昏睡状態だったドムは、レッドの管理下にある倉庫の中で治療を受け続け、目を覚ます。レッドは“ロアノーク”を捜すようチームに指示をする。“ロアノーク”は、鮮やかな手口で人を消す仕事を請け負う伝説的な犯罪者だった。一方リズは、チームと共に動きながらも、カタリーナ･ロストヴァとひそかに連絡を取り続けていた。

リズとカタリーナはドムを拉致し、真実を教えるように迫る。なかなか口を割らなかったドムだが、カタリーナの罠にかかり、真実を話してしまう。真実を知ったカタリーナは、隠れ家から逃走。タウンゼントの配下に連絡し、情報と引き換えにレッドから守ってもらおうとする。しかし、カタリーナが取引場所の公園へ行くと、そこで待っていたのはレッドだった。

目の前で、カタリーナがレッドに撃たれるのを見たリズ。その後、自分の留守番電話に、レッドと死ぬ前のカタリーナの会話が入っていることに気づく。その会話を聞いて、リズはレッドを殺すことを決意する。一方レッドは、ドムの葬式をすると言ってリズを呼び出す。復讐の鬼と化したリズは、これをチャンスと捉えてレッドに会いに行くが…。

リズはレッドの配下を引き抜いて自分の仲間にしようとするが、なかなかうまくいかない。しかしスキップという男がレッドを裏切り、リズの仲間となる。スキップの力を借り、リズはレッドから大金を奪うことに成功する。裏社会に足を踏み入れたリズは、チームからも追われる身となる。そしてレッドが“東の友人”と呼ぶ謎の人物も、リズの動きを危険視していた。

ある日の深夜、何者かが、レッドの荷物を管理していた銀行の支店長カールを襲う。チームは、犯罪者の口座をターゲットとしている集団“フライボーグ･コンフィデンス”を追うことになる。そんな中、過去にチームが牢屋へ入れた、とある男がすご腕の弁護士を雇った。彼の要求は情報提供者としてリズを出廷させろというものなのだが…。

グレンが亡くなり、レッドは彼の最後の願いを叶えるために奔走する。一方、リズの行方を追うため、レッドとチームは協力する。手掛かりを得るため、アラムが犯罪者専用の通訳派遣会社に、通訳として潜入する。パクの友人が放火によって命を落とし、パクは犯人の男を半殺しにしてしまう。困った彼女は男の始末をレッドに頼み、彼に大きな借りをつくる。

レッドは次のブラックリストの人物として、化学兵器のブローカー“ケミカル･メアリー”ことメアリー･ブレマーの名を挙げる。それは、リズがメアリーを捜しているためであった。そんな中、クーパーはラキーティンという名のハッカーの情報を得ようと、下院情報委員会の委員長に会いに行く。そして、ラキーティンはロシアのスパイＮ13とつながっているという話を聞く。

アメリカの国防に関して、重要な情報を持っている男が失踪する。彼が闇市場で情報を売るのを阻止するため、レッドとチームが動く。そんな頃、クーパーに政界進出の話が持ち上がる。引退する上院議員の後任指名を受けてほしいという打診があったのだ。レッドは公園で、野鳥を愛する女性アンと知り合う。すっかり意気投合するが、２人が住む世界はあまりにも違っていた。

リズがレッドの貸金庫から盗んだＵＳＢにはラキーティンというハッカーが集めた情報が入っていた。これらの情報を知ることができる人物の誰かがアメリカの裏切り者だと考えたクーパーはチームに調べさせる。一方レッドは何とかリズと接触しようとするが、なかなかうまくいかない。そんな頃、リズから真実を聞いたというタウンゼントが、レッドに宣戦布告をする。

ルディガーの元を訪れていたレッドとデンベは、タウンゼントの手下たちに急襲される。そしてデンベが拉致されてしまった。サコースキー･アーカイブに関する情報を聞き出すため、タウンゼントはドクター･ペリロスを使ってデンベを拷問する。デンベの行方を必死に捜すレッド。彼はデンベを助けるため、タウンゼントにある交換条件を申し出る。

肝試し中の少年が、空き家に隠してあった麻薬を吸い込み中毒になる。空き家に麻薬を隠していたのは通称“キッド船長”で、違法な品物の売り手と買い手をつなぐ男だった。彼は品物を受け取るとそれを隠し、ＧＰＳタグをつけて“宝探し”をさせるのだ。そんな彼が扱う“品物”が、サウジアラビアのとある活動家で、アメリカに亡命してきた女性だった。

アメリカ政府内に潜むロシアのスパイ、ラキーティン。その正体を突き止めようとするクーパーに、命の危険が迫る。クーパーを助けるため、レッドはやむなくラキーティンをＦＢＩに売る。しかし、ラキーティンはレッドの秘密を知る人物だった。彼が逮捕されたことで、今度はレッドに危機が迫る。レッドは、自分に借りのあるパクを使い、ラキーティンが供述するのを阻止しようとする。

レッドはカンザス州に住むアンの元を頻繁に訪ねるようになっていた。アンの親友で警察官のロイスはレッドの素性が分からないことで幾度となく釘を刺していたが、アンは聞く耳を持たなかった。またデンベも、レッドに、何度もアンを訪ねるのは危険だと警告していたがレッドも警告を聞かなかった。アンとの楽しいひとときを過ごすレッドは、見知らぬバンが止まっているのに気づきアンと別行動を取るが…。

フリーランサーを釈放させたり、メアリー･ブレマーを助けたり、リズの一連の行動はすべてタウンゼントに近づくためのものだった。タウンゼントには強大な力があるし、彼はレッドを憎んでいた。そこでタウンゼントと手を組み、レッドを潰そうとしたのだ。アンの家で穏やかな時を過ごしていたレッド。無防備な彼を、タウンゼントとリズが襲う。そして悲劇が起こる。

レッドは暗号文が掲載された看板の写真を持ってきて、これがリズとタウンゼントの通信に使われていると言う。暗号を解くにはソ連製の解読マシンが必要だということでチームはベラルーシの博物館へと飛ぶ。そんな中、レッドとデンベは思いがけない人物に呼ばれる。一方タウンゼントは、リズの彼に対する忠誠心を確かめようとしていた。

Ｎ13について調べていたリズとチームは、レッドが頻繁に会っている人物を突き止める。それがＳＶＲのステパノフだったことから、レッドはロシアのスパイではないかという疑いが生まれる。クーパーはリズにステパノフを確保させようとするが、その動きはタウンゼントに伝わっていた。彼はレスラーの携帯電話を盗聴していたのだ。ステパノフはタウンゼントの手に落ちる。

タウンゼントにさらわれた東の友人ステパノフを何としてでも救いたいレッド。レッドは大泥棒のプリヤ･ラガーリをタウンゼントの組織に侵入させる。タウンゼントと会ったラガーリが話を詰めていると…。一方リズはタウンゼントと共にステパノフを拷問している廃虚に向かっていた。レッドの指示で彼らを尾行していたラガーリは建物の中に入る。

レッドを倒すという共通の目的のため、手を組んでいたリズとタウンゼント。しかしステパノフから真実を聞き出したタウンゼントは、突然 リズの命を狙うようになる。リズを捕まえるため、タウンゼントは殺し屋のプロテアンを雇う。彼はリズの大切な人たちの命を、次々と奪っていく。形勢逆転でリズは殺し屋を捕まえ、タウンゼントの居場所を聞き出そうとする。しかしその時、リズはレスラーたちに包囲される。

非常に貴重な“荷物”をひそかに運ぶため、レッドはビーノという男に助けを求める。彼は法の網の目をくぐって、物を運ぶやり手の元殺し屋だった。レッドに脅されて、ビーノは仕方なく頼みを聞く。ビーノのチームの連係が功を奏し、順調に“荷物”は移動を続ける。しかしこの件にタウンゼントが絡んでいることを知ると、ビーノは急に態度を変える。

ＦＢＩに拘束されたリズは“箱”の中に入れられる。しかし、レッドは“郵便局”の屋根を突き破り、箱ごとリズを奪う。リズはレッドに拘束されるが、そこにはタウンゼントの腹心ゴドウィン･ペイジがいた。“レッドの居場所を知らせる”と、タウンゼントへの伝言を託し、リズはペイジを逃がす。何も知らないレッドは、すべてを話すため、リズをプライベートジェットに乗せる。

リズがレッドに連れていかれたのはラトビアにあるシェルター。そこはレッドが世界中から集めた情報を分析させている“ブラックリスト”本拠地だった。レッドはそこで自分とステパノフの関係、サコースキー･アーカイブのことなどを伝える。そしてリズがずっと知りたがっていたカタリーナや父親のことなど、彼女の過去が明らかになるのだった。

タウンゼントとの戦いに勝ったものの、リズを狙う者はこの先も後を絶たないと思われた。レッドは、リズの安全を確保するため、彼女を自分の後継者にしようとする。しかしそのためには、犯罪者たちに一目置かれる存在にならなければならない。そこでレッドは、ある計画をリズに伝える。それはなんと、リズに自分を殺させるというものだった。