業後のことを全く考えていなかったみなとが途方に暮れる中、クラスメイトでまっすぐに鮨職人を目指していたはずの森蒼斗（山時聡真）もまた、何やら浮かない様子。進路アンケートも白紙で提出し、「どうしたらいいのか分からなくなった･･･」と話す森を前に、大江戸も困惑してしまう。そんな矢先、森の母・温子（佐藤江梨子）が激怒しながら鮨アカデミーに乗り込んでくる。どうやら森は家族にも内緒で大学を辞めており、祖父・克己（でんでん）の傾きかけた鮨屋さんを継ぐべく鮨アカデミーに入学していたことが発覚。 一方、荒ぶる温子にみなとは同じ母親として寄り添い、話を聞いているうちに“姐さん”として慕われ、その末に思いがけぬ展開に巻き込まれていく･･･。

みなと（永作博美）と大江戸（松山ケンイチ）が二人で森（山時聡真）の実家を訪れたことを機に、セザール（Jua）たちから“二人はいい感じ”と冷やかされ、大江戸のことを少しだけ意識してしまうみなと。 そんな中、大江戸クラスの授業は後半戦に突入。イカの握りに悪戦苦闘するみなとに突然、新幹線の運転士研修中だった渚（中沢元紀）が体調を崩し病院に運ばれたと連絡が入る。 しばらく実家で療養することになるも、甲斐甲斐しく世話を焼こうとするみなとを拒絶し、塞ぎ込む渚。さらに渚はみなとに、ある衝撃的な言葉を投げかけて…。

みなと（永作博美）は、息子である渚（中沢元紀）が抱える思いの核心に触れられないまま、渚にある場所に一緒に行かないかと誘われる。そこは昔よく家族で訪れていた特別な場所であった——。 一方、大江戸（松山ケンイチ）のもとに再び元妻・澪（土居志央梨）が現れる。澪は引っ越しの準備を理由にパグのホタテをまたもや強引に大江戸に預けるが、その日は大江戸に大事な用事があった。困り果てた大江戸から相談を受けたみなとは、ホタテを数時間預かることを快諾する。その預けたホタテのお迎えをきっかけに、大江戸は初めて待山家へ足を踏み入れることになる…。 そんな中、今回の鮨アカデミーの授業では「ブリ」を扱うことに。成長とともに名を変える出世魚・ブリを通し、自分たちのアップデートを意識する生徒たち。前向きな雰囲気で授業を終え、出てきたみなとが遭遇したのは大江戸のことを待つ澪で……。

大江戸（松山ケンイチ）から「今度一緒に、水族館へ行きませんか」と誘われ、思わずOKしてしまったみなと（永作博美）。そのことを聞いた泉美（有働由美子）は自分の恋愛ものさしで二人のロマンスを煽るが、みなとは煮え切らない様子。おまけに、休日も家のこと以外は何もしていないと話すみなとに泉美は、まずは「遊ぶためのリハビリ」が必要だと諭す。 鮨アカデミーの授業も大詰め！ “エビ”の握りに挑戦する一同。そんな中、立石（佐野史郎）は、鮨アカデミー主催のボウリング大会出場に情熱を燃やしていた。 はじめはレクリエーションの参加に乗り気でなかったみなとも、バイタリティー溢れる立石に感化され、遊びのリハビリと向き合っていく。そして…ここまでヴェールに包まれていた立石の正体を知ることに…。

鮨アカデミーの授業はついに最終段階に突入。 集大成として、実際にお客様を相手に鮨を振る舞う“カウンター試験”の日が近づいていた。試験に向け、みなと（永作博美）たちは客役と握る役に分かれ実習に励む。試験の日を前に、大江戸（松山ケンイチ）から鮨を握る技術はもちろんだが、「人に真正面から向き合う仕事でもある」と教えられた胡桃（ファーストサマーウイカ）は、「先生にとって印象に残っているお客さんはいましたか？」と尋ねる。大江戸は“ある人物”のことを思い浮かべるが多くは語らなかった——。 そしていよいよ迎えたカウンター試験当日。円陣を組み、士気をたかめる大江戸クラス。それぞれの想いで鮨を握っている中、ある人物が鮨アカデミーを訪ねてきて…。

鮨アカデミーで講師としてのやりがいを見つけた反面、再び自分の手でお客さんに鮨を握りたい、店を持ちたいという素直な思いをみなと（永作博美）に吐露した大江戸（松山ケンイチ）。みなともまた、スーパーの新店舗で店長を務めるべきか否か、これからの人生について思案していた。 一方、鮨アカデミーはいよいよ最終日。卒業課題は“渾身の一貫”。各々がここでの日々を振り返りながら、これから進む未来を見つめて思い思いの一貫を握ることに。 そして迎える卒業式。果たして皆無事に卒業できるのか。 みなとと大江戸の選択は“前向き”な未来に向かうのか——。