指名手配中の“犯罪のコンシェルジュ”、レッドが突然ＦＢＩ本部に出頭し、凶悪犯罪事件の犯人逮捕に協力すると申し出る。なぜかレッドは捜査担当に新人女性捜査官エリザベスを指名。レッドはエリザベスに、１時間以内にテロリストのザマニが国防総省司令官の幼い娘を誘拐すると告げる。エリザベスはその護衛に向かうが、ザマニに指揮されたテロリストたちに襲われ、司令官の娘を誘拐される。さらにザマニ本人はエリザベスの自宅に侵入し、彼女の夫トムを襲う。

レッドはその日午前11時に、ある場所で大惨事が起きると予言。実際、その場所で列車脱線事故が起き、60名が犠牲になる。レッドは犯人の“フリーランサー”が、次はニューヨークで別の標的を狙うといい、情報を得るためにカナダのモントリオールへ向かうが、そこにエリザベスを同行させる。ＦＢＩはレッドに翻弄されひと悶着あるが、“フリーランサー”の標的は、エリザベスが憧れていた人道活動家フロリアナ・カンポだと判明する。

中国で１年半の間にＣＩＡのエージェントが４人殺される。中国当局が、ＣＩＡから傍受したメッセージを解読するために行った犯行だが、解読は失敗に終わる。中国当局からスパイ殺しを請け負った伝説の殺し屋ウージンがレッドに協力を求めてきたため、レッドは暗号解読の専門家に偽装したエリザベスを同行して取引に向かう。ウージンとその部下たちは、5人目の標的であるヘンリー・チョウの暗殺計画を始動する。

エリザベスがニューヨーク時代に逮捕したドラッグディーラーのロルカの裁判で、有力な証人が連れ去られて殺害され、遺体は跡形もなく消されていた。レッドによれば、標的の遺体解体までする殺し屋“シチューメイカー”のしわざだ。ＦＢＩは“シチューメイカー”確保のため、ロルカに協力を求めるが、ロルカは一瞬の隙を見て逃亡してしまう。実はロルカは、ある別の標的の始末も“シチューメイカー”に依頼していた。

レッドはエリザベスたちに犯罪のプロ、“運び屋”を逮捕させようとする。張り込み捜査に気づいた“運び屋”は取引相手であるイラン人のスパイを殺して逃げるが、ＦＢＩによって逮捕される。その胸の傷からメモリーチップが見つかるが、そこには“運び屋”が拉致して酸素マスクをつけさせ、箱に入れて埋めた男性セスを撮影した映像があった。ケーブルテレビの技師セスの正体はＮＳＡ（国家安全保障局）のメンバーだということが発覚。セスの命はあと20時間しかもたないと推測される。

トムは妻エリザベスに自分はスパイではないと主張するが、特別作戦本部のオフィス“郵便局”へ連れて来られる。レッドはエリザベスに、産業スパイのジーナはトムの愛人だと告げる。エリザベスがレスラーと共にジーナが宿泊するホテルに直行すると、ジーナはトルコ大使館員を殺した直後だった。レスラーはジーナと格闘するが逃がしてしまう。ジーナは多国籍企業ハナー・グループに雇われ、核爆弾を使う巨大テロを企てているようだった。

ワシントンＤ.Ｃ.の地下鉄で生化学兵器を使ったテロ事件が発生し、大勢が命を落とすが、被害者たちは“カーツ病”という難病を引き起こすウイルスに感染していた。レッドによれば犯人は、科学者フレデリック・バーンズだという。エリザベスはバーンズの元同僚アンと会う。アンはかつてバーンズと肉体関係を持ち、それによって生まれた子供はカーツ病にかかっていた。バーンズのテロには、ある目的があることが判明していく。

ロサンゼルス行きの貨物便が、ワシントンＤ.Ｃ.の空港を離陸直後に爆発する。ＦＢＩの捜査によると、貨物便に爆発物を持ち込んだ人物と、ある肥料工場で爆発物の原料を盗んだ人物は同一人物と推測される。テロの首謀者ウルフは整形手術で外見を変えているようだ。ウルフは続いてパイロットになりすまし、新たな爆弾テロを起こそうとしている可能性が浮上してくる。同じ頃、エリザベスの養父サムは難病で余命わずかに…。

レッドは、テロから身を守るためという理由で“郵便局”に連れて行かれ拘束されるが、大物テロリストのギャリックが仕掛けた罠だとすぐに気づく。直後、ギャリックと傭兵たちが“郵便局”を襲ったため、レッドとレスラーは防弾装備が施された“拘禁用ボックス”へ避難する。ギャリックはレッドに殺されかけた過去があった。一方、遅れて到着したエリザベスは“郵便局”に潜入。ＩＴ分析官アラムと反撃のチャンスをうかがう。

レッドは、テロから身を守るためという理由で“郵便局”に連れて行かれ拘束されるが、大物テロリストのギャリックが仕掛けた罠だとすぐに気づく。直後、ギャリックと傭兵たちが“郵便局”を襲ったため、レッドとレスラーは防弾装備が施された“拘禁用ボックス”へ避難する。ギャリックはレッドに殺されかけた過去があった。一方、遅れて到着したエリザベスは“郵便局”に潜入。ＩＴ分析官アラムと反撃のチャンスをうかがう。

連続殺人犯“善きサマリア人”が新たな犯行に及び、かつて犯人像をプロファイルしたことがあるエリザベスは再捜査に加わる。そこへレッドから「被害者を調べろ」というアドバイスが届く。エリザベスら捜査陣が調べると、被害者たちは、いずれも自身や肉親がＤＶの加害者だったことが判明する。ＤＶの連鎖という状況の中、“善きサマリア人”は新たな犯行に着手する。エリザベスはそれを防げるのか。

ギャングの情報屋の夫婦、ピーターとキャサリンがプライベートジェットで墜落死するが、レッドによれば“錬金術師”と呼ばれる犯罪者による偽装死だという。エリザベスたちはハンガリーのブダペストでピーターを逮捕するが、“錬金術師”はキャサリンを殺し、弁護士に化けてＦＢＩの支局に乗り込みピーターも毒殺してしまう。一方、レッドによるＦＢＩ内の裏切り者捜しはいよいよ核心に迫っていく。

レッドはエリザベスに“サイプラス養子縁組事務所”を調べるよう指示。事務所は優秀なＤＮＡを持つというふれこみの子供をクライアントと養子縁組させていた。エリザベスはレッドに与えられたヒントに基づき、27人の養子のうち12人が、失踪した女性５人から生まれたことを突き止める。誘拐された女性たちが子供たちを妊娠・出産させられている可能性が浮上する。エリザベスは次に誘拐されそうな女性を特定して保護しようと急ぐ。

レッドは親しい大泥棒マデリーンから、在米シリア大使館にある“アタルガティスの彫像”を盗むのに協力するよう頼まれる。レッドはＦＢＩに対し、“アタルガティスの彫像”の中に冷戦時代のロシア系スパイ、クングール・シックスの情報が書かれた紙があるといい、ＦＢＩに手伝わせる。大使館で開かれるパーティにレッドとエリザベスは出席し、エリザベスは地下室で金庫を開けようと挑む。しかし金庫の中は空っぽで、非常ベルが鳴る。

12年前に失踪して殺されたと思われていた検事が、急に見つかって保護される。レッドによれば、冤罪で服役する者に代わり有罪判決に加担した者に同等の罰を加えるという都市伝説の“判事”のしわざだという。冤罪の服役者から直訴状を取りまとめていた者によると“判事”の次の標的は、翌日に刑を執行される死刑囚リフキンを有罪にした連邦検事コノリーと、何とＦＢＩのクーパーだった。

かつてレスラーが逮捕した日本のヤクザの親分、タニダ。網走刑務所から脱走した直後、タニダは東京でレスラーの元仲間である捜査官サムに切腹をさせ、命を奪う。そのことをレスラーがレッドから聞かされた直後、渡米したタニダはレスラーの別の元仲間ピートも殺害する。レスラーは自分と愛するオードリーも狙われると恐れ、自分の山小屋に向かう。その頃、レッド、トム、トムの同僚であるジョリーンの謎めいた関係は、新たな局面を迎えようとしていた。

ＮＳＡ（国家保安局）の工作員が交通事故に遭い、その際、ありとあらゆるネットワークに侵入できる最新サイバー兵器“スケルトンキー”を盗まれた。レッドはロシア出身の天才ハッカー“イワン”を疑うが、彼自身に犯行を否定される。真犯人は“スケルトンキー”の開発者デヴィッドの娘アビーに恋する高校生ハリソンだった。ハリソンはアビーが“スケルトンキー”のせいで引っ越すのを嫌がっていたので犯行に及んだ。

ブルックリンでタクシーが暴走し、女性客と運転手が命を落とす。また、精神を病んだ若い女性が男性にガソリンスタンドで火を放つ。いずれも地元警察は事故として処理したが、レッドによればどちらも“弔い人”こと、ボビットのしわざだ。ボビットは余命わずかな一般人を暗殺者としてリクルートし、標的と無理心中させる手口を得意としていた。レッドのアドバイスに従い、エリザベスはある保険代理店で働く男性が犯人じゃないかと疑う。

ＣＩＡは中国・江蘇省の強制収容所から女性科学者シャオピン・リーを救出するが、ワシントンＤＣに到着したシャオピンはエリザベスとレスラーの目前、国際的犯罪者のパヴロヴィッチ兄弟に連れ去られる。レッドはエリザベスに兄弟の情報を流した上、トムの尾行にエリザベスを同行させる。トムは誰かに何かを渡そうとしていたが、エリザベスに見られていると気づいて中止する。エリザベスはついにトムと全面対決すること決意する。

プラハ。レッドに協力していたチェコの国会議員が、大物犯罪者“キングメイカー”によって殺人事件の容疑者に仕立てられる。“キングメイカー”が渡米したことを知ったレッドはリズたちに彼の情報を渡し、彼を捕まえるように導く。レッドは謎の大物フィッチから圧力をかけられるが、それに応じない。そんなある日、ニューヨーク州選出の下院議員が交通事故を起こして妻子を失うが、それにも“キングメイカー”は関わっていて……？

全米各地で体調に変化をきたす者が続出。ある銀行の現金輸送車の運転手も、血を吐きながら死ぬ。彼らの死因になったのは、致死率の高い危険なウイルスだ。同じ頃、消えたトムを自分で見つけようとエリザベスは決意し、チームから去りたいと上司のクーパーに申し出るが、最後にこの非常事態をレッドと解決するよう要請される。レッドによればこれはある一味が自分を標的にしたテロだという。そんな最中、当局ではレッドを完全拘束する動きが!?

全米各地で体調に変化をきたす者が続出。ある銀行の現金輸送車の運転手も、血を吐きながら死ぬ。彼らの死因になったのは、致死率の高い危険なウイルスだ。同じ頃、消えたトムを自分で見つけようとエリザベスは決意し、チームから去りたいと上司のクーパーに申し出るが、最後にこの非常事態をレッドと解決するよう要請される。レッドによればこれはある一味が自分を標的にしたテロだという。そんな最中、当局ではレッドを完全拘束する動きが!?