政府要人の殺人容疑で追われる立場になったリズとレッド。非常線を張られた街中で潜伏、変装、かく乱など、あらゆる手を尽くして強固な包囲網からの脱出を試みる2人に、レスラーらによる執拗な追跡の手が迫る……。

ロシア大使館に逃げ込んだリズは、ロシアのスパイを束ねるラスコヴィチに、ロシアと自分にテロの罪がかけられようとしていることを説明する。ラスコヴィチはリズの話を信じなかったが、ロシアの暗殺者「カラクルト」の話でやっと信用する。ラスコヴィチが上司に話すと、詳しい話を聞くためにリズをモスクワに移送しろと言われ……。

巨大農業系企業ヴァーディアント産業に、彼らに仕事を奪われゲリラ化した農家たちの「ロス･セガドレス」が攻撃をしかけてくる。ヴァーディアント社の幹部は「結社」の一員だったため、スペインに向かっていたレッドは、アメリカに戻り事態を沈静化させる。しかし、レッドにはある思惑があった……。

レッドはレナード･コールにソロモンとデンベの行方を捜させる。さらにアラムの自宅へ侵入して待ち伏せ、「ジン」という犯罪者捜しを手伝わせた上、レスラーたちにも報告するよう伝える。ジンとは、人のどす黒い欲望を実現させる手伝いをする者で、ブラックリスト級の犯罪者だった。

正義の鉄槌を下す殺し屋「ウェンディゴ」にリズの命が狙われていることがわかる。レッドはレスラーやアラムに協力させ、ウェンディゴを発見するが、裏サイトでリズに賞金が賭けられ、ウェンディゴのみならず大勢がリズの命を狙っていることが判明する。

レッドは局長のアドバイザーで計量経済学者のハルミを捜していたが、そのハルミが頭脳明晰な学者ばかりを狙う犯人に誘拐されたため、その誘拐犯を捜すことに。レッドはレスラーたちにも「局長に知らせずにハルミを捜せ」と指示、レスラーは学者誘拐事件を捜査することを局長に告げるが、中にハミルがいることは隠していた。

レッドはリズの無実を証明するために何者かとの面会をとある男に申し入れるが、彼は「ザル・ビン・ハッサンを引き渡せば約束を取りつける」という条件を出す。ハッサンらはイスラエルに技術提供していたシステム会社の6名を誘拐、人質の1人を射殺する映像をFBIやテレビ局に届けていた。

レッドとリズが移動中にレッドがガソリンスタンドで車ごと姿を消す。リズはナヴァービに電話をかけレッドの携帯の場所を調べてもらうと、携帯はスクラップ場へ運ばれた車の中にあった。そこでリズはレッドの車を運んできたレッカー車のドライバーに接近する。

リズが拘束されレッドはレスラーに彼女から目を離さないよう警告するが、事態を楽観視しているレスラーに不安を感じ、レッドはアラムに接触。罪状認否手続きが始まるまでの間、リズを守るよう伝える。そんな折、尋問のため局長がリズの移送命令を出した。レスラーは局長を止めるようヒッチンに助けを求めるが……。

結社がリズを殺そうと画策する中、レッドは結社にリズの無実を証明させるため、自らのチームメンバーを集める。そしてレッドは、結社に最後通告を出すのだが……。

レッドはチームに、ある秘密会議についての情報を与える。それは、FBIに協力していると噂されるレッドに制裁を加えるため、世界的な犯罪組織のボスたちが集まる会議だった。一方リズは捜査には加われるものの、捜査官の身分を剥奪され現場には出られなくなっていた。

15世紀のドイツに存在した私的制裁を行う集団“フェーメ団”によるものと思われる殺人事件が発生し、チームは捜査を開始する。今回の集団は、小児性愛者を標的にしていた。一方リズは、トムとの将来について重大な決断を迫られる。

レッドとリズはチームと協力して、ある仲介屋の企みを阻止しようとしていた。その仲介屋は、敵対する2つの犯罪組織の家族を結びつけようとしていた。一方でトムは、昔の恋人でブラックリストに載っていた犯罪者ジーナ･ザネタコスと再会する。

行方不明となり死んだと思われていた子供が、突然 無事に保護された。レッドとリズは、チームと協力してある女性の捜査を開始する。彼女は子供たちを誘拐しているかもしれない危険な人物だ。一方トムは、リズを助けるための計画が思わぬ方向へと進み、衝撃的な結末を迎える。

インターネット分野で成功しているスタートアップ企業の設立者が、死体で発見された。殺害現場を見たレッドは、ある悪名高き殺人者の犯行だと考える。リズと特別作戦チームが犯人を捜査する中、レッドも独自の手段で殺人者を追う。その頃、トムは生死の境をさまよう状況におり……。

米国務省の役人が北京で殺害された。レッドとリズは、「ケアテイカー」と呼ばれる人物が、この事件に何らかの関わりを持っていると推測。ケアテイカーとは、犯罪者たちの秘密が絶対に漏れることのないよう管理している人物だった。そこで2人は、特別作戦チームと共にケアテイカーを追って捜査を開始する。

リズはレッドから、結社の処刑を逃れたソロモンが別の誰かに雇われて核兵器を奪おうとしていることを聞かされ、すぐさまチームへ事件の存在を伝える。しかしそんな中、核研究施設から核燃料輸送用キャスクが盗まれる事件が発生する。

絶体絶命の危機に陥ったチームは、レッドの生き延びる手腕に頼るしかなかった。しかし、幾度となく危機をくぐり抜けてきたレッドも難局に立たされることに……。一方、トムとリズは思いもしない事態に直面する。それは2人の今後に大きく影響することだった。

地下のアヘン窟に籠もるレッド。たが、女主人に諭されて店を後にし、タクシーを拾い、ニュージャージー州ケープメイまで走らせる。到着するとマーヴィンに電話をして、しばらく無期限休業だと告げるのだった。

パナベイカーはクーパーにリズ誘拐犯の捜査をしないよう釘を刺し、さらにレディントンに引き続き捜査協力をさせるようにと念を押す。だが、レスラーたちは敵が地下のサーバー経由でリズを監視、同時にストルダーという会社社長も監視していたことを突き止める。

パナベイカーが会っていた女、スコティーことスーザン･ハーグレイヴが率いる「ハルシオン･イージス」は傭兵やスパイを揃えた警備会社で、政府からも仕事を請け負っていた。レッドはハルシオンの傭兵たちを襲撃してスコティーに会おうとするのだが……。

レッドはトムに、スコティー率いるハルシオンにリズ襲撃を指示したのは「アレグザンダー･カーク」という男だと教え、クーパーらとカークへの復讐計画を立てる。そのためにレッドはスコティーと組むと言う。

レッドはアレグザンダー・カークをアメリカに呼び寄せ、暗殺しようと計画。そのために「カークがテロリストに協力している」という証拠を捏造しようとする。そのカークは、トムの監視を続けていた……。