待山みなと（永作博美）は、この春、新社会人となり実家から巣立つ息子・渚（中沢元紀）を見送っていた——。夫を不慮の事故で亡くして以来、「息子のために」生きてきたみなとだったが、子育て卒業という大きな一区切りを迎え、50歳にして自分の時間と向き合うことになった。しかし、いざ一人になると、心にぽっかりと穴が空いたような喪失感に襲われてしまう･･････。 そんなある日、腐れ縁の友人・磯田泉美から呼び出されたみなとは、一冊のパンフレットを差し出される。それは、わずか3か月で鮨職人になれると謳う、鮨アカデミーの入学案内だった。 “母親”としてではなく「自分のために」これからどう生きるのか悩んでいたみなとは、半ば勢いで入学を決めることに。 入学の日、そこに待ち受けていたのは、鋭い眼光で生徒を圧倒する堅物な講師・大江戸海弥（松山ケンイチ）だった。初日から「挨拶は板前として出発点に立つための出発点。それができない人は出発点に立つ資格もない」と厳しい洗礼を浴びせる大江戸だが——！？ クラスメイトも、リタイア後の趣味として習いに来たダンディで多才な紳士・立石船男（佐野史郎）、大手コンサルから鮨職人へのキャリアチェンジを図る柿木胡桃（ファーストサマーウイカ）、寡黙な青年・森蒼斗（山時聡真）という、世代も境遇もバラバラな個性の強い面々。みなとは、そんな周囲と自分の意識の違いや、熱意の差に気負いし、“第二の人生”の始め方に悩み、心身ともに疲れ、落ち込んでいく･･･。

真剣に鮨職人を目指すクラスメイトと自分を比べて挫折しかけていたところを、大江戸（松山ケンイチ）の言葉で気持ちを新たに“鮨アカデミー”へ通い続けると決めたみなと（永作博美）。 ある日、基礎練習ばかりでなかなか鮨を握らせてもらえないことに痺れを切らした胡桃（ファーストサマーウイカ）が大江戸に直談判。するとみなとたちに「アジの一品料理で自分の味を表現できれば、ネタを使った握りに進ませる」と宣言。 自分の強みを見せるチャンスだと意気込む胡桃をよそにみなとは、いまさら“自分の味”とは、“自分の強み”とは何なのかと思い悩んでしまう。そんな中、離れて暮らす息子・渚（中沢元紀）と久々に会い、何気ない会話の中に、みなとは自分だけの「料理の原点」を思い出す。 一方、学長の横田（関根勤）からも「授業の進捗が遅いことで生徒からの不満がでないように」と大江戸は詰められていた。 すると、横田の不安が的中。大江戸のクラスで事件が起こってしまうーー！？

「よこた鮨アカデミー」に激震が走る。講師の大江戸（松山ケンイチ）が、かつて店主として営んでいた鮨屋さんで弟子を殴り、閉店に追い込まれたというニュース記事を胡桃（ファーストサマーウイカ）が見つけてきたのだ。記事の内容を認める大江戸に対し、学長の横田（関根勤）は「しばらく休みを取るように」と出勤停止を言い渡す。 講師不在という異例の事態に困惑するみなと（永作博美）たち。一方、胡桃は大江戸を厳しく追及したものの、クラスメイトの森（山時聡真）から「和を乱している」と責められ、孤立を深めていく。自分の考えに縛られ、完璧主義ゆえに自分を追い込んできた胡桃は次第に体と心の異変を感じる･･････。 クラスがバラバラになっている状況に、みなとは何か働きかけることができないか考えていた。また、大江戸は自らの原点である師匠・土方（金田明夫）のもとを訪ねており･･･。