レッドとベルリンの戦いは激化。クーパーが抜けた上、ベルリンの手がかりが掴めないFBIは緊迫を極めていた。レッドはエリザベスに、自分を捜すために雇われた賞金稼ぎ“ボルティモア卿”を見つけるよう指示。捜査に乗り出したエリザベスは、とある女性データ・エンジニアにたどり着く。しかし、FBIの分析によって“ボルティモア卿”の狙いはレッドではないことが発覚。本当の標的は、レッドの過去を知る重要人物で…？

ポーランド、ワルシャワ。モナーク・ダグラス銀行に強盗が入る。レッドの情報によれば、この銀行は犯罪者による資金洗浄の最大手。さらに強盗の真の目的は、銀行員カジャ・トムザックの誘拐だということがわかる。彼女は“超記憶”の持ち主で、銀行の裏帳簿ともいえる役割を果たしていた。ナオミを人質に取られ、ベルリンに追いつめられていくレッドは、カジャを使ってベルリンの財産を押さえ、取引を持ちかけるのだった。

詐欺罪の容疑をかけられていた投資会社の経営者が、心臓を抜き取られた遺体で発見される。警察は彼を恨んだ顧客の仕業と判断したが、レッドは臓器移植ネットワークを運営するコヴィントン医師によるものだと指摘。エリザベスたちは捜査を開始する。そんな中、FBIのチームにモサドのサマル・ナヴァービが無期限で出向してくることに。しかし、レッドが送り込んだ者だと確信するエリザベスは、彼女を信用しようとしない。

DCでは、犯罪歴のない者による殺人事件が連続して起こっていた。容疑者たちのDNA検査から“戦士の遺伝子”が見つかったことで、これらは政府による洗脳実験“サブプロジェクト・セブン”の一環である可能性が出てくる。そしてFBIの捜査線上には、ライナス・クリールという精神科の医師が浮かび上がるのだった。エリザベスは、レッドがナオミのために用意した隠れ家を突き止め、ナオミに自分の過去を聞き出そうとする。

環境破壊への過激な抗議活動で知られる組織“ザ・フロント”の幹部キャリーが病院に運ばれる。エリザベスたちが共同創始者で夫のべックを調査すると、彼は14世紀の生物兵器“アポフィス・ウイルス”を使い、人類滅亡計画を実行しようとしていることがわかる。パンデミックを防ぐために現場へ駆けつけたエリザベスとナヴァービは、ウイルスに感染してしまう。一方レッドは、ベルリンとの戦争で要となる人物の捜索を続けていた。

密猟組織の幹部たちが失踪し、その内の1人が全身の皮を剥がされた遺体で発見される。レッドは、この一連の事件が密猟市場の独占を狙うモンバサ・カルテルの仕業だと話し、FBIに捜査をさせる。そんな中、エリザベスはある重大な秘密を隠すため、レッドが雇った護衛を逮捕させてしまう。レスラーは中毒症状が悪化した状態でアラスカ州のシトカへと捜査に向かうが、そこでキンケイド一家の“狩り”の獲物にされてしまい…!?

ナヴァービはCIAとモサドの合同作戦でイランの核科学者を暗殺する。しかしレッドによれば、イランは報復を企んでおり、殺し屋“三日月刀（シミタール）”を使ってアメリカの核科学者を襲撃するのだという。エリザベスとレスラーは国防保安局員が狙われている情報を突き止め、急いでターゲットのもとへと向かうが、救出中に敵からの銃撃に遭ってしまう。レッドはエリザベスが入手した情報でベルリンと会い、ある人物を差し出す。

エリザベスは船に隠していた“秘密”が見つかり、最悪の事態に陥る。一方、レッドとベルリンを敵対させた人物が、クルスク事件の首謀者“デカブリスト”だとわかり、FBIも捜査を開始。しかし、事件関係者がロシアの有力者だったため、上層部から中止を言い渡される。レッドはベルリンと手を組み、FBIに代わって“デカブリスト”の正体を暴くが、真実に激怒したベルリンがレッドの制止を振り切り、復讐を始めてしまう。

レッドが香港で逮捕され、凶悪犯ルーサー・ブラクストンが投獄されているCIAの秘密収容所“ファクトリー”に移送される。そして間もなく“ファクトリー”は、脅迫状データ“フルクラム”を狙ったブラクストンによって制圧されてしまう。FBIは現場へと向かうが、レスラーとナヴァービが拘束され、エリザベスはレッドと彼の“知人”である囚人たちと共に戦うことに。さらに、強大な機密組織がレッドの抹殺に動き出し…!?

国家機密局によって“ファクトリー”は爆撃を受け、“フルクラム”を手に入れる鍵となるエリザベスは、ブラクストンに拉致されてしまう。レッドは独自でエリザベス救出に動き、ブラクストンの商売相手たちを脅迫するのだった。一方、エリザベスはブラクストンが用意した専門家によって、26年前に起きた火事の日の記憶へと入り込んでいく。そしてレッドは、自分の命と“フルクラム”を狙う機密組織の者と顔を合わせる。

ウズベキスタン、クムハラ村でCIAエージェントが誘拐される。レッドによれば、分離主義グループ“SRU”を率いるルスラン・デニソフの仕業だ。デニソフに接触したエリザベスたちは、彼の目的がアネカ石油による水の汚染被害を止めることだと知るが、ウズベキスタン軍やCIA、そしてアネカが隠蔽工作のために捜査を妨害。そんな中、エリザベスが関わった港湾局員の失踪についてDC警察が調査に乗り出してしまう。

FBIが“神の盾”の教祖ケニヨンの失踪と、彼の敷地に隠された違法な貸倉庫を捜査する中、教団のバンを使った爆破事件が勃発。実行犯は洗脳された子供であることがわかる。そしてエリザベスたちは、愛憎にまみれた衝撃の犯人へと迫っていく。レッドは陸運局のグレンと共にロシアを訪れ、遂にフィッチの話していた金庫を見つけ出す。治験の望みが消え、病の治療を諦めかけたクーパーのもとには、思いがけない朗報が入る。

ここ最近連続していた6件の殺人事件は、狩りの儀式を楽しむ猟奇殺人鬼“ディア・ハンター”の模倣犯であることが発覚。FBIが被害者に関連性があることを突き止めた矢先、エリザベスが拉致されてしまう。そんな中、トムが手を下した港湾局員の捜査は、DC警察のウィルコックスによって、エリザベスが船で警備を依頼していたアレコにまで及んでしまう。一方レッドは、金庫に隠されていた電話番号の相手と接触を試みるが…？

違法なオークションで膨大な財産を築くキング家によって、マデリーン・プラットが誘拐される。FBIから情報を得て誘拐犯のもとへと駆けつけるが、罠にかけられてしまうレッド。実は、キング家の本当の狙いは、レッドをオークションに出品することだったのだ。エリザベスはレッド救出のため、招待客になりすましてオークション会場へと潜入する。一方トムは、再びスパイの仕事へと戻り、ドイツのドレスデンへと向かう。

港湾局の職員エイムズが殺された事件でエリザベスは起訴され、判事によって非公開の聞き取りを受けることに。そしてエリザベスは判事に、レッドとの関係や、今までの事件について話し始める。クーパーたちはレッドにエリザベスの危機を伝えるが、レッドは彼女を助けるためにブラックリストに載る“少佐”の捜索を開始するという。“少佐”は、反社会的行動の傾向を持つ子供たちを、工作員に育て上げるプロらしいのだが…？

殺人容疑で判事から聞き取りを受けるエリザベスは、偽証した証拠が見つかってしまい、窮地に立たされる。そこでレッドは、彼女の潔白を証明できる唯一の人物を見つけ出す。それは、エリザベスが存在を隠し続けたトムだった。そして、レッドとレスラーはドイツへと飛び、凶悪な麻薬組織“ディー・エントレヒテテン”に潜入したトムに会いに行く。そんな中、クーパーはエリザベスと口論中に発作を起こし、病院に運ばれてしまう。

エリザベスの31歳の誕生日。レッドはエリザベスのオフィスを訪れ、彼女に特別なワインを贈る。そして、ニューヨークで警官がトラック運転手の聞き込み中に射殺された事件について話し出す。エリザベスはレッドから、積荷の遺体がIT長者の出資する不老不死研究所の実験と関係していると聞き、捜査を始める。一方、“ディー・エントレヒヒテテン”から恨みを買ってしまったトムは、“少佐”と共に拉致されてしまうのだった。

投資家や起業家といった富裕層の人々が殺された事件に、ある人物が絡んでいたことがわかる。アラムと彼の友人の力で、犯人はヴァネッサ・クルスという女性だということが判明し、FBIは捜査にあたる。レッドがヴァネッサの捜査に協力する条件として“フルクラム”を要求してきたため、エリザベスは彼に頼らずに、トムと共に捜査を進めることに。さらにエリザベスは、トムからレッドについて衝撃の事実を聞かされるのだった。

被弾し、重症を負ったレッドのため、キャプランは倉庫に医療チームを用意。レッドが意識を失う直前、レナード・コールを捜すよう指示を受けたエリザベスは、FBIに捜索を依頼。レッドのもとを離れることができないデンベは、エリザベスに“フルクラム”に関係するものを取って来て欲しいと頼む。指定された場所へと向かったエリザベスは、そこである人物に遭遇する。敵はレッドの居場所を突き止め、隠れ家を襲撃するが…？

レッドはエリザベスに、ある密輸業者が結社と取引し、盗んだ遺体を母国に送ると見せかけて爆発物を送り出していると話す。しかしFBIが調査しても、遺体からは何も出てこないのだった。エリザベスはアパートで見つけた写真の人物を探すため、トムと共にベルリンの関係者をあたる。レッドとレナードは、隠れたジャスパーをおびき出し、結社の計画を聞き出そうとする。一方クーパーは、コノリーから恐ろしい脅迫を受けてしまう。

ロシア情報庁SVRの暗殺者にして結社の手先であるカラクルトが入国。レッドによれば、結社はアメリカとロシアに冷戦始めさせるため、カラクルトを使って防衛施設を攻撃するのだという。エリザベスとレスラーは、CIAのロシア・ヨーロッパ分析部で聞き込みをしていたが、爆破テロに巻き込まれてしまう。コノリーはクーパーのもとを訪れ、カラクルト確保に向かうチームを、偽の情報でユニオン駅に向かわせるよう圧力をかける。

結社の狙いはエリザベスだった。彼女は議員殺しの容疑者として拘束され、さらにはクーパーまでもFBI本部長の任を解かれてしまう。しかし、レッドたちの助けによって脱出したエリザベスは、トムの協力を得て、自分をウイルス感染させたアンドロポフを追うことに。そんな中、レッドは結社と戦うため、ある大きな賭けに打って出る。そして、エリザベスとクーパーはコノリーのもとを訪れ、一連の始末をつけるよう説得するが…？