レッドは、トムと争った男が傷を負っていることから地元の闇医者や情報屋を訪ねる。その男は警官であることが判明。やがてカークがリズをかくまっている場所へ踏み込むのだが……。レッドは、軍がカーク援護に動いていたことから、内部情報は「エステバン」が知っている、とクーパーに連絡する。

レッドたちはマトと接触するためキャプランの恩人リトル･ニコスに会うべくテキサスへと向かう。ニコスは胃の縮小手術の最中だったが、レッドは麻酔から無理やり目覚めさせて呼び出し方法を聞き出し、一同はニコスの店で待つことに。やがてマトが現れ……。

ジョージア州サバンナ近郊の変電所に潜水士4人が現れて大規模停電を起こす。CDC研究所からウイルスのサンプルを移送させるための計画だった。一方リズを呼び出したレッドは、カークに繋がる「マイルズ･マグラス」という、犯罪者のアイデアに出資する男の話をするが……。

レッドはリズに、「ガイア」というエコテロリストを追うよう指示をするが、その理由は言わなかった。チームがとりあえず「ガイア」を追跡すると、彼がいくつかの工場の検査官に扮して内部に侵入し、破壊活動を行っていることが判明。そして今まさにある施設に侵入していることが分かり、レスラーたちが急行するが……。

特許商標庁に勤める男、サイラスは、革新的な発明をした者に弁理士を装って近づいては、殺してその発明したものを奪っていた。レッドは彼を「リンドキスト財団」として、チームに捜査を依頼する。リズはレッドが医師から得た情報から、カークの居場所を特定するべくFBIとして協力することに。

レッドは、資金を凍結された犯罪者に金を貸して暴利をむさぼるルブロンという人物の身柄を確保し、カークにも資金を貸していると郵便局でチームに報告。しかし、レスラーたちが迎えに行った身柄引き渡し場でスナイパーの狙撃にあい、レッドは郵便局が「つぐみ」というハッカー集団にハッキングされていると確信する。

レッドは別人のIDを犯罪者に売る「検視官」と呼ばれる男をクーパーたちチームに追わせるよう指示していた。チームは検視官からIDを買った、元カルテルの女ギザ・バレラを発見し逮捕。彼女から検視官への接触方法を聞き出し、ナヴァービが接触しようとするとそこにレッドが待ち構えていて……。

レスラーたちはトムを追い詰めていたヴィクトルを尋問するが、近くで車を交換した後はどこにいくか知らないと言う。そこでレスラーたちは聞き込みを開始することに。一方レッドはドクター・ショウに「患者ゼロ号」を捜させていたが、リズに危険が及ぶ前にとカークに接触し、自分の身柄とリズを交換するよう持ちかける。

メリーランド州のリペット･シーフード社の奥でチップを取り出す男たちを武装集団が襲撃。レッドがチームに捜査を促す。襲われたのはリビアを拠点とするテロ集団NMB。現場に残された最新鋭のチップは大陸間弾道ミサイルやイスラエルの防空システムなどにも使われる物で、政府に納入する大企業ブラックソーン社製だった。

リズが出勤しようとドアを開けると、家の前に女性がプールで死んでいるジオラマが。その後、実際に女性がプールで溺れ死ぬ事件が起きる。さらに、次のジオラマが届けられる。どうやら近所の公園で自転車の男に銃殺される男がいるらしい。当該の公園に張り込んだチームは自転車を警戒するが……。

政府の証人保護プログラムを受けている人々のリストが奪われた。リストを取り戻すために、レッドはリズに「ハーレム」に入るように言う。ハーレムとは犯罪者からしか盗まないことを信条にする腕利きの女性窃盗団。リズがハーレムに潜入するには、腕のいい泥棒であることを証明しなければならず……。

レッドは何者かが自分に攻撃を仕掛けていることに気づく。彼は敵の正体を探るべく、リズたちに協力を求める。そしてリズたちは伝染病を使って標的を殺す殺人者を追うことに。一方でレッドは、トムを自分の作戦に引き入れ、トムはある人物に成りすましレッドの敵を探ることになる。

レッドの仕事仲間がまたひとり、標的となった。リズたちのチームは、レッドと彼の商売に攻撃を仕掛けるすご腕の犯罪者を追う。その一方でトムにとってある衝撃的な出来事が起きる。そして、彼は自分の過去について情報を集めようと動き出す。

クーパーに、自分に利益がある悪党ばかりチームに追わせていると言われたレッドは、大物犯罪者として「設計士」を差し出す。完全犯罪の請負人であるその男は、ハッカーを集めてリクルートしていると言う。アラムがネット上の情報から謎を解き集会への参加方法を突き止める。そしてハッカーを装い潜入することに。

レッドが意識を取り戻すと、自分専用の医療チームに治療を受けていた。倒れる前のことはほとんど何も覚えていないレッドは、「薬剤師」の毒にやられたのだとリズに告げ、チームに薬剤師を追わせる。薬剤師は殺す相手の体質に合わせて、まるでアレルギー反応としか思えないような症状を引き起こす毒を調合するのだった。

デンベを追跡して数週間がたつ頃、アラムがデンベに拉致される。リズたちのチームが捜索し、やがて彼らの居所を突き止める。デンベは危険を承知である調査をしていたが、事態は思わぬ展開を見せる。

レッドの犯罪帝国を破壊しようとする敵。レッドとその敵との出会いと、複雑にもつれた過去が明らかになる。

レッドの金庫番の1人、ペラッキオが誘拐された後、レッドとの関係を証明する書類と共に警察に突き出された。レッドはあるホテルのマネージャーが仕掛けていた盗聴マイクの音声から、「フィロミナ」という女性が雇われていることを知る。彼女は長時間かけて標的に近づき、偶然を装って懐に飛び込むのだという。

キャプランは少女のリズの記憶を消した専門家ボグダン･クリロフ医師を雇いNYに派遣する。クリロフは以前リズの記憶をよみがえらせたオーチャード医師のところへ行き、必要な機器を奪う。リズたちはその現場に飛び込むと、中にはクリロフと手下たちと、レスラーの記憶を操った跡があった。

ヨーロッパで脱出方法を失ったレッド。その頃「取り立て屋」という復讐請負人にリズが狙われていると情報が入り、次のブラックリスターに彼を指名する。かつて取り立て屋が殺した男がミイラ状態で見つかると、レッドは遺体の専門家キャプランに見てもらうよう指示、キャプランはリズのためにと言われて引き受けるが……。

エイブがキャプランと通じていたことがわかりレッドはエイブから「マリオ･ディクソン」という名前を聞き出し、チームにマリオを調べるよう告げる。マリオたちはキャプランの依頼で男を誘拐すると、男の職場である、政府の書類保管庫へ侵入し、レッドが司法省と結んだ免責契約書を盗みだすが……。

キャプランはゲールに接触、大陪審に免責特権を約束させ自分が証人になると申し出た後、タンジ農場でKの文字が彫られた木の近くから、スーツケースを掘り出した。クーパーは昔の事件の証拠からレッドの血がついた布を採取し自分でDNA分析に出す。